Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407048.1
Sequence Length
2890 nt
GC Content
0.5325
AGGCAGCUGGGGUAAGGAGUUCAAGGCAGCGCCCACACCCGGGGGCUCUCCGCAACCCGACCGCCUGUCCGCUCCCCCACUUCCCGCCCUCCCUCCCACCUACUCAUUCACCCACCCACCCACCCAGAGCCGGGACGGCAGCCCAGGCGCCCGGGCCCCGCCGUCUCCUCGCCGCGAUCCUGGACUUCCUCUUGCUGCAGGACCCGGCUUCCACGUGUGUCCCGGAGCCGGCGUCUCAGCACACGCUCCGCUCCGGGCCUGGGUGCCUACAGCAGCCAGAGCAGCAGGGAGUCCGGGACCCGGGCGGCAUCUGGGCCAAGUUAGGCGCCGCCGAGGCCAGCGCUGAACGUCUCCAGGGCCGGAGGAGCCGCGGGGCGUCCGGGUCUGAGCCGCAGCAAAUGGGCUCCGACGUGCGGGACCUGAACGCGCUGCUGCCCGCCGUCCCCUCCCUGGGUGGCGGCGGCGGCUGUGCCCUGCCUGUGAGCGGCGCGGCGCAGUGGGCGCCGGUGCUGGACUUUGCGCCCCCGGGCGCUUCGGCUUACGGGUCGUUGGGCGGCCCCGCGCCGCCACCGGCUCCGCCGCCACCCCCGCCGCCGCCGCCUCACUCCUUCAUCAAACAGGAGCCGAGCUGGGGCGGCGCGGAGCCGCACGAGGAGCAGUGCCUGAGCGCCUUCACUGUCCACUUUUCCGGCCAGUUCACUGGCACAGCCGGAGCCUGUCGCUACGGGCCCUUCGGUCCUCCUCCGCCCAGCCAGGCGUCAUCCGGCCAGGCCAGGAUGUUUCCUAACGCGCCCUACCUGCCCAGCUGCCUCGAGAGCCAGCCCGCUAUUCGCAAUCAGGGUUACAGCACGGUCACCUUCGACGGGACGCCCAGCUACGGUCACACGCCCUCGCACCAUGCGGCGCAGUUCCCCAACCACUCAUUCAAGCAUGAGGAUCCCAUGGGCCAGCAGGGCUCGCUGGGUGAGCAGCAGUACUCGGUGCCGCCCCCGGUCUAUGGCUGCCACACCCCCACCGACAGCUGCACCGGCAGCCAGGCUUUGCUGCUGAGGACGCCCUACAGCAGUGACAAUUUAUACCAAAUGACAUCCCAGCUUGAAUGCAUGACCUGGAAUCAGAUGAACUUAGGAGCCACCUUAAAGGGCCACAGCACAGGGUACGAGAGCGAUAACCACACAACGCCCAUCCUCUGCGGAGCCCAAUACAGAAUACACACGCACGGUGUCUUCAGAGGCAUUCAGGAUGUGCGACGUGUGCCUGGAGUAGCCCCGACUCUUGUACGGUCGGCAUCUGAGACCAGUGAGAAACGCCCCUUCAUGUGUGCUUACCCAGGCUGCAAUAAGAGAUAUUUUAAGCUGUCCCACUUACAGAUGCACAGCAGGAAGCACACUGGUGUGAAACCAUUCCAGUGUAAAACUUGUCAGCGAAAGUUCUCCCGGUCCGACCACCUGAAGACCCACACCAGGACUCAUACAGGUAAAACAAGUGAAAAGCCCUUCAGCUGUCGGUGGCCAAGUUGUCAGAAAAAGUUUGCCCGGUCAGAUGAAUUAGUCCGCCAUCACAACAUGCAUCAGAGAAACAUGACCAAACUCCAGCUGGCGCUUUGAGGGGUCUCCCUCGGGGACCGUUCAGUGUCCCAGGCAGCACAGUGUGUGAACUGCUUUCAAGUCUGACUCUCCACUCCUCCUCACUAAAAAGGAAACUUCAGUUGAUCUUCUUCAUCCAACUUCCAAGACAAGAUACCGGUGCUUCUGGAAACUACCAGGUGUGCCUGGAAGAGUUGGUCUCUGCCCUGCCUACUUUUAGUUGACUCACAGGCCCUGGAGAAGCAGCUAACAAUGUCUGGUUAGUUAAAAGCCCAUUGCCAUUUGGUGUGGAUUUUCUACUGUAAGAAGAGCCAUAGCUGAUCAUGUCCCCCUGACCCUUCCCUUCUUUUUUUAUGCUCGUUUUCGCUGGGGAUGGAAUUAUUGUACCAUUUUCUAUCAUGGAAUAUUUAUAGGCCAGGGCAUGUGUAUGUGUCUGCUAAUGUAAACUUUGUCAUGGUUUCCAUUUACUAACAGCAACAGCAAGAAAUAAAUCAGAGAGCAAGGCAUCGGGGGUGAAUCUUGUCUAACAUUCCCGAGGUCAGCCAGGCUGCUAACCUGGAAAGCAGGAUGUAGUUCUGCCAGGCAACUUUUAAAGCUCAUGCAUUUCAAGCAGCUGAAGAAAAAAUCAGAACUAACCAGUACCUCUGUAUAGAAAUCUAAAAGAAUUUUACCAUUCAGUUAAUUCAAUGUGAACACUGGCACACUGCUCUUAAGAAACUAUGAAGAUCUGAGAUUUUUUUGUGUAUGUUUUUGACUCUUUUGAGUGGUAAUCAUAUGUGUCUUUAUAGAUGUACAUACCUCCUUGCACAAAUGGAGGGGAAUUCAUUUUCAUCACUGGGAGUGUCCUUAGUGUAUAAAAACCAUGCUGGUAUAUGGCUUCAAGUUGUAAAAAUGAAAGUGACUUUAAAAGAAAAUAGGGGAUGGUCCAGGAUCUCCACUGAUAAGACUGUUUUUAAGUAACUUAAGGACCUUUGGGUCUACAAGUAUAUGUGAAAAAAAUGAGACUUACUGGGUGAGGAAAUCCAUUGUUUAAAGAUGGUCGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUGUUGUGUUUUGUUUUUUAAGGGAGGGAAUUUAUUAUUUACCGUUGCUUGAAAUUACUGUGUAAAUAUAUGUCUGAUAAUGAUUUGCUCUUUGACAACUAAAAUUAGGACUGUAUAAGUACUAGAUGCAUCACUGGGUGUUGAUCUUACAAGAUAUUGAUGAUAACACUUAAAAUUGUAACCUGCAUUUUUCACUUUGCUCUCAAUUAAAGUCUAUUCAAAAGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1016.84 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1068.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 726.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((...(((((.....(((.((((((.(((.((((.((.....))..))))..((((((...(((...((...(((((..(((...................................))).))))).)).))).)))))).(((((((((((.(.((((((.(((.(.(((((((((((((...(((((.(((.......)))........((((((((.(((((........)))))..)))))))).((((.(((.....))).)))).)))))))))))))))))).)))).((((.((((((....(((.(((((.((....))..))))).)))...))))))))))))))))).)))))))..))))(((.(((((.((.....))))))).)))))).))).((((...((((.((((((.(((((((((.....))).)))))))))))).))))..((((.(((((((((.(((...((((((((..(((((........)))))...((((((((.(((..((.(.((.(((.(((((.((((((((((.(((((((.((.((.......)).))..........(((((.........)))))..))))))))))))))))).))))).))).)).).))))).))))))))....))))))))...)))))).)))))).))))..(((((((((((..(((..((((.....((....))...))))))))))))....))))))))))..((((....))))..)))))))).))).))))))))))).((((((.(((((..............)))))...(((((((....((((..(((...)))(((.(((((......(((((((.((....)).)).(((((.....((..(((((((((.((.((((..((((((((.....)))))...(((((.(((.(.......).))))))))..(((((..(((((((.......................))))))))))))((((((((((((....))).))))))))).............)))..)))))))))))))))..))..(((....))).........)))))..(((((((((((((((((((.((((.((((((.(((...............))))))).))..)))).......(((((((((((((((.((((((((.(((..((((.((((.((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))))))))))((((.(.((((.((((........))))((((.((...((((((.((((.((((........))))...))))....)))..))).))))))(((((((.(((....))).)))))))...((((........))))))))).)))).).))..))))))))))......(((((......(((..............))).((((.(((.(.(.(((.((.((........)).)).)))).).))).))))..))))).....((((.((((((.((.(.(.(((((((((........((((.((.(((((.(((((((...))))))).))))).)).))))((((((((...))))..))))..(((....)))...........((((........)))).....((((.(((.((((((((((..((((((............(((((.(((((......))))).)))))))))))(((.(((((((((((((((((...(((((((.(((.(((...))))))...)))))))(((((...((((.......)))))))))..(((.(.(((((.((((((......)))))).))))).).)))...(((.....)))((.(((((........................))))).))......(((.((((........)))).)))....)))).)))))))(((...(((((..(..((((.(((((.......))))).))))..)..))).))...)))........(((((.......(((.(((((((((............))))))))).))).(((.(((.((((.((((.....))))...))))...))).)))..(((((((((.((((.(((((...((((((((((...................((((.((((((.(((.((.((...((...(((((((((((.....((((...(((((...(((((....(((((.((..((....)).)))))))......))))).))))))))).....))))))))))))).)).)).))).)))))).))))...(((((..........)))))((((.....))))..(((((((......)))))))........(((((......))))))))).))))))..)))))...)))))))))))))......((((((........)))))).))))).......((((((.(((((((..(((((....)))))..)))).))).))))))....)))))).)))))))))))))))).))))........))))))))).).).)))))))))))).)))))))))))))))))))))....))))))))))))))))............))))).)))))))...)))))))..(((((.((((.........((((.....).))).........)))))))))((((...(((((((..(((((((((((.((.(.(((....)))).))))))))))).....))....)))))))...)))).))))))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((({{.,((.(({{,,((,(((.(((......))).))}.,{{(({.{({(..{(((({.,.(((({......(((.(((((................................((((((({{((((((((.((((.{{...||))))...))))))|},.,(((.,(.(((((((((((({..{(((((.{{((,((...,,,.}}.,.|,{(((((((.(((((........))))}}.)))))))),((((.(((.....))).)))).)))))))))))))))))).}}})))))).))))))....((,.(((((.((....))..))))).}))...,.,))))),)))))))).)}}))))},,)))|((.(((((.((.....))))))).)}},}}}})}.}}}},}}((((.(((({{{(((((((((.....))).)))))))))))).))))..{(((.(((((((((.(((.,.((((((({..(((((........)))))...((((((((.(((..{(.(.((.(((.(((((.((((((((((.(((((((.((.((.......},.)}.},.......(((((.........)))))..))))))))))))))))).))))).))).)).).)}))).))))))))....|)))))))...)))))).)))))).)))}..(((((((((((..(((..((((.....((....))...))))))))))))....)))))),.|||}((((....))))..,)}))),,.)))}))))))))))).((((((.{((((,,.....},.....))))}...(((((((....{{{{,.(((...))){((.(((((....,{(({,{((,...,)}))})},((((({....((..(((((((((.((.((((..((((((((.,..,|||}|{{{(((((.{{,{{.,|,,||||}},.}}}}}}))||,,|||||||{........,||....|||||...})))))},})},((((((((((((....))).))))))))).............}))..)))))))))))))))..)).{((({..{{,,..}}..}},)),,,..((((((((((({({((((({((((.((((((.(((...........,...))))))).))..)))).,,{{{.,((((((((((((((.((((((((.((...((({(((((.((((.(((((..(((((.......))))).)))))))))))))))))((((.(.((((,,(((..,,...,||||((({.,,..|(({({,.((((,,,,,}}}},.|||||}...,,,,.,,.})}}}}}},})}})}(((((((.(((....))).)))))))...,{{{....,,,.}}})))))).)))).,.})..))))))))))...,,.(((((......{{{....,..,,|....}},.{(((.(((.(.(.(((.((.((........)).)).)))).).))).)))}..})))).....(((,{((((((,((.{...(((((((((........((((.((.{((((.(((((((...))))))).))))).)).))))((((((({...})))..))))..,,,....}}}...........((((........)))).....((((.(((.((((((((((,.{{(({{.,,,,.,,....(((((.(((((......))))).)))))}))}}}(((.(((({{......||,.,,,,{{(((((.(((.(((...)))}}),..)))))}},,..{..{(((({{{,...,|||||,,|{{....}}|{(((.((((((......)))))).)))))})}}}}},.,{{{,(((((,({(({(((({((({(((.((((.(((...((((,{(((((((........,,,,.,,..{{{(((({{..{{{{{{{((,,{(((((,....,})}})}}},..))))})..,}.))}))))))))))}..,...))))})))))}.}}}}.,,,..})})}}.},||{.|||||||{|,.,,,,,,,...}}||||}}}.}}}.(((.(((.((((.((((.....))))...))))...))).)))..(((((((((.((((.(((((...((((((((((.....,,,,,.........((((.((((((.(((..,.{,...{{...(((((((((((.....((((...(((((...(((((....((((,{((..{{....}}.)))))))......))))).))))))))).....)))))))))))}}.,,.},.))).)))))).))))...(((((.{......,.))))){(({.....|}}},.(((((((,...,})))))))........{{,,,,}}}}.,,},,)))),,)))))..)))))...))))))))))))).....,)))))|)}},,||},||..,.}}),}.,},|,.{(((({.(({((((..(((((....)))))..)))).))).}))}},....)))))).)})))))))))))))).))))......,.))))))))).}.),))))))))))))}))))))))))))))))))))),,..)))))))))))),)))}}},........))))).)))})}}...)))))))..{((((.((((..,......(((,.....}.))}.....,,},))))})))){(((...(((((((..{,((((((((,{((.{.(((....)))}.))))))))))).....)}....)))))))...)))}.))))))........,,,........,},..
Back