Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407135.1
Sequence Length
4633 nt
GC Content
0.4686
ACUCGCGCGCACGGAGCGACGACACCCCCGCGCGUGCACCCGCUCGGGACAGGAGCCGGACUCCUGUGCAGCUUCCCUCGGCCGCCGGGGGCCUCCCCGCGCCUCGCCGGCCUCCAGGCCCCCUCCUGGCUGGCGAGCGGGCGCCACAUCUGGCCCGCACAUCUGCGCUGCCGGCCCGGCGCGGGGUCCGGAGAGGGCGCGGCGCGGAGGCGCAGCCAGGGGUCCGGGAAGGCGCCGUCCGCUGCGCUGGGGGCUCGGUCUAUGACGAGCAGCGGGGUCUGCCAUGGGUCGGGGGCUGCUCAGGGGCCUGUGGCCGCUGCACAUCGUCCUGUGGACGCGUAUCGCCAGCACGAUCCCACCGCACGUUCAGAAGUCGGGUACUUCAAGCAUGUUUGCUCUUCAUCAUGAUCCUACAUGGGACGAUUUCAUAAAUCAGGAAAUGGAGGUUUCAAGAAGUUAAGUGGCCCACAGCUAAUACAUUUAAUAACGACAUGAUAGUCACUGACAACAACGGUGCAGUCAAGUUUCCACAACUGUGUAAAUUUUGUGAUGUGAGAUUUUCCACCUGUGACAACCAGAAAUCCUGCAUGAGCAACUGCAGCAUCACCUCCAUCUGUGAGAAGCCACAGGAAGUCUGUGUGGCUGUAUGGAGAAAGAAUGACGAGAACAUAACACUAGAGACAGUUUGCCAUGACCCCAAGCUCCCCUACCAUGACUUUAUUCUGGAAGAUGCUGCUUCUCCAAAGUGCAUUAUGAAGGAAAAAAAAAAGCCUGGUGAGACUUUCUUCAUGUGUUCCUGUAGCUCUGAUGAGUGCAAUGACAACAUCAUCUUCUCAGAAGAAUAUAACACCAGCAAUCCUGACUUGUUGCUAGUCAUAUUUCAAGUGACAGGCAUCAGCCUCCUGCCACCACUGGGAGUUGCCAUAUCUGUCAUCAUCAUCUUCUACUGCUACCGCGUUAACCGGCAGCAGAAGCUGAGUUCAACCUGGGAAACCGGCAAGACGCGGAAGCUCAUGGAGUUCAGCGAGCACUGUGCCAUCAUCCUGGAAGAUGACCGCUCUGACAUCAGCUCCACGUGUGCCAACAACAUCAACCACAACACAGAGCUGCUGCCCAUUGAGCUGGACACCCUGGUGGGGAAAGGUCGCUUUGCUGAGGUCUAUAAGGCCAAGCUGAAGCAGAACACUUCAGAGCAGUUUGAGACAGUGGCAGUCAAGAUCUUUCCCUAUGAGGAGUAUGCCUCUUGGAAGACAGAGAAGGACAUCUUCUCAGACAUCAAUCUGAAGCAUGAGAACAUACUCCAGUUCCUGACGGCUGAGGAGCGGAAGACGGAGUUGGGGAAACAAUACUGGCUGAUCACCGCCUUCCACGCCAAGGGCAACCUACAGGAGUACCUGACGCGGCAUGUCAUCAGCUGGGAGGACCUGCGCAAGCUGGGCAGCUCCCUCGCCCGGGGGAUUGCUCACCUCCACAGUGAUCACACUCCAUGUGGGAGGCCCAAGAUGCCCAUCGUGCACAGGGACCUCAAGAGCUCCAAUAUCCUCGUGAAGAACGACCUAACCUGCUGCCUGUGUGACUUUGGGCUUUCCCUGCGUCUGGACCCUACUCUGUCUGUGGAUGACCUGGCUAACAGUGGGCAGGUGGGAACUGCAAGAUACAUGGCUCCAGAAGUCCUAGAAUCCAGGAUGAAUUUGGAGAAUGUUGAGUCCUUCAAGCAGACCGAUGUCUACUCCAUGGCUCUGGUGCUCUGGGAAAUGACAUCUCGCUGUAAUGCAGUGGGAGAAGUAAAAGAUUAUGAGCCUCCAUUUGGUUCCAAGGUGCGGGAGCACCCCUGUGUCGAAAGCAUGAAGGACAACGUGUUGAGAGAUCGAGGGCGACCAGAAAUUCCCAGCUUCUGGCUCAACCACCAGGGCAUCCAGAUGGUGUGUGAGACGUUGACUGAGUGCUGGGACCACGACCCAGAGGCCCGUCUCACAGCCCAGUGUGUGGCAGAACGCUUCAGUGAGCUGGAGCAUCUGGACAGGCUCUCGGGGAGGAGCUGCUCGGAGGAGAAGAUUCCUGAAGACGGCUCCCUAAACACUACCAAAUAGCUCUUCUGGGGCAGGCUGGGCCAUGUCCAAAGAGGCUGCCCCUCUCACCAAAGAACAGAGGCAGCAGGAAGCUGCCCCUGAACUGAUGCUUCCUGGAAAACCAAGGGGGUCACUCCCCUCCCUGUAAGCUGUGGGGAUAAGCAGAAACAACAGCAGCAGGGAGUGGGUGACAUAGAGCAUUCUAUGCCUUUGACAUUGUCAUAGGAUAAGCUGUGUUAGCACUUCCUCAGGAAAUGAGAUUGAUUUUUACAAUAGCCAAUAACAUUUGCACUUUAUUAAUGCCUGUAUAUAAAUAUGAAUAGCUAUGUUUUAUAUAUAUAUAUAUAUAUCUAUAUAUGUCUAUAGCUCUAUAUAUAUAGCCAUACCUUGAAAAGAGACAAGGAAAAACAUCAAAUAUUCCCAGGAAAUUGGUUUUAUUGGAGAACUCCAGAACCAAGCAGAGAAGGAAGGGACCCAUGACAGCAUUAGCAUUUGACAAUCACACAUGCAGUGGUUCUCUGACUGUAAAACAGUGAACUUUGCAUGAGGAAAGAGGCUCCAUGUCUCACAGCCAGCUAUGACCACAUUGCACUUGCUUUUGCAAAAUAAUCAUUCCCUGCCUAGCACUUCUCUUCUGGCCAUGGAACUAAGUACAGUGGCACUGUUUGAGGACCAGUGUUCCCGGGGUUCCUGUGUGCCCUUAUUUCUCCUGGACUUUUCAUUUAAGCUCCAAGCCCCAAAUCUGGGGGGCUAGUUUAGAAACUCUCCCUCAACCUAGUUUAGAAACUCUACCCCAUCUUUAAUACCUUGAAUGUUUUGAACCCCACUUUUUACCUUCAUGGGUUGCAGAAAAAUCAGAACAGAUGUCCCCAUCCAUGCGAUUGCCCCACCAUCUACUAAUGAAAAAUUGUUCUUUUUUUCAUCUUUCCCCUGCACUUAUGUUACUAUUCUCUGCUCCCAGCCUUCAUCCUUUUCUAAAAAGGAGCAAAUUCUCACUCUAGGCUUUAUCGUGUUUACUUUUUCAUUACACUUGACUUGAUUUUCUAGUUUUCUAUACAAACACCAAUGGGUUCCAUCUUUCUGGGCUCCUGAUUGCUCAAGCACAGUUUGGCCUGAUGAAGAGGAUUUCAACUACACAAUACUAUCAUUGUCAGGACUAUGACCUCAGGCACUCUAAACAUAUGUUUUGUUUGGUCAGCACAGCGUUUCAAAAAGUGAAGCCACUUUAUAAAUAUUUGGAGAUUUUGCAGGAAAAUCUGGAUCCCCAGGUAAGGAUAGCAGAUGGUUUUCAGUUAUCUCCAGUCCACGUUCACAAAAUGUGAAGGUGUGGAGACACUUACAAAGCUGCCUCACUUCUCACUGUAAACAUUAGCUCUUUCCACUGCCUACCUGGACCCCAGUCUAGGAAUUAAAUCUGCACCUAACCAAGGUCCCUUGUAAGAAAUGUCCAUUCAAGCAGUCAUUCUCUGGGUAUAUAAUAUGAUUUUGACUACCUUAUCUGGUGUUAAGAUUUGAAGUUGGCCUUUUAUUGGACUAAAGGGGAACUCCUUUAAGGGUCUCAGUUAGCCCAAGUUUCUUUUGCUUAUAUGUUAAUAGUUUUACCCUCUGCAUUGGAGAGAGGAGUGCUUUACUCCAAGAAGCUUUCCUCAUGGUUACCGUUCUCUCCAUCAUGCCAGCCUUCUCAACCUUUGCAGAAAUUACUAGAGAGGAUUUGAAUGUGGGACACAAAGGUCCCAUUUGCAGUUAGAAAAUUUGUGUCCACAAGGACAAGAACAAAGUAUGAGCUUUAAAACUCCAUAGGAAACUUGUUAAUCAACAAAGAAGUGUUAAUGCUGCAAGUAAUCUCUUUUUUAAAACUUUUUGAAGCUACUUAUUUUCAGCCAAAUAGGAAUAUUAGAGAGGGACUGGUAGUGAGAAUAUCAGCUCUGUUUGGAUGGUGGAAGGUCUCAUUUUAUUGAGAUUUUUAAGAUACAUGCAAAGGUUUGGAAAUAGAACCUCUAGGCACCCUCCUCAGUGUGGGUGGGCUGAGAGUUAAAGACAGUGUGGCUGCAGUAGCAUAGAGGCGCCUAGAAAUUCCACUUGCACCGUAGGGCAUGCUGAUACCAUCCCAAUAGCUGUUGCCCAUUGACCUCUAGUGGUGAGUUUCUAGAAUACUGGUCCAUUCAUGAGAUAUUCAAGAUUCAAGAGUAUUCUCACUUCUGGGUUAUCAGCAUAAACUGGAAUGUAGUGUCAGAGGAUACUGUGGCUUGUUUUGUUUAUGUUUUUUUUUCUUAUUCAAGAAAAAAGACCAAGGAAUAACAUUCUGUAGUUCCUAAAAAUACUGACUUUUUUCACUACUAUACAUAAAGGGAAAGUUUUAUUCUUUUAUGGAACACUUCAGCUGUACUCAUGUAUUAAAAUAGGAAUGUGAAUGCUAUAUACUCUUUUUAUAUCAAAAGUCUCAAGCACUUAUUUUUAUUCUAUGCAUUGUUUGUCUUUUACAUAAAUAAAAUGUUUAUUAGAUUGAAUAAAGCAAAAUACUCAGGUGAGCAUCCUGCCUCCUGUUCCCAUUCCUAGUAGCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1492.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1575.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 1246.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.(((.(.(......)).))).))))))........(((((((((((((((((((((.((.((...((((((...))))))((((((..(((((.((((...((((.(((((((.((.(((((((.(((.((.((((....))))))(((....))))))))))))).)).).)))))).))))..)))).))))))))))))).)))))))))))))(((.(.((.((....((.(((((.((..(((((((((((((((((((......((((((((((.(((....)))...))))))))))))))))...)))))..)))))).))..)).))))).)).....)).)).).))).(((((.....)))))..(((.(..(((((.....((((......))))(((.(((((((((..((..(((((....)))))..)).((((((((..............))))))))...(((.((((.(.(((((.......)))))).)))).)))..(((((..((....)).))))).))))))))).)))(((((.(..............((((((((....((((((.((((........))))..(((((((.(.....).))))))).....(((((((((.((((.(((((.(((((((.(..((((((((.(((((((.(((............((((.(((((((((((((((.((((.....)))))))))....(((...........)))((((..(..(((((((((((((..((((.(((....)))))))..))).))))..........))))))..)..))))((((((........)))))).(((((.......)))))((((....))))...((((((((((((.(((((((((.(((((....((((((((((..(((.(((((((..((((((((....))))..(((......)))..))))...))))))).))).(((((.((((...)))).))))).........))))))))))......((((.(((((.((((..(((((.....(((((.(((....(((((((((.........((((((((.(((((.(((((((((((((...((((((..((((...((((....((((((.......))))))....)))).))))..))))))....))))))))))))).))).))(((((((((........))).))).))).((((((..(.(((...))).)..)))))).....)))))))).(((.(((((.(((((((((((((((((.((((..........(((........))).(((((((...((((..(((((((((((.((......))...((.((((.((((((((....((....))(((((((.((((((....)))))))))))))))))).))))))).))))))).))))))..)))).....(((((..(((((((((.(........((..........((((.....))))........))).))))))).))..))))).......))))..))))))))))))))))((((((((((((.(((....))).)))))((((((.((.....((((..(((((((.(((((.......)))))...))))))).))))((.(((((.(((((((.(((.(((((..(((((((((((((((((((((.........(((((((((...)))))))))...............(((((.......)))))...(((((....)))))(((..(((...((((((........))))))....)))..)))..((((((((.........)))))).)).....)))))))).))))).((..(((((((((....((.....(((((.......)))))))...)))))))))..))(((.(((..((((..(((((((....))))))).)))).))).)))...(((((((((.((((.(((((.(((((((...(((((..(((..................)))))))).(((((((.((((((...))))....)).)))))))(((......))).(((.((((((.....)))))).)))..((((((((.(((((....)).)))(((((.(.(((((((((((..(((((.(.............).))))).)))))))).))).).((((((....))))))(((.((((...)))).)))....((((...)))).((((((..(.(((((..((((.((........)).))))..))))).).........(((.(((((((((.........(((((((...((((((((.(((....))).))))))))..)))))))...))))))))).))).(((((........)))))..............(((....))).(((((((...((((....))))))))))).......)))))).))))).....))))))))...............(((((((.(((((.(((.........))).)))))))))))).((...(((((.....)))))....)).((.(((....))).))..((((....))))...)))).)))))).)).)))))))))))))..))))))))....)).))).)))..))))))))))))))))))))))(((((...((((((.............(((((((.......))).))))((((((........))))))(((((..(((((............)))))..)))))...................((((...((((((((((................))))).)))))...))))....((((....))))))))))...)))))..)))))))..((((((((........))))))))...........................))))))))))))).)))(((((((...)))))))....(((((((((((((((........))((((((...((((((((((...((((((..(.((((((((((............((((.(((......)))))))((((((((........((.(((((.(((((.(((((((.........(((((......)))))...((((((((....(((((............(((((((..((((..(((..........((((((....))))))........((((((((.(((.((((..(((((.((((........))))..)))))..)))))))..))))))))...((.((((((...)))))).)))))..))).)..))))))))))))..(((((....(((((((((..(((((((((.(((...(((((((....)))))))............((((.....)))).....((((((..(((.(((..((((((((.......((((.........(((((((((.(((......))))))))))))........)))).......)))(((((((....))))))).((((........))))..........)))))..)))...))).)))))).....))).))))))))).)))).)))))....)))))......))))))))...))))))).))))).))))).))..(((((((((..((......))..)))))..))))..(((((((......)))))))..))))))))....(((.(((((....))))).))).(((((....)))))........)))))))))).)..)))))).....))))).)))))....))))))(((((((((.....((.((((..(((..........))))))).)).......))))))))))))).)))))))))..))))))))).))).)))))((((((((((......)))))))))).............((((((.......))))))...)))))...((.......)))))))))))..))))..)))))))))))(((....)))....((.((..((........)).)).))...(((((.((((............))))...)))))...))).)))))))))).))))))))))))..))))......((((((((((.........))))).))))))))..)))))))..)))..)))))...).))))((((.((....)).))))..))).))))).)))).)))))))))......((((((((..((((((((.(((...))).))))))........)).)))))))).........((((((((((........))))))))))..........))))))))))))))....((((((((((....((((.......(((((......))))).....))))..))))))))))...(((.((((((((((...((((.......)))).....))).))))))).))).....).))))))))))..)))))))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((.(((.(.(......},,))).))))))....,,,.(((((((((((((((((((((.((.((...((((((...))))))((((({.,(((((.((((...((((.(((((((.((.(((((((.{(({((.((({....}))))){({....})))))))))))).)).).)))))).))))..)))).))))))))))))).))))))))))))),,((({(({,{,.{{(({(((((.((..((((((((((((((((((({.....{(((((((((.{((....)))...))))))))))))))))...)))))..)))))).))..)).))))).,,....,,|{||{|.}||.,(((({{|{..,,,,.((((....))))..,,..({((....,,||||(((,((((({,,,.,|{{.({{{({{{{{{{||..{{.((((({{({{..,{{{{{{...,,,,,,,,...(((.,,,,.|}|,,{{......,||||||{||,,.|||{{((({,,,||,...|||||||||||||}||||.}}}{{(((.{....{|||,..(((({(({(({,..,,((((((((..,(((({{{,{,...(((((((,(....,}.))))))),,}}||}}..,{,(((..,{{..{{,.....{{{.{..((((((.........))}))}..}))),.},),}})}}}}})})}.)))))))).,,,,,,,|}}}}.|||||,||},......,,,({((((((,,(..(((((({((((((,,(({({(((....|}}}}}}..}}},,}})..,,,,,...)))))}..,..}}}}|||,,,,}}},,}}})||||.({{{{.......))))),||||{{{({{(,,,,{{,.,{{{|||||,||{{.,.,||||||,..{({{(((({.,{(((.(((,(,,..||||{|||}}.,)|))|.,{{....,{{,...))||,..,|||}}}.}|)|,|{|}}|}}}||||,|||},,,||,.,,.,,.}}},}))))}.,}}|,||.||,{|||||,.,||{||,,.....,,,,,.,{,..},||{||||||.|}......((((((({.,,(((.(((((((((((((...((((({..((((..,{{{{....((((((.......))))))....}))),))))..))))))....))))))))))))).))).||{(((((({(|.....},}})||)).}}},|{{(((,.{.{{,...))).}..))))}},....)))))))).(((.(((((.(((((((((((((((({.((({..........(((........))).(((((((...((((..(((((((((((.,,.{{{,.,,..,||}{(({,((((((((....((....))(((((((.((((((....)))))))))))))))))).))))))}.,,))))).))))))..))))..{{.(((((..(((((((((.{.......{(,..........((((.....))))........),).))))))).))..)))))..},...)))}.,))))))})))))))))((((((((((((.(((....))).)))))((((((.{{.....((((..(((((((.(((((.{....,)))))...))))))).))))((.(((({{(((((((.(((.(((((..(((((((((((((((((((((....{,,..(((((((((...)))))))))...,,..........(((((.......)))))...(((((....)))))(((..(((...((((((........))))))....)))..)))..(,((((((.........)))))).)).....)))))))).))))}{((..(((((((((....{,,.,,.(((((.......))))),,,,.))))))))).,))|({,({(,.((((..(((((((....))))))).)))).})).))|||.|{(({(((((((,((,,((((,....})))),..),))))))).......,,,.....,||{{..,..(((((((.((((((...)))),...,).))))))),{{......}}}.(((.((((((.....)))))).)))..,{,,,(((((((((....)),,))))}|({(.((,((((((((..(((((.,.............).))))).)))))))).)))}),((((((....))))))(((.((((...)))).)))....{||||,.}}}}.,,{{({{,{.{{{||,,((((.,,........,|.}||}..}}})}}}.........{((.(((((((({.,{{{(...{((((({...{((((({({(({...,}}}.))))))}}..))))))).})))))))))).))).(((((........)))))......,,,.....|}}}},})),.,((((((...((((....))))))))))|{.((((((({.{((((...{{{{..(((..((({..{(.,,,{,...(((((({.(((((.{{{,,,,.....))),)))))})))))).{{...(((((.....)))))....}}.{{.,{{....})),))}..})))..))).......}}}}))))).)}..,,.}}))))).},}))))))))....)).))).)))..)))))))))))))))}))))))(((((...((((((.............(((((((.......))).))))((((((........))))))(((((..(((((............)))))..)))))..........,,,,.....,|||.{{((((((,,,,........{{{{....)))),.,}),,...))))}}}}((((....))))))))))...)))))..)))))))..((((((((........)))))))).........,,{.....)}........))))))))))))).)))(((((({...})))))),.,.|{||||||{{{||||},,...,,||{({{{{...((({{{{(((,,,{(((({..{.((((({{{{{.......,,...{{|,{((,,,,,,.||||||,((({{(((....},,,||.,{|||,|{{{|,||||||{...|,{{,.{{{{{......)}})),|||{{{||||{...|{((|..{{(((((.......)))))))...||...|,{{((({..,,,||}}}}},))))}}},.,,||||||||,,,|||||||..,|||||.,..}))))}..(({{{(({((,.,,,.}},||}}|||{{|,.,(((.(((((|...)))))).))))))))),.}}.,,,,||||{{{{,.,..{.,,{{|{,..,.{{{{({{{{,{{,,{|{,{,(((((((....))))))).......,,|||({({.....}))}..,,}}},,},..,,}||{{||{{||{{..,,||||,|{{{|,.......(((((((((.(((......)))))))))))).{{{,{{{{,{{...{(((({(((({(((,...}))))}..,)))),)}}).)).)))).}}},...,||},....)},,}}}},,,)}}}|,,,,...||||||((((({.(((((.......))))).}))))).}}}}}...))))))),))}}},|||||{|{{{((,.(((((..((......))..)))))..|||,..(((((((......)))))))..})))}}}}....,{{.(((((....))))).,},.{{{{{..,{|||||,,,,....}}})))}|||,|,.}||}||,,...}}})))}}))}..},))))},,{{{{{{,,|,...{,,||||,,|||.,.,,,,,..,}}}})}.}),......}))))))).)))),)}}))))))..}})}}))))}))),)))}}((((((((((......)))))))))).........,,..((((((.......)))))).,})))),,|}||.}}}}},)))})))}}))},}}}}..})}})))})),||,.}))))...)))))))}}.,,.,||,,||||||}}}}}.(((,(((,{,,,..}}}}||..}}|}}},.))}|,}}}}}.}}}|||||((({,.,{{{(.,,.||||{{,|.,,,((((((((((.........)))))}}))))....}))},,}}}}||||,,,|}}||||.|{{,((((.((,,.,)),}||}.||||||||||}||,(((((((((((....))))))))))).,,((((((.((|...))).)))))).......,,,,.....,)))})))}...((((((((((........))))))))))}}},.}}}),,,|}|,|},|||||{...{(((((((((,{,.((((.......(((({......))))).....)))).,)))))))))).,,|((.((((({((((..,({((,,,,...}))),,}..))),,)))))).))).....,.||||,}}}|,.}})),)))))))))),.......,.,,,....
Back