Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001407081.1

Sequence Length

1931 nt

GC Content

0.5940

AGACGUCCCGGGUCCGGCGCGGGGAAGGCAGCCUGGCGCGCGCUAAUUGCCUAUUGGCCUGUGCUGCCGGCUCGCAGCCCGGGUGGACCCGAGCCACGCCCCCUGGAGUGCGCCGGAAAGCCGGGCGCGCUAGAGCUCGCGGGAGGUAUCUAUUGUGUACAGUUUACCUGGCACUGACUUUGGACACACACCAAUCAACAAGAGAAUCAGUCCUUGCACUCAAGUCGUUUUUUACAGUCAAAUUCAGGAAGUACACACUGAUGGAAAGAAUCAAAGUAAUGUAAAAUUACAUUAGGCCAUCAUGAGGAAGCCACGAGCAGCCGUGGGAAGUGGUCACAGGAAGCAGGCAGCCAGCCAGGAAGGGAGGCAGAAGCAUGCUAAGAACAACAGUCAGGCCAAGCCUUCUGCCUGUGAUGGCCUGGCCAGGCAGCCGGAAGAGGUGGUAUUGCAGGCCUCUGUCUCCUCAUACCAUCUAUUCAGAGACGUAGCUGAAGUCACAGCCUUCCGAGGGAGCCUGCUAAGCUGGUACGACCAAGAGAAACGGGACCUACCAUGGAGAAGACGGGCAGAAGAUGAGAUGGACCUGGACAGGCGGGCAUAUGCUGUGUGGGUCUCAGAGGUCAUGCUGCAGCAGACCCAGGUUGCCACUGUGAUCAACUACUAUACCGGAUGGAUGCAGAAGUGGCCUACACUGCAGGACCUGGCCAGUGCUUCCCUGGAGGAGGUGAAUCAACUCUGGGCUGGCCUGGGCUACUAUUCUCGUGGCCGGCGGCUGCAGGAGGGAGCUCGGAAGGUGGUAGAGGAGCUAGGGGGCCACAUGCCACGUACAGCAGAGACCCUGCAGCAGCUCCUGCCUGGCGUGGGGCGCUACACAGCUGGGGCCAUUGCCUCUAUCGCCUUUGGCCAGGCAACCGGUGUGGUGGAUGGCAACGUAGCACGGGUGCUGUGCCGUGUCCGAGCCAUUGGUGCUGAUCCCAGCAGCACCCUUGUUUCCCAGCAGCUCUGGGGUCUAGCCCAGCAGCUGGUGGACCCAGCCCGGCCAGGAGAUUUCAACCAAGCAGCCAUGGAGCUAGGGGCCACAGUGUGUACCCCACAGCGCCCACUGUGCAGCCAGUGCCCUGUGGAGAGCCUGUGCCGGGCACGCCAGAGAGUGGAGCAGGAACAGCUCUUAGCCUCAGGGAGCCUGUCGGGCAGUCCUGACGUGGAGGAGUGUGCUCCCAACACUGGACAGUGCCACCUGUGCCUGCCUCCCUCGGAGCCCUGGGACCAGACCCUGGGAGUGGUCAACUUCCCCAGAAAGGCCAGCCGCAAGCCCCCCAGGGAGGAGAGCUCUGCCACCUGUGUUCUGGAACAGCCUGGGGCCCUUGGGGCCCAAAUUCUGCUGGUGCAGAGGCCCAACUCAGGUCUGCUGGCAGGACUGUGGGAGUUCCCGUCCGUGACCUGGGAGCCCUCAGAGCAGCUUCAGCGCAAGGCCCUGCUGCAGGAACUACAGCGUUGGGCUGGGCCCCUCCCAGCCACGCACCUCCGGCACCUUGGGGAGGUUGUCCACACCUUCUCUCACAUCAAGCUGACAUAUCAAGUAUAUGGGCUGGCCUUGGAAGGGCAGACCCCAGUGACCACCGUACCACCAGGUGCUCGCUGGCUGACGCAGGAGGAAUUUCACACCGCAGCUGUUUCCACCGCCAUGAAAAAGGUUUUCCGUGUGUAUCAGGGCCAACAGCCAGGGACCUGUAUGGGUUCCAAAAGGUCCCAGGUGUCCUCUCCGUGCAGUCGGAAAAAGCCCCGCAUGGGCCAGCAAGUCCUGGAUAAUUUCUUUCGGUCUCACAUCUCCACUGAUGCACACAGCCUCAACAGUGCAGCCCAGUGACACCUCUGAAAGCCCCCAUUCCCUGAGAAUCCUGUUGUUAGUAAAGUGCUUAUUUUUGUAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-786.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -820.13

Frequency: 0.0000

Diversity: 632.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((.(((((((((.(.((((....((((((.((((.((((.....(((....)))..)))))))))))).))..)))).))))))))).)..)))....((((.((((.((((....)))))))).)))).(((.((((.(((..(((..(((((((...((.(((((...(((((.((((...((((.......((((.((.....)))))).......)).))..)))).)))))...)))))))))))))).((((.......))))...(((((((....)))))))(((..(((.((((.(((((((((((.(.((((...((((((((.(..(((.(((.(((.((((((...(.((((((((((..(((..((.......)).)))...).))))))))).).....))))))..))).))).(((.(((((((((.(.((((....)))).)..))))))))).)))(((((....((((......)))).((((((((((((..((..((.((((((..(((........((((((......))....(((((((...........(((..(((.((((..((((....((((((.((((......((((.(((....)))))))......(((((((((.....((((((((((((.((..((((...(((.....)))))))...((((((((..(((..(((((((..(......)..)))))))..)))(((((((.((.((((.((((((...)))))))))).)))))))))(((((((((((((((((..((.(((.(((((((......((((.....)))).((((...)))).))))))).))).))....))))..........))))))))))))))))))))))).))))))))))))(((((..((..((((((........)))))).)).))))).(((((((.......)))))))........(((.((((((((((......))))).))))).))).(((((((((((..((.........)).....)))..)).))).)))..))))))).)))))))))))))))).)))).))))))((((((.(((.((...)).))).)))))).((.(((.(((((((.......)))))..))))).))..)))))))(.(((.((((.......)))).))).))))).....)))...)))))).))..))..).)))))))))))(((.(((......))).))).((((.(((((((((((....((((.(((.((((..(((((((....(((((.(........).))))).......)))))))..)))).)))......(((((....)))))))))......((((..(((((.(((.((.((((.(((((((((...)))..)))))).)))).))......((((((.((..((((...))))..))...))))))(((((((.....))))))).....))))))))))))))))))))))).))))....)))))........)))..).............((((((.(((....))).))).)))..))))))))....))))..).)))))).)))))(((.(.(((((((((((.((..((.((((........(((........)))((((((..(((((.(((((.....(((.(((((((...(((...)))..))))))).))))))))....)))))..))))))..((((.....))))))))..))..)))).))))))))).)))).........(((((.(((((............)))))...)))))...)))))))..)))...........)))..))).)))).))).((.(((........))).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{(,,,.((((((({,(.((((....((((((.((((,((((,{,,.{{{.,,,)))..))))}))))))).))..)))),})))))))).|{,,|{{,..{{||((((((((((....))})))))))).,.|{|||,|||{{|,.{{,,,(((((((...{{.(((((...(((((.(((,......|,,.....((((.((.....)))))).......},.}}..}}}}.)))))...)))))}}))))))).,{||||,....,,,....(((((((....)))))))(((..(((.((((.(((((((((({.({((((...((((((((.((...,.(((.(((.((((((..,{.((((((((((.,(((..{,,{....})}.))}.,.),})))))))).}..,..))))))..))).))).(({.(((((((((.(.((((....)))).}..))))))))).})){((((....((((......)))).{((((((((((({.((..{{.((((({..((,.,.,....(({,{{,.,,..}}....{{{{|{(.......,.,,{((.{{((,(((({{({((...,|((|({|(((||{{.,.(({{.{{||,,.||}}}}}||{((((((({(({,..,,.((((((((((((.{{..{(({{.,(((.....)}))))}...((((((((,.(((.,(((((((..({....,}..))))))),.)))(((((((.(,.{{{{.|{|{||...}|||}},}}}|||}}}}}}},(((((((({{((,(((..{{|({{.{,{{({{,,,...({{{.,.,,))|}.|||||||}|||{||||}}|{|||,||....}))}|||||....,))))))}))))))}})))))))).)))))))))))),||||,,|{,.||{||||}}}},}}))}))}})|,|}||}.(((((((.......)))))))..}},}},(((.((((((((((......))))).))))).))).,,,,(((((((({((.........,,.....,||,{||.|||.|||{{|||||||,||.|,,}}}})}))})}))))}},))),,,}},|}|}}},|,.)))).))))))).,,({,(,{.{{(((((.....,.})))|..||}||||||.|||}}}}|}||,.||||},.}},,))}},))),))))}..,.)))).,.)))))),))..))..),})))))))))}(((.(((......))).))).((((.(((((((((((,..,(({{.(((,{{{(,.{{{{{((,,,,{({((,(.,,,,,|,|,||}}|....|,,))))|||,,|}}}|||||.....(((((....))))))))),.....,|||,|(({((,{((.((.{(((.((((((({{...))).,))))))})})).})|,||..{{(({{.{{,,||{|,,,)}))..)}...)|)}}}(((((((.....))))))).,)).}}}})))),)))))))))))))).))))..,.)))))........|{|,,,,,,|...,,,},}|{((((.(((....))),)}).}})}.))))))))....))))..)})))))).)))))(((,(.((((((({{,,.((..{{.((((........{(({{{.....|||{(((((..(((({.{(((,..||,{((.(((((((...(((...)))..))))))).))))),))}},.}))))..))))},..||||..},,))))))))..}).,))}}.})))))))},}))),........(((((.(((((............)))))...)))))...)))))))..)))..,.,},,||||}|,|,,,}}},}}}}..{{.{{{........))).)).