Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407325.1
Sequence Length
2437 nt
GC Content
0.4575
GCUCGCACUCCCGCUCCUCCGCCCGACCGCGCGCUCGCCCCGCCGCUCCUGCUGCAGCCCCAGGGCCCCUCGCCGCCGCCACCAUGGACGCCAUCAAGAAGAAGAUGCAGAUGCUGAAGCUCGACAAGGAGAACGCCUUGGAUCGAGCUGAGCAGGCGGAGGCCGACAAGAAGGCGGCGGAAGACAGGAGCAAGCAGCUGGAAGAUGAGCUGGUGUCACUGCAAAAGAAACUCAAGGGCACCGAAGAUGAACUGGACAAAUACUCUGAGGCUCUCAAAGAUGCCCAGGAGAAGCUGGAGCUGGCAGAGAAAAAGGCCACCGAUGCUGAAGCCGACGUAGCUUCUCUGAACAGACGCAUCCAGCUGGUUGAGGAAGAGUUGGAUCGUGCCCAGGAGCGUCUGGCAACAGCUUUGCAGAAGCUGGAGGAAGCUGAGAAGGCAGCAGAUGAGAGUGAGAGAGGCAUGAAAGUCAUUGAGAGUCGAGCCCAAAAAGAUGAAGAAAAAAUGGAAAUUCAGGAGAUCCAACUGAAAGAGGCCAAGCACAUUGCUGAAGAUGCCGACCGCAAAUAUGAAGAGGUGGCCCGUAAGCUGGUCAUCAUUGAGAGCGACCUGGAACGUGCAGAGGAGCGGGCUGAGCUCUCAGAAGGCCAAGUCCGACAGCUGGAAGAACAAUUAAGAAUAAUGGAUCAGACCUUGAAAGCAUUAAUGGCUGCAGAGGAUAAGUACUCGCAGAAGGAAGACAGAUAUGAGGAAGAGAUCAAGGUCCUUUCCGACAAGCUGAAGGAGGCUGAGACUCGGGCUGAGUUUGCGGAGAGGUCAGUAACUAAAUUGGAGAAAAGCAUUGAUGACUUAGAAGGUAAGAUCUUAAGUAGUGUUUUUAGUUUAAUCCUUAUGGUUGAAUACCAACCUGGCAAAACAAUUUUCCAAUUCAAGGGCAUCCACAUUGAUACGCUCCUUUGCACUUGCACAUUCUUCCUGUGUGUCCUCUGGGGUUUUUCUCUGUGGCUCUUGAACUCAUGAACCUAAGUCUUCUGCUCACGAGGUGACUAGUUAGCCACCAGCCAUAGUGGCAAAUGCCAUCCAGCUUGACUUCAUGCUCAUUACAAGUGUGGCAGGUUUAUUUUUCACUGUGAGUGAGGUGCUUAUUGGUGAGAAUGACUCUAGUAUAUUUUAUAUCUUUAGUGUUACUUCCUAAUUAAAUUGGGAAUGAUGUGGUGAUUGUGGUCUUGUUUUUAGAAGAACCCAUCUUCUUCCAAGUAUGAAUUCAAAGUAAGGAUUUAGGGGUUAUUUUAAGUCAUAUAUUAUCUUAACAAAAUACUUUAUAUCCUGAAGGAGGAGGGAAAAAUUAUACUUAAGCAUUUCUUCCCUAAGGCACUUAGGUUUUAUUUUAGUAAUAACCACUCUAUCUCACAGAUAUCCUAAAUGUUGAGCUUUGAAGCUUGUGAAGGAUUAGCUGUGAACAAGAAAGAAAAAAGACAAAUAUCUACAUCACAGAAGGGAUUAGAGAAGGAACUAGUGUUUGGUGCAGAUAAUAACCAAAAUAGUGGAGAAGAGAGAAUGACAAAUGGUUGCAAAAUGAUCUGCCAAAGUGCAGCAAAGUAUGAAACCUGCAGCAUUACAAAAACUAAGUUGCAGACUUGCCAUAUAAAGUGUGGCGCCCAUUGCUUUUCAAGCCUCCUGGACCAGUAAUAGGCAGCUUGAGUGGGAAGACCACAGGAGUAGCUUAAAUGGCACUAAGAAAUCGCUAUCCCAGUGGUCUAGUGUGGUCAGGAAGUCAGUGGUUUGAAGGUGGAACCAGAUAAGGACUACAGGCUGUAGUCACAAAUUGUUCUUCCAAAACACUGCCCUUGCAUUUUUUUCCCAUUGUUUAUAGCUGCAGAUGCCUGACUACUCCAGUGUAAUUAAAAUAUAGCUCUGCAAAAGAAAGAUGUUCCAUUAGCCCCUGCCUCCCCUCACCAGGAGACAGCCUUCUGUGGUUUCGUUUACAAUUUAACAUGGUUUACUGAUAUACCUACCAUAUUUGUUAGGAUUUUCAUAUUGAGUCUUUUUCAUUUUAUUUUCUAAUGGGUUUUGUUCUCUUUGUUUUUGUUUCAAUUUACUUAAAACAAAACGCACGCCUCCUGCAUUGGCCACCUGCUGCGGCACCAACCCCUUCAUGCAUUGCCCUUUUCUUGCUGCUGUGUUGGGAUGGUGCGCGCACCACCCUCACUCACCCUCCAUUUCUUGAUCACUCUCCAUGUUCUUGCACCUCUGCCUUCCACUUCCUGGUCAUAGACGAGCUGUACGCUCAGAAACUGAAGUACAAAGCCAUCAGCGAGGAGCUGGACCACGCUCUCAACGAUAUGACUUCCAUGUAAACGUUCAUCCACUCUGCCUGCUUACACCCUGCCCUCAUGCUAAUGUAAUAAACUCACCACCAUGCCUUCCUUGCUCCCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-720.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -767.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 832.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((..(((.(.((.((((((.(.((......((((((((((((((...(((......)))(((.....)))((..(((...)))..))((((........))))(((...))).((((((((((((......)))))..))))))))))).))))).)).)))......))))))))).))).))))).)))(((.((((((((.(.(((((....((((..((.......(((((((((.........))).......((((..((((((...))).)))..))))......((((.(((((((......((((..(((((((((((.......)))))((((.....(((.((((((((...........)))))))))))...))))))))))))))..(((((((...))))))).((((((.((.((((((((.((..((((((((..((((.(((.........(((((..(((((((.......(((((.(((((((((((((((.........)))))...(((..((((...))))......)))(((....((((((((((((((((.....(((((((((((.(((.(((((.((((((..(((((((((((((((((............))))..((((......(((((((..(((((((((((..(((((..(((((..(((((((((((.((((.(((........)))))))..............(((........)))....((((((((.((((((.(....(.((((...)))).)).))))))))))))))(((((......))))).......)))))))).)))..)))))..))))).......)))))))))))..........(((((.....)))))((......)).)))))))......))))(((......))).)))))))))))))..((((((.......))))))..))))))........((..((.((.((....)).)).))..)).....))))).)))))))))))))).)))))).......(((((....)))))..(((.((....)).)))(...((((((((((.((((.(((((((((((((((((.....))))).)))))))).((((.((((.((((...))))..)))).)))).((((((((...))))))))((((((((((.((((..((((((((.(((..((.......(((((((((((.....((((((((.((.(((((((((((((((((((...........))))).......(((((.....)))))..((((((((...(((....)))...))))))))(((((...))))).............)))))))....(((((...))))).))))))).))..))))))))))))).))))))))..))).))))))))..........)))).)).)))))))).....(((((((.((((((..((((((..((((..........))))(((((((((.(((((..(((((.(((...((((((...((......))...))))))............(((((((.(((.......))))))))))...((((((((...)))))))).((((((.(((((..(((.(((((((((.(..(((((.((((..((((.....))))..)))).))))).(((((...........)))))...).)))))))).).)))..))))).))))))......((.(((((........(((((((...))))))).......))))).))............)))))))))))))))))))))).....((((((((((((.......))).))).............))))))..............))))))...(((.((((........)))).))))))))).)))))))(((........)))..........)))).)))).))))))))))...).))))))))))..))).)))))))))).)))))...)))))))..)))))((((((((.((........))..))))))))..(((.(((.........)))....)))((((((((((..(((..((((((..((.........))))).)))..))).)))))).))))..................))).))))..))))))))..(((....))).))))))))))))))))))(((((((((.(((((((((..((((...)))).))))).......((((.....))))......)))))).....)))))))...(((........)))...))))))).))))......))))))....))..)))).......)))))))))..)))))..)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,.({.,({{.({((.(((({{,{.((,,,.,.{{((((((((((({,.,{.|,.{{{...,)}}.....}||{{{{((,...})).,}}((((........))))|.,.{{{{..((((((((((((......)))))..))))))),))),))))).))}}}}......))))))))}.),}.|)}}|.||}{((,(({{(.{{,(,(((((,,.,(,,,..,,.......||||||||{..,,,,,.,|||.......{{((,.((((((...})).)))},)}|}.{{,{(((((,(((((((.....,({,{,.{,{(({{,,||,....}.)))))||{{..||,{((,,((({(((,,{{..,....}}))})))))}},.,}))))))))})}}..(((((((...))))))).((((((.((.((((((((,((.,((((((((,.((((.(((...,,{{..(((((.,(((((((....,,.(((({.{{{{(((({,(((((..,.,,,..}||||.,,((({,((({...}))}{,,{,,|||,,,.{{{{{((((,,,,((((((...,.(((((((((((.(((.((((({(,((({,.(((((((((((((((((,.{({,,....,))),.}||||,.....((((,{{..{((((((({{{.,(((((..(((((..(((((((((((.((((.(((........)))))))..,.....,.....{((........))}..|,((((((((.((((((.,..,{(.{{{,..,))}}.)).))))))))))))))||{{{......|||||.......)))))))).)))..)))))..)))))....,,,)))))))}}}|,..,|,....(((((.....))))){({.,,,.,..})))))).,{{{{{{|,..||.,.,,}}..,))))))))))))..((((((.......)))))).,}|,}}}|}...,},||},||,||,||,.,,}|.}|.,},,||||.,,.)))).}))))))))))))},)))))).{{{,,.(((((....))))}..,((|((....}}.}}|....,{{{{|||||,{|||,,|||,,|||||||||||}|||,||||},,||}||||{{({({{,(({(((,,,{,}||,.,||}.||||.((((((((...))))))))||||{|{{,|||{{{{{((((.{,,.,|,}}||,|||,|{{((((({,,{{.,,..,,|,,,,,.(((((,(((((,,(,{{(((((...........))))}.,..}..))))}.})}}),,,}}}||||||{{.,.{||,,,,,,),,,))))))))}|,||}},}}||||{..{{{.,{{|||}.}|||,.{{(.{{((((((.,{((((..{{..,(((({....))))))}..))))}...))))))...})).,,,....{{|,.....,)),,||(((((((((........,,(({{(,,,,,{((,,({{{{,.....,,,,{((((((((.((({(((({(((.(({..,((((((...((......))...))))))...,,.......(((((((.{{,.......,}})))))))...{(((((((...)))))))},{{({{{,{{{((,,(({.(((({{((,....{((((.{(((..((((.....))))..)))}.}}}}}.,{,{(...........))))}...}})))))))),),))),,})}}|.|||||}{{{...((.(((((.,,.....(((((({...})))))).....}}))))).)).,..,,,}},,.))))))))))))))))))))))...,,{{{{{{,{{|||,.,,|..}}}.))}.........,.}}))))))..,}}.....))))),,,.,...(((.((((........)))).))))))))))))))...{{|........}}}.})))}}}),)),},)))),})))))))))..))))))))},,})).))),)))))))))).)))))...))))))),}))))),,|{{((({(({,......,,..,))))))),.{{{.(((.........)))....||}((((((((((..(((..((((((..((.........))))).)))..))).)))))).)))).,,.............,.))).))))..)))))))).,||{....)),.)))))))))))))))))){((({{,||,{{(((((((..((((...)))).)))))..,,..||{|{.....)))),.....)))))}..,,,||}}}}}..}}}}}....}))}}}}..))))))),))}|,|,...,}}}}}..,|}...}))).......}}}}}})},}})))}),,))),,....
Back