Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407322.1
Sequence Length
1343 nt
GC Content
0.5249
GCUCGCACUCCCGCUCCUCCGCCCGACCGCGCGCUCGCCCCGCCGCUCCUGCUGCAGCCCCAGGGCCCCUCGCCGCCGCCACCAUGGACGCCAUCAAGAAGAAGAUGCAGAUGCUGAAGCUCGACAAGGAGAACGCCUUGGAUCGAGCUGAGCAGGCGGAGGCCGACAAGAAGGCGGCGGAAGACAGGAGCAAGCAGCUCGAGGAGGACAUCGCGGCCAAGGAGAAGUUGCUGCGGGUGUCGGAGGACGAGCGGGACCGGGUGCUGGAGGAGCUGCACAAGGCGGAGGACAGCCUCCUGGCCGCCGAAGAGGCCGCCGCCAAGCUGGAAGAUGAGCUGGUGUCACUGCAAAAGAAACUCAAGGGCACCGAAGAUGAACUGGACAAAUACUCUGAGGCUCUCAAAGAUGCCCAGGAGAAGCUGGAGCUGGCAGAGAAAAAGGCCACCGAUGCUGAAGCCGACGUAGCUUCUCUGAACAGACGCAUCCAGCUGGUUGAGGAAGAGUUGGAUCGUGCCCAGGAGCGUCUGGCAACAGCUUUGCAGAAGCUGGAGGAAGCUGAGAAGGCAGCAGAUGAGAGUGAGAGAGGCAUGAAAGUCAUUGAGAGUCGAGCCCAAAAAGAUGAAGAAAAAAUGGAAAUUCAGGAGAUCCAACUGAAAGAGGCCAAGCACAUUGCUGAAGAUGCCGACCGCAAAUAUGAAGAGGUGGCCCGUAAGCUGGUCAUCAUUGAGAGCGACCUGGAACGUGCAGAGGAGCGGGCUGAGCUCUCAGAAGGCCAAGUCCGACAGCUGGAAGAACAAUUAAGAAUAAUGGAUCAGACCUUGAAAGCAUUAAUGGCUGCAGAGGAUAAGUACUCGCAGAAGGAAGACAGAUAUGAGGAAGAGAUCAAGGUCCUUUCCGACAAGCUGAAGGAGGCUGAGACUCGGGCUGAGUUUGCGGAGAGGUCAGUAACUAAAUUGGAGAAAAGCAUUGAUGACUUAGAAGACGAGCUGUACGCUCAGAAACUGAAGUACAAAGCCAUCAGCGAGGAGCUGGACCACGCUCUCAACGAUAUGACUUCCAUAUAAGUUUCUUUGCUUCACUUCUCCCAAGACUCCCUCGUCGAGCUGGAUGUCCCACCUCUCUGAGCUCUGCAUUUGUCUAUUCUCCAGCUGACCCUGGUUCUCUCUCUUAGCAUCCUGCCUUAGAGCCAGGCACACACUGUGCUUUCUAUUGUACAGAAGCUCUUCGUUUCAGUGUCAAAUAAACACUGUGUAAGCUAUUUCUGUUUGCUAUUCUUUUUACUUCUUAUUUAUUGACAUUUUAGUUUCAACAUUGAAUAAAACUACAAAGCUGCUUCACACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-452.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -476.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 437.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((.((((((((((((((....(.(((((((((((..((.(((((.((((((((..((((((((.((((((((..(.((...((.(((........)))))...((((..((((((((((((......)))))..))))))).))))(((....)))..)).)..))))))))....(..((((.....))))..))))).......))))..)).)..))))).))))).))))).)).)))))).)..)))))...)))))))).......((((((((....))))).(((.(((.....))).)))))).((((........))))((((((.((..............))))))))...(((((.((...((....((((...(((((((.....((((((......)))).))((((..........))))......(((..(((..(.((((((((.....(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...))))))))))....(((((((...)))))))..)))))))).)..)))..))).)))))))...))))...))..)))))))).))))))))).........(((((..((((((..(((....((((.......(((((((((..((((...))))......)))....((((((....(((((((((......(((..(((....))).)))((((((((((.....((((((((((((..(((.......)))..)))))..((((((((.(((..............(((...((((((((............((((.(((........)))))))........((....)).........))))))))...)))((((((((.(.(((((.((.(((((.((((((((((..((((((((((((......)))).....(((((..((.((((((((((..(((((((((..((((...)))).))))).......((((.....))))......))))(((......)))))))....))))))))..))))).))))))))..))))))........)))).)).))).))))))).).)))).......))))..)))))))))))..(((((((((........(((...)))...)))))))))......((((((........))))))..)))))))))))))).))).................)))))))))))))))...))))))....))))....)))..))))))..)))))...................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((...((((((((.(((..((((,,{(.(((,,((,,.((.,((((((((((,(((....|||,((((.((((((((..,.{{...(,{(((........))))}...((((..((((((((((((......)))))..))))))).))))(((....)))..}}.,..))))))))....,..((((.....)))).,))))).....)))))..,))})..)).)).))),)}))))).))).)))))))}.)))))|.{((((.((({{{....,||(((((....))))).(((.(((.....))).)))}||.,(((,,,.,..,||||((((((.{(,.............}})))))),,.{,,,..(({{.,,....((((({(((,,,....||,(((((({.,.{{||||{||((((,..,......|}}}....,{{|,..(((..(.((((((({{{,..(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...)))))))))).},.(((((((...))))))),,}))))))).)..))),{||(((({((({,(((((({,,{{,..,||,|{{{{{{{,,{||{{.....,.,,,........{{{...{(({(.....,,..||}}|.,,(({{,(((,...|||},.....(({.,((.{.........,.|}}||||,|,..,||}|||}}}.,|,,,,((..((((...,...}}}.}..}))}}}}..))))))},..||||..||||,.(((((((,.{{...........||{{(,,,,,{,{{{|||...|,}},.,..((((.(((........)))))))..,..,,,({{,,.,{,{{.,{.{.|},,}})),||})}{.{{{(({.,.|||{|||{,{{|||,|{||{||||||,|||||||{|{{{......,}}|{,{{,(((((..((.((((({{,,(,.(,(((((((..((((...)))).))))}..},..||{{{,.,,,||}}......)))))}.....,,||.,}},},,,))))))))..))))).,})))))),,}}})))},,}.,..))})})).})).,,)))))}).}))))}.})))))))}.,}))))))))}..||}}|||||,,,.,.,.})))}.,)))))))))))))|,,,...((((((........)))))).,}}))})),}}}|||{((,......|}}}}}.((((((.......))))))....,,,,,.,,,,,}},}}}}})}}}.,,.{{{{{{{{....})),..,,}}},...)))).))))),.....
Back