Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001407554.1
Sequence Length
3055 nt
GC Content
0.5571
GUAGUGAGCCGGCUGAGAGGCAUGGAGACGCAGGAACUUCGGGGGGCCCUGGCUCUUCUCCUCCUUUGCUUUUUCACAUCUGCCAGUCAGGAUCUGCAGGUAAUUGACCUGCUGACUGUGGGCGAGUCUCGGCAGAUGGUAGCUGUGGCAGAGAAGAUCCGGACAGCCUUGCUCACUGCUGGGGACAUCUACCUCUUAUCCACCUUCCGCCUGCCCCCCAAGCAGGGUGGUGUCCUCUUUGGCCUCUAUUCUCGCCAAGACAACACUCGAUGGCUGGAGGCCUCUGUUGUAGGCAAGAUCAACAAAGUACUGGUGCGAUACCAGCGGGAGGAUGGCAAAGUCCACGCCGUGAACCUACAGCAAGCGGGCCUGGCUGAUGGGCGCACACACACAGUUCUCCUGCGACUCCGAGGUCCCUCCAGACCCAGCCCUGCCCUACAUCUCUACGUGGACUGCAAACUGGGUGACCAACAUGCAGGCCUUCCAGCACUGGCCCCCAUUCCUCCAGCGGAGGUCGAUGGGCUGGAGAUUAGGACUGGACAGAAGGCGUAUUUGAGGAUGCAGGGCUUUGUGGAAUCUAUGAAAAUUAUUCUGGGUGGGUCCAUGGCCCGGGUAGGAGCCCUGAGUGAGUGUCCAUUCCAAGGGGACGAGUCCAUCCACAGUGCAGUGACCAAUGCACUGCACUCCAUUCUAGGUGAAGGAAAUGUCCCUGAUCCGAAACACCAUUAUGGAGUGUCAGGCUUCCAUGAGCAGCGUUCCCACUGCAGCCCCAAUCCCUGCUUCCGAGGUGUGGACUGCAUGGAAGUGUACGAGUACCCAGGCUACCGCUGUGGGCCCUGCCCCCCUGGCCUGCAGGGCAACGGCACCCACUGCAGUGACAUCAAUGAGUGUGCUCACGCUGACCCCUGUUUCCCGGGCUCCAGCUGCAUCAACACCAUGCCCGGCUUCCACUGUGAGGCCUGUCCUCGAGGGUACAAGGGCACACAGGUGUCUGGUGUGGGCAUUGACUAUGCCCGGGCCAGCAAACAGGUCUGCAAUGACAUCGAUGAAUGCAACGAUGGCAACAAUGGUGGCUGUGACCCAAACUCCAUCUGCACCAACACUGUGGGCUCUUUCAAGUGUGGUCCCUGCCGCCUGGGUUUCCUGGGCAACCAGAGCCAGGGCUGCCUCCCAGCCCGGACCUGCCACAGCCCAGCCCACAGCCCCUGCCACAUCCAUGCUCACUGUCUCUUUGAACGCAAUGGUGCAGUGUCCUGCCAGUGUAACGUGGGCUGGGCUGGGAAUGGGAACGUGUGUGGGACUGACACAGACAUCGAUGGCUACCCAGACCAAGCACUGCCCUGCAUGGACAACAACAAACACUGCAAACAGGACAACUGCCUUUUGACACCCAACUCUGGGCAGGAAGAUGCUGAUAAUGAUGGUGUGGGGGACCAGUGUGAUGAUGAUGCUGAUGGGGAUGGGAUCAAGAAUGUUGAGGACAACUGCCGGCUGUUCCCCAACAAAGACCAGCAGAACUCAGAUACAGAUUCAUUUGGUGAUGCCUGUGACAAUUGCCCCAACGUUCCCAACAAUGACCAGAAGGACACAGAUGGCAAUGGGGAAGGAGAUGCCUGUGACAACGACGUGGAUGGGGAUGGCAUCCCCAAUGGAUUGGACAAUUGCCCUAAAGUCCCCAACCCACUACAGACAGACAGGGAUGAGGACGGGGUGGGAGAUGCUUGCGACAGCUGCCCUGAAAUGAGCAAUCCUACCCAGACAGAUGCAGACAGCGACCUGGUGGGGGAUGUCUGUGAUACUAAUGAAGACAGCGAUGGGGAUGGGCAUCAGGACACCAAGGACAACUGCCCACAGCUGCCAAAUAGCUCCCAGCUGGACUCUGAUAACGAUGGACUUGGAGAUGAGUGUGAUGGGGAUGAUGACAAUGAUGGCAUCCCAGAUUAUGUGCCUCCUGGUCCCGAUAACUGCCGCCUGGUACCCAAUCCCAAUCAGAAGGACUCAGAUGGCAAUGGCGUUGGUGAUGUGUGUGAGGAUGACUUUGACAAUGAUGCUGUGGUCGACCCCCUGGAUGUGUGUCCUGAAAGUGCAGAGGUAACGCUUACGGAUUUUCGGGCCUAUCAGACCGUCGUCCUGGAUCCUGAGGGUGAUGCUCAGAUUGACCCAAACUGGGUUGUGCUCAACCAGGGCAUGGAAAUCGUUCAGACCAUGAACAGUGACCCUGGCUUGGCAGUUGGAUACACGGCCUUCAAUGGUGUGGACUUUGAAGGCACCUUCCAUGUGAACACAGUGACUGAUGAUGACUACGCAGGCUUUCUCUUCAGUUAUCAAGACAGUGGCCGCUUCUACGUAGUCAUGUGGAAGCAGACCGAGCAGACCUACUGGCAGGCUACACCCUUCCGGGCGGUUGCCCAGCCCGGGCUGCAGCUCAAGGCAGUGACAUCAGUGUCUGGCCCAGGUGAGCACCUCCGAAAUGCCCUGUGGCAUACUGGCCACACCCCUGAUCAGGUACGACUGCUGUGGACAGACCCACGAAAUGUGGGCUGGCGGGACAAGACCUCCUAUCGCUGGCAGCUUCUGCACCGGCCUCAAGUUGGCUACAUUCGGGUGAAGCUCUAUGAGGGACCCCAGCUUGUGGCGGAUUCUGGGGUGAUCAUUGACACAUCCAUGCGAGGGGGGCGUCUUGGUGUAUUCUGCUUCUCCCAAGAAAACAUAAUUUGGUCCAAUCUCCAGUAUCGAUGCAAUGACACAGUGCCUGAGGACUUUGAGCCAUUCCGGAGGCAGCUGCUCCAGGGAAGGGUGUGAGGAGGAGGCCACCAGAUUCAGAAUUCAGAAUUUUAGACCCUUUGGCCUUGGGGUCCAUCCUGGAGACCCUGAGGUCUAAGCUACAGCCCCUCAGCCAACCACAGACCCUUCUCUGGCUCCCAAAAGGAGUUCAGUCCCAGAGGGGUGGUCACCCCACCCUUCAGGGGAUGAGAAGUUUUCAAGGGGUAUUACUCAGGCACUAACCCCAGGAAAGAUGACAGCACAUUGCCAUAAAGUUUUGGUUGUUUUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1165.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1217.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 576.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.(((((.((((...(((((..((((..(((...)))..))))..))))).))))(((((((......(((((((((((((.(.((.((((((.....)))))).)).).)))......)).))))))))........)))))))..........)))))..))))))))).((((.......))))..........((((((..........(((((.(((.((((.....((((((((.....((((.((......))..))))))))))))..(((((..........))))).....(((((((((..(((((((.((((.((....((((.((((......((((((((..((.((((((..(((((((((.(((...(((..(((((((....(((.((.(((((((((...(((((((((((.((....(((((((.(((((...(((....)))...))))).)).(((((..(((((((((((((((((...)))))..))))))..))...))))..)))))......)))))..)))))..))))))))((((((...)))))).......)))))).))).)).))).....)))))))..))).))).)))))))))...(((((.............((.(((((((.........(((((((((((....((((..(((...........)))....))))...)))))))).)))((((((((..((((...(((((((((((.........))))......)))).))))))))))))))).....(((......)))...(((((..(((((((.((...))...))))))).)))))...))))))).)).(((....(((.((((((((.(((..((((((..((((((((.(((((((....(((((.(((((((((((......))))))((((((...))).))).)))))....)))))(((((.(((((((.....))))))).))))).....((((((((..((.(((((.((....)).))))).)).....(((.(((((..((((....(((((((..(((......)))..((((((.....(((((..((..(((((((...)))))))...(((..((.((((((.....))))))))..)))((.(((((((((((((.((....))(((...((.(..((((((.((.(((....))).)).))))))..)))...)))....)))))))))))))))..(((((((((.((.(((..((.(((((.(((((.(((((.((((.((((((((((..(((((.((........)).....((((((.(((.(....)))))))).)).(((....)))))))).)).))))........)))).)))))).)))...))))).......((.((((((..((.((......((((....))))....))))..)))))).)).......(((..((.(((((........)))))))..)))))))).))....)))))))))))))).))..)))))))))))..)))))))...))))((((((((.(((((((........((((.(((((((((((...((((....)))).....)))).....)))))))..)))).(((.(((..(((((.....(((.((((((((..((((((...(((.....)))...)))))).))))))))........(((((((.(..((....))..).))))))).............((((((((.((((((((.((((((.......((........)).((((((............))))))...............(((((.((((..(..((((((.((((((.............))))))..))))))..))))).)))))............)))))).))).))))).))).((((..((((.(..(((.(.((....)).)))).).)))).....)))).........))))).)))....)))))..))).)))(((((((((.(..((((...))))..).)))))))))...(((.((.(((((((((........))))))))).)).))).((((((...)))))).(((.((((((((((((.......(((((.....))))).))).)))))).))))))..((((......((((((((.(((....)))))))))))....)))).((.(.(((((...))).)).).))..))))))))))).))))..........))))).)))((((((((((....)))))))))).......)))))))).((((.(((......))).)))))))))))...))))))))..))))....(((((.((....)).)))))))..))))))))))))))....)))...((((((......)))))))))))..)))))).))..))))))))..((.(((((.....)))))))))))))))....)))))).))))))).....)).))))))).((((((..((((.(((....))).)))))).)))))))).))).)))))))))))(((((((((..((((((...((((.((((((((.((((......((((.((((..........)))).))))......))))..))))..)))).))))))))))...((((((((((..(((((((((........))).......((((((((((((.((..((((.(((....((((((........))))))......(((.(((((((((((((......).)))))))))))).))).....))))))).........)).))))))))))))((((.....))))(((.(((((.(((((((((.....)))))))))..)))))..)))....)))))).......)))))))))).))))))))).(((.((((((.((..((......))..)))))))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((.(((((.((((...(((((..((((..(({...}))..))))..))))).))))(((((((......(((((((({({({.,.{{.((((((.....)))))).)),}.}}},.....}}.))))))))..,,....)))))))..........)))))..))))))))){((((.......................,,,,,(((((((..((((((({{((((......((((((((.....((((.((......))..))))))))))))..(((((.........,}}}}}.....(((((((((..(((((((.((((.((....((((.((((......((((((((..((.((((((..(((((((((.{,({{.(((..(((((((....(((.((.(((((((((,,,(((((((((((.((....{,,||||.(((((...(((....)))...)))))(((((((((..(((((((((((((((((...)))))..))))))..))...))))..)))))....)))),,,..,})))..)))))))}{{{{||...}}}}}}.......)))))).))).)).))).....)))))))..))).))).)))))))))...{((((..,......,,..(({((((,,,.....}}}}|||((((((((....((((..(((...........)))....))))...)))))))).,|,((((((((..((((...(((((((((((.........})))......)))).))))))))))))))).}....,,.....,||},,.((|((||({{{((({{(,,,|}...})))))}.,}))),,,)))}))}})).{,{....(((.((((((((.(((..((((((..((((((((.(((((((....(((((.(((((((((((......))))))((((({...))).))}.)))))....)))))(((((.(((((((.....))))))).))))).....((((((((..{{.(((((.((....)).))))).}}.....(((.(((((..((((....(((((((.,((,,((((.{({,....,})})))))|||,..,,..(((((((...)))))))...(((..((.((((((.....))))))))..)))((.(((((((((((((.{{..,{|,{({...,,.(..((((((.((.(((....))).)).))))))..})).,,)}),...)))))))))))))))..(((((((((.((.(((..((.(((((.((((,.((({{.((((.((((((((((..(((((.{(........,......{{((((.(((.,....}))))))).},.(({....}))))))).}).))))........)))).))))}}.))){{{(,,|{.,.,{{{((.((((((,.({.,{......((((..,,))}),...,,))..)))))).,......}}|}}..|,||}.||.,.,...,.,}))}))))).))))).))....))))))))))))))....,|.{|....)).,.)))))))...))))((((((((.(((((((........((((.(((((((((((...((({....}))).....)))).....)))))))..)))).(((.(((..(((((..,..({(.((((((((..((((({...(((.....)))...,))))).)))))))).......,(((((((.{..((....))..}.)))))))....,........(((((({({((({((((.((((((.,..,..((.{,.,,{.},.{(((((......,|,|..})))))...........,{..(((((.((((..,.,{(((((.((((((.,........,..))))))..))))),,..)))).)))))}}......,..})))))).)))}.)))).,||,{{,{..((((.({,{(,,(.((....)).))))}).)))).....)))}.,.......))))).)))..,.)))))..))).)))(((((((((.(..((({...))))..).)))))))))...,{{.{,.((((((((({,.,.,{{||,},,,},}))})},,((((({...)))))).(((.((((((((((((.....,.(((((.....))))).))).)))))).))))))..((((......((((((((.(((....)))))))))))....)))).{{.,.|{|||.,})}),)).},},..))))))),}))}))))..........))))).)))((((((((((....)))))))))).......)))))))).((((.(((......))).)))))))))))...))))))))..))))....(((((.((....)).)))))))..))))))))))))))....,}}...((((((......))))))))))),.}))))}.))..))))))))..{(.(((((,...,)))))))))))))))....)))))).))))))).....)).)))))))((((((({{,((({((,.,{{{|,..,||{...)))}.})})},}..)))))).))}},)))))|,.,|...)))))}))).)))..)))))))},,,,|(|(,.,,,{.......,,,)))}.,}},....{((,.......))}}|,|.}}}},,.,}}...((((((((((..((((({({{.....,,,}||....,},((((((((((((.((.{((((.(((....{(((((........)))))}..,...(({.(((((((((((((......).)))))))))))).})),,...))))))).......}.)).))))))))))))((((.....)))){((,{((((.(((((((((.....)))))))))..)))))}})}}.,,})}}})),......))))))))))..)))))},..(((.((((((.((..((......))..)))))))).)))..
Back