Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406838.1
Sequence Length
2684 nt
GC Content
0.6360
AGUGGCUGCCCGCACUGCGCCCGGGCGCUCGCCUUCGCUGCAGCUCCCGGUGCCGCCGCUCGGGCCGGCCCCCCGGCAGGCCCUCCUCGUUAUGGCCGCGGCCUCCUCCCCGCCCAGGGCCGAGAGGAAGCGCUGGGGUUGGGGCCGCCUGCCAGGCGCCCGGCGGGGCAGCGCGGGCCUGGCCAAGAAGUGCCCCUUCUCGCUGGAGCUGGCGGAGGGCGGCCCGGCGGGCGGCGCGCUCUACGCGCCCAUCGCGCCCGGCGCCCCAGGUCCCGCGCCCCCUGCGUCCCCGGCCGCGCCCGCCGCGCCCCCAGUUGCCUCCGACCUUGGCCCGCGGCCGCCGGUGAGCCUAGACCCGCGCGUCUCCAUCUACAGCACGCGCCGCCCGGUGUUGGCGCGCACCCACGUCCAGGGCCGCGUCUACAACUUCCUCGAGCGUCCCACCGGCUGGAAAUGCUUCGUUUACCACUUCGCCGUCUUCCUCAUCGUCCUGGUCUGCCUCAUCUUCAGCGUGCUGUCCACCAUCGAGCAGUAUGCCGCCCUGGCCACGGGGACUCUCUUCUGGAUGGUCACAGUCACCACCAUCGGCUAUGGGGACAAGGUGCCCCAGACGUGGGUCGGGAAGACCAUCGCCUCCUGCUUCUCUGUCUUUGCCAUCUCCUUCUUUGCGCUCCCAGCGACCGCAUGGAGGUGCUAUGCUGCCGAGAACCCCGACUCCUCCACCUGGAAGAUCUACAUCCGGAAGGCCCCCCGGAGCCACACUCUGCUGUCACCCAGCCCCAAACCCAAGAAGUCUGUGGUGGUAAAGAAAAAAAAGUUCAAGCUGGACAAAGACAAUGGGGUGACUCCUGGAGAGAAGAUGCUCACAGUCCCCCAUAUCACGUGCGACCCCCCAGAAGAGCGGCGGCUGGACCACUUCUCUGUCGACGGCUAUGACAGUUCUGUAAGGAAGAGCCCAACACUGCUGGAAGUGAGCAUGCCCCAUUUCAUGAGAACCAACAGCUUCGCCGAGGACCUGGACCUGGAAGGGGAGACUCUGCUGACACCCAUCACCCACAUCUCACAGCUGCGGGAACACCAUCGGGCCACCAUUAAGGUCAUUCGACGCAUGCAGUACUUUGUGGCCAAGAAGAAAUUCCAGCAAGCGCGGAAGCCUUACGAUGUGCGGGACGUCAUUGAGCAGUACUCGCAGGGCCACCUCAACCUCAUGGUGCGCAUCAAGGAGCUGCAGAGGAGGCUGGACCAGUCCAUUGGGAAGCCCUCACUGUUCAUCUCCGUCUCAGAAAAGAGCAAGGAUCGCGGCAGCAACACGAUCGGCGCCCGCCUGAACCGAGUAGAAGACAAGGUGACGCAGCUGGACCAGAGGCUGGCACUCAUCACCGACAUGCUUCACCAGCUGCUCUCCUUGCACGGUGGCAGCACCCCCGGCAGCGGCGGCCCCCCCAGAGAGGGCGGGGCCCACAUCACCCAGCCCUGCGGCAGUGGCGGCUCCGUCGACCCUGAGCUCUUCCUGCCCAGCAACACCCUGCCCACCUACGAGCAGCUGACCGUGCCCAGGAGGGGCCCCGAUGAGGGGUCCUGAGGAGGGGAUGGGGCUGGGGGAUGGGCCUGAGUGAGAGGGGAGGCCAAGAGUGGCCCCACCUGGCCCUCUCUGAAGGAGGCCACCUCCUAAAAGGCCCAGAGAGAAGAGCCCCACUCUCAGAGGCCCCAAUACCCCAUGGACCAUGCUGUCUGGCACAGCCUGCACUUGGGGGCUCAGCAAGGCCACCUCUUCCUGGCCGGUGUGGGGGCCCCGUCUCAGGUCUGAGUUGUUACCCCAAGCGCCCUGGCCCCCACAUGGUGAUGUUGACAUCACUGGCAUGGUGGUUGGGACCCAGUGGCAGGGCACAGGGCCUGGCCCAUGUAUGGCCAGGAAGUAGCACAGGCUGAGUGCAGGCCCACCCUGCUUGGCCCAGGGGGCUUCCUGAGGGGAGACAGAGCAACCCCUGGACCCCAGCCUCAAAUCCAGGACCCUGCCAGGCACAGGCAGGGCAGGACCAGCCCACGCUGACUACAGGGCCGCCGGCAAUAAAAGCCCAGGAGCCCAUUUGGAGGGCCUGGGCCUGGCUCCCUCACUCUCAGGAAAUGCUGACCCAUGGGCAGGAGACUGUGGAGACUGCUCCUGAGCCCCCAGCUUCCAGCAGGAGGGACAGUCUCACCAUUUCCCCAGGGCACGUGGUUGAGUGGGGGGAACGCCCACUUCCCUGGGUUAGACUGCCAGCUCUUCCUAGCUGGAGAGGAGCCCUGCCUCUCCGCCCCUGAGCCCACUGUGCGUGGGGCUCCCGCCUCCAACCCCUCGCCCAGUCCCAGCAGCCAGCCAAACACACAGAAGGGGACUGCCACCUCCCCUUGCCAGCUGCUGAGCCGCAGAGAAGUGACGGUUCCUACACAGGACAGGGGUUCCUUCUGGGCAUUACAUCGCAUAGAAAUCAAUAAUUUGUGGUGAUUUGGAUCUGUGUUUUAAUGAGUUUCACAGUGUGAUUUUGAUUAUUAAUUGUGCAAGCUUUUCCUAAUAAACGUGGAGAAUCACAGGCUGGGCUGGGCACUGCUCUCACCUUGGUUCCUGGGGCAUCCAUGGGGUCUCUCACAGACAGGACCCCUGCAGUUCCCCUGGAAGCAGUGCCCAGGUGGCUGUGGAAUAGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1163.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1210.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 662.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((((((...)))..((((((((.((((((.((((((((((.((((((((((...(((((.(((....))).)))))..........(((((((((.........)))..((((((((.(((.(((((((((.((.((((((..(((.((.((.(((.(((((.(((.((((((((.........((((..((.((((......))))))))))(((((((((.(.((((((.....))))))...).)).)))).)))))))))))))))))))))).)).)).))).)))...))).)).)))))).))).)))...))))))))))))))...((((.((((......((((((((........)).)))))).((((((((.((.(.((((.(((.(((((((...............((((((.(((......((((((((((((...))))).)))....))))(((((((....((((.((.(((((.........(((((((((.(......).)))))))))..(((((....)))))...(((((((((..((((.((((.((((((((.((((.(((((.(..(((((..((((.((((((((((.........((.....))(((((.((...((.(((((((.......((((...)))).......))))))).))....)).))))).))))))((.(((....))).))......(((((........))))).))))..))))..).))))..)))))).........)))).))))))))............(((((...))))).......((((((.((((....(((........)))..))))))))))...)).)).))))..))))))))).))))))))))).((....((((((.......))))))....)).)))))))..........((((...((...((((........))))...))...))))..)))))))))))))))).))).((((....))))((((.....................)))))))).)..)).))))))))...(((((((((..((((.(((.(((.....(((.(........).))).....))).))))))).)))))..))))((((((((((......)).)).)))))))))))))).........))))).)))))..)))))))))).))))))((((....))))..(((...)))....(((((.(((.......)))...)))))..(((((.(.......).))))))))))))).....((((.(.......(((((.((.((((((((....(((((((..............)).))))).)))))))))).)))))).))))))))))))...(.(((((.(((((((((((.....))).)))))).......((((((((((.(((((.((.(((((.(......).)))))))..)))))))).......((((.(......).))))......((((((((((((((((((...(((((((...((((.((((..(((((((((((..((((((...(((((((((.(((((.(.(((....)))))))))(((((((.((((((...))))))........)))))))......))).)))))).)))))).....(((((.(...((.(((((.....))))).))..).)))))(((((((..(((.....((((((((((((((((((((((.(((....(((..........)))....)))....)))))))))))(((((((....))))))).((((((..((((((.(((.(((......))).))))))))))))))).)))))))))))..)).)..)))))))(((((.....)))))...((((((((((((((((((((((((...((((....((((((.............))))))..((((((..((....))..))))))..(((((((.(((..(((..(((((...(((.......)))...).))))...)))..))).)))).))))))).))).))))))))))..)))..))).)))))(((((.(.((....)).))))))...))))))))))).((((((((((.((((((.........(((((((.........(((((((.(...).))))))))))))))..)))))).....))))))).)))(((((((.......)))))))(((((...((.......))..))))))))).))))..))))))).........(((((((..((...........(((((((........)))))))))..))))))).((((((......)).))))((((....))))..)))))))))))))))))).....((((...............))))(((((((...(((((((((....(((((((((((((((((....)))))..)))))).))))))........)))))))))))))))).)))))))((((((((((((...........(((.((((.((....(((((((..........)))))))....)).)))).))))))))))))))))).))))).)........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({,((((((,{{.,,|||,.((((((((.((((((.((((((((((.((((((((((...(((((.(((....))).))))).....,...{(((((((((.........||}..((((((((.(((.(((((((((.((.((({(({.(((.((,((.{((,(((((.(((,((((((((.......,.{({(||{{,(((({,.,.,))))}}})}}||({{((((,(.((((((.....))))))...}.)))},))}))})))))}))))))))))))),)},}).))).)})}..))).)).))))))}})).)))...))))))))))))))|,,((((.({{{...,,.((((((((........)).)))))).|{,{||{{{,({{{{{,.{{{.,,.,,.))),))}}}},,,..|.,,{{{|{{|{{{{|..||((((((({{{,,,|}}},.}||....||,((((((({,...((((.(((((,,{.,.......(((((((((.(......).))))))))).,(((((....))))).,.(((((((((..((((.(({{.((((((((.((((.(((((.{..(((((..((((.((((((((((..,......((,,,,,||{((((.({....(,(((((((......,(({{...))}),..,,,.))))))),...,..)).))))}.)))))){{.{((....))).},......{((((........))))),))}),,))))..).))))..}))))).........)))).))))))))............(((({...}))))...|,..((((((.((((...,(((........))).,))))))))))...,,.)).))))..))))))))){((((((((......{(({({{..,.,{{{..{{.||{((((,,..,,.}}}}}....}}.,}}}}||}||}.,}}|},}.,.,,.)}.)})}}....))))..))))),))))).))))..})}.)))))))).,,||{{|......,,.{(({((.{,..,.|{||{|||,,..,|.{{|({{{,{,...,,|||,.||||,|||,,}|.}}..,,})))),,..))}}...)))),)),.|||||},.|}||,..}}})|||}|}}||,...}}}},.)}.}})),}))))}}))....,,...,)))).)))))..)))))))))).))))))((((....}))}..(((...}))..,|{((((.{{{.......,}}...))))}.,(((((.(.......).))))))))))))).....,,{{.,.......(((((.((.((((((((....((((({{,...........,.),.))))).)))))))))).)))))).))))))))))}},,{(.(((((.(((((((((((.....))).)))))).......((((((((((.(((((.((.(((((.(......).))))),,},)))))))).......((((.(......).)))).,|...((((((((((((((((((,.((((((((...((((.((((.,(((((((((((..((((((...{((((((((.(((({,(.(((....)))))))))(((((((.((((((...))))))........))))))).....,))).)))))}.)))))).....(((({.({..((.(((({...,.}}})),||,.|||||||(((((((..|{{,.,,.((((((((((,(((((((((((.{({,{..((..,{|....,,},},..,)))....)))))))))))(((((((....))))))).((((({.{((((((.(((.(((......))).))))))))))))))).,)))))))))).,)|.,..))))))){(((|,,,..})}))...{(((((((((((((((((((((((...({{{....((((((.............)))))).{((((((..,,...}))}}))}}||.{(((((((.(((..(({.,((((,.,.(((.......)))..}}.))))...)))..))).)))))})))))).))).)))))))))}..))}..))).))))|{((((.(.((,,.,}).}))))},..))))))))}}}||(((((((((.((((((.,.......(((((((.........(((((((.{...).)))))))))))))),.)))))),}..,}}))))).)))|((((((.......)))))))|||||,{,(({{,,...,}}}))))))))).))))..)))))))}....,,,,(((((((..((...........(((((((........)))))))))..))))))){((((((......)).))))|{{,....,))),.))))))))))))))))))...,,{((({{,,.........,,))))|||{{{{...{{{|{{{{{....(((((((((((({((((....,}})),.)))))).)))))).,,,....,,}}},)))))}}))).)))))))((((((((((((...........(((.((((.{{.,,.(((((({,{....,...))))))),,..},.)))).))))))))))))))))).))))),)....,,..
Back