Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001404659.1
Sequence Length
2304 nt
GC Content
0.5833
AUUUCCGCCUCUGGCGAAUGGCUCGUCUGUAGUGCACGCCGCGGGCCCAGCUGCGACCCCGGCCCCGCCCCCGGGACCCCGGCCAUGGACGAACUGUUCCCCCUCAUCUUCCCGGCAGAGCCAGCCCAGGCCUCUGGCCCCUAUGUGGAGAUCAUUGAGCAGCCCAAGCAGCGGGGCAUGCGCUUCCGCUACAAGUGCGAGGGGCGCUCCGCGGGCAGCAUCCCAGGCGAGAGGAGCACAGAUACCACCAAGACCCACCCCACCAUCAAGAUCAAUGGCUACACAGGACCAGGGACAGUGCGCAUCUCCCUGGUCACCAAGGACCCUCCUCACCGGCCUCACCCCCACGAGCUUGUAGGAAAGGACUGCCGGGAUGGCUUCUAUGAGGCUGAGCUCUGCCCGGACCGCUGCAUCCACAGUUUCCAGAACCUGGGAAUCCAGUGUGUGAAGAAGCGGGACCUGGAGCAGGCUAUCAGUCAGCGCAUCCAGACCAACAACAACCCCUUCCAAGUUCCUAUAGAAGAGCAGCGUGGGGACUACGACCUGAAUGCUGUGCGGCUCUGCUUCCAGGUGACAGUGCGGGACCCAUCAGGCAGGCCCCUCCGCCUGCCGCCUGUCCUUUCUCAUCCCAUCUUUGACAAUCGUGCCCCCAACACUGCCGAGCUCAAGAUCUGCCGAGUGAACCGAAACUCUGGCAGCUGCCUCGGUGGGGAUGAGAUCUUCCUACUGUGUGACAAGGUGCAGAAAGACGAUCGUCACCGGAUUGAGGAGAAACGUAAAAGGACAUAUGAGACCUUCAAGAGCAUCAUGAAGAAGAGUCCUUUCAGCGGACCCACCGACCCCCGGCCUCCACCUCGACGCAUUGCUGUGCCUUCCCGCAGCUCAGCUUCUGUCCCCAAGCCAGCACCCCAGCCCUAUCCCUUUACGUCAUCCCUGAGCACCAUCAACUAUGAUGAGUUUCCCACCAUGGUGUUUCCUUCUGGGCAGAUCAGCCAGGCCUCGGCCUUGGCCCCGGCCCCUCCCCAAGUCCUGCCCCAGGCUCCAGCCCCUGCCCCUGCUCCAGCCAUGGUAUCAGCUCUGGCCCAGGCCCCAGCCCCUGUCCCAGUCCUAGCCCCAGGCCCUCCUCAGGCUGUGGCCCCACCUGCCCCCAAGCCCACCCAGGCUGGGGAAGGAACGCUGUCAGAGGCCCUGCUGCAGCUGCAGUUUGAUGAUGAAGACCUGGGGGCCUUGCUUGGCAACAGCACAGACCCAGCUGUGUUCACAGACCUGGCAUCCGUCGACAACUCCGAGUUUCAGCAGCUGCUGAACCAGGGCAUACCUGUGGCCCCCCACACAACUGAGCCCAUGCUGAUGGAGUACCCUGAGGCUAUAACUCGCCUAGUGACAGGGGCCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCUCCUGCUCCACUGGGGGCCCCGGGGCUCCCCAAUGGCCUCCUUUCAGGAGAUGAAGACUUCUCCUCCAUUGCGGACAUGGACUUCUCAGCCCUGCUGAGUCAGAUCAGCUCCUAAGGGGGUGACGCCUGCCCUCCCCAGAGCACUGGGUUGCAGGGGAUUGAAGCCCUCCAAAAGCACUUACGGAUUCUGGUGGGGUGUGUUCCAACUGCCCCCAACUUUGUGGAUGUCUUCCUUGGAGGGGGGAGCCAUAUUUUAUUCUUUUAUUGUCAGUAUCUGUAUCUCUCUCUCUUUUUGGAGGUGCUUAAGCAGAAGCAUUAACUUCUCUGGAAAGGGGGGAGCUGGGGAAACUCAAACUUUUCCCCUGUCCUGAUGGUCAGCUCCCUUCUCUGUAGGGAACUCUGGGGUCCCCCAUCCCCAUCCUCCAGCUUCUGGUACUCUCCUAGAGACAGAAGCAGGCUGGAGGUAAGGCCUUUGAGCCCACAAAGCCUUAUCAAGUGUCUUCCAUCAUGGAUUCAUUACAGCUUAAUCAAAAUAACGCCCCAGAUACCAGCCCCUGUAUGGCACUGGCAUUGUCCCUGUGCCUAACACCAGCGUUUGAGGGGCUGGCCUUCCUGCCCUACAGAGGUCUCUGCCGGCUCUUUCCUUGCUCAACCAUGGCUGAAGGAAACCAGUGCAACAGCACUGGCUCUCUCCAGGAUCCAGAAGGGGUUUGGUCUGGGACUUCCUUGCUCUCCCUCUUCUCAAGUGCCUUAAUAGUAGGGUAAGUUGUUAAGAGUGGGGGAGAGCAGGCUGGCAGCUCUCCAGUCAGGAGGCAUAGUUUUUACUGAACAAUCAAAGCACUUGGACUCUUGCUCUUUCUACUCUGAACUAAUAAAUCUGUUGCCAAGCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-890.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.((.((((((..((((((((((..((((...((((((((((.(((((....((((.((((....))))...))))...(((.....((((((......((((((.((((((((((......)).)))).))).....).))))))....)))))).))).))))).))))..((((((((((.......))).))))))).))))))...))))..))))))))(((((((.(((.....(((((..........((((........))))........(((((((((...........)))))))))....((((...))))...((((((((..((.(((....))).))...(((..(((.....))).))).))))))))(((.((((((((.(((((.(.((((((((((((((...))))))))....)))).)).).)))))...)))).)))))))....((((((....(((((((((.....((((((((.....((((..(((.((((.((.(((((((......((((..((((((((((..(((.((.(((((..((..((((........(((((((......)))))))...((((((((((((((((.............(((.......))).((((((....((..(((((((((........)))).)))))))..)))))).)))))))))(((((...(((.(((((...((........))....))))))))...))))).........)))))))........(((((.((...)).)))))..(.((((.......)))).).......))))..)).))))).)).)))..)))))........))))))))).....))))))).))..((......))......((((((.(((((...((((((.(((((....))))).((((((((....((.....))...)))).))))..(((((((....))).)))).(((((((((..((.((.((((...)))))).((((((((((((((((((..((((.(((....))).)))).(((((..((.(((((((((..(((((((((.((((..((((((((..((.(((....(((..(((((.(((......)))))))).)))...((((.(((........)))))))..(((((((.((..........(((((((.((((.(((...(((((((......)))))))....).)).))))....(((.......)))..((((((....)))))).((((.....)))).))))))))))).))))).)))))..)))).))))...)))).)))))....((((...))))..(((((((.(.(((((((.(....(((....)))...).))))))).).))))))).((((((.........((((((........)))))))))))).))))..))))..((((((...))))))...............))))).))..))))).........)))))..)))..))))))).)))((((((((((((((....(((((((.((((.(((((((......)).)))))......(((((...(((((((....))))))).)))))................)))).)))))))..........)))))))))).)))).((.(((((......)))))))))..))))((((((((((((((........))))))).(.((....)).)))))))).(((((((((((...((((((((.........(((.(((...(((((((...((((...)))).)))))))))).))).((((((((.((((......)))))))))))).((((...((((...))))..))))...................))))))))..(((((((((...(((....(((((.......))))).....))).......)))))))))........))))))))))).....))))).........))))))...)))))))))))....((((((....)))))))))))))..))))....))))))))))))))))).......(((((((((((((((((((.(((((((....)))))))..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))...((((.....))))..........)))))..))))))))))((......)).........))..)))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{({{{.((((({..((((((((((..({({..,((({((((((.(((((,.,,((((.{{{{...,))))...}}}}...,||,.{..{(({{{......{{{{{{|,(((((((((,,,,,,||||}}}||||,,,.,,,|||}}}...,||||||,{|..}}}||,||||..(({(((((((.....,,)}),))})))),))))))}}.||||,,|||}}|||{(((({(,(((,,{..,(({(,,.,,,,,,,((({........}}}|,,......(((((((((.........,.)))))))))....((({...})))..,,(((,(({{{{({,,{{{{{||}.||..,||{{{||||||..||{{||...}}|||||({{,((((((((,(((((.{.((((((((((((((...))))))))....)))).)).}.)))))...||||,||}||||...,|||{{{.,.|||||{{{{......{{{{((((...{.(({{..{{,,|{({.((.(((((((...{{.((((..((((((((((..(((.((.(((((..((..((((........(((((((......)))))))...((((((((((((((((.............(((.......))),((((((....{(..(((((((((........)))).))))))),.))))))}))))))))}(((((,..(((.(((((...((........))..,.))))))))...))))),........)))))))........(((((.({...}).)))))..{.({{{......,||}}...,,,...))))..)).))))).)).)))..))))}.......,))))))))).,}..))))))).))..((......}}......{{{{{,.(((((...((((({.((({{....})))).||,,,,,{..,,||},,..,,.,,})))|}}},,.(((((((....))),,))),||||||{{|..|,.||,|||{.},)))))},,{((((({{{{(({(,,(,,({{{|({{...,|||,}||}.||||{,.{,((((((((({,(((..(((((.((((..((((((((,,((.(((....(((..((((,{(((......)))))))).)))...{(({,(((,,{,,||{|,|||||,|({({({{.,{.{{.,,,,.,((({(((.{(({.(||...{((((((......)))))))..,,).)}.}}},...}||{....,..}}}|,|{{{||,,,,))})}}.||||}}...,}||{||},,,)}})),,.,}).)))))..)))).))))...)))).)))))..}}}.},...}.)))))))||,,.{.(((((((.{....(((....)))...,.))))))).,}))))}|{.((((((.........((((((........)))))))))))).))}..,||,{{.((((((...))))))..}}.}}},,}},...))))}))}.)}}|}|,...{{{{|,,,.}})))..)))))|}.,,,,{{|||{{{{{{{{....{{{{|||.{||||||||||,|,,...,|,}|||||..{,,{{,(({...,,|||,.},,))))))}}}}}},...............,.}}),))))))}.,,}.,,,,},,)))))})),)))}.{(.(((((......)))))))||{{||||(((((({(((((((........))))))),(.((....)).)))))))).,((((((((((...((((((((.........{{,.((({{.(((((((.,.((((...)))),)))))))})).))),((((((({,((((......)))))))))))).{(((...((({...})))..)}}}...................))))))))..(((((((((,,..(((((.((,......},.)))))..}}..,,.......)))))))))........))))))))))|,....}},))},}}}}}}.))))))...})))}}}}}||,..{((((((....))))))))))))).,)))},},,}))))))))})))))))}.....{(((((((((((((((((((.(((((((....))))))}..)))...)))).)))))))))))))))))).((.((((.....))))))..,(({{....,||,,......,|,.}}}))..})}))))}}|((......)),.........}.}))))))})}}))
Back