Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407142.1
Sequence Length
2838 nt
GC Content
0.6039
GUGCGCCGCGGUGCCUAGUGUGGGAUGUAAGCGCGGAGGCCGCCGCCCACCGCCCGCCGCCAUGGGGCUGAAGGCCGCCCAGAAGACGCUGUUCCCGCUGCGCUCCAUCGACGACGUGGUGCGCCUGUUUGCUGCCGAGCUGGGCCGAGAGGAGCCGGACCUGGUGCUCCUUUCCUUGGUGCUGGGCUUCGUGGAGCAUUUUCUGGCUGUCAACCGCGUCAUCCCUACCAACGUUCCCGAGCUCACCUUCCAGCCCAGCCCCGCCCCCGACCCGCCUGGCGGCCUCACCUACUUUCCCGUGGCCGACCUGUCUAUCAUCGCCGCCCUCUAUGCCCGCUUCACCGCCCAGAUCCGAGGCGCCGUCGACCUGUCCCUCUAUCCUCGAGAAGGGGGUGUCUCCAGCCGUGAGCUGGUGAAGAAGGUCUCCGAUGUCAUAUGGAACAGCCUCAGCCGCUCCUACUUCAAGGAUCGGGCCCACAUCCAGUCCCUCUUCAGCUUCAUCACAGGCACCAAAUUGGACAGCUCCGGUGUGGCCUUUGCUGUGGUUGGGGCCUGCCAGGCCCUGGGUCUCCGGGAUGUCCACCUCGCCCUGUCUGAGGAUCAUGCCUGGGUAGUGUUUGGGCCCAAUGGGGAGCAGACAGCUGAGGUCACCUGGCACGGCAAGGGCAACGAGGACCGCAGGGGCCAGACAGUCAAUGCCGGUGUGGCUGAGCGGAGCUGGCUGUACCUGAAAGGAUCAUACAUGCGCUGUGACCGCAAGAUGGAGGUGGCGUUCAUGGUGUGUGCCAUCAACCCUUCCAUUGACCUGCACACCGACUCGCUGGAGCUUCUGCAGCUGCAGCAGAAGCUGCUCUGGCUGCUCUAUGACCUGGGACAUCUGGAAAGGUACCCCAUGGCCUUAGGGAACCUGGCAGAUCUAGAGGAGCUGGAGCCCACCCCUGGCCGGCCAGACCCACUCACCCUCUACCACAAGGGCAUUGCCUCAGCCAAGACCUACUAUCGGGAUGAACACAUCUACCCCUACAUGUACCUGGCUGGCUACCACUGUCGCAACCGCAAUGUGCGGGAAGCCCUGCAGGCCUGGGCGGACACGGCCACUGUCAUCCAGGAAACAGUCUCAAAUCUCCAAUGUUUAACCACCAUCAUCCAGCAGUGGGACUUCCACCCUCGGCCCCAUGCCCCCCUCCUCAUUCUUGCUUUCUUCCUCUGGGCUGACCCAGACAGCAUCAUUUUGCACUACAACUACUGCCGGGAAGACGAGGAGAUCUACAAGGAGUUCUUUGAAGUAGCCAAUGAUGUCAUCCCCAACCUGCUGAAGGAGGCAGCCAGCUUGCUGGAGGCGGGCGAGGAGCGGCCGGGGGAGCAAAGCCAGGGCACCCAGAGCCAAGGUUCCGCCCUCCAGGACCCUGAGUGCUUCGCCCACCUGCUGCGAUUCUACGACGGCAUCUGCAAAUGGGAGGAGGGCAGUCCCACGCCUGUGCUGCAUGUGGGCUGGGCCACCUUUCUUGUGCAGUCCCUAGGCCGUUUUGAGGGACAGGUGCGGCAGAAGGUGCGCAUAGUGAGCCGAGAGGCCGAGGCGGCCGAGGCCGAGGAGCCGUGGGGCGAGGAAGCCCGGGAAGGCCGGCGGCGGGGCCCACGGCGGGAGUCCAAGCCAGAGGAGCCCCCGCCGCCCAAGAAGCCAGCACUGGACAAGGGCCUGGGCACCGGCCAGGGUGCAGUGUCAGGACCCCCCCGGAAGCCUCCUGGGACUGUCGCUGGCACAGCCCGAGGCCCUGAAGGUGGCAGCACGGCUCAGGUGCCAGCACCCACAGCAUCACCACCGCCGGAGGGUCCAGUGCUCACUUUCCAGAGUGAGAAGAUGAAGGGCAUGAAGGAGCUGCUGGUGGCCACCAAGAUCAACUCGAGCGCCAUCAAGCUGCAACUCACGGCACAGUCGCAAGUGCAGAUGAAGAAGCAGAAAGUGUCCACCCCUAGUGACUACACUCUGUCUUUCCUCAAGCGGCAGCGCAAAGGCCUCUGAACUACUGGGGACUUCGGACCGCUUGUGGGGACCCAGGCUCCGCCCUUAGUCCCCCAACUCUGAGCCCAUGUUCUGCCCCCAGCCCAAAGGGGACAGGCCUCACCUCUACCCAAACCCUAGGUUCCCGGUCCCGAGUACAGUCUGUAUCAAACCCACGAUUUUCUCCAGCUCAGAACCCAGGGCUCUGCCCCAGUCGUUAGAAUAUAGGUCUCUUCUCCCAGAAUCCCAGCCGGCCAAUGGAAACCUCACGCUGGGUCCUAAUUACCAGUCUUUAAAGGCCCAGCCCCUAGAAACCCAAGCUCCUCCUCGGAACCGCUCACCUAGAGCCAGACCAACGUUACUCAGGGCUCCUCCCAGCUUGUAGGAGCUGAGGUUUCACCCUUAACCCAAGGAGCACAGGUCCCACCUCCAGCCCGGGAGCCUAGGACCACUCAGCCCCUAGGAGUAUAUUUCCGCACUUCAGAAUUCCAUAUCUUGCGAAUCCAAGCUCCCUGCCCCAAAUAACUUCAGUCCUGCUCCAGAAUUUGGAAAUCCUAGUUUCCUCUCCUUCGUAUCCCGAGUCUGGGACACAAAACUCCGCCCCCAGCCUAUGAGCAUCCUGAGCCCCGCCCUCUUCCUGACGAAACUGGCCCCGGAUCAGAGCAGGACCUCCCUUCCGACCCUCUGGGAACCUCCCAGAGGUCCAGCCCAUCUCGGAGCAUCCCGGAGGAAAUCUGCAGAGGGUUAGGAGUGGGUGACAAGAGCCUGAUCUCUUCCUGUUUUGUACAUAGAUUUAUUUUUCAGUUCCAAGAAAGAUGAAUACAUUUUGUUAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1097.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1145.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 746.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((((.(((.(((.((((((...((((((.(((.(((((((((.(((((.(((((.((((((...))))((((((.....((.((....((.((((.(((.((....))))).))))..))..)).))....))))))..(((((((((.......).)))))))))).))))).)))))...)))).)).......))).)))..)))))))))))))))...(((((((..(((..((.....(((((((.(.(((((((((((((((((((((((((.((((......(((((.((.(((((((((((((..(((.(((.((((.(((.(((.((........((((((((..........((((((.......)).))))))))))))..)).)))))).)))).))).)))...)))))....)))).))))..)).)))))((((......))))..(((((.((((((.((((.......((((......))))........)))).)....)))))))))).....)))).))))))).)))))))...)))))...((.(((....(((((.......)))))..))).))(((((.........)))))..)))).)).)...)))).))).....))...)))..))).)))))))))))).((((((((...((((.....((((.((((.((.((.((((((((.........((.((((((....).)))))))((((((..((((.((.(..(((((.((((((..((((........))))...))))))...((.((((((((((((((.......)))))))))(((((((((.(((((.((.........((((...((((.(((.(......).))).))))..))))))))))).)))))))))(((....)))))))).)).........((((........))))((((((..((((((.(((.........(((((....)))))..........)).).))))))((.((....)).))....))))))((((((....))))))((((.(((.(((.....(((((((......(((((((...............))))).....))........)))))))....))).)))..)))))))))..).)).))))..))))))...........((((.(((((((((.(((......)))..............(((((..(((((((((.......(((((...((((((((((...((..........))....)))...((.(((((..(((((((((((((((((.((((((((((((((((.((..((((..(((.......)))..))))..))))))).)).))(((.((((((((((((((((((.(((......((((((..(((((...((((((.((.(((.((((((..(((...))))))))))))..)).))))))...))))).......)))))))))..)).)))))).))).)))...)))).)))((.(((....))))).(((((((((((...((((((..(((((.((((....(((....(((((((((((((((((.(((((((.((((........))).).))))))).....((((..((((((((((.(((((((((((....(((((.(.(((((.((((((((.....)).....)))))).)))))).)))))...)))).)))))))...(.(((((.(........).))))).).((..(.((.........)).)..))))))))))))..))))...((((((((((((...(((..(((.(.(((((.(((((((...(..((.....))..).)))))))..(((((.((..((((...))))..))))))).(((.((((((((..((((.(((.....)))...)))))))))..))).)))((.(((.........))).))....((((.((((((..(((((..(((.((((((..(((......)))..)))))))))...((((.((.(((.....((((........))))))))).)))).................)))))..)))))).))))))).)).).)))..)))...))))))))..))))........))))))))))....((....)).....((..(((......)))..))..)))))))..)))...)))).)((((((.(((................))))))))).........)))).))))))))))))..)))))..(((.(((...(((....))).)))))))))))))...((((.((((.((((((.......((((.....))))......(((((...((((......))))....))))).)))))).)))).)))).....))))).)))))).((((((.....)).)))).))))))..))))))).....)))))))....))))).......((((((....))))))))))).)))).))))).))))))).........)).)))).)))))....))).)))).)))).)))).......))))....))))))))(((..(((.((((..(((((((((((((((((((((.(((((..(((.(((((.....)).))).).))..)))))...))).))))))))).)))).))).....))..)))).)))..))).....)))))....(((((((((((........)))))))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({.(((({({...(,(((((.{{...{{(({{.,|}}}}}}))}})}}}}})),))...((((((((.(({{,{,,,,.....,}.(((((({{.((((.(((.((....))))).))))..}}..(((....))).((((.(.((((.,..((((((,{((((((((((((((((((((((.(((..((((.,.....{((((({,..,,(({{............||,....,((((..(((((..((((.((((((((.(((.((..((((((..((((.(((((..,,((.(((((,..........,.(((((((({.((((((.((((((...((((......).)))(((((..(((((((((((.((((((.....))))))(((((((((...((((((({.....{((((((({,((((,,.,{{....(({{{{{{,{{((((.{,,,,|||{..((((((((((((((.,..(((((((.......((((({..,....((((({..{((((...(((((...........(((((((...)))))))))))).))))).)))))}....}.))))))))))))....}.)))))}.}}}..}))))))...,})}}|},,...}})})))}..((((({{.(((({{((,..,({((.,,(((((((((.((((((((((((({{(({((.((((.((..(((((((..(({....((.{(({{{..,,|.}}}}}})||..,..((.(((((,(,,,.{((((((({...((((........))))..,)))))))}...}||,,.(((((((((.......)))))))))(((((((((.(((((.(,,{{(((..((((,...||||..||}}.,|,|.,|||,.,))}}})}).})))))).)))))))))})))))),}}.)))))))..)).)))).}}...,)),,,..)))))))..,((((((.(.,.,,,....((({((....}})),.,}},.....)),,,))))))}.....)))))){{..,{||,...|||||(..|||||||,|||||{{|,,|{|{,|,,,.})))).)))))),{{{(,,,,,,.........||}}}..........,.,,.),,,}))},)},},..,},,)))}}}.))),,.)|||,,..}||||}||.,,,,,.((((((....))))))..(((......)))...........}}}}))),,))}),))))}}}}.,.|||},.|))))),}}},}}}}}}}}}}}}.,,,.....{{,,|,..}}})))})))))))))))))))))((((((((.(((((((((((.((..((((..(((.......)))..))))..))))))).)).))....)}.))))))))...{{{{{{{......}|,||||,.(((((...((((((.((.(((.((((((..{{{...))}})))))))},.)).))))))...))))).......)}}},,..)))))))))))))))).))))})).)))))).|.(((....))),,.)))))),)}))))).)),}..)))))..))))..)}}})))..)).))).))))))))...(((((((.((((........))).).)))))))...........,(((((((((.(((((((((((....(((((.(.(((((.((((((,{,....}}.....)))))).)))))).)))))...)))).)))))))...{((((,.{(..,{{...|,|))}.,).|},.|.||....,,.{{,,.}..)))))))))))|(((((....)))))}.........))))..))))))))){{(((((((...,.,(,....,),..}.))))))}.}|(((,,((..((((...))))..))))))}.{((.(({(((({..((((.(((.....)))...))}}))))},,))}.))}.||)))))),),.(((((((({{{(.(((((((.,...{{,..,.(((.((((((..{(({...},)}}..))))))))),,,,((((((..((((((.((((........))))((((((.....(((.(((..((((...))))...)))...)))....)))))),{{........}}}...........))))))...)))))).,))))))).)))))}....,)))))...))))..))).))))))..))))).)))}.......((((((,({(.............,,.})))))))).....((((((..(((((((,{,.((,...(({{.,,,.|||}..{{{....}}}.}}},||||,..,}}.)),,.}.)))))))..))))))...........,))))))))))))))..))))).))))))))))...)).)}..))))))))..((({,....}}}}|||}...(((..{{....|||||,}.|{{{..|||||..{{{{,...........(((((((((..{,,...(({{{{....}})))),,....,,((.(((({....|)))}.}}......,.{,..,|||,....},},,,,,.(,{{,..,,.,||.....}}.)},,},))}.},))))}.)))))))))..,,,,,,.{{.(((((((((..((((.|({{|{,..{,||.}}}.)))}..})}})))))...}},,.})})))),.))))})))},.}||||,...}}.,)))...,,|{{|},||{..,(((((((((((........)))))))))))......},,..,}},...
Back