Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406027.1
Sequence Length
1157 nt
GC Content
0.4849
AGUCCAAGCUCAGUCAGCAGAAGAGAUAAAAGCAAACAGGUCUGGGAGGCAGUUCUGUUGCCACUCUCUCUCCUGUCAAUGAUGGAUCUCAGAAAUACCCCAGCCAAAUCUCUGGACAAGUUCAUUGAAGACUAUCUCUUGCCAGACACGUGUUUCCGCAUGCAAAUCAACCAUGCCAUUGACAUCAUCUGUGGGUUCCUGAAGGAAAGGUGCUUCCGAGGUAGCUCCUACCCUGUGUGUGUGUCCAAGGUGGUAAAGUGUAAGAAGAAGCUUGGGAAGCUGCCACCUCAGUAUGCCCUGGAGCUCCUGACGGUCUAUGCUUGGGAGCGAGGGAGCAUGAAAACACAUUUCAACACAGCCCAGGGAUUUCGGACGGUCUUGGAAUUAGUCAUAAACUACCAGCAACUCUGCAUCUACUGGACAAAGUAUUAUGACUUUAAAAACCCCAUUAUUGAAAAGUACCUGAGAAGGCAGCUCACGAAACCCAGGCCUGUGAUCCUGGACCCGGCGGACCCUACAGGAAACUUGGGUGGUGGAGACCCAAAGGGUUGGAGGCAGCUGGCACAAGAGGCUGAGGCCUGGCUGAAUUACCCAUGCUUUAAGAAUUGGGAUGGGUCCCCAGUGAGCUCCUGGAUUCUGCUGGCUGAAAGCAACAGUGCAGACGAUGAGACCGACGAUCCCAGGAGGUAUCAGAAAUAUGGUUACAUUGGAACACAUGAGUACCCUCAUUUCUCUCAUAGACCCAGCACACUCCAGGCAGCAUCCACCCCACAGGCAGAAGAGGACUGGACCUGCACCAUCCUCUGAAUGCCAGUGCAUCUUGGGGGAAAGGGCUCCAGUGUUAUCUGGACCAGUUCCUUCAUUUUCAGGUGGGACUCUUGAUCCAGAGAGGACAAAGCUCCUCAGUGAGCUGGUGUAUAAUCCAGGACAGAACCCAGGUCUCCUGACUCCUGGCCUUCUAUGCCCUCUAUCCUAUCAUAGAUAACAUUCUCCACAGCCUCACUUCAUUCCACCUAUUCUCUGAAAAUAUUCCCUGAGAGAGAACAGAGAGAUUUAGAUAAGAGAAUGAAAUUCCAGCCUUGACUUUCUUCUGUGCACCUGAUGGGAGGGUAAUGUCUAAUGUAUUAUCAAUAACAAUAAAAAUAAAGCAAAUACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-358.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -379.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 213.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((...((((...((((((((((..((.((..(((((((((((.....((...((((((..((((....((.((((((((((...((((....(((((((.......(((((.((((.................)))))))))...(((((...(((((.........)))))....)))))...))).))))..)))).((((......))))..(((((...)))))((((((((((((...((((((((...(.((((......)))).)....))))))))...((((((((...((((((((((.....)).))))))))..))).)))))...))))))....)))))).((((((((..((((.(...((((...((((.....))))))))...))))).)))).))))..(((((......))))).......))))))))))..)).....)))).))))))..))....)))))))))))..(((((.....((....))...))))).....((((.((((((((((...))))((((((((...(((.((.(((...((((((((((((....((((((.((.........)).))))))...))).....(((((((((((((..((((.......)))))))))..((((((((..(.......)..)))...((((((..((.(((..((.....))...))).))..)))))))))))..(((((((.((((..(((.(((..(((((.(((.((((..((((((.(((.......)))))))))...)))).))).....((((((((..((.(((((......)))))))..))))))))......)))))..(((((......)))))......)))))).)))).))))).))...))))))))......)))))))))....))).))))).....)).))))))...((((...)))).....)))))).))))...((((((((..((((((((((......(((.((...)).))))))))))...)))....).)))))))......)).))...))))))))))....))))))))..(((((((.(....))))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((({...((((...((((((((((...({((..(((((((((((.....((...((((((..((((....{{.((((((((((.,,({((....{(((({{,,,,,,,(((((.((((.........,,......))))}||||...(((((...(((((.........)))))....)))))..,))).))}|,,|}},.||,.{{{.{{{||,,,{|,}|},|}}.||((((((((((((...((((((((...(.((((......)))).)....))))))))...{(((((((...(((((((({(.....,),))))))))..))).))))}...})))))....)))))).})))))}}}},}},.}}}})}))}...(((((((((((.((((,,....,,,.....})))....))).)))))))).........))))))))))..}).....)))).))))))..))....)))))))))))..(((((.....{{.,,.}}...)))))....,((((.(((((((,,,...|{{,{(((((((...(((.((.(((.,.((((((((((((....((((((.((.........)).))))))...))).....(((((((((((((..((((.......))))))))}..((((((((..{....,,.}..)),,}}{{{{{{.,||,{{|.|||.....}|,{,|}}.}),,)))))}}}}}|..(((((((.((((..(((.(((..(((((.(((.((((..((((((.(((.......)))))))))...)))).))).....((((((((..((.(((((......)))))))..))))))))......))))),.(((((......)))))..,...)))))).)))).))))).))...)))))))),.....)))))))))..,.))).))))).....))))})))),}}|{{{...)}},....))))))).)))},..{(((((({..((((((((((......(((.,,,.,,,....)))))))...)))....).))))))}......)},))...))))))))))....))))}})),.(((({((.{....}}}||||}........,.........,,...,,,,.
Back