Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407073.1
Sequence Length
1816 nt
GC Content
0.6035
GUAGUCUCCUCGUGGCUAGUUCAGGCGGAAGGAGCAGUCCUCUGAAGCUUGAGGAGCCUCUAGAACUAUGAGCCCGAGGCCUUCCCCUCUCCCAGAGCGCAGAGGCUUUGAAGGCUACCUCUGGGAAGCCGCUCACCGUCGGAAGCUGCGGGAGCUGAAACUGCGCCAUCGUCACUGUCGGCGGCCAUGACACCGCUCGUCUCCCGCCUGAGUCGUCUGUGGGCCAUCAUGAGGAAGCCACGAGCAGCCGUGGGAAGUGGUCACAGGAAGCAGGCAGCCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCAUGCUAAGAACAACAGUCAGGCCAAGCCUUCUGCCUGUGAUGGCCUGGCCAGGCAGCCGGAAGAGGUGGUAUUGCAGGCCUCUGUCUCCUCAUACCAUCUAUUCAGAGACGUAGCUGAAGUCACAGCCUUCCGAGGGAGCCUGCUAAGCUGGUACGACCAAGAGAAACGGGACCUACCAUGGAGAAGACGGGCAGAAGAUGAGAUGGACCUGGACAGGCGGGCAUAUGCUGUGUGGGUCUCAGAGGUCAUGCUGCAGCAGACCCAGGUUGCCACUGUGAUCAACUACUAUACCGGAUGGAUGCAGGAGGUGAAUCAACUCUGGGCUGGCCUGGGCUACUAUUCUCGUGGCCGGCGGCUGCAGGAGGGAGCUCGGAAGGUGGUAGAGGAGCUAGGGGGCCACAUGCCACGUACAGCAGAGACCCUGCAGCAGCUCCUGCCUGGCGUGGGGCGCUACACAGCUGGGGCCAUUGCCUCUAUCGCCUUUGGCCAGGCAACCGGUGUGGUGGAUGGCAACGUAGCACGGGUGCUGUGCCGUGUCCGAGCCAUUGGUGCUGAUCCCAGCAGCACCCUUGUUUCCCAGCAGCUCUGGGGUCUAGCCCAGCAGCUGGUGGACCCAGCCCGGCCAGGAGAUUUCAACCAAGCAGCCAUGGAGCUAGGGGCCACAGUGUGUACCCCACAGCGCCCACUGUGCAGCCAGUGCCCUGUGGAGAGCCUGUGCCGGGCACGCCAGAGAGUGGAGCAGGAACAGCUCUUAGCCUCAGGGAGCCUGUCGGGCAGUCCUGACGUGGAGGAGUGUGCUCCCAACACUGGACAGUGCCACCUGUGCCUGCCUCCCUCGGAGCCCUGGGACCAGACCCUGGGAGUGGUCAACUUCCCCAGAAAGGCCAGCCGCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCUCUGCCACCUGUGUUCUGGAACAGCCUGGGGCCCUUGGGGCCCAAAUUCUGCUGGUGCAGAGGCCCAACUCAGGUCUGCUGGCAGGACUGUGGGAGUUCCCGUCCGUGACCUGGGAGCCCUCAGAGCAGCUUCAGCGCAAGGCCCUGCUGCAGGAACUACAGCGUUGGGCUGGGCCCCUCCCAGCCACGCACCUCCGGCACCUUGGGGAGGUUGUCCACACCUUCUCUCACAUCAAGCUGACAUAUCAAGUAUAUGGGCUGGCCUUGGAAGGGCAGACCCCAGUGACCACCGUACCACCAGGUGCUCGCUGGCUGACGCAGGAGGAAUUUCACACCGCAGCUGUUUCCACCGCCAUGAAAAAGGUUUUCCGUGUGUAUCAGGGCCAACAGCCAGGGACCUGUAUGGGUUCCAAAAGGUCCCAGGUGUCCUCUCCGUGCAGUCGGAAAAAGCCCCGCAUGGGCCAGCAAGUCCUGGAUAAUUUCUUUCGGUCUCACAUCUCCACUGAUGCACACAGCCUCAACAGUGCAGCCCAGUGACACCUCUGAAAGCCCCCAUUCCCUGAGAAUCCUGUUGUUAGUAAAGUGCUUAUUUUUGUAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-747.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -778.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 674.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((((.((((...(((((.(((........))))))))))))))))))).))(((.((..((((((.(((((((((..(((((...)))).)..)))))))))..((((.((....)).))))((((.((((.(....).)))))))).....(((((((((((((((.((.(((((((.((......(((((((.(.(((((..(..((((((((((............(((((......)))))....(((((.(((..(((((((..((.....((((((((((((((.((.(((...........(((.(((((.(((.((.......)).))).))))).))).((((.......))))...))).)).)))))))))...(((..(((....)))...)))((((......)))))))))..))..)))))))...)))....))))).........)).)))))...)))..)..))))).).)))))))..(((((((.((((.((......)))))).)))))))....((((.(((....)))))))))))))))))).)))))..............))))).)))))((((((..(((...((((((((..(((((((.......(((((((.(((((((((..((((((((..((.((((((((....((...(((((((((...((((((.(((.(..(.(((.((((..((((((..(((((((.((((((..((((((.(((((....)))))....(((.((.((((.((.....)).)))).)).)))..(((...)))...))))))..))))))(((.((..(((((((.......)))))))..)).)))(((.((((((((((......))))).))))).))).....(((((((((((.................((((((.((....((((((((((.((.(......).)).)))))))..)))...)).))))))....)))).)))))))))))))).(((.(((((.......)))))....))).)))))))))).))))..).)))))))))....))).))))))....))......))))))))...)).).)))))))....(((.(((......))).))).((((.(((((((((((....((((.(((.((((..(((((((....(((((.(........).))))).......)))))))..)))).)))......(((((....)))))))))......((((..(((((.(((.((.((((.(((((((((...)))..)))))).)))).))......((((((.((..((((...))))..))...))))))(((((((.....))))))).....))))))))))))))))))))))).)))).((((((((((...........(((((.....)))))(((((.(((....))).))).))(((((((.((((.........)))).))))))).))).).))))))...........)))))))...))...)))))))....((....))((((((((((((((.....))).(((((((...(((...)))..)))))))((((((....((((......))))....((((.....)))).....((.((.(((........))))).)).))))))...)))))))))))))))....)))..)))))))))))))))))................((((.(((...))).))))......))))))..)).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(.(((((({,((((..,(((((,(({..,,,,..|||||}}}}}}},)))))}.}|({{.{{..{{{(({,(((((((((..{((((...)))).)..)))))))))..((({.{(...,)).}))}((((.((({,({..,)})))))))).....{((((((,{(({{{{.{{,((((({{.,{....,|{{{({{{,{,(((((..{,.{(((((({(({(..........(((((......)))))...}}}||}}|}}}..,|||||.{((.(((({{..,|.((((((((((.{(((..,{{(....|}|.}}},,.},|)))))))).}..,..)}))))..}||..{{{((({(((((((((.(.((((....)))).}..))))))))).|||.|,,,,...{|{{......))))}}||||,||,,||}}||,..,|{((({.,,||,.......,|||.|,,,}},.)}...,,}))))).}.,},,,,,.{(((((((.((({{((......}))))).))))))||,,.((((.(((....)))))))},|||||||}}.}}}}},..,,........{|||||.}||}|((((((..{({...((((((((,,(((((((,,.....{{|{||||(({((((((.{((((((((,.({.((((((((..{..{{{.{(((((({(.|,((({({.{{{,{,.{.{{|,{|{{,.(({{{((((((((,,{((((({{....|||.(((((....))))),,.,)))}|..|}}}}}),.,,||||||||||{{|||..{{..{{{|{{.,}}}}}}}}))))})|,|}||,,(((((((.......)))))))..}}.,,,(((.((((((((((......))))).))))).))).....(((((((((((....,,,..,...,,.,{{{{{{.((|.|,(({{{{{{{{||{.,..,,,,},)},}})))}),.})),,,)).)})))),,..)))).)))))))}}}}},{{(.{{(((((.......)))))..}}))).}))})))))).)))}..)}))))})))).,,.))),))))))....})}}.,..))))))))...)}.),}))))))||,,(((.(((......))).))).((((.(((((((((((...,(({{.(((,((((..(((((((,,{,{({((,(.,,,..,,|,||}}|....,,,)))))))..)))),|||,.....(((((....))))))))),.....,{||.{(((((,{((.((,{(((.(((((((((...)))..)))))),)))).}}|,{|..||{{{|.||}}||||}}})}))..),...}||},,(((((((.....))))))).,)).}}}})))),)))))))))))))).)))).||{{{|||,...,...{{{||,,,,|,..,,.,,}|(((((,(((....})),)}}.))|((((((.((((.........)))).)))))))||||,|,||||||,......,.|,)})))}}|..,}.,,)}}}}}}.,..||,,,,}}((((((((((((({..,,,}||.(((((((...(((...)))..))))))).||}|},,,.{{{(||,...)))}....||||..,..))))|,|..,{.,|}||{.....,,,}}})).}}.,},,,,.,.)))))))))))})))....})).,))))))))))}))))))},...}}...,,}}},||||,{,|.,,))),))}},...},)))),,..,},))),,.
Back