Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001405864.1
Sequence Length
2820 nt
GC Content
0.5039
ACAACCACUGUGGAGCCCGGGUCUGUCAGGCACAUCCCCCCAGAAACAGUGGGCUCUUGGAUGGACCUUGCACUCUAGAAGGGACAAUGGACUUCUGGCUUUGGCCACUUUACUUCCUGCCAGUAUCGGGGGCCCUGAGGAUCCUCCCAGAAGUAAAGGUAGAGGGGGAGCUGGGCGGAUCAGUUACCAUCAAGUGCCCACUUCCUGAAAUGCAUGUGAGGAUAUAUCUGUGCCGGGAGAUGGCUGGAUCUGGAACAUGUGGUACCGUGGUAUCCACCACCAACUUCAUCAAGGCAGAAUACAAGGGCCGAGUUACUCUGAAGCAAUACCCACGCAAGAAUCUGUUCCUAGUGGAGGUAACACAGCUGACAGAAAGUGACAGCGGAGUCUAUGCCUGCGGAGCGGGCAUGAACACAGACCGGGGAAAGACCCAGAAAGUCACCCUGAAUGUCCACAGUGAAUACGAGCCAUCAUGGGAAGAGCAGCCAAUGCCUGAGACUCCAAAAUGGUUUCAUCUGCCCUAUUUGUUCCAGAUGCCUGCAUAUGCCAGUUCUUCCAAAUUCGUAACCAGAGUUACCACACCAGCUCAAAGGGGCAAGGUCCCUCCAGUUCACCACUCCUCCCCCACCACCCAAAUCACCCACCGCCCUCGAGUGUCCAGAGCAUCUUCAGUAGCAGGUGACAAGCCCCGAACCUUCCUGCCAUCCACUACAGCCUCAAAAAUCUCAGCUCUGGAGGGGCUGCUCAAGCCCCAGACGCCCAGCUACAACCACCACACCAGGCUGCACAGGCAGAGGCGGGCCCGCCGACUGGCCGUGAGGAUGCGCGCCCUGGAGAGCUCCCAGAGGCCCCGCGGGUCGCCGCGACCGCGCUCCCAAAACAACAUCUACAGCGCCUGCCCGCGGCGCGCUCGUGGAGCGGACGCUGCAGGCACAGGGGAGGCCCCCGUUCCCGGCCCCGGAGCGCCGUUGCCCCCCGCCCCGCUGCAGGUGUCUGAAUCUCCCUGGCUCCAUGCCCCAUCUCUGAAGACCAGCUGUGAAUACGUGAGCCUCUACCACCAGCCUGCCGCCAUGAUGGAGGACAGUGAUUCAGAUGACUACAUCAAUGUUCCUGCCUGACAACUCCCCAGCUAUCCCCCAACCCCAGGCUCGGACUGUGGUGCCAAGGAGUCUCAUCUAUCUGCUGAUGUCCAAUACCUGCUUCAUGUGUUCUCAGAGCCCUCAUCACUUCCCAUGCCCCAUCUCGACUCCCAUCCCCAUCUAUCUGUGCCCUGAGCAUGGCUCUGCCCCCAGGUCGUCUUGCACACCUUGGCAGCCCCCUGUAGUUGACAGGUAAGCUGUAGGCAUGUAGAGCAAUUGUCCCAAUGCCACUUGCUUCCUUUCCAAGCCGUCGAACAGACUGUGGGAUUUGCAGAGUGUUUCUUCCAUGUCUUUGACCACAGGGUUGUUGCUGCCCAGGCUCUAGAUCACAUGGCAUCAGGCUGGGGCAGAGGCAUAGCUAUUGUCUCGGGCAUCCUUCCCAGGGUUGGGUCUUACACAAAUAGAAGGCUCUUGCUCUGAGUUAUGUGACAUGCCUCAGCCCCAUGGACUAAGCAGGGGUCUGGUAUAAAAACACUCCUGGAAACGCCUUUGCCCUGAUCCAAAUGUUAGCACUUGCUAGUGAACGUCUACUUAUCUCAAGUUCUAUGCUAAAGGCAAUUUAUCUUGAUGUGAUGAUAAACCAAACUUAUUAGCAAGAUAUGCAUAUAUAUCCAUAAAUUCUCUUUACUCUGUCUCCAUCACUUGAUGCACAUAAGUGCCCUGACCUCAGCAUCUCCCCUCUAAAAAAAAAAAAAAAAAAGUAUCUCUUUAUCUUUCUUCCAUAGCCUGACACUGAUAUUUGUGCACUUACCUUAACUUUGGUCUAUUUUAUUCAUCCAAAACCAUUACAUUUCUUGGUUUUCACAAAUGUUCCCCAUUUCUUAGCCAGUUCCAGACAAUGUAUAGCAAGCAGGGGAAGGAAAGCAGUCAGGAGUUCCUGGGUGGCCACGGCUCUGCAAUAGCACUUAUGUCAUGGAAGUGAUAUCCCACCUCCUACAUAUACUCUUUGCCUAGGUUUUUGGAACAAGGUUAUAGUCAGACACUGUAUCUUUAGAUUGAUGUCGACCACAAAGUUCAGCCAGAGCUUGAGGCUAGAUGCACAGCCUUGCUAUUGGGAAGAAGGCCUUUUCUAGCUGUACAACACAGUCUCACUGGGCAUUCAUCCAGAAAUAGAGAAGAAAGUCUGCCAGACUUGAGUUAUGUUGUCUUUUAUUAGCAGGGAAUGUCAUCACAGAUUGGAUAGUACAUCCAGGUGCAAUGUCACCAUCAGCAAGGUCAGCUUGACACUCAAGUGGAAGAUUAGGGAAGAAUGACUAGGAUAAAAAAAAAAGGAGGGCACCAAGGGAAAGGGAUGAUGGGGUGAGCUGGCGAGUGUGGGUGGGAAAUGAAAUGUUUAUUGAGGAUCUGCUUUGUGCUGGGCACUUUAAUCCACAUUUUAUCGUUUACUUUUCAAACAGAUGCACCUUACCCCCACCCCAAUGCUCUGUCCCUGCAGAUAUCAGAAGACAGUGUGAUUUUCAUGCUCUGAAGUUCAGUUUUACAUCCAAGCAUCCCUCUCUGUUUUUUAACAAUCCAAAGACAGGCCAAAAAAAGCACCACAGUUUAUUAAGUACUUACUAAGCACCCAUCCACUGCCCCACACUGUGGCAAGGAUUGUGAGGGGUAAAGAAGCAUGGGGCACAAUAUUCUGCUGCCUUCAUGUAACUUACAGUCUCACAAAUAAAUAGAACUUCAGUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-886.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -932.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 648.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((((((.((...((((((((.((...........((((((((.(((.(((((((((....(((.(((.(((((((((((..(((....((((....)))).......))).((((((.((((((((.((((((((.(.....(((((..(((((..((((((((((((.(((((.............(((((.(((..(((...((..(((.((.((..(((((((.((((((((((.((((((((((((.((((....(((((....)))))............((((((.........(((.(((((((((.(((..((((..(((.((.........)).)))..)))).....)))..))))..)))))..))).((.(((((((((...))))))))).))...((((((((...(((.......))).)))))...)))............(((((((..((((.((.(((.....))))).....))))..)))))))..)))))))))).)))))))))).)).......))))..))))))......)))..))))..)))).)))..))))))))))))).))))).)))))))).))((((((....((((((...((((((........((((.((((.((.(((.(((((((..(((((..................)))))...........(((((........((((.((((.((((((.....))))))....((...)).............))))))))........))))).((((........))))(((.(((((.(.(((..(((((.....((((.(((..(((((.((..(((((.(((((((..............(((((.((((((((((.....)))))).)))).)))))..(((.(.(((((.(....).)))))))))..))))))).)))))....)).)))))....))).))))..)))))..))).)))).)).)))..)))))))...))).)).)))).))))((((((.((...((.....))..)).))))))...))))))..((((....))))...((((..(((((..........................)))))..)))).))))))...))))))..((((........)))).))..))))))))))..).)))))))).))))))............((((((((.........(((((..((....(((((...(((.(((((.(((....))))))))))))))))((((((..(((((((......((.(((.((((.((.(((((...((.......))...)))))))..))))))).))...((.(((.....))).)).(((((.((((((((((((......(((...)))..(((((.(((((((((((..(((.(((.((.(((((.....((((((((((...((((((((..((((...)))).......((((((.(((((((.(.......))))))))..))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))..))))..)))).....))).))))))))))).))))))...)))))........((((((((((((((..((.((.((((((((((.....((((...))))......)))))...))))))).)).....)))))))))))...))).....(((((....((((((((((....((((...((((((((.((((....)))).(((((((..((.....((((((((.((((........((((.....))))..((((((((((((((..(..........(((((((((..(((((((((((((..(((((........(((((((..........)))))))...(((((.....)))))..(((((.((((((((.(((.((..((((((((((...(.....((.(((((....))))).))....)..)))))).........(((((...(((.(((......))).))).)))))......)))).)).)))))))))))..)))))..(((.((((....(((....)))...)))))))...)))))...))))))).))))))..)).))))))).)..)))))..))))))))).(((((((((((((.....)))))....(((((......)))))...)))))))).((((((...)))))).............)))).)))).))))...(((......)))(((((.....)))))((((......))))....)).)))))))........)))))))).))))))))).))))).....)))))........))).)))).))))))))..)))))))))))))))))))))(((((((((((((..(((((((((..(((((((...(((((......))))))))))))..))))))))).((((.......))))..............)))))))..)))))))))))))(((((.((((.(......).))))..)).))))))).))).))).....)))))))).).)))...)))))))).......))...)))))))).......)).)))))))......(((....)))........((((..((((.((...)).)))).))))(((((((.((((.(..((((((((((((......)).)))).))))))..)))))..)))))))................))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{.{((((((.((...((((((((.((...........{(((((((.(((.,((((((((....{((.({{.{{({{((((((..(({....((((....)))).......}}}.((((({.,{((((((.((((((({...,,||(((((..,((((..((((((((((((.(((((.............(((((.(((..(((...({.,(((.((.((..(((({{|.((((((((((.((((((((((((.((((....(((((....)))))............((((((......,{{(((.(((((((((.(((..((((..(((.{(,,....,},}}.)))..)))).....)))..))),..)))))..))).((,(((((((((...))))))))).}}...,,,(((((...{{|,,.....))).)))))..,,}||,..|||,....{{{{{{{..||||.{{.(((.....))))),,,,,}))}..}}))))),.)))))))))).)))))))))).)}.......))))..))))))......}}|..}))),,)))).))),,))))))))))))).))))).)))))))).)){(((({....((((((...{{(({(........((((.((((.((.(((.(((((((.{(.,(({{...,{,,..,...,..,,,{{({{{{....{,(((({........{(((.((((.((((((.....))))))....{{..,)),............}}))))))....,,,,))))}|{{{{,|,,..},))))})).))))),}}(((((((.{....,)))).))).(((((((((((((((...(((((.................)))))..}..))))))).)))))))).,{||{||||{{{(|,...((((.(({,.,|{{{{{.|,,..,)))))),.},,)))))})....,,))))}}))))))).....},..)))},,,})}}.,..},)))))))...))).)).)))).))))((((({.((...((,,,,,}|..|}.}))})).,.)})}}}..((((....))))...({((..(((((..........................)))))..)))).))))))...}))))}..((((...,....)))).))..))))}))))).,).)))))))).))))))............((((((((........{(((((..((,...,(((({{{{{({({(((.(((,,..}||||}}}},}}}}}}{((,{(||((,{((({{..,,{{,{((.((((.{{.(((((...({,{....})}...))))))}..))))))}.},...|{.(((.....))).}|.(((((.((((((((((((...,,.{{{..,))}..(((((.((((||{{{((||(((,(((.((.(((((.....((((((((((,..((((((((..,,,,..{(|,,.,,....((((((.(((((((.,.......,)))))))..))))))))))))))..,.)))))))))))))))))))},,}.,)))),,))},....}))).)))))))))))}})))))...)))))..,{{{..{{{(((((((((((..{{.,,.((((((((((.....((((...))))......)))))...))}))},.,,.....)))))))))))...))),,,,.(((((....((((((((({,({{((((,,.{(((((((.((((....)))).(((((((..((...{,(({{((((.{{({........{{,(,,.,,|,,,..((((((((((((((..{..........{((((((((..(((((((((((((..{{{{,........(((((((..........)))))))...{((((.....))))}..(((((.((((((((.(((.((..((((((((((...{,....((.(((((....))))).)).,..,..))))))....,....(((((...(((.(((......))).))).)))))......)))).)).)))))))))))..)))))..(((.((((....(((....))).,.)))))))...,}}}}...))))))).))))))..)).))))))).}..)))))..))))))))).(((((((((((((.....)))))....(((({......}))))...)))))))).((((((...))))))}}}.,,,..,...)))).)))).}))),.,||,......},,(((((.....)))))((((......))))....)}.)))))))........)))))))),)))})))))}))))).....)))))........}}}}))))}),,,})))..)))))))))))))),))))))((((({(((((((..(((((((((..(((((((...(((((......))))))))))))..))))))))).((({.......}}}}.},...........)))))))..}}))))))))))){||||.|{||,{.,..,,},})))..)),)))}}}},}}}.}}}.....)))))))).}.}))...)))))))}............)))))))).......)).)))))))......,{{..,.,,},,,.....,{((..{(((,||...,),)))).))}|(((((((.((,({(..((((((((((((......)).))))}})))))..)))))..)))))))........,..,,,,.)}))...
Back