Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406726.1
Sequence Length
1259 nt
GC Content
0.5616
AGUCCCCGCUGAGACUGAGCAGACGCCUCCAGGAUCUGUCGGCAGCUGCUGUUCUGAGGUCACACAGCUCAUGAGGGGUGGAACUAGAUUCACCCUAGGCCUCGCUGAUCUCUGUACAACGGGGGCCAGAGCUCUUCUGAGGAAGGCAGGCUUCCCUUUGUACCUGCACUGACUUUUUUCUCCUUUUGGAGGGAGAGCAGAGACCAUGUCUGACAUAGAAGAGGUGGUGGAAGAGUACGAGGAGGAGGAGCAGGAAGAAGCAGCUGUUGAAGAGCAGGAGGAGGCAGCGGAAGAGGAUGCUGAAGCAGAGGCUGAGACCGAGGAGACCAGGGCAGAAGAAGAUGAAGAAGAAGAGGAAGCAAAGGAGGCUGAAGAUGGCCCAAUGGAGGAGUCCAAACCAAAGCCCAGGUCGUUCAUGCCCAACUUGGUGCCUCCCAAGAUCCCCGAUGGAGAGAGAGUGGACUUUGAUGACAUCCACCGGAAGCGCAUGGAGAAGGACCUGAAUGAGUUGCAGGCGCUGAUCGAGGCUCACUUUGAGAACAGGAAGAAAGAGGAGGAGGAGCUCGUUUCUCUCAAAGACAGGAUCGAGAGACGUCGGGCAGAGCGGGCCGAGCAGCAGCGCAUCCGGAAUGAGCGGGAGAAGGAGCGGCAGAACCGCCUGGCUGAAGAGAGGGCUCGACGAGAGGAGGAGGAGAACAGGAGGAAGGCUGAGGAUGAGGCCCGGAAGAAGAAGGCUUUGUCCAACAUGAUGCAUUUUGGGGGUUACAUCCAGAAGACAGAGCGGAAAAGUGGGAAGAGGCAGACUGAGCGGGAAAAGAAGAAGAAGAUUCUGGCUGAGAGGAGGAAGGUGCUGGCCAUUGACCACCUGAAUGAAGAUCAGCUGAGGGAGAAGGCCAAGGAGCUGUGGCAGAGCAUCUAUAACUUGGAGGCAGAGAAGUUCGACCUGCAGGAGAAGUUCAAGCAGCAGAAAUAUGAGAUCAAUGUUCUCCGAAACAGGAUCAACGAUAACCAGAAAGUCUCCAAGACCCGCGGGAAGGCUAAAGUCACCGGGCGCUGGAAAUAGAGCCUGGCCUCCUUCACCAAAGAUCUGCUCCUCGCUCGCACCUGCCUCCGGCCUGCACUCCCCCAGUUCCCGGGCCCUCCUGGGCACCCCAGGCAGCUCCUGUUUGGAAAUGGGGAGCUGGCCUAGGUGGGAGCCACCACUCCUGCCUGCCCCCACACCCACUCCACACCAGUAAUAAAAAGCCACCACACACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-442.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -463.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 234.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((.((..((...(.(((((..(.(((.((((((((((((.((((((((((...((.....)).((((((((......)))))))).)))))).(((.(((((((...))))))).))).((((((((..(((((.....)))))((((((((((...(((.((((((.((((....)))))))))))))..(((((.(((........))).)))))...)).)))))))).)))))))).))))..))))))))))))))).).))))).).(((((........)))))..))..)).)).))..)).)).)))....................................((.((((.......((....(((((((((((.......((((.((((.((((.(((((..(((.....(((((.........((((..(..((((....))))..)..))))..(((((.((((.((..(..((.((((......((((.((((((..((((..((..((((((((.......(((((((.........))).))))))))))))..))..)))).)).))))..))))..))))))...)..)))))).))))).......))))))))..).)))))))).)))))))).......)))))).....(((.(((((..(....((.((...(((.((((.(.(((((((.........((((((((............((((((((....).)))))))))))))))....((.((((..(((((((.((.(((.((((.............)))).))).)).(((((.(((((((((((.((..((..((((.......))))....))..)).)))))..((((.(.((((((...(((....(((((((((......(((.((((((..((((((..........((......)).........))))))....)))).)))))............)))))))))......(((((((....((...((((((.(((....))).)))))).))))))).))..))))))))).)..)))))))))).)))))...)))).))).)))).)).)))))))))))).))).))))...)..))))).)))((...(((((.((.(((...(((((......)))))...))).)))))))...)).))))).....)).......)))).)).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((((((((.{..,{..{{...,.(((((..,.(((.((((((((((((.((((((((((...{{.....}).((((((((......)))))))).)))))).(((.(((((((...))))))).))).((((((((..(((((.....)))))((((((((((.{.(((.(((((((((((....)))))))))))))..(((((.(((........))).)))))...)).)))))))).)))))))).))))..))))))))))))))).}.))))).},|{||{.....{,,|||||..||.{{{{|,...,{{{{(,.{{|(.((((..............................,{.((((......}}}},..((((,,,,|||,......,|}}},|||},{||.,||{,..|||}}}}}}}}|{|,,.{{{,,{,{|,.|..{{,{,,,.}))}.....))))}.(((((.((((.((..,..((.((((......((((.(((({(..((((..((..((((((({......,{{,,((.(((......))).))))))))))))..))..)))).}).))))..))))..))))))...}..)))))).)))))..,.}})))).)}.|,.{{||,,,,,)}))||||,|{..{{{.||||||.....},|{,(({((,{..{{((,({...(((.((((.(.(((((((.........((((((((............((((((({....}.))))))))))))))).,..,{.((((..(((((((.((.(((.((((.............)))).))).)).(((((.(((((((((((.((..((..((((.......))))..,.))..)).)))))..((((.(.((((((...{{{....(((((((((......{((,({((((..((((((..,....,..{{......)).........))))))....)))).)),,}............)))))))))......(((((((....((...((((((.(((....))).)))))).))))))).))..})})))))).)..)))))))))).)))))...)))).))).)))).)),)))))))))))).))).}}}}{((((((((((.,,......,,)))))))||))}.(((((...}}})).))))))))},))}))...})).))),.}}))})........,}}}.,,.........
Back