Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407044.1
Sequence Length
3016 nt
GC Content
0.5312
AGGCAGCUGGGGUAAGGAGUUCAAGGCAGCGCCCACACCCGGGGGCUCUCCGCAACCCGACCGCCUGUCCGCUCCCCCACUUCCCGCCCUCCCUCCCACCUACUCAUUCACCCACCCACCCACCCAGAGCCGGGACGGCAGCCCAGGCGCCCGGGCCCCGCCGUCUCCUCGCCGCGAUCCUGGACUUCCUCUUGCUGCAGGACCCGGCUUCCACGUGUGUCCCGGAGCCGGCGUCUCAGCACACGCUCCGCUCCGGGCCUGGGUGCCUACAGCAGCCAGAGCAGCAGGGAGUCCGGGACCCGGGCGGCAUCUGGGCCAAGUUAGGCGCCGCCGAGGCCAGCGCUGAACGUCUCCAGGGCCGGAGGAGCCGCGGGGCGUCCGGGUCUGAGCCGCAGCAAAUGGGCUCCGACGUGCGGGACCUGAACGCGCUGCUGCCCGCCGUCCCCUCCCUGGGUGGCGGCGGCGGCUGUGCCCUGCCUGUGAGCGGCGCGGCGCAGUGGGCGCCGGUGCUGGACUUUGCGCCCCCGGGCGCUUCGGCUUACGGGUCGUUGGGCGGCCCCGCGCCGCCACCGGCUCCGCCGCCACCCCCGCCGCCGCCGCCUCACUCCUUCAUCAAACAGGAGCCGAGCUGGGGCGGCGCGGAGCCGCACGAGGAGCAGUGCCUGAGCGCCUUCACUGUCCACUUUUCCGGCCAGUUCACUGGCACAGCCGGAGCCUGUCGCUACGGGCCCUUCGGUCCUCCUCCGCCCAGCCAGGCGUCAUCCGGCCAGGCCAGGAUGUUUCCUAACGCGCCCUACCUGCCCAGCUGCCUCGAGAGCCAGCCCGCUAUUCGCAAUCAGGGUUACAGCACGGUCACCUUCGACGGGACGCCCAGCUACGGUCACACGCCCUCGCACCAUGCGGCGCAGUUCCCCAACCACUCAUUCAAGCAUGAGGAUCCCAUGGGCCAGCAGGGCUCGCUGGGUGAGCAGCAGUACUCGGUGCCGCCCCCGGUCUAUGGCUGCCACACCCCCACCGACAGCUGCACCGGCAGCCAGGCUUUGCUGCUGAGGACGCCCUACAGCAGUGACAAUUUAUACCAAAUGACAUCCCAGCUUGAAUGCAUGACCUGGAAUCAGAUGAACUUAGGAGCCACCUUAAAGGGAGUUGCUGCUGGGAGCUCCAGCUCAGUGAAAUGGACAGAAGGGCAGAGCAACACAGGGUACGAGAGCGAUAACCACACAACGCCCAUCCUCUGCGGAGCCCAAUACAGAAUACACACGCACGGUGUCUUCAGAGGCAUUCAGGAUGUGCGACGUGUGCCUGGAGUAGCCCCGACUCUUGUACGGUCGGCAUCUGAGACCAGUGAGAAACGCCCCUUCAUGUGUGCUUACCCAGGCUGCAAUAAGAGAUAUUUUAAGCUGUCCCACUUACAGAUGCACAGCAGGAAGCACACUGGUGAGAAACCAUACCAGUGUGACUUCAAGGACUGUGAACGAAGGUUUUCUCGUUCAGACCAGCUCAAAAGACACCAAAGGAGACAUACAGGUGUGAAACCAUUCCAGUGUAAAACUUGUCAGCGAAAGUUCUCCCGGUCCGACCACCUGAAGACCCACACCAGGACUCAUACAGGUGAAAAGCCCUUCAGCUGUCGGUGGCCAAGUUGUCAGAAAAAGUUUGCCCGGUCAGAUGAAUUAGUCCGCCAUCACAACAUGCAUCAGAGAAACAUGACCAAACUCCAGCUGGCGCUUUGAGGGGUCUCCCUCGGGGACCGUUCAGUGUCCCAGGCAGCACAGUGUGUGAACUGCUUUCAAGUCUGACUCUCCACUCCUCCUCACUAAAAAGGAAACUUCAGUUGAUCUUCUUCAUCCAACUUCCAAGACAAGAUACCGGUGCUUCUGGAAACUACCAGGUGUGCCUGGAAGAGUUGGUCUCUGCCCUGCCUACUUUUAGUUGACUCACAGGCCCUGGAGAAGCAGCUAACAAUGUCUGGUUAGUUAAAAGCCCAUUGCCAUUUGGUGUGGAUUUUCUACUGUAAGAAGAGCCAUAGCUGAUCAUGUCCCCCUGACCCUUCCCUUCUUUUUUUAUGCUCGUUUUCGCUGGGGAUGGAAUUAUUGUACCAUUUUCUAUCAUGGAAUAUUUAUAGGCCAGGGCAUGUGUAUGUGUCUGCUAAUGUAAACUUUGUCAUGGUUUCCAUUUACUAACAGCAACAGCAAGAAAUAAAUCAGAGAGCAAGGCAUCGGGGGUGAAUCUUGUCUAACAUUCCCGAGGUCAGCCAGGCUGCUAACCUGGAAAGCAGGAUGUAGUUCUGCCAGGCAACUUUUAAAGCUCAUGCAUUUCAAGCAGCUGAAGAAAAAAUCAGAACUAACCAGUACCUCUGUAUAGAAAUCUAAAAGAAUUUUACCAUUCAGUUAAUUCAAUGUGAACACUGGCACACUGCUCUUAAGAAACUAUGAAGAUCUGAGAUUUUUUUGUGUAUGUUUUUGACUCUUUUGAGUGGUAAUCAUAUGUGUCUUUAUAGAUGUACAUACCUCCUUGCACAAAUGGAGGGGAAUUCAUUUUCAUCACUGGGAGUGUCCUUAGUGUAUAAAAACCAUGCUGGUAUAUGGCUUCAAGUUGUAAAAAUGAAAGUGACUUUAAAAGAAAAUAGGGGAUGGUCCAGGAUCUCCACUGAUAAGACUGUUUUUAAGUAACUUAAGGACCUUUGGGUCUACAAGUAUAUGUGAAAAAAAUGAGACUUACUGGGUGAGGAAAUCCAUUGUUUAAAGAUGGUCGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUGUUGUGUUUUGUUUUUUAAGGGAGGGAAUUUAUUAUUUACCGUUGCUUGAAAUUACUGUGUAAAUAUAUGUCUGAUAAUGAUUUGCUCUUUGACAACUAAAAUUAGGACUGUAUAAGUACUAGAUGCAUCACUGGGUGUUGAUCUUACAAGAUAUUGAUGAUAACACUUAAAAUUGUAACCUGCAUUUUUCACUUUGCUCUCAAUUAAAGUCUAUUCAAAAGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1071.44 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1123.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 762.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.(..(((((((..(((((((...((.((((((((((((.......(((..((((((...(((...((...(((((..(((...................................))).))))).)).))).))))))..)))(((((((.(.((((((.(((.(.(((((((((((((...(((((.(((.......)))........((((((((.(((((........)))))..)))))))).((((.(((.....))).)))).)))))))))))))))))).)))).((((.((((((....(((.(((((.((....))..))))).)))...))))))))))))))))).))))))).((((((((.(((((.((.....)))))))....(((.(((....(((((((((((((((((((((((((.....))).))))))))(((((((((((((..((((((.((((.(((((((.((((((.(((((........)))))...((((((((.(((..((.(.((.(((.(((((.((((((((((.(((((((.((.((.......)).))..........(((((.........)))))..))))))))))))))))).))))).))).)).).))))).))))))))..((((.((........)).))))((.(((((...(((((((((((..(((..((((.....((....))...))))))))))))....))))))...))))))).(((....)))))))))...))))...(((........)))..))))))).))))))..))))).)))))).))(((......)))(((.((....((....))....)))))..)))....))))))).)))))))...))).(((((((((.((.((((..((((((((.....)))))...(((((.(((.(.......).))))))))..(((((..(((((((.......................))))))))))))((((((((((((....))).))))))))).............)))..)))))))))))))))...))))))))..............)))))).)))....))).)))))))))..)))))))).))))))..(((((((..((..(.((((((((((((....((((((((.(((..........(((.((((..(((((((.((((((((.((((((((((((((((((((..((((((((...))))).((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))(((((((......(((((..((((........)))).)))))...(((.((..(((((....))))).)).))).......)))))))(((((..((((((((((((((.(....).)))))))))).))))...).))))((((((........)))))).......)))..))))))))...(((((.((((.((.(((....))).)).))))...((((........)))))))))....(((((...((((((.....((((.(........).)))).......))))))..))))).(((.((.((........)).)).))).(((..(((......))).)))......((((((((((.(.(.(((((((((........((((.((.(((((.(((((((...))))))).))))).)).))))((((((((...))))..))))..(((....)))...........((((........)))).....((((.(((.((((((((((..((((((............(((((.(((((......))))).)))))))))))(((.(((((((((((((((((...(((((((.(((.(((...))))))...)))))))(((((...((((.......)))))))))..(((.(.(((((.((((((......)))))).))))).).)))...(((.....)))((.(((((........................))))).))......(((.((((........)))).)))....)))).)))))))(((...(((((..(..((((.(((((.......))))).))))..)..))).))...)))........(((((.......(((.(((((((((............))))))))).))).(((.(((.((((.((((.....))))...))))...))).)))..(((((((((.((((.(((((...((((((((((...................((((.((((((.(((.((.((...((...(((((((((((.....((((...(((((...(((((....(((((.((..((....)).)))))))......))))).))))))))).....))))))))))))).)).)).))).)))))).))))...(((((..........)))))((((.....))))..(((((((......)))))))........(((((......))))))))).))))))..)))))...)))))))))))))......((((((........)))))).))))).......((((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).))))))....)))))).)))))))))))))))).))))........))))))))).).).)).)))))))))))))))))))).)))))))).)))))))......)))).)))..........))).)))).))))......))))))..(((((.((((.........((((.....).))).........)))))))))((((...(((((((..(((((((((((.((.(.(((....)))).))))))))))).....))....)))))))...)))))))))))..))...)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,((((((.(..(((((((..(((((((,,,,,.,(((((((((({,,{{,.,(((,.((((((...(((({,,,...(((,(({((,...............................{{{{{||,||||{{{{{,||,|,||||.||))||{{{||}|,|||{{{{((,.(.(((((((((((({..{(((((.{{((,((...,,,.}}.,.|,{(((((((.(((((........))))}}.)))))))),((((.(((.....))).)))).)))))))))))))))))).})))}||||.||||||....(({.(((((.((....))..))))).}))...,}})))))})))))))).))})))),,||}}{((.(((((.((.....))))))).},,{||}|||....{{{{{|{{{(({{|(((((((((((.....))).))))))))(((((((((((((..((((((.((((.(((((((.((((((.(((((........)))))...((((((((.(((..{(.(.((.(((.(((((.((((((((((.(((((((.((.((.......},.)}.},.......(((((.........)))))..))))))))))))))))).))))).))).)).).)}))).))))))))..((((.((........)).)))){{.(((((...(((((((((((..(((..((((.....((....))...))))))))))))....))))))...)))))}}.{{{....}}}))))))...))))...(((........)))..))))))).))))))..)))))},))))).))(((......))){||,{{|||.{{...|||....|||},..||,....))))))).}}})}},...{{,.(((((((((.((.((({..{{{{(({{.,..,|||}||{|{{|{{.||,||,||,.}}}|}},.))))}}))|,,.,|)|||||..,,,,..,}|..,.|||||.,,|)))))}.|}|,((((((((((((....))).))))))))}.............}}}..}))))))))))))))..,).,|||}..,|,,..,......)))))).))}....))).)})))))))..))))))),.)))))|(,(((((((..{(,,(,((((({((((((..,.{(((((((,({,..........(((.((((..(((((((.((((((({.((((((((((((((((((((..(((({,{{{,,{{{({.((((.(((((..(((((.,...,.))))).)))))))))))}}}||}|.{|.(({{(..((((........)))),)}}))..,))},}},.{{{{{....}}}},.{((({..,,{,...}}.}).}}}))..((((((((((((((.(....).)))))))))).))))..{{.,{,(((((((.,.....,))))))).,}).,)))..))))))))...(((({.((((.((.(((....))).)).))))..,((((........))))))))).{{,({(({{{,((((((..{..{{{{.|,.......),))))....,..}}}})),}))))}.(((.{(.((........)).)).))).{{,|.{{{......))).)))..{((,{((((((,((.(.,.(((((((((........((((.((.{((((.(((((((...))))))).))))).)).))))((((((({...})))..))))..,,,....}|}...........((((........)))).....((((.(((.((((((((((,.{{{{{{.,,,,.,.....(((((.(((((......))))).)))))}))}}}(((.(((({{..,...||,.|,,,{{(((((.{((.(((...)))}}),..)))))}},,..,..{(((({{{,...,|||||,,|{{....}}|{(((.((((((......)))))).)))))})}}}}},.,{{,,(((((,({(({(((({((({(((.((((.(((...((((,{(((((((........,,,,.,,..{{{(((({{..{{{{{{{((,,{(((((,....,})}})}}},.,))))})..,}.))}))))))))))}..,...))))})))))}.}}}}.,,,..})})}}.},||{.|||||||{|,.,,,,,,....}}}|||}}}.}}}.(((.(((.((((.((((.....))))...))))...))).)))..(((((((((.((((.(((((...((((((((((.....,,,,,.........((((.((((((.(((..,.{,...{{...(((((((((((.....((((...(((((...(((((....((((,{((..{{....}}.)))))))......))))).))))))))).....)))))))))))}}.,,.},.))).)))))).))))...(((((.{......,.))))){(({.....|}}},.(((((((,...,})))))))........{{,,,,}}}}.,,},,)))),})))))..)))))...))))))))))))).....,)))))|)}},,||},||..,.}}),}.,},|,.{(((({.({{((((..(((((....)))))..)))).}}).})}}},....)))))).)})))))))))))))).))))......,.))))))))).}.),))))))))))})))))))))))).)))))))).)))))))......)))),)))..........}}}.)))).))))......))))))..{((((.((((..,......(((,.....}.))}.....,,}}))))})))){{({...(((((((..{,((((((((,{((.{.(((....)))}.))))))))))).....}}....)))))))...})))))))))}..}}...)))))))).........
Back