Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407161.1
Sequence Length
3271 nt
GC Content
0.4934
GCGAGUCCAGAGGCAGGCGAGCAGCUCGGUCGCCCCCACCGGCCCCAUGGCAGCCCCCGGCGCCCCAGCUGAGUACGGCUACAUCCGGACCGUCCUGGGCCAGCAGAUCCUGGGACAACUGGACAGCUCCAGCCUGGCGCUGCCCUCCGAGGCCAAGCUGAAGCUGGCGGGGAGCAGCGGCCGCGGCGGCCAGACAGUCAAGAGCCUGCGGAUCCAGGAGCAGGUGCAGCAGACCCUCGCCCGGAAGGGCCGCAGCUCCGUGGGCAACGGAAAUCUUCACCGAACCAGCAGUGUUCCUGAGUAUGUCUACAACCUACACUUGGUUGAAAAUGAUUUUGUUGGAGGCCGUUCCCCUGUUCCUAAAACCUAUGACAUGCUAAAGGCUGGCACAACUGCCACUUAUGAAGGUCGCUGGGGAAGAGGAACAGCACAGUACAGCUCCCAGAAGUCCGUGGAAGAAAGGUCCUUGAGGCAUCCUCUGAGGAGACUGGAGAUUUCUCCUGACAGCAGCCCGGAGAGGGCUCACUACACGCACAGCGAUUACCAGUACAGCCAGAGAAGCCAGGCUGGGCACACCCUGCACCACCAAGAAAGCAGGCGGGCCGCCCUCCUAGUGCCACCGAGAUAUGCUCGUUCCGAGAUCGUGGGGGUCAGCCGUGCUGGCACCACAAGCAGGCAGCGCCACUUUGACACAUACCACAGACAGUACCAGCAUGGCUCUGUUAGCGACACCGUUUUUGACAGCAUCCCUGCCAACCCGGCCCUGCUCACGUACCCCAGGCCAGGGACCAGCCGCAGCAUGGGCAACCUCUUGGAGAAGGAGAACUACCUGACGGCAGGGCUCACUGUCGGGCAGGUCAGGCCGCUGGUGCCCCUGCAGCCCGUCACUCAGAACAGGGCUUCCAGGUCCUCCUGGCAUCAGAGCUCCUUCCACAGCACCCGCACGCUGAGGGAAGCUGGGCCCAGUGUCGCCGUGGAUUCCAGCGGGAGGAGAGCGCACUUGACUGUCGGCCAGGCGGCCGCAGGGGGAAGUGGGAAUCUGCUCACUGAGAGAAGCACUUUCACUGACUCCCAGCUGGGGAAUGCAGACAUGGAGAUGACUCUGGAGCGAGCAGUGAGUAUGCUCGAGGCAGACCACAUGCUGCCAUCCAGGAUUUCUGCUGCAGCUACUUUCAUACAGCACGAGUGCUUCCAGAAAUCUGAAGCUCGGAAGAGGGUUAACCAGCUUCGUGGCAUCCUCAAGCUUCUGCAGCUCCUAAAAGUUCAGAAUGAAGACGUUCAGCGAGCUGUGUGUGGGGCCUUGAGAAACUUAGUAUUUGAAGACAAUGACAACAAAUUGGAGGUGGCUGAACUAAAUGGGGUACCUCGGCUGCUCCAGGUGCUGAAGCAAACCAGAGACUUGGAGACUAAAAAACAAAUAACAGGUUUGCUGUGGAAUUUGUCAUCUAAUGACAAACUCAAGAAUCUCAUGAUAACAGAAGCAUUGCUUACGCUGACGGAGAAUAUCAUCAUCCCCUUUUCUGGGUGGCCUGAAGGAGACUACCCAAAAGCAAAUGGUUUGCUCGAUUUUGACAUAUUCUACAACGUCACUGGAUGCCUAAGAAACAUGAGUUCUGCUGGCGCUGAUGGGAGAAAAGCGAUGAGAAGAUGUGACGGACUCAUUGACUCACUGGUCCAUUAUGUCAGAGGAACCAUUGCAGAUUACCAGCCAGAUGACAAGGCCACGGAGAAUUGUGUGUGCAUUCUUCAUAACCUCUCCUACCAGCUGGAGGCAGAGCUCCCAGAGAAAUAUUCCCAGAAUAUCUAUAUUCAAAACCGGAAUAUCCAGACUGACAACAACAAAAGUAUUGGAUGUUUUGGCAGUCGAAGCAGGAAAGUAAAAGAGCAAUACCAGGACGUGCCGAUGCCGGAGGAAAAGAGCAACCCCAAGGGCGUGGAGUGGCUGUGGCAUUCCAUUGUUAUAAGGAUGUAUCUGUCCUUGAUCGCCAAAAGUGUCCGCAACUACACACAAGAAGCAUCCUUAGGAGCUCUGCAGAACCUCACGGCCGGAAGUGGACCAGUGAGUAUUGGGCCUGAUUUCCUACUUUUUAAAAUAAUGAUAUUGUAGACAUACCUACAUUCAAUUCAGAGAUGAAACAGUGAGGGAAGAGAAAAAGGUUUCUUAUUUUAGUAAAGACAAUUCUCAGAAAUUACAGAGGGCUUCGGUCUCAGCUUAUGCAAAGUCAAGUCAGGCUGCUUGACUGACAAGUCAAGUCAGUACUCUUUCAGUUACAGAUCUCAGAAUCCUGCCUCAAGCUGGUUUAAGCAAAAAAGAGGAAAUUUUUGGCUUAUGGCACUGAAAACUCCAGGGUGGGCCUUCUUUCUGUCGUGACUGGACUUAGGUGCACCAGUGAUUACAGUUGACUUUCUUCAUCUCCGGGCUUGGUUUUCCUCUGCUGGGUUUGUUCUCAAAGGCUCUCUCCAUAGGGUAACAAAGACAGCCAUGAAUUAUUUCAGGCUCACGUUUUAUCAGCCCAAUGUGUCCCCCACAAGAAACAAACUACCAUUUUCCCAAUAGUGUUGUUAAGAAGUUGGAGAAUAUGUCUCACGGGCUGGCUUGGGCCUCUUGCCCAUUUCUGAACCAAUACCUGUGUCUAUGAGGCUAUGAUGUUCUAAUUGGCCAAGUCUGGAUCAUAUGCCCAGAUGUGCACUUCCAGGGCAUGGGUUUGAUUGGAUGAGGGCCACUGCCACUUGUACCACAUGGGCUGAAAUGGUAAAGGAGUGCUCCCUAAUGGAAAAUGAGACUGUUACUACCAAAGGAAGGAGGAAUAAAUGCUGGGAAGGCAAAAACAACAGCAGAUGUCUACUGCAGUAUGGAGUUGGAAAGGCCAUCUGUGCUUUUGUGUCCCAGAAAUUCAACUACAAAAUAAAGAGCUGAUCCUCUUUCCAGAUGCACUUACUUUAUAGCAGCAAAGUCAAAAUAAUUAAAAUAGUAAAAGGUUAUUCCCUUCCCCAUGUAUUUUAUACCCUUCCUAUAUAUUAAGGUAUUCUGUAAGUAUUUAAUGAUUUAAACUAAGCUUGUAUUCUUUGCCUUGGUCAUGAAACGAUUAGAAUAAACUCCCCCCAAAUAGCUCAUUGUCUGUCUAGUCUCCAAUUAUCUCUGUAGAGAAAAGUACUAUUGUAAGUAGCAAAAAAUAUUUAUGUUUUACUUGAGAAACCAUAUUUAUUCUUUAAUAUGUGUGUUUACACAGAAGCUUGUUCUCUGAAUAAAAUUGUGAAAUGCUAAAACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1065.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1122.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 969.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(...((((((((((..((((.(((((.......)))))....(((.(((...))))))..(((((....)))))...(((((...((((((((.........))))))))..)))))(((((.((((.((((.((........)))))).)))).)))))..((((((..((((((((...((((.((((((((((.((((((.((((..(((((.((((.((....((...(((((...((((....))))..)))))...))....)).))))(((((....).))))..((((((((((.(((((.......))))).....((((((..(((.(((.((....((((((((....((((((((.......(((.(((((....))))))))......)))).))))....))))))))......)).))).))))))))).((((.....((((((((((((...)))).)))))....((((....)))).......(((((.....))))).......(((...)))..........(((((.(......).)))))(((.(..(((((............)))))..)))).....)))....))))..)))))))))))))))..))))((((..((((((...)))))).))))..)))))).((((..((((((.........(((...((((((((..(((((((((((.(((...))).)))))))....((((((.((..(((((((((((.(((.(((......)))....(((........)))...(((((.....)))))...))).)))..))))))))....))..))))))...))))))))))))..))).(((((.............))))).(((((....)))))..))))))((((((((.((((........))))......((((((.(((.........)))..)))))))))))))).)))).))))))))))))))..)))))))).((((((((((((......))))))((((((.((.((((....(((.((((((.((((((.((.....(((((((((.((((((.((((((.......)))))).(((((........)))))....((.((((.(((((..............))))).)))).))))))))..(((((...)))))(((((((((((..(((....)))...((((((((((((((((((((.........(((((....))))))).))))))))...)))).))))))((((((..((((((....((((........))))((((((.((.(......).)).)))))).....((((((((.(((........)))..)))))))).........))))))..))))))..((((((((.(((((.....(((((((((.....(((....)))..(((((((...))))...)))..(((((......)).))).((((..(((((((.((.....)).))))))))))).....)))))).)))....))))).))))))))..((((((((.((((((((......((((((((((..(((((.(((((((...((((((.(....(.((((((((.((.((...)).)))))).....)))).)....))))))).........(((.........)))...(((((((.((....)))))))))......))))))).)))).)..)))))))))).................(((((....)))))....((((((((((((((((............))).)))))))))))))((((((..((((.((((...(((.((..((((.(((.((.(((..((((((((...(((((...((.(((((((((..((((.(((((((((.........(((((((......))))))).........)))).))))).)))).))).....))..)))).)).)))))......)))).)))))))........(((((.....((((((.((((((((.((((((.......(((...(((((......))))).)))((((.(((((.....(.(((((((.(((((....((((.((((....))))))))..))))).............(((((.((.((..((....))..)))))))))..(((((((((((....))))))).))))..))))))).).....))))).))))..........(((......))).))))))))))))))...))))))...)))))...)))))..)))).)))))))))))))..))))))..))))))))..))))))))....))))))))))))))))))))......)).)))))).))))))...)))...))))))))))))(((.((((....(((((((((.((((....))))))))...)))))....)))).)))..))))))............((.(((.((((..((((....))))..)))).))))).(((.((((((.((((.((..(((((.....)))))..............))...)))).)))))))))..(((((((((((((...((((((.........))))))..))....((((((((.((((.(((..((((((((((....))).))))).))((((((((((.....((((((((((((((((....)).......................((((((((((.......((((((..((((((......(((((((((((((.((...)).))).....))).)))))))..)))))).))))))....(((.((.(........))).))))))))))))).)).)))))).))))))..)))).........................((((......))))..))))))...))).))))..(((........))).......(((((.(((((....)))))....))))).......))))))))........)))))))))))..))))))......))))..)))))))))).).)))......((((....)))).(((((....((((((((........))))))))...))))).....((((((((........)))))).))((((.(((((....((((((...))))))..))))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,{{{.,{,,(((((((((({{(((({(({{(,,....,}||||,,,.||({((({..|||,{|{,{((((....}))))...(((((...((((((((.........))))))))..)))))(((((.((((.((((.((........)))))).)))).))))),.||||,|}.((((((((...((((.((((((((((.((((((,({({..(((((.((((,,{..,,(({{,((((({{,{(((,.,.||||{{|}}}}.},)),..,|}.}}}}{((((,...|,}|}}..((((((((({.(((((.......))))).....{{{{{{.,{((.({(.((.,..((((((((....((((((((...,...(((.(((((....))))))))..}...)))).))))....))))))))....,.)).))),)}}))})))|{{{{.....,{,(((({((((...)))).)))))..||(({(....)))).,...{.(((((...,,)}|}}.......(((...))).......,,.(((((.{......}.)))))(((.(..(((((............)))))..))))}}}}}}}}.,,})}}}.|))}}}))))))))))}.)}}}||||,}|||(((,,,|||||}.}}}}..}}}|||.{{|||.{{|{{........,.,,|...||{|||||,}||||((((((({(,,..,))}.,})))))....{{{(((..,..{({({((|||..{,,.|{|}}}||,|||.,,.(({.,.,,..,)))...(((((.....}))))...|||,||.,|||||}},,..}}))}}}})))),.,)))}))))))}}|||||.((((({(,.....}.,}.))))).{||||....}}})),.,..|.|((((((((.((((........)))).,))},||||||}||,}}},,}||||||..,))}})))))))}).)))).))))))))))))))..)))))))).((((((((((((......))))))(((((,,((.((((....(((.((((((.((((((.((,{.{.(((((((({.{(((((,({((((,,{.{,.||||}}.||||{,|}},.}}))))}.)))))},,,{,(((((.,............))))),|||,{(((,{((....)))))))}}}{{(((((((((((..(((....)))...((((((((((((((((((((.,..{(({.,,,||,...},)),)).)))))))}...))))}}))))){(((((.,((((((....((((........))))((((((.((.(......).)).))))))....,((((((((.(((........)))..)))))))).........)))))}..}))))),.{(((((((.(((((.....{({{{{{{||,.,.{((....)}}..{|{{(((...))}}..,}}}..{(({{......}}.}}).,,{{,.(((((((.((.....)).))))))).}}},,..,)))))),))}....))))).)))))))}.,((((((((.{(((((((......((((((((((..(((((.(((((((...((((((.{..{{({((({((((.((.{{...}}.}))))).,,,})))}.,,,..,))}}}}.........(((.........)))...({({{{,|{{....)))))))))......))))))).)))).)..))))))))))...,.{,..,,{||...|||||,...,,}}}....((((((((((((((((............))).)))))))))))))((((((..(((((((((...(((.((..((((.(((.{{.(((..((((((((...(((((...((.((((({(((..((((.(((((((({...,,{,..(((((((,....,))))))}...,,.,..}))).))))).)))).))).....)).,)))).)).)))))......)))).)))))))........(((((..{{,((((((.((((((((.((((((.......{((...(((((......))))).))}{(((.(((((.....,.(((((((.(((((....,{|||||,,....}},}}}}}..,}|||..........}}|((({{.{{,||..((....))..))}})))))..(((((((((((....))))))).)))).,))))))).}.....))))).)))}...,,.....{{{......))).})))))))))))))...)))))),}.)))))...}})))..)))).)))))))))))))..))))))..))))))),..))))))))....)))))))))))))))))))).,.},.)).)))))).))))))...))}...)))))))))))){{{.((((....(((((((((.((((....))))))))...)))))....}))).}||,,})))))....,,..,,..{{.(((.{(((..((({....})}}..}}}}.)))|},..,||}}}|{{||||{(({.{{({({.{,,|,|||..,,.{{,{{,,,{((({{{{{,.,,}||{{|,.,,,,,|..,,|}}|}..||{||||,|,||,||||,|}},.},...}},,))))))})))}}}},}||{|||||||}...))),))))).,)}}}})))}})}.,}||{{,{{||||||||{(,.,,||,.,{{{{{.||{||........,((((((,(,,..{{{{{(((((({{(,((,(,{....{((({{{{{{,{(|(,.,,||,|||,|{|,|||.,|||}|}|.||||||.},,,}}....,{,.{|.|......,,)}),})))}))))))))}},,}},,}}|}}}}}}.,},}....},.........,...........,||},.},.))))}}),,.)))}}}.,,,))))}|||........|||(((((((...((.(((,{(({,,...,{{(((,..,,,.....,)}}))))))))}}}))...)))))))..,}}}},,..,,}))))},))})))))}),).}}}......((((....)))}.(((((..,.{(((((((........)))))))}},,)))}},,}},|,((((((.,......))))))||{{,|,.||||...}}||||||}}}),}},,..}}}}},..,}}.........
Back