Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001405886.1
Sequence Length
2719 nt
GC Content
0.5031
AGAUUGUGAAGGGUUCCUGAGUAAGCAGCGUGUCUCCAUCCCCCUCUCUAGGGGCUCUUGGAUGGACCUUGCACUCUAGAAGGGACAAUGGACUUCUGGCUUUGGCCACUUUACUUCCUGCCAGAGAUGGAGUCUUGCUGUGUUGCCCAGGAUGGUCUUGAACUUGUGGCCUUAAGUGAUCCUCCUGGCUCAGCUUCACAAAGCGCUGGGAUUACAGAAUACGAGCCAUCAUGGGAAGAGCAGCCAAUGCCUGAGACUCCAAAAUGGUUUCAUCUGCCCUAUUUGUUCCAGAUGCCUGCAUAUGCCAGUUCUUCCAAAUUCGUAACCAGAGUUACCACACCAGCUCAAAGGGGCAAGGUCCCUCCAGUUCACCACUCCUCCCCCACCACCCAAAUCACCCACCGCCCUCGAGUGUCCAGAGCAUCUUCAGUAGCAGGUGACAAGCCCCGAACCUUCCUGCCAUCCACUACAGCCUCAAAAAUCUCAGCUCUGGAGGGGCUGCUCAAGCCCCAGACGCCCAGCUACAACCACCACACCAGGCUGCACAGGCAGAGAGCACUGGACUAUGGCUCACAGUCUGGGAGGGAAGGCCAAGGAUUUCACAUCCUGAUCCCGACCAUCCUGGGCCUUUUCCUGCUGGCACUUCUGGGGCUGGUGGUGAAAAGGGCCGUUGAAAGGAGGAAAGCCCUCUCCAGGCGGGCCCGCCGACUGGCCGUGAGGAUGCGCGCCCUGGAGAGCUCCCAGAGGCCCCGCGGGUCGCCGCGACCGCGCUCCCAAAACAACAUCUACAGCGCCUGCCCGCGGCGCGCUCGUGGAGCGGACGCUGCAGGCACAGGGGAGGCCCCCGUUCCCGGCCCCGGAGCGCCGUUGCCCCCCGCCCCGCUGCAGGUGUCUGAAUCUCCCUGGCUCCAUGCCCCAUCUCUGAAGACCAGCUGUGAAUACGUGAGCCUCUACCACCAGCCUGCCGCCAUGAUGGAGGACAGUGAUUCAGAUGACUACAUCAAUGUUCCUGCCUGACAACUCCCCAGCUAUCCCCCAACCCCAGGCUCGGACUGUGGUGCCAAGGAGUCUCAUCUAUCUGCUGAUGUCCAAUACCUGCUUCAUGUGUUCUCAGAGCCCUCAUCACUUCCCAUGCCCCAUCUCGACUCCCAUCCCCAUCUAUCUGUGCCCUGAGCAUGGCUCUGCCCCCAGGUCGUCUUGCACACCUUGGCAGCCCCCUGUAGUUGACAGGUAAGCUGUAGGCAUGUAGAGCAAUUGUCCCAAUGCCACUUGCUUCCUUUCCAAGCCGUCGAACAGACUGUGGGAUUUGCAGAGUGUUUCUUCCAUGUCUUUGACCACAGGGUUGUUGCUGCCCAGGCUCUAGAUCACAUGGCAUCAGGCUGGGGCAGAGGCAUAGCUAUUGUCUCGGGCAUCCUUCCCAGGGUUGGGUCUUACACAAAUAGAAGGCUCUUGCUCUGAGUUAUGUGACAUGCCUCAGCCCCAUGGACUAAGCAGGGGUCUGGUAUAAAAACACUCCUGGAAACGCCUUUGCCCUGAUCCAAAUGUUAGCACUUGCUAGUGAACGUCUACUUAUCUCAAGUUCUAUGCUAAAGGCAAUUUAUCUUGAUGUGAUGAUAAACCAAACUUAUUAGCAAGAUAUGCAUAUAUAUCCAUAAAUUCUCUUUACUCUGUCUCCAUCACUUGAUGCACAUAAGUGCCCUGACCUCAGCAUCUCCCCUCUAAAAAAAAAAAAAAAAAAGUAUCUCUUUAUCUUUCUUCCAUAGCCUGACACUGAUAUUUGUGCACUUACCUUAACUUUGGUCUAUUUUAUUCAUCCAAAACCAUUACAUUUCUUGGUUUUCACAAAUGUUCCCCAUUUCUUAGCCAGUUCCAGACAAUGUAUAGCAAGCAGGGGAAGGAAAGCAGUCAGGAGUUCCUGGGUGGCCACGGCUCUGCAAUAGCACUUAUGUCAUGGAAGUGAUAUCCCACCUCCUACAUAUACUCUUUGCCUAGGUUUUUGGAACAAGGUUAUAGUCAGACACUGUAUCUUUAGAUUGAUGUCGACCACAAAGUUCAGCCAGAGCUUGAGGCUAGAUGCACAGCCUUGCUAUUGGGAAGAAGGCCUUUUCUAGCUGUACAACACAGUCUCACUGGGCAUUCAUCCAGAAAUAGAGAAGAAAGUCUGCCAGACUUGAGUUAUGUUGUCUUUUAUUAGCAGGGAAUGUCAUCACAGAUUGGAUAGUACAUCCAGGUGCAAUGUCACCAUCAGCAAGGUCAGCUUGACACUCAAGUGGAAGAUUAGGGAAGAAUGACUAGGAUAAAAAAAAAAGGAGGGCACCAAGGGAAAGGGAUGAUGGGGUGAGCUGGCGAGUGUGGGUGGGAAAUGAAAUGUUUAUUGAGGAUCUGCUUUGUGCUGGGCACUUUAAUCCACAUUUUAUCGUUUACUUUUCAAACAGAUGCACCUUACCCCCACCCCAAUGCUCUGUCCCUGCAGAUAUCAGAAGACAGUGUGAUUUUCAUGCUCUGAAGUUCAGUUUUACAUCCAAGCAUCCCUCUCUGUUUUUUAACAAUCCAAAGACAGGCCAAAAAAAGCACCACAGUUUAUUAAGUACUUACUAAGCACCCAUCCACUGCCCCACACUGUGGCAAGGAUUGUGAGGGGUAAAGAAGCAUGGGGCACAAUAUUCUGCUGCCUUCAUGUAACUUACAGUCUCACAAAUAAAUAGAACUUCAGUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-867.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -913.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 642.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((...(((((.((((((((((.(.(((((((.((((.(((((((((....((.....))..)).)))))))))))..........((((((...((........))....))))))))))))).).)))))).)))).))))).((......(((((......)))))......)).((((((..((((((....(((((..((.((((....((((((....((((.((((((.....((.(((((((.......)))))))...)).....))))))((((((((((((..(((.((((......)))).)))....(((((........)))))...(((((..((.....))..........((((((.(.((..(((...(((((.((((((((.(((((.((((..(((((.(....).)))))......((((.((......(((((...(((..(((((........((((.((((.((((((.....))))))....((...)).............))))))))........))).))..)))...))))).....)).))))((((((((((.(((((.((.............))..))))).)))).)))))).)))))))))..))))).))))))))...)))..)).)...)))))).....(((((((((((.(((((((....))).....))..)).)).)))))))))(((...))))))))(((((.((..(((((.(((((((..............(((((.((((((((((.....)))))).)))).)))))..(((.(.(((((.(....).)))))))))..))))))).)))))....)).)))))))))))))))))....))))))))))...........))))))..)))))))))))....))))))...........((((((((..((.(((.((.(((((.....((((....))))...((((..(((((..........................)))))..))))((((((((...((((((.((.((.(((.((((((((..............(((.....((((((......(((((.((((((((((((.........(((((..((....(((((...(((.(((((.(((....))))))))))))))))((((((..(((((((......((.(((.((((.((.(((((...((.......))...)))))))..))))))).))...((.(((.....))).)).(((((.((((((((((((......(((...)))..(((((.(((((((((((..(((.(((.((.(((((.....((((((((((...((((((((..((((...)))).......((((((.(((((((.(.......))))))))..))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))..))))..)))).....))).))))))))))).))))))...)))))........((((((((((((((..((.((.((((((((((.....((((...))))......)))))...))))))).)).....)))))))))))...))).....(((((....((((((((((....((((...((((((((.((((....)))).(((((((..((.....((((((((.((((........((((.....))))..((((((((((((((..(..........(((((((((..(((((((((((((..(((((........(((((((..........)))))))...(((((.....)))))..(((((.((((((((.(((.((..((((((((((...(.....((.(((((....))))).))....)..)))))).........(((((...(((.(((......))).))).)))))......)))).)).)))))))))))..)))))..(((.((((....(((....)))...)))))))...)))))...))))))).))))))..)).))))))).)..)))))..))))))))).(((((((((((((.....)))))....(((((......)))))...)))))))).((((((...)))))).............)))).)))).))))...(((......)))(((((.....)))))((((......))))....)).)))))))........)))))))).))))))))).))))).....)))))........))).)))).))))))))..))))))))))))))...))).))))).(((((((..(((((((((..(((((((...(((((......))))))))))))..))))))))).((((.......))))..............)))))))....)))))).....))))))))))).))).)))).)))))).(((((..((.((........)).))..))))).....(((((((((.........))))))))).........))))))))(((((.(((....))).))))).......))))))))))))..))))).))).((((((((.((((.(..((((((((((((......)).)))).))))))..)))))..))))))))..........))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,(((((((((({((.(({.((((({.({(({{{{{{((((.,,{|||||{..,,(({.{{{||{{||.||||}|}}|||....,{{,..{(((((,,,((,.............))))))),|||||{|{||||||.,},|{||,||{((,{,,...{{((,{,.,,..,{{{{,{,{,,.(((,,,{{((,,,,,}}}|||||}}||}|||,.,,}||||||}}.}|||,.{,||||}....,,.,||||||}}}...,||},,||{{{|,.....,,},,,||||||,{,{||,.,||,||{,..,,,.,,}}.|||.,..{{|||........}})))..}|||||}}||}}}.}}}}}........((((((.,,((..(((...((({{{((((((((.(((((((((((((.......{{,({{(({{....,........,..}}})},,,,..,},..|,.............)))))))}((((((.....)))))).....,(((((.............{{{{{(((...,,}|,,.{,||.|,},....})})},.}})))))),((((((((((.(((((.{{.............}}..))))).)))))))))))})))))))})}.))))).))))))))...)))..)},)...))))))..,..(((((((((((.(((({((....}}}.,...))..)).))}}))))))))||,.{{|||||,|{((((({(({{(((,{.(((((,,..............,||||},,|,,|||||}}.}})))))).))||{|||||{{({,...((((.(({...|{||||,|,,,.,)))))),.),,))}}}})}.,,}})))))))))))))....,,,,,|||,,...)))....,)))),)}})},)))))},},.},,))))).,,..,,,...((((((((..((.(((.((.(((((.....((((....))))...,,{(,.(((((..........................)))))..))||((((((((...((((((.((.((.(((.((((((((...,,,.,{.....,|||,...((((((......(((((.((({((((((((.......,{(((((..((,...,(((({{{{{(,({(((.(((,,..}||}|}}}}}}}}})}{((,{(||((,{((({{..,,{{,(((.((((.{{.(((((...({,{....})}...))))))}..))))))}.},...|{.(((.....))).}}.(((((.((((((((((((...,,.{{{..,))}..(((((.((((||{{{(({|(((,(((.((.(((((.....((((((((((,..((((((((..,,,,..{(|,,.,,....((((((.(((((((.,.......,)))))))..))))))))))))))..,.)))))))))))))))))))},,}.,)))),,))},....}))).)))))))))))}})))))...)))))..,{{{..{{{(((((((((((..{{.,,.((((((((((.....((((...))))......)))))...))}))},.,,.....)))))))))))...))),,,,.(((((....((((((((({,({{((((,,.{(((((((.((((....)))).(((((((..((...{,(({{((((.{{({........{{,(,,.,,|,,,..((((((((((((((..{..........{((((((((..(((((((((((((..{{{{,........(((((((..........)))))))...{((((.....))))}..(((((.((((((((.(((.((..((((((((((...{,....((.(((((....))))).)).,..,..))))))....,....(((((...(((.(((......))).))).)))))......)))).)).)))))))))))..)))))..(((.((((....(((....))).,.)))))))...,}}}}...))))))).))))))..)).))))))).}..)))))..))))))))).(((((((((((((.....)))))....(((({......}))))...)))))))).((((((...))))))}}}.,,,..,...)))).)))).}))),.,||,......},,(((((.....)))))((((......))))....)}.)))))))........)))))))),)))})))))}))))).....)))))........}}}}))))}),,}})))..)))))))))))))).,.))).))))).(((((((..(((((((((..(((((((...(((((......))))))))))))..))))))))).(({{.......}}}},|,...........)))))))....)))))).....}}})))))))).))).)))).)))))}.(((((..((.((........)).))..))))).....{((((((((.........))))))))}.........))))))))|||{,.,,{,,..,,}.}}}},.......))))))))))))..)))))},)).{(((((((.(({{{(..((((((((((((......)).))))}})))))..)))))..)))))))}..........}}})}.......
Back