Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407323.1
Sequence Length
1391 nt
GC Content
0.5241
GCUCGCACUCCCGCUCCUCCGCCCGACCGCGCGCUCGCCCCGCCGCUCCUGCUGCAGCCCCAGGGCCCCUCGCCGCCGCCACCAUGGACGCCAUCAAGAAGAAGAUGCAGAUGCUGAAGCUCGACAAGGAGAACGCCUUGGAUCGAGCUGAGCAGGCGGAGGCCGACAAGAAGGCGGCGGAAGACAGGAGCAAGCAGCUCGAGGAGGACAUCGCGGCCAAGGAGAAGUUGCUGCGGGUGUCGGAGGACGAGCGGGACCGGGUGCUGGAGGAGCUGCACAAGGCGGAGGACAGCCUCCUGGCCGCCGAAGAGGCCGCCGCCAAGCUGGAAGAUGAGCUGGUGUCACUGCAAAAGAAACUCAAGGGCACCGAAGAUGAACUGGACAAAUACUCUGAGGCUCUCAAAGAUGCCCAGGAGAAGCUGGAGCUGGCAGAGAAAAAGGCCACCGAUGCUGAAGCCGACGUAGCUUCUCUGAACAGACGCAUCCAGCUGGUUGAGGAAGAGUUGGAUCGUGCCCAGGAGCGUCUGGCAACAGCUUUGCAGAAGCUGGAGGAAGCUGAGAAGGCAGCAGAUGAGAGUGAGAGAGGCAUGAAAGUCAUUGAGAGUCGAGCCCAAAAAGAUGAAGAAAAAAUGGAAAUUCAGGAGAUCCAACUGAAAGAGGCCAAGCACAUUGCUGAAGAUGCCGACCGCAAAUAUGAAGAGGUGGCCCGUAAGCUGGUCAUCAUUGAGAGCGACCUGGAACGUGCAGAGGAGCGGGCUGAGCUCUCAGAAGGCCAAGUCCGACAGCUGGAAGAACAAUUAAGAAUAAUGGAUCAGACCUUGAAAGCAUUAAUGGCUGCAGAGGAUAAGUACUCGCAGAAGGAAGACAGAUAUGAGGAAGAGAUCAAGGUCCUUUCCGACAAGCUGAAGGAGGCUGAGACUCGGGCUGAGUUUGCGGAGAGGUCAGUAACUAAAUUGGAGAAAAGCAUUGAUGACUUAGAAGACGAGCUGUACGCUCAGAAACUGAAGUACAAAGCCAUCAGCGAGGAGCUGGACCACGCUCUCAACGAUAUGACUUCCAUGUAAACGUUCAUCCACUCUGCCUGCUUACACCCUGCCCUCAUGCUAAUAUAAGUUUCUUUGCUUCACUUCUCCCAAGACUCCCUCGUCGAGCUGGAUGUCCCACCUCUCUGAGCUCUGCAUUUGUCUAUUCUCCAGCUGACCCUGGUUCUCUCUCUUAGCAUCCUGCCUUAGAGCCAGGCACACACUGUGCUUUCUAUUGUACAGAAGCUCUUCGUUUCAGUGUCAAAUAAACACUGUGUAAGCUAUUUCUGUUUGCUAUUCUUUUUACUUCUUAUUUAUUGACAUUUUAGUUUCAACAUUGAAUAAAACUACAAAGCUGCUUCACACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-465.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -491.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 299.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...((((((((.(((..(((((.((.(((..((...((..((((((((((.(((....))).((((.((((((((..(.((...((.(((........)))))...((((..((((((((((((......)))))..))))))).))))(((....)))..)).)..))))))))....(..((((.....))))..))))).....)))))..)))))..)).)).))).))))))).))).)))))))).)))))..(((((.((((......((((((((....))))).(((.(((.....))).)))))).(((((((........(((((((.((..............))))))))).....(((.(((((((((.((((..((((((...))).)))..))))..((.((((((..((((((....(((.......)))(((((.......)))))(((....))).((((((((((.(.(((((.((..((((....((((.(((....))))))).(((((((...)))))))((((((((.(((((((((((((...((((((.((((((((((.(((((((((((((.((...(((.................)))...(((((.........)))))...(((((.((...(((((((.(..(((.(((.............)))))).(((...((((((((((.((...((..((((.......))).)..))..(((((.(((((...((((..(((((((....((......))............(..((((.((((...(((........((((.(((........)))))))..(((((...(((.(((........)))..))).))))).....)))....))))))))..))))))))..))))...))))).)))))..................)).))))))).)))...))).(((((((..((((...)))).))))..)))).)))))))...))))).)).)))))))).....))))))).))))).....))).))))))))..))))........)))).....(((......)))))))).))))).)))...))))..)).))))).).))))))))))......)))))))))))))))))))))))))))))))))...(((((((((........(((...)))...)))))))))......((((((........))))))((((.....))))((((((.......)))))).((((((.......))))))...............(((((((((((.((....)).))))...)))))))........)))).)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{((...((((((((.(((..(((({{{(.(((..((...((.,((((((((((.(((....))).((((.((((((((..,.{{...(,{(((........))))}...((((..((((((((((((......)))))..))))))).))))(((....)))..}}.,..)))))))).......((((.....)))).}))))).....)))))..}))})..)).)).))).)}))))).))).)))))))).))))}|.(((((.(((({,....{||(((((....))))).(((.(((.....))).))))}}.,((((((,{{.,{{{{((((((.((..............}))))))),..,..{,,{((({({{,,.(((({{(((,,,...,||,|||{{||,}.{(({(((({{,,(((((,....(({.......||,(((((.......))))),{,....}},.((((((((((.(.(((((.{(,,((((....(({({(({....})))))).(((((((...)))))))((((((((.(((((((((((((.,,{(((((,({(,,(((((.(((((((((((((,{{...(({.................}))...(((((.........)))))...((((,{((.,.(((((((.,..(((.{((.,.........,.)))))).(((...((((((((((.((...(({{(((......{{{{{{...,|((.(((({,((((,...{(((...(((..((((({......,.,,,.....,,,|({{...((((((((...{.....,..((((.(((........)))))))..,.....{.....}}.........))))))))..,)))....}))))..))))))))))}))))).))).,)))))},.,))})),))..{,.....,........)).)))))))},))...))).(((((((..((((...)))).))))}.,)),.)))))))...))))).)).}))))))),....})))))).)))))...,.))),))))))))},))))}........||,.....||,......}}}})))).))))).))),..))))..)),))))).).))))))))))......}}}}))}))))))),))))))},,,))))))))...|||||,,,,........|}}},.,))}}}))))))))},.|...((((((........)))))).|}})).)),}}}|||((({,,.,,,|,},}}.((((((.......))))))................,.||}}}}}}}.,..{{{{(({{....)))},.,,}}}}...)))).))))),.....
Back