Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001404663.1
Sequence Length
2659 nt
GC Content
0.5859
AUUUCCGCCUCUGGCGAAUGGCUCGUCUGUAGUGCACGCCGCGGGCCCAGCUGCGACCCCGGCCCCGCCCCCGGGACCCCGGCCAUGGACGUUUCACCGCAGGUUCUAGGGAGCAGGUCCUGACUCAGUUCCCCUGGGAGGGAGCCUGGCUUCUCCUCUCCGUGGAGAGCAGAUUCCUCCUUGUGAGAAUGGGCAUUGGGUGUGUGCUGACCCUGAUCUCCCUCCCCUUUCAGAACUGUUCCCCCUCAUCUUCCCGGCAGAGCCAGCCCAGGCCUCUGGCCCCUAUGUGGAGAUCAUUGAGCAGCCCAAGCAGCGGGGCAUGCGCUUCCGCUACAAGUGCGAGGGGCGCUCCGCGGGCAGCAUCCCAGGCGAGAGGAGCACAGAUACCACCAAGACCCACCCCACCAUCAAGAUCAAUGGCUACACAGGACCAGGGACAGUGCGCAUCUCCCUGGUCACCAAGGACCCUCCUCACCGGCCUCACCCCCACGAGCUUGUAGGAAAGGACUGCCGGGAUGGCUUCUAUGAGGCUGAGCUCUGCCCGGACCGCUGCAUCCACAGUUUCCAGAACCUGGGAAUCCAGUGUGUGAAGAAGCGGGACCUGGAGCAGGCUAUCAGUCAGCGCAUCCAGACCAACAACAACCCCUUCCAAGUUCCUAUAGAAGAGCAGCGUGGGGACUACGACCUGAAUGCUGUGCGGCUCUGCUUCCAGGUGACAGUGCGGGACCCAUCAGGCAGGCCCCUCCGCCUGCCGCCUGUCCUUUCUCAUCCCAUCUUUGACAAUCGUGCCCCCAACACUGCCGAGCUCAAGAUCUGCCGAGUGAACCGAAACUCUGGCAGCUGCCUCGGUGGGGAUGAGAUCUUCCUACUGUGUGACAAGGUGCAGAAAGAGGACAUUGAGGUGUAUUUCACGGGACCAGGCUGGGAGGCCCGAGGCUCCUUUUCGCAAGCUGAUGUGCACCGACAAGUGGCCAUUGUGUUCCGGACCCCUCCCUACGCAGACCCCAGCCUGCAGGCUCCUGUGCGUGUCUCCAUGCAGCUGCGGCGGCCUUCCGACCGGGAGCUCAGUGAGCCCAUGGAAUUCCAGUACCUGCCAGAUACAGACGAUCGUCACCGGAUUGAGGAGAAACGUAAAAGGACAUAUGAGACCUUCAAGAGCAUCAUGAAGAAGAGUCCUUUCAGCGGACCCACCGACCCCCGGCCUCCACCUCGACGCAUUGCUGUGCCUUCCCGCAGCUCAGCUUCUGUCCCCAAGCCAGCACCCCAGCCCUAUCCCUUUACGUCAUCCCUGAGCACCAUCAACUAUGAUGAGUUUCCCACCAUGGUGUUUCCUUCUGGGCAGAUCAGCCAGGCCUCGGCCUUGGCCCCGGCCCCUCCCCAAGUCCUGCCCCAGGCUCCAGCCCCUGCCCCUGCUCCAGCCAUGGUAUCAGCUCUGGCCCAGGCCCCAGCCCCUGUCCCAGUCCUAGCCCCAGGCCCUCCUCAGGCUGUGGCCCCACCUGCCCCCAAGCCCACCCAGGCUGGGGAAGGAACGCUGUCAGAGGCCCUGCUGCAGCUGCAGUUUGAUGAUGAAGACCUGGGGGCCUUGCUUGGCAACAGCACAGACCCAGCUGUGUUCACAGACCUGGCAUCCGUCGACAACUCCGAGUUUCAGCAGCUGCUGAACCAGGGCAUACCUGUGGCCCCCCACACAACUGAGCCCAUGCUGAUGGAGUACCCUGAGGCUAUAACUCGCCUAGUGACAGGGGCCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCUCCUGCUCCACUGGGGGCCCCGGGGCUCCCCAAUGGCCUCCUUUCAGGAGAUGAAGACUUCUCCUCCAUUGCGGACAUGGACUUCUCAGCCCUGCUGAGUCAGAUCAGCUCCUAAGGGGGUGACGCCUGCCCUCCCCAGAGCACUGGGUUGCAGGGGAUUGAAGCCCUCCAAAAGCACUUACGGAUUCUGGUGGGGUGUGUUCCAACUGCCCCCAACUUUGUGGAUGUCUUCCUUGGAGGGGGGAGCCAUAUUUUAUUCUUUUAUUGUCAGUAUCUGUAUCUCUCUCUCUUUUUGGAGGUGCUUAAGCAGAAGCAUUAACUUCUCUGGAAAGGGGGGAGCUGGGGAAACUCAAACUUUUCCCCUGUCCUGAUGGUCAGCUCCCUUCUCUGUAGGGAACUCUGGGGUCCCCCAUCCCCAUCCUCCAGCUUCUGGUACUCUCCUAGAGACAGAAGCAGGCUGGAGGUAAGGCCUUUGAGCCCACAAAGCCUUAUCAAGUGUCUUCCAUCAUGGAUUCAUUACAGCUUAAUCAAAAUAACGCCCCAGAUACCAGCCCCUGUAUGGCACUGGCAUUGUCCCUGUGCCUAACACCAGCGUUUGAGGGGCUGGCCUUCCUGCCCUACAGAGGUCUCUGCCGGCUCUUUCCUUGCUCAACCAUGGCUGAAGGAAACCAGUGCAACAGCACUGGCUCUCUCCAGGAUCCAGAAGGGGUUUGGUCUGGGACUUCCUUGCUCUCCCUCUUCUCAAGUGCCUUAAUAGUAGGGUAAGUUGUUAAGAGUGGGGGAGAGCAGGCUGGCAGCUCUCCAGUCAGGAGGCAUAGUUUUUACUGAACAAUCAAAGCACUUGGACUCUUGCUCUUUCUACUCUGAACUAAUAAAUCUGUUGCCAAGCUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1023.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1069.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 861.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.(((((....((((....).)))...))))).))))(((((((((((.((((.((((....))))...))))....((........)).(((((...(((((((((((((..(((((((.(((((((((((((..(((.((.((((.......))))))))).))))))))....))...))).)))))))((((((((((.((((.............))))..(((((((...((....(((.(((((((((((((((((..((((((((((.(.(((.(((......((.((((.....(((((((..((.((((((((...)))).)))).))))))))))))).)))))))).)..)).)).)).))))..))....(((.(((.(((.((((........))))........(((((((((...........)))))))))....((..(..((((.((.(((.((........))))).))))))..)..))...))).)))..))).)).))))).)))))))).)))(((((.(.((((((((((((((...))))))))....)))).)).).)))))))...))))))).......))))))))))(((((((((.....((((((((.....((((..(((.((((.((.(((((((......((((..((((((((((..(((.((.(((((..((..((((........(((((((......)))))))...(((((((((((.((..((((.((((.(((((..........((((((((....((..(((((((((........)))).)))))))..))))))))(((........)))..((((((....((((((.....((((((((....)))).))))..((((...((((((((.((....((((.(((.(((...((......))..))).))).))))...)).)))))).))..))))...((((........)))).((((((((.(((((....)))))((((.((((((....))).)))..))))))).)))))..(((....))))))))).....))))))))))).))))..)))).)).)))).......)))))))........(((((.((...)).)))))..(.((((.......)))).).......))))..)).))))).)).)))..)))))........))))))))).....))))))).))..((......))......((((((.(((((...((((((.(((((....))))).((((((((....((.....))...)))).))))..(((((((....))).)))).(((((((((..((.((.((((...)))))).((((((((((((((((((..((((.(((....))).)))).(((((..((.(((((((((..(((((((((.((((..((((((((..((.(((....(((..(((((.(((......)))))))).)))...((((.(((........)))))))..(((((((.((..........(((((((.((((.(((...(((((((......)))))))....).)).))))....(((.......)))..((((((....)))))).((((.....)))).))))))))))).))))).)))))..)))).))))...)))).)))))....((((...))))..(((((((.(.(((((((.(....(((....)))...).))))))).).))))))).((((((.........((((((........)))))))))))).))))..))))..((((((...))))))...............))))).))..))))).........)))))..)))..))))))).)))((((((((((((((....(((((((.((((.(((((((......)).)))))......(((((...(((((((....))))))).)))))................)))).)))))))..........)))))))))).)))).((.(((((......)))))))))..))))((((((((((((((........))))))).(.((....)).)))))))).(((((((((((...((((((((.........(((.(((...(((((((...((((...)))).)))))))))).))).((((((((.((((......)))))))))))).((((...((((...))))..))))...................))))))))..(((((((((...(((....(((((.......))))).....))).......)))))))))........))))))))))).....))))).........))))))...)))))))))))....((((((....)))))))))))))..))))....)))))))))))))))))..((((((((((((((((((((((((.(((((((....)))))))..)))...)))).)))))))))))((((((.......))))))))))))....((((.....)))).............)))))..))))))))..)).))).............)))))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((((.(((((...,((((....|.,}},,.))))).))))(((((((((((.({((.({,(,,,{}|||,,,}|||,..{((,....,,,}}},,|||}},.||(((({(|{|{,{{{{(((({(,,,.((((((((,.(({{(,{((((.......))))))))).}})))))}.}.},},,,}}},|||((({,,,{{{{.||,|{{{,||||},,,,...,}|}|,|||||||.............((({{{((({{({{{{{{{,|,{{|{{{{.{.{||||,|,.,{{{(({((((.....(((((((..((.((((((({...})}),)))).))))))))))))){||||{{||{|.{||(((((,({((({{{...{,,(({.(((((({(((....,,,,.,,||{{......(((((((((.........,.)))))))))....((({...})))..,.(((.((((((((..({{{{{|,.||..{(({{{{{{({{,.{({{||...},|||||,|,{(((((((({(((((.{.((((((((((((((...))))))))....)))).)).}.))))).{{{{||{||||{{{....{|{{||{{{{,(((,,{,......,((((,,{...({((,,..,,..||||.,,.,||||,,...,..|||,,}||||||||||.}|||.||}||||,,{(({{,((({,......(((((((......)))))))...{||||{,(((((((((......,,...,,(({.......}}},((((((....{(..(((((((((........)))).))))))),.))))))}))))))))}...,,,|,||||,{....,{{{|{,,..,||||||,,{{{,{((,...,,,,((((...(((((((..((....((((.,,..,((.{{(({{{.,{||..|||.,,|.||||.{(({((,,,(({....}))..}}||||.....,||}}},.||||{{{|{(((({.,,,)))))|{{{,((((((....})).))}||,||||}}.)))))}.{((....))}}}},}}|,..,,|||||,({{{{|||...|}}}}},||}},..|||.,||||||.........(((((.({...)).)))))..{.||||,,,..,,)},}...|||....,)))})},}})}),)}.)))}.||||||......})))))))))})).}),,,,,.}))}.||..}}}}))}...}}|},.||,,||||,,,||{|||}|,|||,,,,||}||.|,,,,,}|,}}}||}....,,.}}))))}))),,,||{{(((....))),.)))}}}||},,,|,,|..}}}}}},.}}))))))}.{(((((,{{{(({(,,{{{({{{{({,..,,||||}))|.}}||{,.{,((((((((({,(((..(((((.((((..((((((((,,((.(((....(((..((((,{(((......)))))))).)))...{(({,{((,,{{,||{|,|||||,{({({({{.,{.{{.,,,,.,((({(((.{(({.(||...{((((((......)))))))..,,).)}.}}},...}||{....,..}}}},|{{{||,,,,))})},.||||}}...,}||{||},,,)}})),,.})).))))).,)))).))))...)))).)))))..))).}....}.)))))))))...{.(((((((.{....(((....)))...,.))))))).,)))))}{{.((((((.........((((((........)))))))))))).))|..,{{,{{.((((((...))))))..}}.}}},,}},...)))))))).))),|,....(((((....))))).,|,||||,...,.,,}|||,|||,||,...,,,{|||,,||}}|||}}}.}}}....|,,({(((..{{{{,.(((.....)))..)}}))))))})}.,...............,,}.,,)}))))))..}}}.}}}}}.,))))),))})))..{(.(((((......)))))))||{{{{|{(((((({(((((((........))))))),(.((....)).)))))))),,((((((((((...((((((((.........{{{.(({{{.(((((((.,.((((...)))),)))))))})).))),((((((({,((((......)))))))))))).{(((...((({...})))..)}}}...................))))))))..(((((((((,,..(((((.((,......},.)))))..}}..,,.......)))))))))........))))))))))|,,...,,,)})}}}}}}}.)))))),,,,}}}}}|,|||,..(((((((....))))))),)}))),}))),})},,)))))))),)))))))}.,..,((((((((((((((((((((.(((((((....))))))}..)))...)))).)))))))))))))}})}}.{{.{{{{,,..,)))))}.,,(({{....|}|,,..,.,.,},,,..))}}}},)))))}||{......)},...........))))),.))))))
Back