Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407079.1
Sequence Length
1742 nt
GC Content
0.6131
AGACGUCCCGGGUCCGGCGCGGGGAAGGCAGCCUGGCGCGCGCUAAUUGCCUAUUGGCCUGUGCUGCCGGCUCGCAGCCCGGGUGGACCCGAGCCACGCCCCCUGGAGUGCGCCGGAAAGCCGGGCGCGCUAGAGCUCGCGGGAGGCCAUCAUGAGGAAGCCACGAGCAGCCGUGGGAAGUGGUCACAGGAAGCAGGCAGCCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCAUGCUAAGAACAACAGUCAGGCCAAGCCUUCUGCCUGUGAUGCAGGCCUGGCCAGGCAGCCGGAAGAGGUGGUAUUGCAGGCCUCUGUCUCCUCAUACCAUCUAUUCAGAGACGUAGCUGAAGUCACAGCCUUCCGAGGGAGCCUGCUAAGCUGGUACGACCAAGAGAAACGGGACCUACCAUGGAGAAGACGGGCAGAAGAUGAGAUGGACCUGGACAGGCGGGCAUAUGCUGUGUGGGUCUCAGAGGUCAUGCUGCAGCAGACCCAGGUUGCCACUGUGAUCAACUACUAUACCGGAUGGAUGCAGGAGGUGAAUCAACUCUGGGCUGGCCUGGGCUACUAUUCUCGUGGCCGGCGGCUGCAGGAGGGAGCUCGGAAGGUGGUAGAGGAGCUAGGGGGCCACAUGCCACGUACAGCAGAGACCCUGCAGCAGCUCCUGCCUGGCGUGGGGCGCUACACAGCUGGGGCCAUUGCCUCUAUCGCCUUUGGCCAGGCAACCGGUGUGGUGGAUGGCAACGUAGCACGGGUGCUGUGCCGUGUCCGAGCCAUUGGUGCUGAUCCCAGCAGCACCCUUGUUUCCCAGCAGCUCUGGGGUCUAGCCCAGCAGCUGGUGGACCCAGCCCGGCCAGGAGAUUUCAACCAAGCAGCCAUGGAGCUAGGGGCCACAGUGUGUACCCCACAGCGCCCACUGUGCAGCCAGUGCCCUGUGGAGAGCCUGUGCCGGGCACGCCAGAGAGUGGAGCAGGAACAGCUCUUAGCCUCAGGGAGCCUGUCGGGCAGUCCUGACGUGGAGGAGUGUGCUCCCAACACUGGACAGUGCCACCUGUGCCUGCCUCCCUCGGAGCCCUGGGACCAGACCCUGGGAGUGGUCAACUUCCCCAGAAAGGCCAGCCGCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCUCUGCCACCUGUGUUCUGGAACAGCCUGGGGCCCUUGGGGCCCAAAUUCUGCUGGUGCAGAGGCCCAACUCAGGUCUGCUGGCAGGACUGUGGGAGUUCCCGUCCGUGACCUGGGAGCCCUCAGAGCAGCUUCAGCGCAAGGCCCUGCUGCAGGAACUACAGCGUUGGGCUGGGCCCCUCCCAGCCACGCACCUCCGGCACCUUGGGGAGGUUGUCCACACCUUCUCUCACAUCAAGCUGACAUAUCAAGUAUAUGGGCUGGCCUUGGAAGGGCAGACCCCAGUGACCACCGUACCACCAGGUGCUCGCUGGCUGACGCAGGAGGAAUUUCACACCGCAGCUGUUUCCACCGCCAUGAAAAAGGUUUUCCGUGUGUAUCAGGGCCAACAGCCAGGGACCUGUAUGGGUUCCAAAAGGUCCCAGGUGUCCUCUCCGUGCAGUCGGAAAAAGCCCCGCAUGGGCCAGCAAGUCCUGGAUAAUUUCUUUCGGUCUCACAUCUCCACUGAUGCACACAGCCUCAACAGUGCAGCCCAGUGACACCUCUGAAAGCCCCCAUUCCCUGAGAAUCCUGUUGUUAGUAAAGUGCUUAUUUUUGUAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-737.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -766.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 668.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((.(.((((....((((((.((((.((((.....(((....)))..)))))))))))).))..)))).))))))))).(((((..(((.(((((((((((((....)).))))))))...(((((.((....((.......))...)).)))))..))).)))..))))).(((((((.......(((..((.....))..)))..((((((..((..((((((((....(((..(((....((((((...))))))..)))..))).(((((((((((((((((.(.((((....)))).)..))))))))(((((((.(((...((((......)))).((((((((((((..((..((.((((((..(((........((((((......))....(((((((...........(((..(((.((((..((((....((((((.((((......((((.(((....)))))))......(((((((((.....((((((((((((..(((.((.((((.........))))..(((((((((((........)))).))))))).((((((((.(...(((.(..(.((((((..(..(((....)))..).)))))).).)))).....))))))))).)))))((((((((..((((((((....))).(((((....)))))....)))))..)))))))).))))))))))))(((((..((..((((((........)))))).)).))))).(((((((.......)))))))........(((.((((((((((......))))).))))).))).(((((((((((..((.........)).....)))..)).))).)))..))))))).)))))))))))))))).)))).))))))((((((.(((.((...)).))).)))))).((.(((.(((((((.......)))))..))))).))..)))))))(.(((.((((.......)))).))).))))).....)))...)))))).))..))..).)))))))))))(((.(((......))).))).((((.(((((((((((....((((.(((.((((..(((((((....(((((.(........).))))).......)))))))..)))).)))......(((((....)))))))))......((((..(((((.(((.((.((((.(((((((((...)))..)))))).)))).))......((((((.((..((((...))))..))...))))))(((((((.....))))))).....))))))))))))))))))))))).))))........(((........)))(((((.....))))).((((((((..(..((((.....(((((((.((((.........)))).)))))))(((((((((((((......(((((...(((((((((...((((((.(((....))).)))).))....)))..))))))..(((((((...(((...)))..))))))).)))))..))))).))).))))).....))))..)..))))))))..))))))))))...)))))))))..........(((((.(((((............)))))...)))))....(((.(((........)))...)))....))))))))..))..)))))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{....((((((({.(.((((....((((((.(((({((((,{,,.{{{.,,,)))..))))}))))))).))..)))),})))))))).{{{{{{,,,,{({{((((((((((....))})))))))).,.|{{{|,(((.(((..(({.((((.,{||{|({{|,.(|({{(,..((|(((((.({...,.(((.(((.{(({{(..|{,((((((((((.{{{(..,,,{....|}|,|||,,.}}|)}}}||||,|...,},,})}}))}..})).))),(({.(((((((((.(.((((....)))},}..))))))))}.|||{({{{....((((......)))),{((((((({{({{,((..{(,((((({,.((,.,.,....(({,{{..,,..}}....{{{{{((,,.........{((,{(((.(((({(({{,...,|||||,||||||{|,,.({{{.{{||||.||||}|||{{(({((({,{(({,{{..(({((,{{(({{.,||.,|{,|{{{,|{..,},.}}||,|(((({{({(((||.,...,}|}}||||}}}}|({{{{,||{{{{.{({|{{,{,((((((,,{{.(((..,,}})|.|.}}||||.|.,,||,|,|.}}))|),|}}|||||{(((((((,,{((((({{....}}}.(((((....))))),,.}))))}..}}}))})}.||}}}}})))}}{||||,.||,.||||{|,}}}},,}))}}})})|,|}||,.(((((((.......)))))))..}}.,,,(((.((((((((((......))))).))))).))).,,,,{(((((({{{{.,..,,,..,,..,,.,||||||.||}.}|||{|||||||,||,}},}}}})})),)})))}},,})),,}}|,|}|}|},|.,)))),))))))),},({,(,{.{{(((((.....,.))))}..||}|),|}|.)))))}}|}||,.||||}}.}},,))}}})}),))))}..,.)))).,.)))))),))..)),.)}})))))))))}(((.(((......))).))).((((.(((((((((((...,(({{.(((,((((..(((((((,,{,{({((,(.,,,..,,|,||}}|....,,,)))))))..)))),|||,.....(((((....))))))))),.....,{||.{(((((,{((.((,{(((.(((((((((...)))..)))))),)))).}}|,||..||{{{|.||}}||||}}})}))..),...}||},,(((((((.....))))))).,)).}}}})))),)))))))))))))).))))..,.}}}}}........{{||,,,,,|,..,,,,}}}{((((,(((....}||,}}}.}}||,||||}|||,...}}}}..))))}))),)))||((({(,((((({{,,,,.((,,{{.((((,...,...{(({{{.....|||||{{|{,,{{{{{.{(((,..||,||{.(((((((...(((...)))..))))))).))))),}}}},,})))},.)))},,..|}}|..},,))))))))..}),,))}}.,}})))))),)))),........(((((.(((((............)))))...)))))...)))))))..)))})).,},,||||,{,|.,,))),))}}..,,,|||,.......))}.}}.
Back