Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001406996.1
Sequence Length
2882 nt
GC Content
0.5999
GCUCUUCUGCUCCCUUCCUGUGUGCUGCCUGGCAAUGGGGAACUCUGAGGGCUGAUUUGCCAGUGAUGGGAAGAGUUAGAAACAGGAUGCCCAGCCCUUCUCGCCUCAAGAGGCCACUGGGAUGCAGCCACUCCUGUGCUUGGGGAACCUGGAGGAUGCAAGGGAAAGGACUGGCACUCUGCUGGCACAGCACCCGGCCUGGGGCAGGACACGGGCGAAGCCAGGGUCUCCCCUGUGAGCACUAGAGGAUUUCCCGACCCCUGCCCGGCAAUACCAAGAAGGAGGGUGACCUGAUAGCUGCUCAGGCUCGGCUGAAGGACCUGGAGGCUCUGCUGAACUCCAAGGAGGCCGCACUGAGCACUGCUCUCAGUGAGAAGCGCACGCUGGAGGGCGAGCUGCAUGAUCUGCGGGGCCAGGUGGCCAAGCUUGAGGCAGCCCUAGGUGAGGCCAAGAAGCAACUUCAGGAUGAGAUGCUGCGGCGGGUGGAUGCUGAGAACAGGCUGCAGACCAUGAAGGAGGAACUGGACUUCCAGAAGAACAUCUACAGUGAGGAGCUGCGUGAGACCAAGCGCCGUCAUGAGACCCGACUGGUGGAGAUUGACAAUGGGAAGCAGCGUGAGUUUGAGAGCCGGCUGGCGGAUGCGCUGCAGGAACUGCGGGCCCAGCAUGAGGACCAGGUGGAGCAGUAUAAGAAGGAGCUGGAGAAGACUUAUUCUGCCAAGCUGGACAAUGCCAGGCAGUCUGCUGAGAGGAACAGCAACCUGGUGGGGGCUGCCCACGAGGAGCUGCAGCAGUCGCGCAUCCGCAUCGACAGCCUCUCUGCCCAGCUCAGCCAGCUCCAGAAGCAGCUGGCAGCCAAGGAGGCGAAGCUUCGAGACCUGGAGGACUCACUGGCCCGUGAGCGGGACACCAGCCGGCGGCUGCUGGCGGAAAAGGAGCGGGAGAUGGCCGAGAUGCGGGCAAGGAUGCAGCAGCAGCUGGACGAGUACCAGGAGCUUCUGGACAUCAAGCUGGCCCUGGACAUGGAGAUCCACGCCUACCGCAAGCUCUUGGAGGGCGAGGAGGAGAGGCUACGCCUGUCCCCCAGCCCUACCUCGCAGCGCAGCCGUGGCCGUGCUUCCUCUCACUCAUCCCAGACACAGGGUGGGGGCAGCGUCACCAAAAAGCGCAAACUGGAGUCCACUGAGAGCCGCAGCAGCUUCUCACAGCACGCACGCACUAGCGGGCGCGUGGCCGUGGAGGAGGUGGAUGAGGAGGGCAAGUUUGUCCGGCUGCGCAACAAGUCCAAUGAGGACCAGUCCAUGGGCAAUUGGCAGAUCAAGCGCCAGAAUGGAGAUGAUCCCUUGCUGACUUACCGGUUCCCACCAAAGUUCACCCUGAAGGCUGGGCAGGUGGUGACGAUCUGGGCUGCAGGAGCUGGGGCCACCCACAGCCCCCCUACCGACCUGGUGUGGAAGGCACAGAACACCUGGGGCUGCGGGAACAGCCUGCGUACGGCUCUCAUCAACUCCACUGGGGAAGAAGUGGCCAUGCGCAAGCUGGUGCGCUCAGUGACUGUGGUUGAGGACGACGAGGAUGAGGAUGGAGAUGACCUGCUCCAUCACCACCACGGCUCCCACUGCAGCAGCUCGGGGGACCCCGCUGAGUACAACCUGCGCUCGCGCACCGUGCUGUGCGGGACCUGCGGGCAGCCUGCCGACAAGGCAUCUGCCAGCGGCUCAGGAGCCCAGGUGGGCGGACCCAUCUCCUCUGGCUCUUCUGCCUCCAGUGUCACGGUCACUCGCAGCUACCGCAGUGUGGGGGGCAGUGGGGGUGGCAGCUUCGGGGACAAUCUGGUCACCCGCUCCUACCUCCUGGGCAACUCCAGCCCCCGAACCCAGAGCCCCCAGAACUGCAGCAUCAUGUAAUCUGGGACCUGCCAGGCAGGGGUGGGGGUGGAGGCUUCCUGCGUCCUCCUCACCUCAUGCCCACCCCCUGCCCUGCACGUCAUGGGAGGGGGCUUGAAGCCAAAGAAAAAUAACCCUUUGGUUUUUUUCUUCUGUAUUUUUUUUUCUAAGAGAAGUUAUUUUCUACAGUGGUUUUAUACUGAAGGAAAAACACAAGCAAAAAAAAAAAAAAGCAUCUAUCUCAUCUAUCUCAAUCCUAAUUUCUCCUCCCUUCCUUUUCCCUGCUUCCAGGAAACUCCACAUCUGCCUUAAAACCAAAGAGGGCUUCCUCUAGAAGCCAAGGGAAAGGGGUGCUUUUAUAGAGGCUAGCUUCUGCUUUUCUGCCCUGGCUGCUGCCCCCACCCCGGGGACCCUGUGACAUGGUGCCUGAGAGGCAGGCAUAGAGGCUUCUCCGCCAGCCUCCUCUGGACGGCAGGCUCACUGCCAGGCCAGCCUCCGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGGACAGCUUGAGCCGGGCCCCUGGGCUUGGCCUGCUGUGAUUCCACUACACCUGGCUGAGGUUCCUCUGCCUGCCCCGCCCCCAGUCCCCACCCCUGCCCCCAGCCCCGGGGUGAGUCCAUUCUCCCAGGUACCAGCUGCGCUUGCUUUUCUGUAUUUUAUUUAGACAAGAGAUGGGAAUGAGGUGGGAGGUGGAAGAAGGGAGAAGAAAGGUGAGUUUGAGCUGCCUUCCCUAGCUUUAGACCCUGGGUGGGCUCUGUGCAGUCACUGGAGGUUGAAGCCAAGUGGGGUGCUGGGAGGAGGGAGAGGGAGGUCACUGGAAAGGGGAGAGCCUGCUGGCACCCACCGUGGAGGAGGAAGGCAAGAGGGGGUGGAGGGGUGUGGCAGUGGUUUUGGCAAACGCUAAAGAGCCCUUGCCUCCCCAUUUCCCAUCUGCACCCCUUCUCUCCUCCCCAAAUCAAUACACUAGUUGUUUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1239.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1286.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 727.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((....(((((((((.((.(((.((((.((((..((((......((((((((..((.((((((..((((((.(((.......((....))))).))))))((((....))))))))))))..))))).)))((((((((((((((((.((((..(((.((........)).))))))).(((((....(.(((((((((...)))).).)))).)..)))))))).)))))...)))))).)).((.....))..)))))))).)))).))))).))))).)))).(((((...((((((((((((.((((.....((((...((((((((.((.(((....)))..(.(((((((.......))))))).)..((((.((((....)))).)).))....)).)))))))))))))))).))))))).)))))..))))))))....((((((((((..((((((((((((....))(((((((((((.....((((((.(...((((((.(((((.......)))))..........(((((.((.(((((((((.(.((((...(((((((.........))).)))).....(((((.((((..((((...........((((((.(((((((((((.((((((...))))(((((.((..((((..(((((((((((...........(((((((............(((((..((........))..)))))...((.((((((..((((..(((.(((((.....))))).))).)))).....((((.((....))..))))..)))))).))))))))).(((((((.(....).))))))).(((.....)))...)))))...))))))....)))))))))))....((((....)).))(((((((((((.((((...(((((.((((((((((((.(.((((.((.(((.(.((((....)))).)......((((((((((.(((..........(((..((((........)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))).))..))))..).))))))).))))).))).))..((((..(((((.((((.(.(.(((((........((((......((.((((.((..((((.((.((((....(((((((((...(((((((((..(((((((((((.......(((((((((.((((((..((.(((..(((((......((((((((.(.(((.((.(((((.(((..(((......)))..)))...)))))..)).)))))))..)))))....(((.(((((...(((((.((....)).))))).))))).)))......((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((.....)))).)).(((.........)))))))))).)))..))))).))).)).)))))).)))..))))))..........)))))))))))..)))))))))....))).)))))).((.(((...((.((.((..(((((((........)))))))..)))).))..))))))))).)).)))).))))))))))))...........)))))).).)))).)).)))..)))).)))).))))))).))))...)))))))))))))))))))(((((((.(((((((....))))))).....))))))))))).)))).))))).)))).).))))))).)).)).)))))(((((((.((((.((((((....((((((......))).)))((((.....((..((((.......))))..)).....)))).((((((..((((......)))).))))))..))))))((((((((((((((.(((.((.....)).))))))))))))).))))..))))))))))).....))))))...).))))))(((((((((..........)))))))))((((((((.((((...........((((((....))))))...........)))).))))))))......................))))))))))).....))))).)))))..(((((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((.(((.............))).((((((.....)))))).(((((((((....)))))...(((((.(((((((((((((((.((((..((.(((((((((((.((....(((.(((...(((((((((.((((((((((..((((..((((.(((((((((((((((.((((((.....))))).).))...((((.....))))......)))).))))(((((..(.((((((((....))))))))).))))).............))))).))))..))))))))))))..............((((((.((.....))...)))))).........)).)))))))))....)))...(((.((((.........)))).)))....)))..)).)))))).))))).))..))).).)))))))).))...)))))))))))))).(((((((.((.(.(((((((.....))..))))).).)))))))))...))))))).))))))).)))))))))))))...((....))(((...(((....))).))).....))))))))))((...(((((((.((((((((((((.(((((....(((((..(((....)))..)))))...))))).)).....))))))))))))))))).)).............)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(,{,,.,(((((((((.((.(((.((((.((((..(((({,.{{,((((((((..{{.((((((..((((((.(((.,.....,,....),))).))))))((((....)))))))))),)..))))).))),,((((((((((({(((((((,.(((.((........)).))),))){((({{.,,}|.(((((((((...)))).).)))).,..})))))}}.)))))...)))))).}),}|..}})))..,},,)))).)))).))))).))))).)))),(((((...((((((((((((.((((.....((((({.{(((((((.(..(((....)))..}}||{{|||}..,{{{|||||||.|..|,{|.||||.,,,)))}.}||||,...,,,))))}})))))))))).)))))))}}))))..)))))}))}}..((((((((((..(((((((((((.....|,(((((((((((,,..,(((((({(((.{(,{{,.{{,{{..{{{{.,,,))}}.......,|{(((.((.(((((((((.(.((((...(((((((.........))).)))).....(((((.({(({.((((...,,,,....((((({{(((((((((((.((({{({..{((((((((({(,,({((.,({{((((((((...........(((((((,{,{,.....,,||(((..((,.,.....})..)))}},,}{{,((((((,.{(((,.{{(,(({({,,,,,||}}|,|||.||||,.{{,{(({.((..,,||,,|}}}.{||}}||,}|||}||||.(((((((.,....}.))))))).(((.....)))...))))),..,}}}}).,,.))),}))))|||,..{|||..,.||.||(((({{{{|||.||||.....|||,||||||{|||{{.|,||||,||.{||.|,|{||,,,.|||}....,,,.((((((((((.(((..........(((..((((......,.)))).)))..))).))))))))))(((((..((.(((.((((...)))).)))))..))))).))),)}.,}))),,).)}))))),))))),))).{{{{(((,...,...}||||}|,|||((({,.......,|||}....,({.((((.((,.({((.((.(({(,,..{((((((((...(((((((((..((((((((((({...,..(((((((((,({((((..{{.{|||,(((((......{{((((,,.{.(({.{{.(((({.(((..((({....|)))..)))...}))))..)).)))}})}.,))))}..||(((,(((((...(((((.((....)).))))).))))).))},..,,,((((.(((...))).)))).(((.(((((((((((((,...,)))).)).{{{.........)))))))))).)))..))))).))}.}}.)))))),))}.,))))))..........)))))))))))..)))))))))....))).)))))}.{|.{{{.,.((.((.((..(((((((........)))))))..)))).)),})))},)))).)).|)}}||,|}}},))}})}|||.....,|)}}))},)|)},,)),))))))))).,)))),)}}}})),))}}...,,))))))))))))))))),(((({{.(((((((....))))))).,,,.)))))},)))).)))}.))))).)))).).))))))).)).)).)))}{(((((..{((((((((.(({...((((((......))).)))))).))))){{..((((.......))))..}}.})))..)))))|,,..))))|,}..,.))}..))|||}.,}}})),((((((((((((((.(((.((.....)).))))))))))))).))))..|(((((.(({|,.....}}.))}))))))||||{{(((((((..........))))))))}|{|||||,,|{,{,,,{{{,....||||||{,,.||||||.(((((......))))).))))))}}}..,,,..............)))))))))))}..,}))))),,))))..{((((((((((((((((((((((.(((((((...(((((((...,..{{,........}}},((((((.....)))))).(((({{(((.,.,||||....{{((|.((((({{((((((((.((((..((.(((((((((((.((,...(({.(((.,.(((((((((.({(((((((,.,((((..((((.(((((,((((((((({.(((.((({........)))).)))})).})}}))))......,|,|.{||,(((((..(.((((((((....))))))))).)))))..,}}}.},....))))).))))..))))))))))))..............((((((.((.....))...)))))).,......})}.)))))))))..,,))),,.{{(,((((.........}))).}))}},.)))..)).)))))).))))).})..))).}.)))))))).})...)))))))))))))).(((((({{((,(.(((({((.....}},,))))).).)))))))))...))))))).))))))).))))))))))))).....}},..}||}}}}(((....))).,,,....{||,(({((||({..{(((((((((,(((((,(.(({((,(({{{{(((,,..|||,...)))}.))))).}})),,,.,,...}).))))))))))))))))))),............)))))))))).
Back