Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406985.1
Sequence Length
2511 nt
GC Content
0.6336
AGUGUUCGCGGGAGCGCCGCACCUACACCAGCCAACCCAGAUCCCGAGGUCCGACAGCGCCCGGCCCAGAUCCCCACGCCUGCCAGGAGCAAGCCGAGAGCCAGCCGGCCGGCGCACUCCGACUCCGAGCAGUCUCUGUCCUUCGACCCGAGCCCCGCGCCCUUUCCGGGACCCCUGCCCCGCGGGCAGCGCUGCCAACCUGCCGGCCAUGGAGACCCCGUCCCAGCGGCGCGCCACCCGCAGCGGGGCGCAGGCCAGCUCCACUCCGCUGUCGCCCACCCGCAUCACCCGGCUGCAGGAGAAGGAGGACCUGCAGGAGCUCAAUGAUCGCUUGGCGGUCUACAUCGACCGUGUGCGCUCGCUGGAAACGGAGAACGCAGGGCUGCGCCUUCGCAUCACCGAGUCUGAAGAGGUGGUCAGCCGCGAGGUGUCCGGCAUCAAGGCCGCCUACGAGGCCGAGCUCGGGGAUGCCCGCAAGACCCUUGACUCAGUAGCCAAGGAGCGCGCCCGCCUGCAGCUGGAGCUGAGCAAAGUGCGUGAGGAGUUUAAGGAGCUGAAAGCGCGCAAUACCAAGAAGGAGGGUGACCUGAUAGCUGCUCAGGCUCGGCUGAAGGACCUGGAGGCUCUGCUGAACUCCAAGGAGGCCGCACUGAGCACUGCUCUCAGUGAGAAGCGCACGCUGGAGGGCGAGCUGCAUGAUCUGCGGGGCCAGGUGGCCAAGCUUGAGGCAGCCCUAGGUGAGGCCAAGAAGCAACUUCAGGAUGAGAUGCUGCGGCGGGUGGAUGCUGAGAACAGGCUGCAGACCAUGAAGGAGGAACUGGACUUCCAGAAGAACAUCUACAGUGAGGAGCUGCGUGAGACCAAGCGCCGUCAUGAGACCCGACUGGUGGAGAUUGACAAUGGGAAGCAGCGUGAGUUUGAGAGCCGGCUGGCGGAUGCGCUGCAGGAACUGCGGGCCCAGCAUGAGGACCAGGUGGAGCAGUAUAAGAAGGAGCUGGAGAAGACUUAUUCUGCCAAGCUGGACAAUGCCAGGCAGUCUGCUGAGAGGAACAGCAACCUGGUGGGGGCUGCCCACGAGGAGCUGCAGCAGUCGCGCAUCCGCAUCGACAGCCUCUCUGCCCAGCUCAGCCAGCUCCAGAAGCAGCUGGCAGCCAAGGAGGCGAAGCUUCGAGACCUGGAGGACUCACUGGCCCGUGAGCGGGACACCAGCCGGCGGCUGCUGGCGGAAAAGGAGCGGGAGAUGGCCGAGAUGCGGGCAAGGAUGCAGCAGCAGCUGGACGAGUACCAGGAGCUUCUGGACAUCAAGCUGGCCCUGGACAUGGAGAUCCACGCCUACCGCAAGCUCUUGGAGGGCGAGGAGGAGAGGCUACGCCUGUCCCCCAGCCCUACCUCGCAGCGCAGCCGUGGCCGUGCUUCCUCUCACUCAUCCCAGACACAGGGUGGGGGCAGCGUCACCAAAAAGCGCAAACUGGAGUCCACUGAGAGCCGCAGCAGCUUCUCACAGCACGCACGCACUAGCGGGCGCGUGGCCGUGGAGGAGGUGGAUGAGGAGGGCAAGUUUGUCCGGCUGCGCAACAAGUCCAAUGAGGACCAGUCCAUGGGCAAUUGGCAGAUCAAGCGCCAGAAUGGAGAUGAUCCCUUGCUGACUUACCGGUUCCCACCAAAGUUCACCCUGAAGGCUGGGCAGGUGGUGACGAUCUGGGCUGCAGGAGCUGGGGCCACCCACAGCCCCCCUACCGACCUGGUGUGGAAGGCACAGAACACCUGGGGCUGCGGGAACAGCCUGCGUACGGCUCUCAUCAACUCCACUGGGGAAGAAGUGGCCAUGCGCAAGCUGGUGCGCUCAGUGACUGUGGUUGAGGACGACGAGGAUGAGGAUGGAGAUGACCUGCUCCAUCACCACCACGGCUCCCACUGCAGCAGCUCGGGGGACCCCGCUGAGUACAACCUGCGCUCGCGCACCGUGCUGUGCGGGACCUGCGGGCAGCCUGCCGACAAGGCAUCUGCCAGCGGCUCAGGAGCCCAGGUGGGCGGACCCAUCUCCUCUGGCUCUUCUGCCUCCAGUGUCACGGUCACUCGCAGCUACCGCAGUGUGGGGGGCAGUGGGGGUGGCAGCUUCGGGGACAAUCUGGUCACCCGCUCCUACCUCCUGGGCAACUCCAGCCCCCGAACCCAGAGCCCCCAGAACUGCAGCAUCAUACAAGAGAUGGGAAUGAGGUGGGAGGUGGAAGAAGGGAGAAGAAAGGUGAGUUUGAGCUGCCUUCCCUAGCUUUAGACCCUGGGUGGGCUCUGUGCAGUCACUGGAGGUUGAAGCCAAGUGGGGUGCUGGGAGGAGGGAGAGGGAGGUCACUGGAAAGGGGAGAGCCUGCUGGCACCCACCGUGGAGGAGGAAGGCAAGAGGGGGUGGAGGGGUGUGGCAGUGGUUUUGGCAAACGCUAAAGAGCCCUUGCCUCCCCAUUUCCCAUCUGCACCCCUUCUCUCCUCCCCAAAUCAAUACACUAGUUGUUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1102.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1141.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..((((.....)))).......((((.(..(((...((((....(((..(((((((((((...((((.(((...((((..(((((..(((.((.(((..(((((..((((..((..(((..(((((((((((((((((((..(((((((..(((..((.((.((.((((((((((...))))))((((((......((..(((.(((.(((...))))))..)))..)).....))))))(.((((....((((((((((((....((((.(((..((.(((((((((((((((.(...(((..((....))..)))............((((((......))))))((((((((..(((..((.(((..((.(((((((((.....(((((.((((((((....((((((((.((((.((....)))))).....))))))))....))....)))))).))))).))).)).)))))).))).))..)))..)))))))).).))))))))))).).)))))...))).)))))))))....)))))))...)))).)....((.....)).))))..)).)).)).)))...))))))).))))))))..))))(((((((.(..(((....)))..))))..)))))))))))..)))..)).))))..)))))..)))..((((((.(.((((.((((((.(((((((..((((.(((....)))))))..))))).((((...))))......((((((((((((..((...........))..))))))).((........))..((((....)))).....)))))(((.((.(((((((((.(.((((...(((((((.........))).)))).....(((((.((((..((((...........((((((.(((((((((((.((((((...))))(((((.((..((((..(((((((((((...........(((((((............(((((..((........))..)))))...((.((((((..((((..(((.(((((.....))))).))).)))).....((((.((....))..))))..)))))).))))))))).(((((((.(....).))))))).(((.....)))...)))))...))))))....)))))))))))....((((....)).))(((((((((((.((((...(((((.((((((((((((.(.((((.((.(((.(.((((....)))).)......((((((((((.(((..........(((..((((........)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))).))..))))..).))))))).))))).))).))..((((..(((((.((((.(.(.(((((........((((......((.((((.((..((((.((.((((....(((((((((...(((((((((..(((((((((((.......(((((((((.((((((..((.(((..(((((......((((((((.(.(((.((.(((((.(((..(((......)))..)))...)))))..)).)))))))..)))))....(((.(((((...(((((.((....)).))))).))))).)))......((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((.....)))).)).(((.........)))))))))).)))..))))).))).)).)))))).)))..))))))..........)))))))))))..)))))))))....))).)))))).((.(((...((.((.((..(((((((........)))))))..)))).))..))))))))).)).)))).))))))))))))...........)))))).).)))).)).)))..)))).)))).))))))).))))...)))))))))))))))))))(((((((.(((((((....))))))).....))))))))))).)))).))))).)))).).))))))).)).)).))).((((((...((((((((.(((...((((((......))).)))))).))))))))(((......)))))))))....)).).))))))))).))))))).((((.(........)..))))(((.((((.(((..(((((.((...(((......)))...)).))))).))).))))..))))).)))..)))))..))))....))).))))...))).....)))))))))))...))))..)))..)...))))...((((.(.(((....))).))).)).(((.((((((.(...((((((((((.(((((.(.(((((.(((((((((....))))..))))).))))).)))).........)).)))))))))))))))))))).......)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,.((((,..,.}|}}.{{{...(((({(..(((...((((....(((..(((((((((((...((((.(((.{.((((,.(((((..(((.((.(((..(((((.,((((.,((..(((..(((((((((((((((((((..(((((((..((((.{{.{,,(({.(((((((((((((((..((((.(((...,,(,.((..,(((.....)}))})))),)))))))..)))}}.}})))))((..((((((((((((((....((((.(((..((.(((((((((((((((.{.,{(.,..||,.{.|{,{|||...,...,))).{{((((......))))}}((((((((..(((..((.(((..((.(((((((((.....(((((.((((((((...,((((((((.((((.((....)))))).....)))))))).,..}}....)))))).))))).)))},).)))))).))).))..)))..)))))))).}.))))))))))).).)))))...))).)))))))))....)))))))...))..))....((.....))}))).}.))})}.})..))...))))))).))))))))..))))(((((((.(..(((....)))..))))..)))))))))))..))),,)}.)))).,)))))..)))..((((((.(.((((.((((((.(((((((..((((,,((....)))))))..))))}.{{{{...||||..,.,{,|.{{(((((((..((...,.......})..))))))).{|,|...||,||..((((....)))).....,.}|{(((.((.(((((((((.(.((((...(((((((.........))).)))).....(((((.{{((,.((((...,,{,..,.((((({{(((((((((((,(((({({..{((((((((({(,,({((.,({{((((((((...........(((((((,,,{,.,...,,||(((..{(,.,.....))..))))},,}({,((((((,.{(((,.{{(,(({({,,,,,|}}}|,|||.||||,.{{,{(({.((..,{||,,|}}}.{||}}||,}|||}||||.(((((((.,....}.))))))).(((.....)))...))))),..,}}}}).},.))),}))))||||..{|||..,.||.||(((({{{{|||,||||.....|||}||||||{|||{{.|,||||}||.,||.|}|{||,}}.|||}....,,,.((((((((((.(((..........(((..((((,.....,.)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))),)}.,}))),}).)})))))})))))}))).|{{{(((,...,...}||||}},|,,((({,........|||}...,,({.(({{.{{..({((.{{.{{{{,,,,{((((((((...(((((((((..((((((((((({,,.,..(((((((((,({((((,.{{.||||,(((((,.,...,{((((,..{.(({.{{.{(({{.({{..((({,.,.|)}}..}}|,..})))}..}}.)))}}}},,)}}}}..||(((,(((((...(((((,((....)).))))).))))).))},..||,((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((,...,)))).)).{({.........)))))))))).)))..})))).}}}.}}.)))))).)),.,)))))}.........,}))))))))))..)))))))))..,.))).)))))},||.||{.|.((.((.((..(((((((........)))))))..)))).)).})))},)))).)).||||||}|}}}|))|}},|||.....,||||}}},)|)},,))}))))))))).,)))),)}}}}))}))},...,}))))))))))))))))),(((({{.(((((((....))))))),}}},)))))}})))).)))}.))))).)))).).))))))).)).)).)))}((((((...((((((((.(((...((((((......))).)))))).))))))))((({....})))))))))...,)}.).))))))))).))))))).{{........,,,|{{..{{{(((,((((,(((..(((((.{(...{{{......)))...)),)))))})},,)))),.,)))).)))..))))),.)))).,..))).))))...))).....))))))))}}},,,))))..))).})...))))..,}|||.|.{||,,,.))).)}}....(((.((((({,(,..((((((((((.(((((.(.(((((.(((((((((....)))},,,)))).))))).)))).....,...)).)))))))))))))))))))}.......}}}}}.,.........
Back