Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407331.1
Sequence Length
1217 nt
GC Content
0.5070
GCUCGCACUCCCGCUCCUCCGCCCGACCGCGCGCUCGCCCCGCCGCUCCUGCUGCAGCCCCAGGGCCCCUCGCCGCCGCCACCAUGGACGCCAUCAAGAAGAAGAUGCAGAUGCUGAAGCUCGACAAGGAGAACGCCUUGGAUCGAGCUGAGCAGGCGGAGGCCGACAAGAAGGCGGCGGAAGACAGGAGCAAGCAGCUGGAAGAUGAGCUGGUGUCACUGCAAAAGAAACUCAAGGGCACCGAAGAUGAACUGGACAAAUACUCUGAGGCUCUCAAAGAUGCCCAGGAGAAGCUGGAGCUGGCAGAGAAAAAGGCCACCGAUGCUGAAGCCGACGUAGCUUCUCUGAACAGACGCAUCCAGCUGGUUGAGGAAGAGUUGGAUCGUGCCCAGGAGCGUCUGGCAACAGCUUUGCAGAAGCUGGAGGAAGCUGAGAAGGCAGCAGAUGAGAGUGAGAGAGGCAUGAAAGUCAUUGAGAGUCGAGCCCAAAAAGAUGAAGAAAAAAUGGAAAUUCAGGAGAUCCAACUGAAAGAGGCCAAGCACAUUGCUGAAGAUGCCGACCGCAAAUAUGAAGAGGUGGCCCGUAAGCUGGUCAUCAUUGAGAGCGACCUGGAACGUGCAGAGGAGCGGGCUGAGCUCUCAGAAGGCCAAGUCCGACAGCUGGAAGAACAAUUAAGAAUAAUGGAUCAGACCUUGAAAGCAUUAAUGGCUGCAGAGGAUAAGUACUCGCAGAAGGAAGACAGAUAUGAGGAAGAGAUCAAGGUCCUUUCCGACAAGCUGAAGGAGGCUGAGACUCGGGCUGAGUUUGCGGAGAGGUCAGUAACUAAAUUGGAGAAAAGCAUUGAUGACUUAGAAGACGAGCUGUACGCUCAGAAACUGAAGUACAAAGCCAUCAGCGAGGAGCUGGACCACGCUCUCAACGAUAUGACUUCCAUAUAAGUUUCUUUGCUUCACUUCUCCCAAGACUCCCUCGUCGAGCUGGAUGUCCCACCUCUCUGAGCUCUGCAUUUGUCUAUUCUCCAGCUGACCCUGGUUCUCUCUCUUAGCAUCCUGCCUUAGAGCCAGGCACACACUGUGCUUUCUAUUGUACAGAAGCUCUUCGUUUCAGUGUCAAAUAAACACUGUGUAAGCUAUUUCUGUUUGCUAUUCUUUUUACUUCUUAUUUAUUGACAUUUUAGUUUCAACAUUGAAUAAAACUACAAAGCUGCUUCACACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-380.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -403.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 362.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...((.(((((.(((((((.....(((((...((((.(..(((.(....).)))..).))))....)).)))(((((...))).)).((((........))))....((((..((((((((((((......)))))..))))))).)))))))))))(((........)))))))).))....))))((((((((....((.(((((((((((.((..............)))))))).........((((.......(((((((((.......((((((((((...((((((((.((((..........))))...........(((..(.((((((((.....(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...))))))))))....(((((((...)))))))..)))))))).)..))).((((((((((((.(((((((.((((...))))(((((((..(((((..................(((...(((((.........))))).....)))((((...)))).....(((.....)))..........(((((((........))))))).......((..((((.......))).)..)))))))..))))))).((((.(..(((((....((.............)).....)))))..).))))..............((((.(((........)))))))..(((...(((..((((((..(((.((...(.((((((((.((((((.(....(.((((...)))).)).)))))))))))))).)............(((((((((((..((.((((((((((..(((((((((..((((...)))).))))).......((((.....))))......))))(((......)))))))....))))))))..)))))...))))))...)))))))))))....)))....)))..)))))))..))))).))))))).....))))))))...)))))............)))))..))))))))))))).......((((((........)))))).))))).))....((((((.......)))))).((((((.......))))))...............(((((((((((.((....)).))))...)))))))........))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{...{{.{{((({(((((((,{.{{{{{,{.,,((((,({,(((,,..,.|,,||..,.})))....,)}}||,{(({...})).,}}((((........))))}...{(((..((((((((((((......)))))..))))))).)))}))))),)|||,,......)))))))).,)...}))))(((((((({(({((.(((((((((((.((..............)))))))).....,,..((((.......(((((((((.......(({(((((({...((((((((,((((..........}}}}....,|||,..(((..(.(((((((({{,..(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...)))))))))).,..(((((((...))))))),})))))))).)..))),{{{(((((((((,(((((((,,{(,..,||,|(((((((..(((((.......,,.........{{{...{({{(....,,|,.||}||.,,(({{,{((,..,||||,.....(((.,((.{...........))))))|,|,..,}|}}))})).,|.,,.((..((((.....,.))).)..)))))))..))))))),..|{{{..,{{{..((((({{,.,,....,,.....,|||({,,,.({{{{||{...|,|,..,..((((.(((........)))))))..,..,..{{,...||,,,..{.,.|}}}}))),||))){.{,||||,..}|||}}||,{{|||}|{||{||||||}|||||||||{{{......,}}|{,{{,(((((..((.((((({{,,(,.(,(((((((..((((...)))).))))}..}}..||{{{,.,,,||}}......)))))}.....,,||.}}},}},,))))))))..))))).,})))))),,,}})))}}}}.,..})})})}.})),,,))))))).,))))).)))))))},..,)))))))),..))))),,,,,,,.,,..)))))..))))))))))))).,,,...((((((........)))))).))))).)).}}}|(((((,...,,,|}}}}}.((((((.......))))))...............,,,||||}||}}}},.{{{{{{{{....)))},,,,}}},...))))))))........
Back