Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406646.1
Sequence Length
4488 nt
GC Content
0.4561
GCAUUUUCUUCAACCAGGAGGUGAGGAGGUUUCGACAUGGCGGUGCAGCCGAAGGAGACGCUGCAGUUGGAGAGCGCGGCCGAGGUCGGCUUCGUGCGCUUCUUUCAGGGCAUGCCGGAGAAGCCGACCACCACAGUGCGCCUUUUCGACCGGGGCGACUUCUAUACGGCGCACGGCGAGGACGCGCUGCUGGCCGCCCGGGAGGUGUUCAAGACCCAGGGGGUGAUCAAGUACAUGGGGCCGGCAGGAGCAAAGAAUCUGCAGAGUGUUGUGCUUAGUAAAAUGAAUUUUGAAUCUUUUGUAAAAGAUCUUCUUCUGGUUCGUCAGUAUAGAGUUGAAGUUUAUAAGAAUAGAGCUGGAAAUAAGGCAUCCAAGGAGAAUGAUUGGUAUUUGGCAUAUAAGGCUUCUCCUGGCAAUCUCUCUCAGUUUGAAGACAUUCUCUUUGGUAACAAUGAUAUGUCAGCUUCCAUUGGUGUUGUGGGUGUUAAAAUGUCCGCAGUUGAUGGCCAGAGACAGGUUGGAGUUGGGUAUGUGGAUUCCAUACAGAGGAAACUAGGACUGUGUGAAUUCCCUGAUAAUGAUCAGUUCUCCAAUCUUGAGGCUCUCCUCAUCCAGAUUGGACCAAAGGAAUGUGUUUUACCCGGAGGAGAGACUGCUGGAGACAUGGGGAAACUGAGACAGAUAAUUCAAAGAGGAGGAAUUCUGAUCACAGAAAGAAAAAAAGCUGACUUUUCCACAAAAGACAUUUAUCAGGACCUCAACCGGUUGUUGAAAGGCAAAAAGGGAGAGCAGAUGAAUAGUGCUGUAUUGCCAGAAAUGGAGAAUCAGGUUGCAGUUUCAUCACUGUCUGCGGUAAUCAAGUUUUUAGAACUCUUAUCAGAUGAUUCCAACUUUGGACAGUUUGAACUGACUACUUUUGACUUCAGCCAGUAUAUGAAAUUGGAUAUUGCAGCAGUCAGAGCCCUUAACCUUUUUCAGGGUUCUGUUGAAGAUACCACUGGCUCUCAGUCUCUGGCUGCCUUGCUGAAUAAGUGUAAAACCCCUCAAGGACAAAGACUUGUUAACCAGUGGAUUAAGCAGCCUCUCAUGGAUAAGAACAGAAUAGAGGAGAGAUUGAAUUUAGUGGAAGCUUUUGUAGAAGAUGCAGAAUUGAGGCAGACUUUACAAGAAGAUUUACUUCGUCGAUUCCCAGAUCUUAACCGACUUGCCAAGAAGUUUCAAAGACAAGCAGCAAACUUACAAGAUUGUUACCGACUCUAUCAGGGUAUAAAUCAACUACCUAAUGUUAUACAGGCUCUGGAAAAACAUGAAGGAAAACACCAGAAAUUAUUGUUGGCAGUUUUUGUGACUCCUCUUACUGAUCUUCGUUCUGACUUCUCCAAGUUUCAGGAAAUGAUAGAAACAACUUUAGAUAUGGAUCAGGUGGAAAACCAUGAAUUCCUUGUAAAACCUUCAUUUGAUCCUAAUCUCAGUGAAUUAAGAGAAAUAAUGAAUGACUUGGAAAAGAAGAUGCAGUCAACAUUAAUAAGUGCAGCCAGAGAUCUUGGCUUGGACCCUGGCAAACAGAUUAAACUGGAUUCCAGUGCACAGUUUGGAUAUUACUUUCGUGUAACCUGUAAGGAAGAAAAAGUCCUUCGUAACAAUAAAAACUUUAGUACUGUAGAUAUCCAGAAGAAUGGUGUUAAAUUUACCAACAGCAAAUUGACUUCUUUAAAUGAAGAGUAUACCAAAAAUAAAACAGAAUAUGAAGAAGCCCAGGAUGCCAUUGUUAAAGAAAUUGUCAAUAUUUCUUCAGGCUAUGUAGAACCAAUGCAGACACUCAAUGAUGUGUUAGCUCAGCUAGAUGCUGUUGUCAGCUUUGCUCACGUGUCAAAUGGAGCACCUGUUCCAUAUGUACGACCAGCCAUUUUGGAGAAAGGACAAGGAAGAAUUAUAUUAAAAGCAUCCAGGCAUGCUUGUGUUGAAGUUCAAGAUGAAAUUGCAUUUAUUCCUAAUGACGUAUACUUUGAAAAAGAUAAACAGAUGUUCCACAUCAUUACUGGCCCCAAUAUGGGAGGUAAAUCAACAUAUAUUCGACAAACUGGGGUGAUAGUACUCAUGGCCCAAAUUGGGUGUUUUGUGCCAUGUGAGUCAGCAGAAGUGUCCAUUGUGGACUGCAUCUUAGCCCGAGUAGGGGCUGGUGACAGUCAAUUGAAAGGAGUCUCCACGUUCAUGGCUGAAAUGUUGGAAACUGCUUCUAUCCUCAGGUCUGCAACCAAAGAUUCAUUAAUAAUCAUAGAUGAAUUGGGAAGAGGAACUUCUACCUACGAUGGAUUUGGGUUAGCAUGGGCUAUAUCAGAAUACAUUGCAACAAAGAUUGGUGCUUUUUGCAUGUUUGCAACCCAUUUUCAUGAACUUACUGCCUUGGCCAAUCAGAUACCAACUGUUAAUAAUCUACAUGUCACAGCACUCACCACUGAAGAGACCUUAACUAUGCUUUAUCAGGUGAAGAAAGGUGUCUGUGAUCAAAGUUUUGGGAUUCAUGUUGCAGAGCUUGCUAAUUUCCCUAAGCAUGUAAUAGAGUGUGCUAAACAGAAAGCCCUGGAACUUGAGGAGUUUCAGUAUAUUGGAGAAUCGCAAGGAUAUGAUAUCAUGGAACCAGCAGCAAAGAAGUGCUAUCUGGAAAGAGAGAACCUCAGAGUGACAGAGCCAAAAGACCAGUGCCUCAUUUUGCUGACAUGGAAAAGGAAACUUCGUGGGGGAAAGAGAUCUGCUUGCAGUCGGCCAGAGAGACAGAACCAGGGCAGUGGGUGAGAUGCAGACAUCUUUCCAUGACACCUGUGGAUGCUCUACAAUCUGGCCCAGGCUGACCAUAUCCUGCCUGGAGGGCCGGGUAAGUGGGGCACUCAGGCUUAGAACAGCCACAUGCCUUCCCCUCCCUGUGGGACCCACUUCCAAGGGAGCCAGCCUGAGGCUUGCAUCACUGUUUGGUCUCCUCCUACCCUUCCAGAUCUUCCUGGUGCUGGAGUUAGUGCCCCCUUUUUUCUCAGCUGAGUCAUGACCCUCACCCAGCCCAGCCCAGCCCCCUACCCUAGAUCUGCUCCUACACCUGAUUGAUGCCCUGGCCUCAGGCAGGGCUGGAGCUUGGGGCUGGUGCCUCGGGCCUUCAGCCUUGCCCAGGGCAGCCUGGGCAGAAGCUGAGAUUGGAUGUCAUUUGUCAACCUUGGCAGAGAAGUACUGAAUGCGUCAAAAUAAUUGAAGGUUAUUUGGUGCCUGUGGGAGGGAUUUUUAUUCCCAAGGAUUCUGCUGGACCAUUUGGGGCAGCCCUGUUUGGCUAGCUGAGGGUUCCUAUGUUUUCCAACAAUUGGAUGUUUACAGUAUCUGUGCUCUUGCUUUUUAAAAAUGUCCUCAUUUAGAAUAGCUUCCUUUUUUUAUAUGUUUUCCUUUUUAUCUUUUAAGUGGGAAAUGGGAGGUGAGUAUGAGGGGACAAUUGUGAAGCUUGCCUGUGCUCCAAGUUAGGGACAUGAGACCCCUUCACCCCUGGUUUUCCCCUGUAAUCCUUCCAGAGCUAUAGAGCUGAGCUUGUAUUCAAGCCACAGACAGGGCCCUUGACCUUGAACCAGACAAGGCUGACAGCCCCGGAGCAGGAGCGCUGCUGUGAAAUAACUCGGAGAUAUCCUCCCAGAGCAGUGAAGAGGCUGGAAGGAGUCAGGAAGCCUCAAAUCCCCAGCCUCUGACUUACAAAGCACCCAGACCUCCCUCAGGACUAGACAGAGCAGCCAUUUCACCCAGAGCUGCCUCCAUUCCAGCACUGGGAUGUGGUUGGUAAUGUGAGAUUCUCACUAUCCAAUGCCGCAAUCAGAGCCAUAUGCGGCUAUUUAAACCUCAAUUUAAAUGAAUUAAAAUUAAAUAAAGUUUAAAAACCAGUUCCUCAUCCACACUAGCCACAUUUUAAGUGCUCAUGAGCCACAUGUGACUGGUGGCUGCCUCACUGGACAGCACAGGUUCAGAACACCUCCGUCAUCACAGGGCUCUCUUGGCAGGAUUUAUGGGUCCCCUUUACGCUGAGCUGUCUACCCCUGUUGCCUAAAUGCCUUUCCUACCUAACAGUAGCUGUUCAGUGGGUGCAUUGGCCCUACAGACUCUCCCAAGCUUCUUUCUCCACCAGUAGAAGUAGCUAUGUGGCCUUGUGAGGUCUCCCUUCUAGAAAGAACAGGUAGCAUGCCUCUGACAACCACGUUGACCAGGUGACCUGCAAGCAUCCCCAGGAUCAACUAGCAACCUAAGAUUUGCUGCCCAAACUAAUGCUUCUCCCUGUCCAGUGGACACUUCUCAACUAGGCUGCCCUUCUGUGUCACUGCUGCUACUUAGUCACUCGUUGACUUUGGAAGAAGAGGCCCUUCAGAGGCUCCAAUGACCAAGAACAUUCCCUUCCCUACUCCUCAGUGUCACGCCCCGCCUCCUCCCAAGCAUCACCAUCACCAAAAAUAAAACUGCCUUGGUAUCCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1386.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1469.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 1078.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............((((((((.((..((...(((((.((.((((.((((.(((((.((((.(.(((((((((((((.....((((((((((((((.((......)).))))......)))))))))).......)))).))))))))).).)))).)))))...)))))))).))..((((((.((.((((....)))).)))))))).......((((((((.((..((.((((((((((((((..(((.((((...((((...(((((((((.................((((((....))))))....(((((((((.....((((((.......))))))......)))))))))...))))).....((((((..((((((.((.(((..........(((((.((((.((((((((.....(((.((((((.(((((((.......((((.((((((.(((....((((.(((.((((((..((....)).)))))).)))..))))...)))))))))..))))(((...(((((((((....))....)))))))...)))(((((....)))))....((((((((((((....)))))...)))))))))))))))))))).)))......)).)))))).)))))))))..((((((..(((.((((((...(((......)))....)))).)).))).............((.(((((....))))).)).....((((((((((((.((((((((..(((((....(((((((..((((((....((((((..(((.((.........)).)))))))))))))))((((.((((((((....(((((...)))))....((((((...((((....))))..)))))).((((...(....)...))))(((((.......))))).))))))))))))(((((((((...........)))))))))..((((...(((((((...(((((((((((((((.(((((((((((((.(....((......))....).)))))))...)))))).....))))))((((..................)))))))))))))..)))))))...)))).(((((.....(((....((((..(((....((((.((((((..(((((((................)))).(.(((.((((((((.....((.((((((((.......((((..((((...........))))..))))(((........)))....((((.((((...........((......))...........(((((.((((((((((((((...((((((..........((((((((.((((((((((..(((.((((....(((..((((..((((((((((((........................))))))))))))..)))).)))..(((((.((..........(((.((((..((((((((((.((((.....(((((((((((......((((((((((.(((.(.((((...........((((((((((((((..(((((((...((((......))))))(((.(.((((........)))).).)))....)))))...))))))..)).)))))).....(((((.......)))))............((((.......))))................................(((..((((((...(((........(((((....((((((((((((.((((.......))))(((((........)))))(((..((((.(((......)))))))..)))..((((.((.(((((((....))))))).))))))...))))....)))))))).))))).........)))......)))))).))).)))).).))).))).)))))))....))))))))))).....)))))))).)))...............(((((...)))))..((((((((((((((((.((......))..)))))...........))))))..)))))(.((((((.((((........)))).)))))).).....(((((((((((((((((((((((((((..(((((......))))))))).)))))......(((.(((.((((((((((....)).)))).)))).))).)))...(((((.(((.....)))...((((((((..........)))))))).....))))).........)))))))))).((((((.((((((......)))....((((.((((.((((.......)))))))))))).))))))))).........)))).)))))))..)))))))........)).)))))..)))))))(((((((((((((((..(((((((............)))).))))))))......))).)))))))..((((((((.(((....))).))))))))(((...(((....((((((........)))))).....))))))))))))))))))))))))))))))....))))..))))))))))(((....)))....((((.((((......))))..))))...(((.....)))...........)))))....)))).))))...))))))).).))......)))))))).))).))))..)))))).))))(((((((((((((((.((...((((((..(((((.((((((....)))))))))))..).)))).)..))))).....)))))))..))))).((((((((((((.((((((((....(((.((((((((..((((......))))............((((((.(((((.....)))))))))))(((((..((((((.(((....)))..))))))...........((((......)))).)))))....)))))))))))..(((((.((((((...((((...((.(((((((.((((((((((.............(((((..(.((((..(((.((....)).)))..)))))..)))))..)))))))).))...)))).((((((.(((((((((....)))))))))..))))))..))).))......))))..)))))).)))))(((((((((((.((((.....))))..).))))))))))((((((((((..((((.........(((((.(((((..(((..((((((((((((((((((....(((((((...((.((((((((((...)))))..(((((((((...(((((((((((((....(((((....)))))...(((((((...............((((((.((((.....)))).))))))(((((((....(((.((((((.((((((((((....(.((((.(((......))).)))).)....))))))....)))).)))))))))..))))))))))))))....(((.(((((....)))))..)))...((((..(((.(((((.......))))).)))..)))).))))))))))))))))))))))....(((((((.....))))..))).(((..(((((((((..(((...(((...)))....)))))))))))).)))....)))))...))....)))))))..))))))))(.(((((((....(((((.((((.........)))).)))))..))))))).)...(((((...)))))........((((((............))))))((((((((......))))))))........((((((...))))))..(((((((.(((((...((((............))))...)))))........))))))))))))))))).))).)))))..)))))))))..))))).....))))))))))))).)))))))..)))))))).))))....))).....)))))..((((.(((..(((((....(((((..(((((...)))))..))))).))))))))...)))).)))))))..((((((..((.....)).)))))).(((((.((..(((..((((.....))))....)))..)).))))).))))).))))))))..)))))...)))..))))......)))))).........(((((........)))))))).))))))))..)))))).(((((...))))).....))))....))))..)))).)))..)))))....(..(((((.....)))))..)((((........))))...)))))).)))))...)).)))))))).............)))))))..)))))))))).(((((((......................)).))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...............((((((((,((,{((...(((((,((.((((.((((.(((((.((((.(.(((((((((((((...,.((((((((((((((.((......)).))))......)))))))))).......))))}})))))))).).)))).)))))...)))))))).)),,((((((.((.((((....)))).)))))}}}..,....((((((((.((..({.((((((((((((((.,(((.{((,...(((({,.({,{,(((({{{.....,......{,((((((....)))))),,,.(((((((((.....((((((.,...,.))))))......)))))))))...,||...,,..((((((..((((((.,{.(((..........(((((.((((.((((((((.{...(((.((((((.(((((((.......((((.((((({{(((....({((.(((.((((((..((....)).)))))).))).}}))}...))))))))},}))},((({(.(((((((((....))....)))))))})}))}(((((....)))))....((((((((((((....)))))...)))))))))))))))))))).))).,....))}}))))).))))))))),.((((((..(((.((((((...(((......))}....)))).)).)))...........,.{,.{(({{....,}}}).,,.....((((((((((((.(((((((,..(((((....(((((((..{{((((.,,,(((((,..((({{,..|||.,,.||,||||}||||||||}}((((.((({((({.,,{((((,,,,|.,,|....((((((...((((....))))..)))))).||||...|,...},,,}))),||||....,,,))))}.}}})))))}|}}(((((((((.{,.....},.)))))))))..|,{{...(((((({.,.(((((((((((((((,{((((((((((((.{....((......))....}.)))))))...))))}}.....)))))){(({.({........}}...,,))}})))))))))..}))))))...}|||{(((((...{|({{....{{{|}|{,{|||,|||{|{{.,,,.}}}},|||,||..{{{{{{{,...|,,|,{.(((.((((((((.....((.((((((({.......((((..((((...........))))..)))),{{........}}}....,((({(((......{,{{,.{{......{{{{,.....,,,||||,.((((((((((((((...((((((..........((((((({{((((((((((..,{{.{{{,....{({..((((..((((((((((((.....,.,,......},.......))))))))))))..)))).}}}..{{{{{.{{......,...(((.{(((..{{((((((((,((({.....{((((((((((.,,...((((((((((.(((.{{({{,..,,,......(((((({{((((((,.(((((((,{,((((.....,))),,}(((.(.((((........)))).).)))....)))))...))))))..}}.)))))).....(((((.......})))}.,,,.....,,.{{(((((....}}}}}||,,..................,.}},,,,,(((..((((((..{((,{,,.....(((((....{(((((((((((.{(((.......)))}(((((........))))){((..((({.(({{,,,..}})))))..)))..((((.((.(((((((....))))))).))))))...))))....)))))))}.))))).......,,,,}.}}}..)))))).))).}))),},))).))),}))))))....})))))))))}.....))}})))).))}|.....,,.......(((({...))))).,{{{{{{(((((,,,{|,|{,||,..},..}})}).,,}.......)))))).,})))}{,((((((.((((........)))).)))))),},}||,{{{{{{{||{((({{{{{((((((({{.,(((((......))))))))).))))}....({(((.(((.((((((((((....))})}))}}))).))).))),..,,,|,.{{{,,...)))...{(((((((.,,....,,.)))))))}{((.(({|....}))).})))}}}||}}}.(((({({((,.,,}}},..}}},...,{{,,((({,({,,..,,.,}),}}}||||}}}.)))))}})}..,,,,},.}}}}.}}}}}}),,)}}}}}}........)),}}}}}..}}}}}}}(((((((((((((((.,(((((((...........,)))).)))))))}.....,))).))))))}..((((((((.(((....))).)))))))){{{..,{{{....{((({{,......,}))})}.....}},)}}))))))))))))))))))))))))....))))..)))))))))),||...})})}...((((.((((......))))..))))...{,{....,))),..,}..)))))))........,,.|,,,,..})))))).).))......)))))))).)))})},..)))))))},,,}{||{|{(((((((((.((...{(((({..(((({.((((((....))))))}))))..}.)))).}..)))))}....})))))|,,|||}|.{{{{{{{{{|||,{{((((((,{{,{{{.(((((({{,{((({..{,,{|||}.,,.{{,{,...{{{{{{.{((((,,,,,|}|||||||||,,.|{,,|||||{.|{{,,,.,||,.|||,,....,......,{((({{({..||||.,||||}|,.}|||}}}}}}}..,{(((.{{{|||...{{{{...||,{{|||||}||||||{{{{.......}},,,,|{{{{..,.{{{{.,|||,||...,)),)))},)}}||,,|||||,,|||||}}}.)),},)))).||||||,|((((((((....))))))))}..}}}}}|..}}}.}}.....,}))}..)))))).))}},(((((((((((.((((.....))))..),})))))))))(((((((({({,,,,....|{|...|||,,.(((((..(((..((((((((((((((((((....(((((((.,,{,.((((((((({...})))}..(((((((((...(((((((((((({....(((((....)))))...(((((((...............((((((.((((.....)))).))))))(((((((....(((.((((((.((((((((((....{.{(((.(((......})),)))}.)....))))))....)))).)))))))))..))))))))))))))...,(((.(((((....)))))..))).|.((((..(({.(((((.......))))).,))..)))).))))))))))))))))))))))....(((((((.....))))..))).,((,{(((((((((..(((...(((...)))....)))))))))))).}}),,,.)))))...}),...)))))))..)))))))),.(((((({....(((((.((((.........)))).))))).,)))))||,}...(((((...)))))........((((((............)))))).,((((((,....{{||||}|,.......,}}}}}}...)))))),.(((((({.{{{{{...(({{,{.,,,......}))),,.}))))......,.))))))))))))))))).))).))))).,|||,,.,,,.,))))).}}.}))))))))))))),))})))}...})))))),))}}.,.,))).}))})))),..|||{,||{,.,{{{{....(((((..{((({...)))))..))))).}}}},))),,,))}).)))))))..((((((..,{.....}}.)))))).(((((.((..(((..((((....,))))....)))..)).))))).))))).})))))))..))))}..,)))..))))......)))))),.......,{((((........)))))))).}}))))))..)))))).(((((...))))).....}}))}}}})}))..)))),)))..))))).,,.(..(((((.....)))))..){,,(,,{.....))))...))))))},))}}...)).)))))))).......,,,,,.)))))}},})})))))))),{{(((({......................)),,)))).......
Back