Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001410809.1
Sequence Length
4021 nt
GC Content
0.5262
AACGCAGGUAGCCAAAGUGGCUUGUGGAGUGGCGACCGUUAGUGAGGCGGUUGCUGAGACAGACGCUGAGGCGGGUAGGAGGAGCCCGAGCCGUAAGGGAAGCCGUGAUGAGGGCCGUGUUGACGUGGAGAGAUAAAGCCGAGCACUGUAUAAAUGACAUCGCAUUUAAGCCUGAUGGAACUCAACUGAUUUUGGCUGCCGGAAGCAGAUUACUGGUUUAUGACACCUCUGAUGGCACCUUACUUCAGCCCCUCAAGGGACACAAAGACACUGUGUACUGUGUGGCAUAUGCGAAGGAUGGCAAGCGCUUUGCUUCUGGAUCAGCUGACAAAAGCGUUAUUAUCUGGACAUCAAAACUGGAAGGCAUUCUGAAGUACACGCACAAUGAUGCUAUACAAUGUGUCUCCUACAAUCCUAUUACUCAUCAACUGGCAUCUUGUUCCUCCAGUGACUUUGGGUUGUGGUCUCCUGAACAGAAGUCUGUCUCCAAACACAAAUCAAGCAGCAAGAUCAUCUGCUGCAGCUGGACAAAUGAUGGUCAGUACCUGGCGCUGGGGAUGUUCAAUGGGAUCAUCAGCAUACGGAACAAAAAUGGCGAGGAGAAAGUAAAGAUCGAGCGGCCGGGGGGCUCCCUCUCGCCAAUAUGGUCCAUCUGCUGGAACCCUUCAAGCCGAUGGGAGAGUUUCUGGAUGAACAGAGAGAAUGAGGAUGCCGAGGAUGUCAUUGUCAACAGAUAUAUUCAGGAAAUCCCUUCCACUCUGAAGUCAGCAGUGUACAGUAGUCAGGGUAGUGAGGCAGAGGAGGAAGAACCAGAGGAAGAGGACGACAGUCCCAGGGACGACAACUUAGAGGAACGUAAUGACAUCCUGGCUGUGGCUGACUGGGGACAGAAAGUUUCCUUCUACCAGCUGAGUGGAAAACAGAUUGGAAAGGAUCGGGCACUGAACUUUGACCCCUGCUGCAUCAGCUACUUUACUAAAGGCGAGUACAUUUUGCUGGGGGGUUCAGACAAGCAAGUAUCUCUUUUCACCAAGGAUGGAGUGCGGCUUGGGACUGUUGGGGAGCAGAACUCCUGGGUGUGGACGUGUCAAGCGAAACCGGAUUCCAACUAUGUGGUGGUCGGCUGCCAGGACGGCACCAUUUCCUUCUACCAGCUUAUUUUCAGCACAGUCCAUGGGCUUUACAAGGACCGCUAUGCCUACAGGGAUAGCAUGACUGACGUCAUUGUGCAGCACCUGAUCACUGAGCAGAAAGUUCGGAUUAAAUGCAAAGAGCUUGUCAAGAAGAUUGCCAUCUACAGAAAUCGAUUGGCUAUCCAACUGCCAGAGAAAAUCCUCAUCUAUGAGUUGUAUUCAGAGGACUUAUCAGACAUGCAUUACCGGGUAAAGGAGAAGAUUAUCAAGAAGUUUGAGUGCAACCUCCUGGUGGUGUGUGCCAAUCACAUCAUCCUGUGCCAGGAGAAACGGCUGCAGUGCCUGUCCUUCAGCGGAGUGAAGGAGCGGGAGUGGCAGAUGGAGUCUCUCAUUCGUUACAUCAAGGUGAUCGGUGGCCCUCCUGGAAGAGAAGGCCUCUUAGUGGGGCUGAAGAAUGGACAGAUCCUGAAGAUCUUCGUGGACAAUCUCUUUGCUAUCGUCCUGCUGAAGCAGGCCACAGCUGUGCGCUGCUUGGACAUGAGUGCCUCCCGUAAGAAGCUGGCCGUGGUAGAUGAAAAUGACACUUGCCUGGUGUAUGACAUCGACACCAAGGAGCUGCUUUUUCAGGAACCAAACGCCAACAGUGUAGCUUGGAACACCCAGUGUGAGGACAUGCUCUGCUUCUCGGGAGGAGGCUACCUCAACAUCAAAGCCAGCACCUUCCCUGUGCACCGGCAGAAGCUGCAGGGCUUUGUGGUCGGCUACAAUGGCUCCAAGAUCUUCUGCCUCCAUGUCUUCUCCAUUUCUGCCGUGGAGGUGCCGCAGUCCGCUCCCAUGUACCAGUACCUGGAUAGGAAACUGUUCAAGGAAGCCUACCAGAUUGCUUGCUUGGGUGUCACAGACACUGAUUGGCGUGAACUGGCCAUGGAAGCGCUAGAAGGUUUAGAUUUUGAAACAGCAAAGAAGGAGAGGAAGAAGCGGGGAGAGACCAACAAUGACCUGUUUCUGGCAGAUGUGUUUUCCUACCAGGGGAAGUUCCAUGAGGCCGCCAAACUGUACAAGAGGAGUGGGCACGAGAACCUCGCGCUUGAAAUGUACACCGACCUCUGCAUGUUUGAGUAUGCCAAGGAUUUCCUUGGAUCUGGAGACCCCAAAGAAACAAAGAUGCUAAUCACCAAACAGGCUGACUGGGCCAGAAAUAUCAAGGAGCCCAAAGCCGCCGUGGAGAUGUACAUCUCAGCAGGAGAGCACGUCAAGGCCAUCGAGAUCUGUGGUGACCAUGGCUGGGUUGACAUGUUGAUCGACAUCGCCCGCAAACUGGACAAGGCUGAGCGCGAGCCCCUGCUGCUGUGCGCUACCUACCUCAAGAAGCUGGACAGCCCUGGCUAUGCUGCUGAGACCUACCUGAAGAUGGGUGACCUCAAGUCCCUGGUGCAGCUGCACGUGGAGACCCAGCGCUGGGAUGAGGCCUUUGCUUUGGGUGAGAAGCAUCCUGAGUUUAAGGAUGACAUCUACAUGCCGUAUGCUCAGUGGCUAGCAGAGAACGAUCGCUUUGAGGAAGCCCAGAAAGCGUUCCACAAGGCUGGGCGACAGAGAGAAGCGGUCCAGGUGCUGGAGCAGCUCACAAACAAUGCCGUGGCGGAGAGCAGGUUUAAUGAUGCUGCCUAUUAUUACUGGAUGCUGUCCAUGCAGUGCCUCGAUAUAGCUCAAGAUCCUGCCCAGAAGGACACAAUGCUUGGCAAGUUCUACCACUUCCAGCGUUUGGCAGAGCUGUACCAUGGUUACCAUGCCAUCCAUCGCCACACGGAAGAUCCGUUCAGUGUCCAUCGUCCUGAAACUCUUUUCAACAUCUCCAGGUUCCUGCUGCACAGCCUGCCCAAGGACACCCCCUCGGGCAUCUCUAAAGUGAAAAUACUCUUCACCUUGGCCAAGCAGAGCAAGGCCCUCGGUGCCUACAGGCUGGCCCGGCACGCCUAUGACAAGCUGCGUGGCCUGUACAUCCCUGCCAGAUUCCAAAAGUCCAUUGAGCUGGGUACCCUGACCAUCCGCGCCAAGCCCUUCCACGACAGUGAGGAGUUGGUGCCCUUGUGCUACCGCUGCUCCACCAACAACCCGCUGCUCAACAACCUGGGCAACGUCUGCAUCAACUGCCGCCAGCCCUUCAUCUUCUCCGCCUCUUCCUACGACGUGCUACACCUGGUUGAGUUCUACCUGGAGGAAGGGAUCACUGAUGAAGAAGCCAUCUCCCUCAUCGACCUGGAGGUGCUGAGACCCAAGCGGGAUGACAGACAGCUAGAGAUUGCAAACAACAGCUCCCAGAUUCUGCGGCUAGUGGAGACCAAGGACUCCAUCGGAGAUGAGGACCCGUUCACAGCUAAGCUGAGCUUUGAGCAAGGUGGCUCAGAGUUCGUGCCAGUGGUGGUGAGCCGGCUGGUGCUGCGCUCCAUGAGCCGCCGGGAUGUCCUCAUCAAGCGAUGGCCCCCACCCCUGAGGUGGCAAUACUUCCGCUCACUGCUGCCUGACGCCUCCAUUACCAUGUGCCCCUCCUGCUUCCAGAUGUUCCAUUCUGAGGACUAUGAGUUGCUGGUGCUUCAGCAUGGCUGCUGCCCCUACUGCCGCAGGUGCAAGGAUGACCCUGGCCCAUGACCAGCAUCCUGGGGACGGCCUGCACCCUCUGCCCGCCUUGGGGUCUGCUGGGCUGUGAAGGAGAAUAAAGAGUUAAACUGUCAGAAUGUGUUUCUUGCCCAGAUGAAGUUUGUGUUUUGUGGGGGGGGCCUUGUGUAACCACGGAAUUCCUAUUUAUGGCAUUUCAUGCCUUGUAAAUAGCACCAGGAGAUGAGGAAGAGAAUGUACAUAUAUUUUCUAAGGAAAAAAAUCUGUUACUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1407.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1477.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 1175.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((...)))))....(((((((...(((((((((((((((.(.(((..((((((.....((((((........(((.........)))..(((.(....).)))..(((((..((((((((....(((((((.((((((((..((.((((((......))..))))........((((((((((..(..(((((..((((.((((...((((((((((....(((((((((.(((((((((((.(((((((((........((((..((((((.....(((..((((((.(.((((((((((..(((...)))..).).))))))))....(((((.........))))).).))))))...)))..))))))...)))).......)))))).)))......((.(((((..((..((.((...(((((((.((((.....))))(((((((((((.((((((........((((((....((......((((((........)))))).((((..((.....))..))))...))....))))))))))))..))))))).))))....))))))).....)).))..)).)))))))...........))))))))..(((((((((...))))(((((.(((.(((...))).))).))))))))))((((((......)))))))))))))).)))))))).))))))((((....))))...))))..)))).))))).).)))))))))))).)))))))).(((((((((.(.((.(((.(((((((..............((((....))))((((((.((((......((((..((....)).))))(((((((((.(((((((((..(((((((((......(((((((.........))).))))..(((((.((((((((((((((((.((((.(.(((.....(((((..(....)..))))).....))).).)))).)))))(((((..(((.((((.(((.....))).))))))).)))))((((((((....)))))...)))..((((.((((.((((((((......(((((....((((((.(.(((..(((((..(((((((((((..........(((((((.......(((((((.((.((((((.....((((.(((((.((....)).)))))(((((....)))))..(((.((((((..((((.(.(((((((((..((((.....((((((((.(((((..(((((((((((((..........)).))))..((((.(((((((((......))).((((((((((.(......).))))))).)))((((((((((((((...(((.........((((.....))))......)))))))))))))))))..............(((((((.(......)))).))))..(((((((((((......))))))).))))..)))))).))))......((((.(((((......))))).))))(((((.(((..((((.....))))))).)))))........(((....)))....)))))))...))))).))))))))....)))).))).((((((..(((....)))..))))))(((((((....(((((((..((((((((((..((((...((((((.(.((....((((((((.((....))))))).)))...))).))))))...))))...))))...((((........))))..((((((....))))))..))))))))))))).((((.............)))).((((.......))))...((((((((((...(((((((((((....)))))).)))))..))..))))))))..))))))).......))))))))))))))))).)))))))((((.............(((((((((....)))))).))).(((((.((((.((((..((.((((((((...))))))((((((((((..((((((((((...(((((.......((((((((((....................(((((((((................)))))))))(((.(((((((((((((.(((((((((..(((....(((.((((((((((...(((((.((((((.((((...)))).))).........)))...)))))))).))))).))..)))..))))))))))))...(((.....))).........(((((...(((.(((....((((...((((((.((....))...).))))).))))....))).)))...)))))....)))))))))))))...))).))))))))))))))).)))))))))).....))))))))))..))..))..)))).))))...)))))))))..)))))).))..)))))))...............))))))).((((((((((((.(((((((((...(((((((((..(((.(.(((((..((((.(((((.(((.(....).)).)...))))))))))))))))))..)))))))))(((.(((((((.......)))))).).))).((((...))))))))))))))))).......(((((((((...(..((((((........((....))))))))..).....))))))))))))).))))..((((((((.((((..((((........).))).))))..))).)))))..........))).))))))))..)))))))).).)))))).....)))))((.((....)).))....)))))))).)))))))).(((((...((.((((.((.......(((((...))))).......)))))).)))))))....)))))))))))...)))))))))))...)))....)))))))..))..))..)))))))(((((.(((......))).)))))........(((((.......)))))...(((((.((((..((((((..((((.(((........)))))))...)))).)).....)))).)))))))).).)))))).....)))).....))).)))..)).).))))))))).....(((((((..(((..(((....))))))..))))))).)))).)))....)).)))))))))))))))))((((((......)))))).))))))..))).).))))))..((((((.(((.......(((..((.................))..)))........))).)))))).))))))))).....)))).)))(((((((..(((((((.(((((..((((....))).)..))).)).)).(((.(((.......))))))...(((((((.((((.((((((.(....).)))))).)).((((((((((((((((.((((......)))).)))))..(((((((((((((.((((((((((((.....))).)))))))).).))))..))))))))))))...))))))))..((((.(((((((.(((.(.((((((((..............)))))))).)...((((.((((((((.(((.(((.((.(((((((........)))).))).)).))).((((((....)))))).(((....))).....((((....).)))(((.....)))))).)))).((((((((((((((.(((...(((.....))))))))))))))..))))))...)))).)))).((((((...((((((.(((...((.((.....)).))..)))))))))..))))))))))))))))))))....)).))))))).(((((((((((((...)))))..))))))))..))))).))))))).(((((((((....)))))))))..........))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((((({...)))))...|(((((((..{(((((((((((((((.{.(((..((((((....{((((((.(({(,(((.,.{((,,({{(({..(((,{,,,,|{}}},,{((((,,{{(((({{.,..{(({(((,,,,((,{,..{{.{{{{{|,,,...}},.||}},...,...|{{,,|||||||({{(({{{,,{,,,.||||}..{{{{({((((,...((({(((({.{{{{((((({{.,|||(((((...{{,.,|}}}..(((((((({(.((({.{(((((,{.{((((((({{..(((...}))..).},}})))))}...,|||{{.........}||||.}.}}))))...}}...)))}.....}))))))))}.))))))}))}.,.||,,..{{{{{,.{{..{{,|(.|.{((((({{(((({....||||{((((({,,,,.,({((({....}}}||,,,,..}}}},.,,,.((((({.{,...,})))))).||||}},....,,||{{||||,,|||||{{||||||||||||..}}|)}),.}|||....}}}}}}}...,,|}.}}..|}.}}}}}.},|.,...,,.,))}}))))..||||{{(({...})))(((((.(((,((....})).))).))))))))))(((({(,,.,..))}}}}}}}}}})),)))))}}),})}}}}{({{....)))),..}}|||.,}}}}})))}.}|}}||,}|}}|,|{||||||||,((((((({{.{.{(,(((,(((((({,,.,,.,.{{.,,.((((....))))((((({.{,{,..,,..(({{..{{....,,.}))}(((((((((,(((((((((,.,,,,||||||{(({{({....}.)}))}}..},,..|||,,(((((,{{(({((((((({{{{(((((,(,({{.,|},{{(((..{....),,|}}}}.....))).})))))})))),{{{||,,|{|||{||,|||.....{||.({,{(((((({{.,({.(((((((((((....((((((((.(((((((((((..(({..,,.((.(((((((((((((((((((((((.,..(((.((((((((.(((......((((.........(((((((...(((((((((,.(((((.(((((.((....)).)))))(((((....))))){(..(((...)))..}}((((((.....)))))).......((((((((.(((((..((((((({{(({(..........}},||||..{{({.((((({(((......))).{(((((((((.(......).))))))).}}}((((((((((((((...(((.........((((,...,))))...,..))))))))))))))))).....,,,,.....(({{|((,(,,,...,|||,||}}..(((((((((((......))))))).)))).,|})))).}}}}{,,,.|||{||{{{{(......))))}.,}}|{{(({,{{|,.{({{....,))))}}).))))))...}},,||{.,,.},},,..)))))))...))))).))))))))....))))),.))))))...)))..)))))))))))...))).))).)))))}}),,.....)))))))).((((...((((((.(.((,{,.((((((((.{(....)})))))},)))).))).))))))...))))...)))}.},..}))).))))))..,},.})})...)))))).)))))..))))))))...))).)))))))))).})))).))}}||}}}{{{{(({{{{(((({{{,|,,.{|||{{{{(((..,,)))))}.)))))...,..)))))}))||{{{{,|,,,,,,...,,,),)}})}})}})}}))}},,|(({,{{.{{...,{{{.((((({(((,...)))}})},)).|||||.|||},,|||}}||}}}((((((...))))))(((({{((((..{(((({((((,.{{(({,...,||.,{((((((({.....,..............(((((((((................)))))))))(((.(((((((((((((.(((((((((..(((.,..(((.((((((((((...(((((.((((((.((((...)))).))).........)))...)))))))).))))).))..))).,)))))))))))).,,(((.....))}.........(((((...(((.(((....((((...((((((.,,....,,...).))))).))))....))).)))...)))))....)))))))))))))...))),))}))))))||||||,||||||||{|{{,,,,|||||,,,,}}))}}))}}}||..}|||...|||||,||||{||||},,,,|||||,|}||||,|,,.......|.{((((..((((((((((((.(((((((((...(((((((((..(((.(.(((({.,((((.(((((.{((.{....).}).}.,.))))))))))))))))))..)))))))))(((.(((((((.......)))))).).))).{{,,...}},}))))))))))))).......(((((((((...(..((((({...,,.,........}))))))..).....))))))))))))).))))...)))))|.........|,,||||}|.|,,||||||,|..|||||}}}},},,,,,||,|||{||,}}},)},})))))}}.,,.|{{{{{{{..,.{||(,......}))}{,,((((({{((.((((......))))))))))))||,,.}})))}}}}}||||}}}})}}))},)}}}),))))}|||{,.,,))}))}}})))))).,,))))}})}}}},,})}}....)))))}},}}},,)),,}}}}}))(((((.(((......))).)))))...,.,,.(((((.......)))))...(((((.((((.,((((((..{(((.(((........)))))))...)))).)).....)))).)))))})},),)))))),..,,}}}}....,))).}}}.,)),),)))}))))),,},.(((((((..(((..(((....))))))..)))))))})))).)))...})),)))).}}....))))))|(((((......))))),.))))))..))).}.))))))..((((((.,,,.{{{{{.{{{..{(,.,,,,,{{...}}}..})},))).......,)))))))))).)))))))))..,..)))).)))(((((((..(((((((.(((((..{(((....))).)..))).)).)).(((.(((.......}}))))...(((((((.(({{.((((((.,....}.)))))),}}.((((((((((((((((.((((......)))).)))))..(((((((((((((.((((((((((((.....))),}))))))).).))))..)))))))))}))..}))))))))..{|||.(((((((.(((.,.((((((({..............)))))))).,...{(((.{((({{{{.((({((({(({{{{((((....,,,,}|||{|||,||.}}}.,{{|||,.,,))))}),||{.{{.{({{(....{{.|||||{|||(((..,..||||||.,|||.{{{{||||||||||.|||}},|||},...)))}}))}}}))))}.,))|))||.)))},)))).,{,{({,..{{{{((.{{(...{{.{{,,,..)).))..})}))))))..}}}})}))))))))))}))}....)).))))))).(((((((((((((...)))))..))))))))..))))).))))))}.(((((((((....)))))))))..........))))))........
Back