Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407078.1
Sequence Length
1934 nt
GC Content
0.5941
AGACGUCCCGGGUCCGGCGCGGGGAAGGCAGCCUGGCGCGCGCUAAUUGCCUAUUGGCCUGUGCUGCCGGCUCGCAGCCCGGGUGGACCCGAGCCACGCCCCCUGGAGUGCGCCGGAAAGCCGGGCGCGCUAGAGCUCGCGGGAGGUAUCUAUUGUGUACAGUUUACCUGGCACUGACUUUGGACACACACCAAUCAACAAGAGAAUCAGUCCUUGCACUCAAGUCGUUUUUUACAGUCAAAUUCAGGAAGUACACACUGAUGGAAAGAAUCAAAGUAAUGUAAAAUUACAUUAGGCCAUCAUGAGGAAGCCACGAGCAGCCGUGGGAAGUGGUCACAGGAAGCAGGCAGCCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCAUGCUAAGAACAACAGUCAGGCCAAGCCUUCUGCCUGUGAUGCAGGCCUGGCCAGGCAGCCGGAAGAGGUGGUAUUGCAGGCCUCUGUCUCCUCAUACCAUCUAUUCAGAGACGUAGCUGAAGUCACAGCCUUCCGAGGGAGCCUGCUAAGCUGGUACGACCAAGAGAAACGGGACCUACCAUGGAGAAGACGGGCAGAAGAUGAGAUGGACCUGGACAGGCGGGCAUAUGCUGUGUGGGUCUCAGAGGUCAUGCUGCAGCAGACCCAGGUUGCCACUGUGAUCAACUACUAUACCGGAUGGAUGCAGAAGUGGCCUACACUGCAGGACCUGGCCAGUGCUUCCCUGGAGGAGGUGAAUCAACUCUGGGCUGGCCUGGGCUACUAUUCUCGUGGCCGGCGGCUGCAGGAGGGAGCUCGGAAGGUGGUAGAGGAGCUAGGGGGCCACAUGCCACGUACAGCAGAGACCCUGCAGCAGCUCCUGCCUGGCGUGGGGCGCUACACAGCUGGGGCCAUUGCCUCUAUCGCCUUUGGCCAGGCAACCGGUGUGGUGGAUGGCAACGUAGCACGGGUGCUGUGCCGUGUCCGAGCCAUUGGUGCUGAUCCCAGCAGCACCCUUGUUUCCCAGCAGCUCUGGGGUCUAGCCCAGCAGCUGGUGGACCCAGCCCGGCCAGGAGAUUUCAACCAAGCAGCCAUGGAGCUAGGGGCCACAGUGUGUACCCCACAGCGCCCACUGUGCAGCCAGUGCCCUGUGGAGAGCCUGUGCCGGGCACGCCAGAGAGUGGAGCAGGAACAGCUCUUAGCCUCAGGGAGCCUGUCGGGCAGUCCUGACGUGGAGGAGUGUGCUCCCAACACUGGACAGUGCCACCUGUGCCUGCCUCCCUCGGAGCCCUGGGACCAGACCCUGGGAGUGGUCAACUUCCCCAGAAAGGCCAGCCGCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCUCUGCCACCUGUGUUCUGGAACAGCCUGGGGCCCUUGGGGCCCAAAUUCUGCUGGUGCAGAGGCCCAACUCAGGUCUGCUGGCAGGACUGUGGGAGUUCCCGUCCGUGACCUGGGAGCCCUCAGAGCAGCUUCAGCGCAAGGCCCUGCUGCAGGAACUACAGCGUUGGGCUGGGCCCCUCCCAGCCACGCACCUCCGGCACCUUGGGGAGGUUGUCCACACCUUCUCUCACAUCAAGCUGACAUAUCAAGUAUAUGGGCUGGCCUUGGAAGGGCAGACCCCAGUGACCACCGUACCACCAGGUGCUCGCUGGCUGACGCAGGAGGAAUUUCACACCGCAGCUGUUUCCACCGCCAUGAAAAAGGUUUUCCGUGUGUAUCAGGGCCAACAGCCAGGGACCUGUAUGGGUUCCAAAAGGUCCCAGGUGUCCUCUCCGUGCAGUCGGAAAAAGCCCCGCAUGGGCCAGCAAGUCCUGGAUAAUUUCUUUCGGUCUCACAUCUCCACUGAUGCACACAGCCUCAACAGUGCAGCCCAGUGACACCUCUGAAAGCCCCCAUUCCCUGAGAAUCCUGUUGUUAGUAAAGUGCUUAUUUUUGUAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-785.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -818.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 744.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((.(.((((....((((((.((((.((((.....(((....)))..)))))))))))).))..)))).))))))))).(((...((((((((((((((((((....)).))))))))..(.(((....))).)......(((((((...((.(((((...(((((.((((...((((.......((((.((.....)))))).......)).))..)))).)))))...)))))))))))))).((((((............(((((((....)))))))..))))))...((..(((....((..((((((.......)))).))..)).)))..))..)))))..))).)))..((((((..((..((((((((....(((..(((....((((((...))))))..)))..))).(((((((((((((((((.(.((((....)))).)..))))))))(((((((.(((...((((......)))).((((((((((((..((..((.((((((..(((........((((((......))....(((((((...........(((..(((.((((..((((....((((((.((((......((((.(((....)))))))......(((((((((.....((((((((((((.((..((((...(((.....)))))))...((((((((..(((..(((((((..(......)..)))))))..)))(((((((.((.((((.((((((...)))))))))).)))))))))(((((((((((((((((..((.(((.(((((((......((((.....)))).((((...)))).))))))).))).))....))))..........))))))))))))))))))))))).))))))))))))(((((..((..((((((........)))))).)).))))).(((((((.......)))))))........(((.((((((((((......))))).))))).))).(((((((((((..((.........)).....)))..)).))).)))..))))))).)))))))))))))))).)))).))))))((((((.(((.((...)).))).)))))).((.(((.(((((((.......)))))..))))).))..)))))))(.(((.((((.......)))).))).))))).....)))...)))))).))..))..).)))))))))))(((.(((......))).))).((((.(((((((((((....((((.(((.((((..(((((((....(((((.(........).))))).......)))))))..)))).)))......(((((....)))))))))......((((..(((((.(((.((.((((.(((((((((...)))..)))))).)))).))......((((((.((..((((...))))..))...))))))(((((((.....))))))).....))))))))))))))))))))))).))))........(((........)))(((((.....))))).((((((((..(..((((.....(((((((.((((.........)))).)))))))(((((((((((((......(((((...(((((((((...((((((.(((....))).)))).))....)))..))))))..(((((((...(((...)))..))))))).)))))..))))).))).))))).....))))..)..))))))))..))))))))))...)))))))))..........(((((.(((((............)))))...)))))....(((.(((........)))...)))....))))))))..))..)))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{(....((((((({,(.((((....((((((.((((,((((,{,,.{{{.,,,)))..))))}))))))).))..)))),})))))))).{({{{,,{{{,({{((((((((((....))}))))))))...{(({{.|{|{||,.{{,..(((((((...{{.(((((...(((((.((({......|,,.....((((.((.....)))))).......},.}}..}}}}.)))))...)))))})))))))).{((({{............(((((((....))))))){{|,,|||.{{{{.,{||{|||||,.|||{||,..|||||{{(,({..,{.(((.{((.{(({((..{(,{(((((((((.{(((..,,,{....|}|.|||,,.}||)}))||||,|...,},}})}})))..))).))),{{{,(((((((((.(.((((....)))),}..))))))))}.|||{{|{{,...((((......)))),{((((((({{(|||({,.,{,((((({,.((..,.,...,(({{{,,.||,.||...,{,|||{{....,,.,,{,,((.,{(({((({{(({((...|{((|((,(((|{{{..,(((({({{|{{,|{||||||{{((((((((((({.,{,.(({{{{{{{{||.||,.|||||.{{((.....)}))|||,{.{{(((((({.(((,{(((((,({.({,....}..}}}}}||{{|||(({((((,(,.,,{{.||||||...||||}|,}||{|||||}}||,((((((((,,({,(((.,(({(((,(.{{((({{{.,,({{{.{.|||}||,{|,({|{||||{{||||||{{{{{||....}}},{{{{{....}))))}}}}))))}},)))))))}.}}})}}))))}}{||||,.|{,.{{{{{{,,}}},}}})})))})|,|}||,.(((((((.......)))))))..}}.,},(((.((((((((((......))))).))))).))).....(((((((((((.........,,.....,{{{{{{.((|.||({{{{{{{{{,|{.,,.,,,,),)),)}))))),.})),.,)),}})))),,,.)))).))))))),},||,({{.{{(((((.....,.))))}..||)}),|)},)))))},})}|..}|)))},}}}}}}},}))}))))))....)))).}.})))))}))..}),.),})))))))}))||(,(((......))).})).(({{.{{{|{{{|||||..|||||,|||.{{,||,||||||||,,,,{|||.|,|||||||}|||||},...|,|))))|||{{|}}}|)))|,....(((((....)))))))}},..,..,||}}||||||}||(.({.,(((.{{{||||||,,,))),,})))))})})).))}}||,.{{(({{.{{,,{{{|,,,))))..)}...)}))}}(((((((.....))))))).,)).|||||}}},}}}})})))))))),)))}.,}.))))},...,...{|||,,,{,|,..,,,}})}|(((({(({..,.}||{|,}.,,||{||||,|||{...,,,,..)))),)))})))||((((({((((({,,...,(({{,..(((({{.,,...{(({((,,,..|,|||||||}}{||,,.,|||..,}}}||{.(((((((...(((...)))..))))))).))))),}))),,,))),}}))),,...}))|..},.))))))))..))}}))}}.,,}}))))),)))),........(((((.(((((............)))))...)))))...))))))}..)))..,.}}}}}}}}},.},}}))),}},,,.,{,|||,.......))}.)}.
Back