Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406990.1
Sequence Length
2354 nt
GC Content
0.6347
AGUGUUCGCGGGAGCGCCGCACCUACACCAGCCAACCCAGAUCCCGAGGUCCGACAGCGCCCGGCCCAGAUCCCCACGCCUGCCAGGAGCAAGCCGAGAGCCAGCCGGCCGGCGCACUCCGACUCCGAGCAGUCUCUGUCCUUCGACCCGAGCCCCGCGCCCUUUCCGGGACCCCUGCCCCGCGGGCAGCGCUGCCAACCUGCCGGCCAUGGAGACCCCGUCCCAGCGGCGCGCCACCCGCAGCGGGGCGCAGGCCAGCUCCACUCCGCUGUCGCCCACCCGCAUCACCCGGCUGCAGGAGAAGGAGGACCUGCAGGAGCUCAAUGAUCGCUUGGCGGUCUACAUCGACCGUGUGCGCUCGCUGGAAACGGAGAACGCAGGGCUGCGCCUUCGCAUCACCGAGUCUGAAGAGGUGGUCAGCCGCGAGGUGUCCGGCAUCAAGGCCGCCUACGAGGCCGAGCUCGGGGAUGCCCGCAAGACCCUUGACUCAGUAGCCAAGGAGCGCGCCCGCCUGCAGCUGGAGCUGAGCAAAGUGCGUGAGGAGUUUAAGGAGCUGAAAGCGCGCUUGAGGCAGCCCUAGGUGAGGCCAAGAAGCAACUUCAGGAUGAGAUGCUGCGGCGGGUGGAUGCUGAGAACAGGCUGCAGACCAUGAAGGAGGAACUGGACUUCCAGAAGAACAUCUACAGUGAGGAGCUGCGUGAGACCAAGCGCCGUCAUGAGACCCGACUGGUGGAGAUUGACAAUGGGAAGCAGCGUGAGUUUGAGAGCCGGCUGGCGGAUGCGCUGCAGGAACUGCGGGCCCAGCAUGAGGACCAGGUGGAGCAGUAUAAGAAGGAGCUGGAGAAGACUUAUUCUGCCAAGCUGGACAAUGCCAGGCAGUCUGCUGAGAGGAACAGCAACCUGGUGGGGGCUGCCCACGAGGAGCUGCAGCAGUCGCGCAUCCGCAUCGACAGCCUCUCUGCCCAGCUCAGCCAGCUCCAGAAGCAGCUGGCAGCCAAGGAGGCGAAGCUUCGAGACCUGGAGGACUCACUGGCCCGUGAGCGGGACACCAGCCGGCGGCUGCUGGCGGAAAAGGAGCGGGAGAUGGCCGAGAUGCGGGCAAGGAUGCAGCAGCAGCUGGACGAGUACCAGGAGCUUCUGGACAUCAAGCUGGCCCUGGACAUGGAGAUCCACGCCUACCGCAAGCUCUUGGAGGGCGAGGAGGAGAGGCUACGCCUGUCCCCCAGCCCUACCUCGCAGCGCAGCCGUGGCCGUGCUUCCUCUCACUCAUCCCAGACACAGGGUGGGGGCAGCGUCACCAAAAAGCGCAAACUGGAGUCCACUGAGAGCCGCAGCAGCUUCUCACAGCACGCACGCACUAGCGGGCGCGUGGCCGUGGAGGAGGUGGAUGAGGAGGGCAAGUUUGUCCGGCUGCGCAACAAGUCCAAUGAGGACCAGUCCAUGGGCAAUUGGCAGAUCAAGCGCCAGAAUGGAGAUGAUCCCUUGCUGACUUACCGGUUCCCACCAAAGUUCACCCUGAAGGCUGGGCAGGUGGUGACGAUCUGGGCUGCAGGAGCUGGGGCCACCCACAGCCCCCCUACCGACCUGGUGUGGAAGGCACAGAACACCUGGGGCUGCGGGAACAGCCUGCGUACGGCUCUCAUCAACUCCACUGGGGAAGAAGUGGCCAUGCGCAAGCUGGUGCGCUCAGUGACUGUGGUUGAGGACGACGAGGAUGAGGAUGGAGAUGACCUGCUCCAUCACCACCACGGCUCCCACUGCAGCAGCUCGGGGGACCCCGCUGAGUACAACCUGCGCUCGCGCACCGUGCUGUGCGGGACCUGCGGGCAGCCUGCCGACAAGGCAUCUGCCAGCGGCUCAGGAGCCCAGGUGGGCGGACCCAUCUCCUCUGGCUCUUCUGCCUCCAGUGUCACGGUCACUCGCAGCUACCGCAGUGUGGGGGGCAGUGGGGGUGGCAGCUUCGGGGACAAUCUGGUCACCCGCUCCUACCUCCUGGGCAACUCCAGCCCCCGAACCCAGAGCCCCCAGAACUGCAGCAUCAUACAAGAGAUGGGAAUGAGGUGGGAGGUGGAAGAAGGGAGAAGAAAGGUGAGUUUGAGCUGCCUUCCCUAGCUUUAGACCCUGGGUGGGCUCUGUGCAGUCACUGGAGGUUGAAGCCAAGUGGGGUGCUGGGAGGAGGGAGAGGGAGGUCACUGGAAAGGGGAGAGCCUGCUGGCACCCACCGUGGAGGAGGAAGGCAAGAGGGGGUGGAGGGGUGUGGCAGUGGUUUUGGCAAACGCUAAAGAGCCCUUGCCUCCCCAUUUCCCAUCUGCACCCCUUCUCUCCUCCCCAAAUCAAUACACUAGUUGUUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1032.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1068.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 856.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..((((.....)))).......((((.(..(((...((((....(((..((((((((.(((((..((((((((...((((((((...((((...(((....)))))))...))))(((((((.((((...))))...(((...)))(((((.((((((.((.((((...((((((...))))))..((((((..((((((((..(((....(((((.((.((((((((((.((((...))))..((.((((.(((((((((((((((..((((....(((((((((((((((((..........)))))))...((((.((((((((((((((((......))))).((((((((..(((..((.(((..((.(((((((((.....(((((.((((((((....((((((((.((((.((....)))))).....))))))))....))....)))))).))))).))).)).)))))).))).))..)))..))))))))..((((.((.((((.((((....((((((((....(((((...)))))....))))))))....)))).)))).))))))((...(((..(((((.....((((((((((((..((...........))..))))))).((........))..((((....)))).....)))))....))))).)))...))...)))))))..))))))))..)))...)))))....))....))))..)))))).))))..).)))).)))).)))).)))))))).))....(((((((.((..((((..(((((((((((...........(((((((............(((((..((........))..)))))...((.((((((..((((..(((.(((((.....))))).))).)))).....((((.((....))..))))..)))))).))))))))).(((((((.(....).))))))).(((.....)))...)))))...))))))....)))))))))))))..)))))...)))))))))))....))))))...(((((.((((((((((((.(.((((.((.(((.(.((((....)))).)......((((((((((.(((..........(((..((((........)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))).))..))))..).))))))).))))).))).))..)))).))...))))))))))).((((.........))))....)))))))..(((.(((..((....))..))).)))(.(((.(((....))).))).)))))))))).)))..)))..(((((((....(((((((((.(((.((.....((((.....))))...(((.(((((..(((((((((..((((((((((.(((.....))).)).)))........(((.(((((...(((((.((....)).))))).))))).)))......((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((.....)))).)).(((.........)))))))))).)))..((((.((((((.((((..(.((..((((...))))..)).).)))).)))))).))))..)))))...((.(((((((.(.(((...((.((.((..(((((((........)))))))..)))).))..)))))))))))))(((((.(((..(((((..(((((....((((....))))..)))))..))))).))).))))).((((.......)))))))))))))..)))))))))).))).)))))))))...)))))))(((((..((.((((((((((........((((((((((((((((((...((((((..(((((((((.(((...((((((......))).)))))).)))))((..((((.......))))..)).))))..))))))...)))))..((((........)))).......(((.((((.(((..(((((.((...(((......)))...)).))))).))).))))..)))...)))))...))))).))))))))))))).))))))).)).)))))))))))...))))..)))..)...))))...((((.(.(((....))).))).)).(((.((((((.(...((((((((((.(((((.(.(((((.(((((((((....))))..))))).))))).)))).........)).)))))))))))))))))))).......)))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((..((((...,.}|}}.{{,...(({({(..(((...((((,.{{(((..(((({((({((({{({((.,(((({(((((.({(({..((((,{,((,.,..||},|||{..||||{,{({{,.(({{{((({{{(({({..(({{,.(({({((((({,{(((({,,,,{{{{{(||,|||},|||({(((,..(((({(((..(((....{|{||,||.|{|||||||,.||||...})))}|{(.((((,((((((({(((((((.,((((,,.,(((({((((((((((((..........)))}}}|{.,(((..{{{{{{{{{{((((((......))))),((((((((..(((..((.(((..((.(((((((((.....(((((.((((((((...,((((((((.((((.((....)))))).....)))))))).,..}}....)))))).))))).)))},).)))))).))).))..)))..))))))))..((((.((.((((.((((....((((((((....(((((...)))))....))))))))....)))).)))).)))))),,...{((,.((({{...,|{{{|{|||||||,,||,.,,,,.....}}..|))))||.((.....|}.}}..((((....)))).....}}})},||.||,||{|||||,,|.,,||}}}||,,|||}}}}}..}}),),)))),.,..||,,..|}||..||||}}.}}}}..}.||||,}}||{||||,|||}}||}.|}..,{((((((((((..((((..(((((((((((...........(((((((,,.{,,,.....|{(((..((........))..))))),,}((.((((((..((((..(((.(((((.....))))).))).))))...,.((((.((....))..)))).,)))))).))))))))).(((((((.,....}.))))))).(((.....)))...)))))...})))))....))))))))))))),.})))).,.))}))|))|}},,}|)}))))....||{|}||||||,|||{|.|}|||(|((.{{(,{|(((||||.}|||,.......{((({{|||{,||{.,.,,.....{||,,{|||...,,,}.}}}},)))..))),}}))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).}}}.},.{||||{{|,}|||}}}{|||}|{|||.(((((((,.......}|||||}{,,.{|{|},,,.....||||...,{{{.|||{.{{,.{{{{.{|.|{,|{{{{{(((,(((({{.(((,{{,||,.|||||||||{||},,}}}|||||||||||||||{}}||.||}}}|||||}}}....,((((.....|||}{{,{({{{,(({..((({..,.|}}}..}}},..}}))}..}}.)}}}}))}}|||||..,{({{,{{|||...||{({,({....)),)))))}))))),),.}}}}})||||,{{||.|)))|}}||.(((.(((((((((((((,...,})}},)).,{{.........})}))))))).))}..||||,{|||{|.{||||}|.||..{|||,,,},}}..}}.}.)))),)))))}.))))}||||,,,{|||.||||||,{{.(({.{.{(.((.((..(((((((........)))))))..)))).)),|}}}},}}|}||}.||||{|,||,,,))|}}}|||....,|{||||,,{|||,..))))}))))))).,||||.|{{{{,,{||{.....)))),))))),))))))),||||||.{||||||.,,.}})))))}}}}|}}}})}|)}})|}}}|,|}})},))))|}|}}}}}||.}}{||{|,,,((((((..(((((((((.(((...((((((......))).)))))).))))){(..((((.......))))..}}.))))..))))))...,))))},|{((........))))||..|||||||||||||||.,||{{{|||.....,{,{.,,}}}..,))})))))))}.|)}}}}..}})}}))}}}}}}}}},)},}}},})))})))}}.,))}..,,}))))))))))}}},)))),.))).)},..})))..}}||{.|.{{|,,,.))),}}}.,,.{((.((((({,(,..((((((((((.(((((.(.(((((.(((((((((....)))},,,)))).))))).))))....,,...)).)))))))))))))))))))}.......}}}}}.,.........
Back