Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001405888.1
Sequence Length
2512 nt
GC Content
0.5044
AGAUUGUGAAGGGUUCCUGAGUAAGCAGCGUGUCUCCAUCCCCCUCUCUAGGGGCUCUUGGAUGGACCUUGCACUCUAGAAGGGACAAUGGACUUCUGGCUUUGGCCACUUUACUUCCUGCCAGUUACCACACCAGCUCAAAGGGGCAAGGUCCCUCCAGUUCACCACUCCUCCCCCACCACCCAAAUCACCCACCGCCCUCGAGUGUCCAGAGCAUCUUCAGUAGCAGGUGACAAGCCCCGAACCUUCCUGCCAUCCACUACAGCCUCAAAAAUCUCAGCUCUGGAGGGGCUGCUCAAGCCCCAGACGCCCAGCUACAACCACCACACCAGGCUGCACAGGCAGAGAGCACUGGACUAUGGCUCACAGUCUGGGAGGGAAGGCCAAGGAUUUCACAUCCUGAUCCCGACCAUCCUGGGCCUUUUCCUGCUGGCACUUCUGGGGCUGGUGGUGAAAAGGGCCGUUGAAAGGAGGAAAGCCCUCUCCAGGCGGGCCCGCCGACUGGCCGUGAGGAUGCGCGCCCUGGAGAGCUCCCAGAGGCCCCGCGGGUCGCCGCGACCGCGCUCCCAAAACAACAUCUACAGCGCCUGCCCGCGGCGCGCUCGUGGAGCGGACGCUGCAGGCACAGGGGAGGCCCCCGUUCCCGGCCCCGGAGCGCCGUUGCCCCCCGCCCCGCUGCAGGUGUCUGAAUCUCCCUGGCUCCAUGCCCCAUCUCUGAAGACCAGCUGUGAAUACGUGAGCCUCUACCACCAGCCUGCCGCCAUGAUGGAGGACAGUGAUUCAGAUGACUACAUCAAUGUUCCUGCCUGACAACUCCCCAGCUAUCCCCCAACCCCAGGCUCGGACUGUGGUGCCAAGGAGUCUCAUCUAUCUGCUGAUGUCCAAUACCUGCUUCAUGUGUUCUCAGAGCCCUCAUCACUUCCCAUGCCCCAUCUCGACUCCCAUCCCCAUCUAUCUGUGCCCUGAGCAUGGCUCUGCCCCCAGGUCGUCUUGCACACCUUGGCAGCCCCCUGUAGUUGACAGGUAAGCUGUAGGCAUGUAGAGCAAUUGUCCCAAUGCCACUUGCUUCCUUUCCAAGCCGUCGAACAGACUGUGGGAUUUGCAGAGUGUUUCUUCCAUGUCUUUGACCACAGGGUUGUUGCUGCCCAGGCUCUAGAUCACAUGGCAUCAGGCUGGGGCAGAGGCAUAGCUAUUGUCUCGGGCAUCCUUCCCAGGGUUGGGUCUUACACAAAUAGAAGGCUCUUGCUCUGAGUUAUGUGACAUGCCUCAGCCCCAUGGACUAAGCAGGGGUCUGGUAUAAAAACACUCCUGGAAACGCCUUUGCCCUGAUCCAAAUGUUAGCACUUGCUAGUGAACGUCUACUUAUCUCAAGUUCUAUGCUAAAGGCAAUUUAUCUUGAUGUGAUGAUAAACCAAACUUAUUAGCAAGAUAUGCAUAUAUAUCCAUAAAUUCUCUUUACUCUGUCUCCAUCACUUGAUGCACAUAAGUGCCCUGACCUCAGCAUCUCCCCUCUAAAAAAAAAAAAAAAAAAGUAUCUCUUUAUCUUUCUUCCAUAGCCUGACACUGAUAUUUGUGCACUUACCUUAACUUUGGUCUAUUUUAUUCAUCCAAAACCAUUACAUUUCUUGGUUUUCACAAAUGUUCCCCAUUUCUUAGCCAGUUCCAGACAAUGUAUAGCAAGCAGGGGAAGGAAAGCAGUCAGGAGUUCCUGGGUGGCCACGGCUCUGCAAUAGCACUUAUGUCAUGGAAGUGAUAUCCCACCUCCUACAUAUACUCUUUGCCUAGGUUUUUGGAACAAGGUUAUAGUCAGACACUGUAUCUUUAGAUUGAUGUCGACCACAAAGUUCAGCCAGAGCUUGAGGCUAGAUGCACAGCCUUGCUAUUGGGAAGAAGGCCUUUUCUAGCUGUACAACACAGUCUCACUGGGCAUUCAUCCAGAAAUAGAGAAGAAAGUCUGCCAGACUUGAGUUAUGUUGUCUUUUAUUAGCAGGGAAUGUCAUCACAGAUUGGAUAGUACAUCCAGGUGCAAUGUCACCAUCAGCAAGGUCAGCUUGACACUCAAGUGGAAGAUUAGGGAAGAAUGACUAGGAUAAAAAAAAAAGGAGGGCACCAAGGGAAAGGGAUGAUGGGGUGAGCUGGCGAGUGUGGGUGGGAAAUGAAAUGUUUAUUGAGGAUCUGCUUUGUGCUGGGCACUUUAAUCCACAUUUUAUCGUUUACUUUUCAAACAGAUGCACCUUACCCCCACCCCAAUGCUCUGUCCCUGCAGAUAUCAGAAGACAGUGUGAUUUUCAUGCUCUGAAGUUCAGUUUUACAUCCAAGCAUCCCUCUCUGUUUUUUAACAAUCCAAAGACAGGCCAAAAAAAGCACCACAGUUUAUUAAGUACUUACUAAGCACCCAUCCACUGCCCCACACUGUGGCAAGGAUUGUGAGGGGUAAAGAAGCAUGGGGCACAAUAUUCUGCUGCCUUCAUGUAACUUACAGUCUCACAAAUAAAUAGAACUUCAGUUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-798.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -843.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 486.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((.((.((..(((((..((((.....(((((....)))))...(((((.(((((((((.((((((..((.....(((....(((((...((........))....)))))...)))..))..))...))))))))))))).)))))........((((((.(.((..(((...(((((.((((((((.(((((.((((..(((((.(....).)))))......((((.((......(((((...(((..(((((........((((.((((.((((((.....))))))....((...)).............))))))))........))).))..)))...))))).....)).))))((((((((((.(((((.((.............))..))))).)))).)))))).)))))))))..))))).))))))))...)))..)).)...)))))).....(((((((((((.(((((((....))).....))..)).)).)))))))))....(((((((.(((((((((((((((...(((((.................))))).....))))))).)))))))).))(((((((((((.....((((.(((...((((((.......)))))).....)))))))......))))).))))))..........(((.....)))....))))).))))..)))))..)).)).)))))...........((((((((..((.(((.((.(((((.....((((....))))...((((..(((((..........................)))))..))))((((((((...((((((.((.((.(((.((((((((..............(((.....((((((......(((((.((((((((((((.........(((((..((....(((((...(((.(((((.(((....))))))))))))))))((((((..(((((((......((.(((.((((.((.(((((...((.......))...)))))))..))))))).))...((.(((.....))).)).(((((.((((((((((((......(((...)))..(((((.(((((((((((..(((.(((.((.(((((.....((((((((((...((((((((..((((...)))).......((((((.(((((((.(.......))))))))..))))))))))))))....)))))))))))))))))))))))..))))..)))).....))).))))))))))).))))))...)))))........((((((((((((((..((.((.((((((((((.....((((...))))......)))))...))))))).)).....)))))))))))...))).....(((((....((((((((((....((((...((((((((.((((....)))).(((((((..((.....((((((((.((((........((((.....))))..((((((((((((((..(..........(((((((((..(((((((((((((..(((((........(((((((..........)))))))...(((((.....)))))..(((((.((((((((.(((.((..((((((((((...(.....((.(((((....))))).))....)..)))))).........(((((...(((.(((......))).))).)))))......)))).)).)))))))))))..)))))..(((.((((....(((....)))...)))))))...)))))...))))))).))))))..)).))))))).)..)))))..))))))))).(((((((((((((.....)))))....(((((......)))))...)))))))).((((((...)))))).............)))).)))).))))...(((......)))(((((.....)))))((((......))))....)).)))))))........)))))))).))))))))).))))).....)))))........))).)))).))))))))..))))))))))))))...))).))))).(((((((..(((((((((..(((((((...(((((......))))))))))))..))))))))).((((.......))))..............)))))))....)))))).....))))))))))).))).)))).)))))).(((((..((.((........)).))..))))).....(((((((((.........))))))))).........))))))))(((((.(((....))).))))).......))))))))))))..))))).))).((((((((.((((.(..((((((((((((......)).)))).))))))..)))))..))))))))..........))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(({(((((((.((.({..(((((..((((.....(((((....}))))...{((((.(((((((((.((((,(..((,....(((....(((((...((........}}....)))))...)))..))..))...))))))))))))).))))}........((((((.,,((..(((...((({{{((((((((.((((({(((((((.......{{,({{(({{....,........,,.}}})},,|,..,},..|,.............)))))))}((((((.....)))))).....,{((((.............{{{||(((,..,,}|,,.{,||.|,},....})})},.,})))))),((((((((((.(((((.{{.............}}..))))).)))))))))))})))))))})}.))))).))))))))...)))..)}.)...))))))..{..(((((((((((.(((({((....}}}.,...))..)).)))))))))))),,..(((((({.(((((((((((((((...(((((.................)))))..}..))))))).)))))))).)|(((((((((((,....((((.(((...((((((,{....,))))))..}..)))))))....,.)))))}})))))}.........(((.....)))....))))).))))..)))))..}}.)).))))),,,..,,....((((((((..((.(((.((.(((((.....((((....))))...,,{(,.(((((..........................)))))..))||((((((((...((((((.((.((.(((.((((((((..,,,,.,{.....,|||,...((((((......(((((.((({((((((((......,,{(((((..((,...,(((({{{{{(,({(((.(((,,..}||}|}}}}}}}}})}{((,{(||((,{((({{..,,{{,(((.((((.{{.(((((...({,{....})}...))))))}..))))))}.}}...|{.(((.....))).}}.(((((.((((((((((((...,,.{{{..,))}..(((((.(((({|{{{(({|(((,(((.((.(((((.....((((((((((,..((((((((..,,,,..{(|,,.,,....((((((.(((((((.,.......,)))))))..))))))))))))))..,.)))))))))))))))))))},,}.,)))),,))},....}))).)))))))))))}})))))...)))))..,{{{..{{{(((((((((((..{{.,,.((((((((((.....((((...))))......)))))...))}))},.,,.....)))))))))))...))),,,,.(((((....((((((((({,({{((((,,.{(((((((.((((....)))).(((((((..((...{,(({{((((.{{({........{{,(,,.,,|,,,..((((((((((((((..{..........{((((((((..(((((((((((((..{{{{,........(((((((..........)))))))...{((((.....))))}..(((((.((((((((.(((.((..((((((((((...{,....((.(((((....))))).)).,..,..))))))....,....(((((...(((.(((......))).))).)))))......)))).)).)))))))))))..)))))..(((.((((....(((....))).,.)))))))...,}}}}...))))))).))))))..)).))))))).}..)))))..))))))))).(((((((((((((.....)))))....(((({......}))))...)))))))).((((((...))))))}}}.,,,..,...)))).)))).}))),.,||,......},,(((((.....)))))((((......))))....)}.)))))))........)))))))),)))})))))}))))).....)))))........}}}}))))}),,}})))..)))))))))))))).,.))).))))).(((((((..(((((((((..(((((((...(((((......))))))))))))..))))))))).(({{.......}}}},|,...........)))))))....)))))).....}}})))))))).))).)))).)))))}.(((((..((.((........)).))..))))).....{((((((((.........))))))))}.........))))))))||{{,.,,{,,..,}}.}}}},.......))))))))))))..)))))},)).{(((((((.(({{{(..((((((((((((......)).))))}})))))..)))))..)))))))}..........}}}},.......
Back