Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406643.1
Sequence Length
3626 nt
GC Content
0.4269
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGCCGAAGGAGACGCUGCAGUUGGAGAGCGCGGCCGAGGUCGGCUUCGUGCGCUUCUUUCAGGGCAUGCCGGAGAAGCCGACCACCACAGUGCGCCUUUUCGACCGGGGCGACUUCUAUACGGCGCACGGCGAGGACGCGCUGCUGGCCGCCCGGGAGGUGUUCAAGACCCAGGGGGUGAUCAAGUACAUGGGGCCGGCAGGAGCAAAGAAUCUGCAGAGUGUUGUGCUUAGUAAAAUGAAUUUUGAAUCUUUUGUAAAAGAUCUUCUUCUGGUUCGUCAGUAUAGAGUUGAAGUUUAUAAGAAUAGAGCUGGAAAUAAGGCAUCCAAGGAGAAUGAUUGGUAUUUGGCAUAUAAGGCUUCUCCUGGCAAUCUCUCUCAGUUUGAAGACAUUCUCUUUGGUAACAAUGAUAUGUCAGCUUCCAUUGGUGUUGUGGGUGUUAAAAUGUCCGCAGUUGAUGGCCAGAGACAGGUUGGAGUUGGGUAUGUGGAUUCCAUACAGAGGAAACUAGGACUGUGUGAAUUCCCUGAUAAUGAUCAGUUCUCCAAUCUUGAGGCUCUCCUCAUCCAGAUUGGACCAAAGGAAUGUGUUUUACCCGGAGGAGAGACUGCUGGAGACAUGGGGAAACUGAGACAGAUAAUUCAAAGAGGAGGAAUUCUGAUCACAGAAAGAAAAAAAGCUGACUUUUCCACAAAAGACAUUUAUCAGGACCUCAACCGGUUGUUGAAAGGCAAAAAGGGAGAGCAGAUGAAUAGUGCUGUAUUGCCAGAAAUGGAGAAUCAGGUUGCAGUUUCAUCACUGUCUGCGGUAAUCAAGUUUUUAGAACUCUUAUCAGAUGAUUCCAACUUUGGACAGUUUGAACUGACUACUUUUGACUUCAGCCAGUAUAUGAAAUUGGAUAUUGCAGCAGUCAGAGCCCUUAACCUUUUUCAGGGUUCUGUUGAAGAUACCACUGGCUCUCAGUCUCUGGCUGCCUUGCUGAAUAAGUGUAAAACCCCUCAAGGACAAAGACUUGUUAACCAGUGGAUUAAGCAGCCUCUCAUGGAUAAGAACAGAAUAGAGGAGAGAUUGAAUUUAGUGGAAGCUUUUGUAGAAGAUGCAGAAUUGAGGCAGACUUUACAAGAAGAUUUACUUCGUCGAUUCCCAGAUCUUAACCGACUUGCCAAGAAGUUUCAAAGACAAGCAGCAAACUUACAAGAUUGUUACCGACUCUAUCAGGGUAUAAAUCAACUACCUAAUGUUAUACAGGCUCUGGAAAAACAUGAAGGAAAACACCAGAAAUUAUUGUUGGCAGUUUUUGUGACUCCUCUUACUGAUCUUCGUUCUGACUUCUCCAAGUUUCAGGAAAUGAUAGAAACAACUUUAGAUAUGGAUCAGGUGGAAAACCAUGAAUUCCUUGUAAAACCUUCAUUUGAUCCUAAUCUCAGUGAAUUAAGAGAAAUAAUGAAUGACUUGGAAAAGAAGAUGCAGUCAACAUUAAUAAGUGCAGCCAGAGAUCUUGGCUUGGACCCUGGCAAACAGAUUAAACUGGAUUCCAGUGCACAGUUUGGAUAUUACUUUCGUGUAACCUGUAAGGAAGAAAAAGUCCUUCGUAACAAUAAAAACUUUAGUACUGUAGAUAUCCAGAAGAAUGGUGUUAAAUUUACCAACAGCAAAUUGACUUCUUUAAAUGAAGAGUAUACCAAAAAUAAAACAGAAUAUGAAGAAGCCCAGGAUGCCAUUGUUAAAGAAAUUGUCAAUAUUUCUUCAGGCUAUGUAGAACCAAUGCAGACACUCAAUGAUGUGUUAGCUCAGCUAGAUGCUGUUGUCAGCUUUGCUCACGUGUCAAAUGGAGCACCUGUUCCAUAUGUACGACCAGCCAUUUUGGAGAAAGGACAAGGAAGAAUUAUAUUAAAAGCAUCCAGGCAUGCUUGUGUUGAAGUUCAAGAUGAAAUUGCAUUUAUUCCUAAUGACGUAUACUUUGAAAAAGAUAAACAGAUGUUCCACAUCAUUACUGGCCCCAAUAUGGGAGGUAAAUCAACAUAUAUUCGACAAACUGGGGUGAUAGUACUCAUGGCCCAAAUUGGGUGUUUUGUGCCAUGUGAGUCAGCAGAAGUGUCCAUUGUGGACUGCAUCUUAGCCCGAGUAGGGGCUGGUGACAGUCAAUUGAAAGGAGUCUCCACGUUCAUGGCUGAAAUGUUGGAAACUGCUUCUAUCCUCAGGUCUGCAACCAAAGAUUCAUUAAUAAUCAUAGAUGAAUUGGGAAGAGGAACUUCUACCUACGAUGGAUUUGGGUUAGCAUGGGCUAUAUCAGAAUACAUUGCAACAAAGAUUGGUGCUUUUUGCAUGUUUGCAACCCAUUUUCAUGAACUUACUGCCUUGGCCAAUCAGAUACCAACUGUUAAUAAUCUACAUGUCACAGCACUCACCACUGAAGAGACCUUAACUAUGCUUUAUCAGGUGAAGAAAGGUGUCUGUGAUCAAAGUUUUGGGAUUCAUGUUGCAGAGCUUGCUAAUUUCCCUAAGCAUGUAAUAGAGUGUGCUAAACAGAAAGCCCUGGAACUUGAGGAGUUUCAGUAUAUUGGAGAAUCGCAAGGAUAUGAUAUCAUGGAACCAGCAGCAAAGAAGUGCUAUCUGGAAAGAGAGAACCUCAGAGUGACAGAGCCAAAAGACCAGUGCCUCAUUUUGCUGACAUGGAAAAGGAAACUUCGUGGGGGAAAGAGAUCUGCUUGCAGUCGGCCAGAGAGACAGAACCAGGGCAGUGAACUUCCCAAAGGAAGCUGCUCUCAUUAAAACAAGGGAGGUUGAAGAUCCUAACGCCACAGGCUUGUUCGGGAGGCAGCUCACCUCCUGGAACUGAGUGCAGUCCUGGAGAAAACCAAGUGGAUGUGCGGCCCCUUUCCAUGGAGCAAUUAGGUGGAUAACUGUCCAGUCGCUCCUAGGCUUUGUAGAGGCAUAGGCUCAGAUACAAAGAGACCAGACAGUCUCUCGCUCCAAAGGGGCUGGCCACAAGCACCAUGAAGACAGCAGUACCCACUGACUCAGCAAUUUCACCAGCUGGAAGUCAUCCCAAGGAGAUAUCACAGAAAGAAAAGGCCAUCUUGCGUAAAGAUGAUCACUGUGUCAUUACUCAAAAUAGCCCCAAACUGGGAAACACCCAGCUAUCCAGCAAUAGGGGUAGUGAAUUACAGAACAUCAACUAGAUGGAAUAUUAUGCACCCACUAAAAUUAGACUACGUGAAAACACAGAAACAACAUCAGUAAUAAAAUGUUAAUAAAACAGAAGCAGCUCAGUACACAUCAGUUAGUUUCCUUUCUUUUUCCUACAAAAGGCAUGACAAGGAACUGCAGGGGAACGUGCAGACAUGAAGAGUUGUGUUAGUGCAGUGGUAUCAUGAAUGACUUGUUCUCUUAUUCAUAUAAUAAAUAUUGUUUACUAUGGGCUAGGUCUGAUGCUGGGUGCUGAGGAUGGAGCAGUGAAUGGUAAUACAUUUCCUGCUCUCCACCCAGAGUUUCAAAUUUAAGGAGAUAUUUUCUUCCUAAAUGUCCUUCAAAGCUGUCACAGCAUCAUCUUUCAAUAAAAAAUAGUUGAUGAGACUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1042.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1111.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 1084.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((((.((....))))))))(((((..(((((((.((((.((((.(((((.((((.(.(((((((((((((.....((((((((((((((.((......)).))))......)))))))))).......)))).))))))))).).)))).)))))...)))))))).(((....))).(((((((((.((..(....((.((...((((...)))))).))....)..)))))))))))(((((..((..((....))..)).))))).................((((((....)))))).....((((((((.....((((((.......))))))......))))))))((((((((((((..((....((.((((((((((((((........(((((.((((.((((((((.....(((.((((((.(((((((.......((((.((((((.(((....((((.(((.((((((..((....)).)))))).)))..))))...)))))))))..))))(((...(((((((((....))....)))))))...)))(((((....)))))....((((((((((((....)))))...)))))))))))))))))))).)))......)).)))))).)))))))))..........(((.((((((...(((......)))....)))).)).)))............(((.(((((((........(.((((....((((......))))..)))).).......)))))))))).....((((.((((.(((((((...((((((((((((((((((((((((.((((.(((.(((....((((..((((........((((((...((((....))))..)))))).))))..))))...))).))).))))..))))))).......))))))...(((((((((...........)))))))))..((((...(((((((...(((((((((((((((.(((((((((((((.(....((......))....).)))))))...)))))).....))))))((((..................)))))))))))))..)))))))...))))....((((((.(((....((((.((...(((((((((((......))((((................))))(((((((.(((((((.......................((((..((((...........))))..)))).....(((.(((((...(((...)))....)))))..))).........)))))..)).))))))))))))))))))))))...)))))))))...)))).))))))).(((((...........))))).(((..((((..((((((((((((........................))))))))))))..)))).))).............(((((..(((((.(.(........).)))))).)))))....((.(((((((.....))))).)).)).)))))))))))))))..((((((((((((((..(((((((...((((......))))))(((.(.((((........)))).).)))....)))))...))))))..)).)))))).......))))))))..)))))))).........((((((((.((..........................)).))))))))))..))))))).))))).(((((((.......)))))))...))))))).)))))))))).(((((........)))))..(((((...((((((((.(.((((((((....((((.((.(((((((....))))))).)))))).((((.....))))...(((((((((((((((..(((((...(((((((((.(((((((......))))(((.((((..((((((((..(((((..((.(((...((((((((((((......(((((...)))))((((((((((((......)).))).........................(((((((((((..((((((.((((........)))).))))))((((((((.(((.(((((((...))))).)).)))((((((......))))))....((((((..((((.(((...)))...))))))))))......(((..(((((((((.((.(((((.(((((.(((...(((((((..........))))))))))....((((.((((.((((...(((((..((((((.((((((......)))....((((.((((.((((.......)))))))))))).)))))))))..)))))....((((((((((((....((.....((.(((((.....((((....(((((((((((((((..(((((((............)))).))))))))......))).)))))))..((((((((.(((....))).)))))))).....(((((((.((((...(((.(((.(((((.........((.(((..((((((((.((((((..(((((.....(((.....)))..)))))..))))))(((.((((......))))..)))...........))))).)))..))).)).........))))))))))).))))..((((((.........))))))))))))).))))......))))).)).....)).......)))))))))))).(((((....)))))...((((..........)))))))).)))).))))...(((...)))...(((((((((.......)))))))))......))))).))))).)).......(((..(((((((((((((....((((((.......(((((....)))))(((...((((.(((((...))))).))))....)))....((((((......)))))).)))))))))))))))..))))..))).....))).))))))..)))))))))))((..((((.....(((((.(((.(((...)))))).)).)))...))))..))((((((.....))))))....((((((((((((((......((......(((((.....))))).......)).....)))))))))..)))))..((((.....))))...)))))).))))).(((....))).....(((....)))...........)))))))....((((.....))))(((((((((...........)))).)))))...)))))))).....))))..))).)))))))(((((.(....).)))))((((((....)))))).))))))))..)))).)))..(((((((((...((..((............))..))....)))).)))))..))))))))))))..(((..((((((.(((((......))))).))))))))).((..(((((...)))))..)).))))).))))))))...))))))))))))))).))))))))).(((((((((........))))).)))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{({{{.(((((,,((....))))))))(((((,.{((((((.((((.((((.(((((.((((.(.(((((((((((((...,.((((((((((((((.((......)).))))......)))))))))).......))))}})))))))).).)))).)))))...)))))))).{{{....}}}.(((((((((.((,.,....((.{{...|(((...))))}}.}}....}..))))))))))){{{{{..,,..((,,,.}|.,||.|||}|,,,..........,,{,((((((....))))))..,,{((((((((.....((((((.,...,.))))))......))))))))|{(({(((((((..((.,,,.{,((((((,((((({,..,((((((((.(((((((((((((({....,|,.(((((..((.(((....))).)).))))).((((((((((((.{((.((({{((,..,{.....((({.{.{((((((((((.{{,{((((({{{{{{{.,(((((,{((((((((....))....))))))))))))|(((((({.{,||{((((({{(,{((({(({((((((((.,{{|,..}))}|{,..||,,,}.,,,},.,,..)))))))).}|{||{}|||,,|||}|{{{|||,((({((...(((......}}}...,||||.,,.}}},,..........{{{,,((({{{,....,,.||{||||||,|..(((..((..(((((....)))))...))..))),.||||||,.,}{({{{.,,|{{,,...}}}}}}}})})})},)))))))}))|{||}||{|||||.|||||{||..|}}}}},,,,||||{{...{(({....}))),,||}}}},}})|,,,},...}},,,}||{{{{|.......,,|||.||||,}}}|||,(((((((((.{,.....},.)))))))))}}}.,})))))}}}}))),}},))))))))))}.,..))}),.,,,||.,...}}}},.}},,|{{{,...,))))).)))))))))...)))..{({{{..{|........)),...,))))))))))))...)))).))))))))|{||{{({{{(,(.{....{{,|,|{.,||||||,{{{{.....)))){|||,,,.....,,,.....)}}}.||||||{{((((.({{(({{...{((({{........((((..((((...........))))..)))).....(((.(((({...(((...)))....}))))..})).........},.....})}))),,.))))))).)))),}}}.},}}}}|||||{{{{{{.((({(((((((((((...........{,...(((..((((..((((((((((((.....,.,,......},.......))))))))))))..)))).)))...,,........,..)))..}))))))}..,)})),|,||}|,,.,.,,,....{{,|{(((((.,.{{|,}}}..)})}.|||}}...}}}.,,...(((((({{((((((,.((((({{.,.{(((....,,))),,}(((.(.((((........)))).).)))....))))).,.))))))..)).)))))).....{({((,,.....))))),,,......,,.((((((({.,,,,,,..{,,.............,,..}}.))))))}}))..))))))).)))),.(((((((.......)))))))...))))))).})))),}))),|((((........))))}.,({{{|,,.((((((({,(.((((((((....((((.((.(((((((....))))))).)))))).((({.....})))...(((((((((((((((..(((((...((((({{{,,{{|||{{.((((((..{(({{{,{{,,..,,{|||,......,,}}..,{.{,{{{{,...}}}.,,....(((((...)))))..(((({((((((,{,({.{{,,,,..}}..}})))..,,.......))))))..})))},.((((((.((((........)))).))))))||||||||}},|}||((((({{{|||||{{(({(.,(((((......))))))))).))))}...,{{{{(.({{.((((((((({....)),,})),|))).|||,||||{.{{{({{((,,,{{,,||,..{(((((((.,,....,,.)))))))}{{{.{{({,,.,|||,.||},||||||||,((({{({((....}}}}..}}}},...||||(({,.{{,,.,,,,}}),,,}||||,,,.)))))}}|}..}|||}|...{{{{{((((((({{..,,.({({((.,((((..{{,,(((.({((((,,,((((({.((.(((.{(,..((({...,{{{{|||.,.{{{,|{{{{{{{|,,{|||{{{{....,((((({((({{,{{||{||||||||{({..{(((({{.{{({.,,,,,.(((.(((((.........((.(((..((((((((.,(((({..{{{{({....,{(.....}}}.}}}))),.))}},|(((.((((......))))..|}}}....,,,...))))}}}))..))).)).........)))))))),}}})))},,||||||...{....|||||||||}}}},.,,.}||{{{{{|,||{|||,,|,|||.|,,..|}|||||||},..{((((....)))})}}}|}||,.........||||||||,|,,,.|||}..,(((...))).,||{{{{(({{,,,,,,.)}}}}}}}},|||,.}})))}))}}},,....,|,.{{|,.{((((((((((((....{(((((.......(((((....))))){|{,..{(({.{((((,..}}}}).}))),.,.},),,..((((((......)))))).))))))))))))))),,)))).,)))}}}}}}},.}}||||..,,))}}|||||||,,.,},....))|||,.|||,||}}}})).,,,}))})))}.......,{.((((((.....)))))).,,.((((((((((((((......((......(((((.....))))).......)).....)))))))))..)))))..{{{{.,,..))))...,.,,..{{,,,,.{,,....|||..,..(((....))).......,,.,..,,.......||||.....,}},,,,{{{{{{.,,,,..,,,,}}}}.}}}|)|}}})}}}..}}}....})))})})..))))..}}.)))|),..,}))).)))})).})),}}}}}}}},.))))))))})){{((((((.........)))))))},,,,{,..,,,})},}},},,)))))))))}}}))}})))))))),.((|.{((((((.(((((......))))).))))))))).||,.{{{{{...,,}}}..)).))))).))))))))...))))))))))))))).))))))))).{{{{(((((........))))).))))))}}}
Back