Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407075.1
Sequence Length
1853 nt
GC Content
0.6136
AGACGUCCCGGGUCCGGCGCGGGGAAGGCAGCCUGGCGCGCGCUAAUUGCCUAUUGGCCUGUGCUGCCGGCUCGCAGCCCGGGUGGACCCGAGCCACGCCCCCUGGAGUGCGCCGGAAAGCCGGGCGCGCUAGAGCUCGCGGGAGGCCAUCAUGAGGAAGCCACGAGCAGCCGUGGGAAGUGGUCACAGGAAGCAGGCAGCCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCAUGCUAAGAACAACAGUCAGGCCAAGCCUUCUGCCUGUGAUGGCUGCUGUGUCCCAAGACCCUGAUGCACAGCCUGUGCAGGGAUGAUUGCUGAGUGUCCUGGGGCCCCAGCAGGCCUGGCCAGGCAGCCGGAAGAGGUGGUAUUGCAGGCCUCUGUCUCCUCAUACCAUCUAUUCAGAGACGUAGCUGAAGUCACAGCCUUCCGAGGGAGCCUGCUAAGCUGGUACGACCAAGAGAAACGGGACCUACCAUGGAGAAGACGGGCAGAAGAUGAGAUGGACCUGGACAGGCGGGCAUAUGCUGUGUGGGUCUCAGAGGUCAUGCUGCAGCAGACCCAGGUUGCCACUGUGAUCAACUACUAUACCGGAUGGAUGCAGAAGUGGCCUACACUGCAGGACCUGGCCAGUGCUUCCCUGGAGGAGGUGAAUCAACUCUGGGCUGGCCUGGGCUACUAUUCUCGUGGCCGGCGGCUGCAGGAGGGAGCUCGGAAGGUGGUAGAGGAGCUAGGGGGCCACAUGCCACGUACAGCAGAGACCCUGCAGCAGCUCCUGCCUGGCGUGGGGCGCUACACAGCUGGGGCCAUUGCCUCUAUCGCCUUUGGCCAGGCAACCGGUGUGGUGGAUGGCAACGUAGCACGGGUGCUGUGCCGUGUCCGAGCCAUUGGUGCUGAUCCCAGCAGCACCCUUGUUUCCCAGCAGCUCUGGGGUCUAGCCCAGCAGCUGGUGGACCCAGCCCGGCCAGGAGAUUUCAACCAAGCAGCCAUGGAGCUAGGGGCCACAGUGUGUACCCCACAGCGCCCACUGUGCAGCCAGUGCCCUGUGGAGAGCCUGUGCCGGGCACGCCAGAGAGUGGAGCAGGAACAGCUCUUAGCCUCAGGGAGCCUGUCGGGCAGUCCUGACGUGGAGGAGUGUGCUCCCAACACUGGACAGUGCCACCUGUGCCUGCCUCCCUCGGAGCCCUGGGACCAGACCCUGGGAGUGGUCAACUUCCCCAGAAAGGCCAGCCGCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCUCUGCCACCUGUGUUCUGGAACAGCCUGGGGCCCUUGGGGCCCAAAUUCUGCUGGUGCAGAGGCCCAACUCAGGUCUGCUGGCAGGACUGUGGGAGUUCCCGUCCGUGACCUGGGAGCCCUCAGAGCAGCUUCAGCGCAAGGCCCUGCUGCAGGAACUACAGCGUUGGGCUGGGCCCCUCCCAGCCACGCACCUCCGGCACCUUGGGGAGGUUGUCCACACCUUCUCUCACAUCAAGCUGACAUAUCAAGUAUAUGGGCUGGCCUUGGAAGGGCAGACCCCAGUGACCACCGUACCACCAGGUGCUCGCUGGCUGACGCAGGAGGAAUUUCACACCGCAGCUGUUUCCACCGCCAUGAAAAAGGUUUUCCGUGUGUAUCAGGGCCAACAGCCAGGGACCUGUAUGGGUUCCAAAAGGUCCCAGGUGUCCUCUCCGUGCAGUCGGAAAAAGCCCCGCAUGGGCCAGCAAGUCCUGGAUAAUUUCUUUCGGUCUCACAUCUCCACUGAUGCACACAGCCUCAACAGUGCAGCCCAGUGACACCUCUGAAAGCCCCCAUUCCCUGAGAAUCCUGUUGUUAGUAAAGUGCUUAUUUUUGUAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-792.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -821.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((...((((.....(.(((((((.((((((((((((((((((((.....))))))(((.(((.(((((..(((..(((((.((...((.....)).)))))))..))))))))..))))))))))))))).))).))(((.(((..(((.((((...(((((......)))))..((.((((...(((.((((.((((((.(((((..(((((((....((.((((.........)).)).))...))))))).)))).).)))))))))).)))...))))))..((((((...))))))((((((.....((((((.(((((((((......))))...)))))))(((((((((((((((((.(.((((....)))).)..))))))))(((((((.(((...((((......)))).((((((((((((..((..((.((((((..(((........((((((......))....(((((((...........(((..(((.((((..((((....((((((.((((......((((.(((....)))))))......(((((((((.....((((((((((((.((..((((...(((.....)))))))...((((((((..(((..(((((((..(......)..)))))))..)))(((((((.((.((((.((((((...)))))))))).)))))))))(((((((((((((((((..((.(((.(((((((......((((.....)))).((((...)))).))))))).))).))....))))..........))))))))))))))))))))))).))))))))))))(((((..((..((((((........)))))).)).))))).(((((((.......)))))))........(((.((((((((((......))))).))))).))).(((((((((((..((.........)).....)))..)).))).)))..))))))).)))))))))))))))).)))).))))))((((((.(((.((...)).))).)))))).((.(((.(((((((.......)))))..))))).))..)))))))(.(((.((((.......)))).))).))))).....)))...)))))).))..))..).)))))))))))(((.(((......))).))).((((.(((((((((((....((((.(((.((((..(((((((....(((((.(........).))))).......)))))))..)))).)))......(((((....)))))))))......((((..(((((.(((.((.((((.(((((((((...)))..)))))).)))).))......((((((.((..((((...))))..))...))))))(((((((.....))))))).....))))))))))))))))))))))).))))........(((........)))(((((.....))))).((((((((..(..((((.....(((((((.((((.........)))).)))))))(((((((((((((......(((((...(((((((((...((((((.(((....))).)))).))....)))..))))))..(((((((...(((...)))..))))))).)))))..))))).))).))))).....))))..)..))))))))..))))))))))...)))))))))))))))))))(((((.(((((............)))))...)))))...)))))))..)))))).))))))).)...)))).))))....((.(((........))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{,...((((((({.(.((((....((((((.(((({((((,{,,.{{{.,,,)))..))))}))))))).))..)))),})))))))).|{,{{{{...{{||((((((((((....))))))))))).,,}{,,|,(((.(((..(((.((((.,,((((({{{,.{|||||...({(((({{.(((.((({(((((((.(((((..(((((((....((.{(((.........)).)}.))...))))))).)))).}.)))))))))).}))...,,||||{.{{{{{|.{{||||||(((,,,..,((((((((({(((((((({{{{{{{(((({,|{{(((.,((((((,((((((((,.({{((({,,,||||,...|||}||||{{{{{,|,|||,..((((...,,.}}||,{((((((({{(({{((,.,,,(((((,,.((..,.....,|||.|,,,}}..}}....|,||||{,.....,,,,,,((,{{((,((({{(({{{...||||||{||||||{|...(({{,{{||,|,||||||||,{({{(({{{{{{|,|||.{({{{{{{{{||.||},|||||.|{{|,,,,.}|}}|||,..,{{(({{{|,{(({{(((((,({.({,....,..}}}}}||{{|||(({(((({(...,,,.||||||...||||}|.}||{|{|||}}||,((((((((,,({,({{.{(({(((,(.{,((({{{.,,({{{.{.{||}||{{|,({|{||||{{{|||||{{{{{||....}}},{{{{{....}))))}},}))))},,)))))))}.}}}}}}})))}}{||||,.|{,.{{{{{{,,}}},}}})})))})|,|}||,.(((((((.......)))))))..}}.,},(((.((((((((((......))))).))))).))).....(((((((((((.........,,.....,{{{{{{.((|.||({{{{{{{{{,|{.,,.,,,,),)),)}))))),.})),.,)),}})))),,,.)))).))))))),}}||,({{.{{(((((.......))))}..|})}),|)},)))))},}))|..}|)))),)}}}}}},}))}))))))....)))).,.})))))}))..}),.),})))))))}))||({(((......|||{|||,({||.,.}}|||}}}}}..}|||}}|}}.,..)))}))))))))}}.,.)).,)))))))),,.})))))....)))))|(((((...)))))}....(((((....)))))},,,....,}})))))))}{({{((((...(((....))))))).)),)),))),)))).))},))}}}},|||||,.,,.}||||}.}))))..,,...||||,,(((((((.....)))))))}))).|||{||||....,||||||||}|.,,,,,}),)))},,.......|{||,,{{{{...,,}},}|||{((,(({,,,.}}|,},}.},|{{||||,|||{...,,,,..)))),)))})))||((({(,((((({,,,.,,((,{,,.((((,,.,,...{(({{(.,,..|||||||||,}{||{{.,|||..,||}||{.(((((((...(((...)))..))))))).))))),})}},,}))),,,)))},...||||..}..))))))))..))}})))),},}})))))})))),,.,,,,..(((((.(((((............)))))...)))))...)))))))..)))}})..,,,|||{.{{{...))).))}}..{{.{((........))).)).
Back