Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001407340.1

Sequence Length

2333 nt

GC Content

0.4625

AGCCAGGACAGCCGCGGCAGCCGGGUCCGCAGGGCAGCAGCCGGCCUCUCCCACUGCAGCCCUCCCGCCCGCCUACCGUCCGGCGCGAUGGCGGGGAGUAGCUCGCUGGAGGCGGUGCGCAGGAAGAUCCGGAGCCUGCAGGAGCAGGCGGACGCCGCUGAGGAGCGCGCGGGCACCCUGCAGCGCGAGCUGGACCACGAGAGGAAGCUGAGGGAGACCGCUGAAGCCGACGUAGCUUCUCUGAACAGACGCAUCCAGCUGGUUGAGGAAGAGUUGGAUCGUGCCCAGGAGCGUCUGGCAACAGCUUUGCAGAAGCUGGAGGAAGCUGAGAAGGCAGCAGAUGAGAGUGAGAGAGGCAUGAAAGUCAUUGAGAGUCGAGCCCAAAAAGAUGAAGAAAAAAUGGAAAUUCAGGAGAUCCAACUGAAAGAGGCCAAGCACAUUGCUGAAGAUGCCGACCGCAAAUAUGAAGAGGUGGCCCGUAAGCUGGUCAUCAUUGAGAGCGACCUGGAACGUGCAGAGGAGCGGGCUGAGCUCUCAGAAGGCCAAGUCCGACAGCUGGAAGAACAAUUAAGAAUAAUGGAUCAGACCUUGAAAGCAUUAAUGGCUGCAGAGGAUAAGUACUCGCAGAAGGAAGACAGAUAUGAGGAAGAGAUCAAGGUCCUUUCCGACAAGCUGAAGGAGGCUGAGACUCGGGCUGAGUUUGCGGAGAGGUCAGUAACUAAAUUGGAGAAAAGCAUUGAUGACUUAGAAGGUAAGAUCUUAAGUAGUGUUUUUAGUUUAAUCCUUAUGGUUGAAUACCAACCUGGCAAAACAAUUUUCCAAUUCAAGGGCAUCCACAUUGAUACGCUCCUUUGCACUUGCACAUUCUUCCUGUGUGUCCUCUGGGGUUUUUCUCUGUGGCUCUUGAACUCAUGAACCUAAGUCUUCUGCUCACGAGGUGACUAGUUAGCCACCAGCCAUAGUGGCAAAUGCCAUCCAGCUUGACUUCAUGCUCAUUACAAGUGUGGCAGGUUUAUUUUUCACUGUGAGUGAGGUGCUUAUUGGUGAGAAUGACUCUAGUAUAUUUUAUAUCUUUAGUGUUACUUCCUAAUUAAAUUGGGAAUGAUGUGGUGAUUGUGGUCUUGUUUUUAGAAGAACCCAUCUUCUUCCAAGUAUGAAUUCAAAGUAAGGAUUUAGGGGUUAUUUUAAGUCAUAUAUUAUCUUAACAAAAUACUUUAUAUCCUGAAGGAGGAGGGAAAAAUUAUACUUAAGCAUUUCUUCCCUAAGGCACUUAGGUUUUAUUUUAGUAAUAACCACUCUAUCUCACAGAUAUCCUAAAUGUUGAGCUUUGAAGCUUGUGAAGGAUUAGCUGUGAACAAGAAAGAAAAAAGACAAAUAUCUACAUCACAGAAGGGAUUAGAGAAGGAACUAGUGUUUGGUGCAGAUAAUAACCAAAAUAGUGGAGAAGAGAGAAUGACAAAUGGUUGCAAAAUGAUCUGCCAAAGUGCAGCAAAGUAUGAAACCUGCAGCAUUACAAAAACUAAGUUGCAGACUUGCCAUAUAAAGUGUGGCGCCCAUUGCUUUUCAAGCCUCCUGGACCAGUAAUAGGCAGCUUGAGUGGGAAGACCACAGGAGUAGCUUAAAUGGCACUAAGAAAUCGCUAUCCCAGUGGUCUAGUGUGGUCAGGAAGUCAGUGGUUUGAAGGUGGAACCAGAUAAGGACUACAGGCUGUAGUCACAAAUUGUUCUUCCAAAACACUGCCCUUGCAUUUUUUUCCCAUUGUUUAUAGCUGCAGAUGCCUGACUACUCCAGUGUAAUUAAAAUAUAGCUCUGCAAAAGAAAGAUGUUCCAUUAGCCCCUGCCUCCCCUCACCAGGAGACAGCCUUCUGUGGUUUCGUUUACAAUUUAACAUGGUUUACUGAUAUACCUACCAUAUUUGUUAGGAUUUUCAUAUUGAGUCUUUUUCAUUUUAUUUUCUAAUGGGUUUUGUUCUCUUUGUUUUUGUUUCAAUUUACUUAAAACAAAACGCACGCCUCCUGCAUUGGCCACCUGCUGCGGCACCAACCCCUUCAUGCAUUGCCCUUUUCUUGCUGCUGUGUUGGGAUGGUGCGCGCACCACCCUCACUCACCCUCCAUUUCUUGAUCACUCUCCAUGUUCUUGCACCUCUGCCUUCCACUUCCUGGUCAUAGACGAGCUGUACGCUCAGAAACUGAAGUACAAAGCCAUCAGCGAGGAGCUGGACCACGCUCUCAACGAUAUGACUUCCAUGUAAACGUUCAUCCACUCUGCCUGCUUACACCCUGCCCUCAUGCUAAUGUAAUAAACUCACCACCAUGCCUUCCUUGCUCCCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-715.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -760.08

Frequency: 0.0000

Diversity: 691.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((.....(((((((.((.(((((..(.(((((.((((..((......)).)))).))))))..))))).)).)))..))))....))))((((((((((.(((((....))))).))((((((.....(((...((((((((((((((((((((((....)))).)))(((.((((.((((.....((.(....).)).....)))))))).).)).(((..(((..(.((((((((.....(((((((.(((.(((((((.((......)).))))).))...))))))))))....(((((((...)))))))..)))))))).)..)))..))).((((((((((((..(((.(((...(((.((((((............(((.(((((...(((((..(((((.........)))))........((((...))))(((((.(((..(((((..(((((((.((((((.....(((((((((((.(((.(((((.((((((..(((((((((((((((((............))))..((((......(((((((..(((((((((((..(((((..(((((..(((((((((((.((((.(((........)))))))..............(((........)))....((((((((.((((((.(....(.((((...)))).)).))))))))))))))(((((......))))).......)))))))).)))..)))))..))))).......)))))))))))..........(((((.....)))))((......)).)))))))......))))(((......))).)))))))))))))..((((((.......))))))..))))))........((..((.((.((....)).)).))..)).....))))).)))))))))))))).))))))(((....(((((....)))))...)))...)))))))...........)))))..)))....)))))...((((((((((.(((((((((((((((.(((((.(((((....((((((....((((((.((((((((...))))))))((((((((((.((((..((((((((.(((..((.......(((((((((((.....((((((((.((.(((((((((((((((((((...........))))).......(((((.....)))))..((((((((...(((....)))...))))))))(((((...))))).............)))))))....(((((...))))).))))))).))..))))))))))))).))))))))..))).))))))))..........)))).)).)))))))).....(((((((.((((((..((((((..((((..........))))(((((((((.(((((..(((((.(((...((((((...((......))...))))))............(((((((.(((.......))))))))))...((((((((...)))))))).((((((.(((((..(((.(((((((((.(..(((((.((((..((((.....))))..)))).))))).(((((...........)))))...).)))))))).).)))..))))).))))))......((.(((((........(((((((...))))))).......))))).))............)))))))))))))))))))))).....((((((((((((.......))).))).............))))))..............))))))...(((.((((........)))).))))))))).)))))))..........))))))........))))))((((.((....)).))))......)))))))))).)))))).........))))))))).........((((((((.((........))..))))))))..(((.(((.........)))....)))((((((((((..(((..((((((..((.........))))).)))..))).)))))).))))....))))))))))..)))))))))).))))))))).)))))).)))..))))....((((.(((((.((....((.(.(((((((..((((...)))).))))..)))).)).)).))))).))))...))))))))((((((((.....)))))...)))........)))))))))).....))))).))).(((....)))..................))))))))))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((.....(((((((.((.(((((..(.(((((.((((..((.....,)}.)))).))))),..))))).)).)))..})))....))))(((((((((,.,{,,({{((||({{.||{(({,{..,,.(((...(((((((((((((((.,.((((((((.(((((((((...))))).))))..,((((((((.(((.((((((.((((,,,...{(((..(((,,(,(,{{{((,(({..{{{((({{((({(((,,{{.,,....}}))}))))),}}.,,))))))))})})..||||{{(,,,|||}}||{{||}}||||.}..}}),})||{{(((,(((({.((((.{((,...,||,.(((((.,(((((((.....,.(((((.{((((((({,(((((,.,.,,|..}||||,,{((({,((({...}))}{,,{,,}||,,,.{{{((((((,,,,((((((...,.(((((((((((.(((.((((({(,((({..(((((((((((((((((,.{({,,....,))),.}||||,.....((((,,,..{((((((((({..(((((..(((((..(((((((((((.((((.(((........)))))))........,.....{((........))}..|,((((((((.((((((.,..,{(.{{{,..,))}).)).))))))))))))))||{{{......}}}}}.......)))))))).)))..)))))..)))))....,,.))))))))))},..,,,....(((((.....))))){({.,,,.,..}))))))..{{{{|{|,..|}.,.,,)}..}))))))))))))..((((((.......))))))..,|,}|||,...,,,||,.||,||.{|,.,.}}.}}.}),,|}}|....)))).)))))))))))))),)))))).{{{,,.(((((....))))}..,((|((....}}.}}|,...{{{{{|||||.{|||.{{||,,{{(({||||||}}|{{||||},,||}||||{(({({,,(({(((,,,{,,||,.,||}.||||.((((((((...))))))))||||{||{.|||{{{{{((((.{,,.,|,}}||,|}|,|{(((((({,,,,.,,...,|,.,,,.(((((.(((((,,(.{,(((((...........)))))....}..))))).})))),,,)}}||||||{{,,,{||,,,,,,),,,))))))})}|,|}}},)}||||{..{{{.,{{|||}.}|||,.{((.{{((((((.,{((((..{{..,(((({....))))))}..))))}...))))))...})).,,,....{{|,.....,)),,||(((((((((........,,(({{(,,,,,{((,,({{{{,.....,,,,{((((((((.((({(((({(((.(({..,((((((...((......))...))))))...,,.......(((((((.{{,.......,}})))))))...{(((((((...)))))))},{{({{{,{{{((,,(({.(((({{((,....{((((.{(((..((((.....))))..)))}.}}}}}.,{,{(...........))))}...}})))))))),),))),,})}}|.|||||}{{{...((.(((((.,,.....(((((({...})))))).....}}))))).)).,..,,,}},,.))))))))))))))))))))))...,,{{{{{{,{{|||,.,,|..}}}.))}.........,.}}))))))..,}}.....))))),,,.....(((.((((........)))).))))))))))))))...{{|........}}}.})))}}}),)),}.)))).})))))))))..))))))))},,})).))),)))))))))).)))))...))))))).}))))),,{((((({(({,......,,..,))))))),.{{{.(((.........)))....||}((((((((((..(((..((((((..((.........))))).)))..))).)))))).)))).,,.}}}}.}}}}}.}),})),}}}}..}},,))))}}.,})},}))})))).)}})))).)))).))))).})).,..,,(((((..((((...)))).))))}...)).)))))).(((((.,......))))).{((((((((.....)))))...)))).......)))))))))).....))))).))).{{{....))}..........},}}..))))))))))))))))..