Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001410886.1
Sequence Length
2537 nt
GC Content
0.3942
AGAGUAUGAGGAAGCCAGCACUAGUCAAGUGACUCUAAGAAGGGCCAUUUUCCCUUGUUGUCUUUGAAAAUACUUCAUUUUCUUAGCAUUUCAGGAGAUUAUAACAUCCUGUAUUUCAGUUUCUGAGAGCUUUACUGACUGAUUUCCCUAUUCAAAACAAUCCUCAUUUCCUACAUUUCUGAAGAUCUCAAGAUCUGGACUACUGUUGAAGAAAUUCCCAGUAAGGCUCACUUAUAUCUUUAGAGAUGGCAAAUAACUACAAGAAAAUUGUUCUACUGAAAGGAUUAGAGGUCAUCAAUGAUUAUCAUUUUAGAAUUGUUAAGUCCUUACUGAGUAACGAUUUAAAACUUAAUCCAAAAAUGAAAGAAGAGUAUGACAAAAUUCAGAUUGCUGACUUGAUGGAGGAAAAGUUCCCAGGUGAUGCCGGUUUGGGCAAACUAAUAGAAUUCUUCAAAGAAAUACCAACACUGGGAGACCUUGCUGAAACUCUUAAAAGAGAAAAGUUAAAAGUUGCAAAUAAAAUUGAAUCCAUUCCAGUCAAAGGAAUAAUCCCAUCUAAAAAGACGAAACAGAAAGAAGUGUAUCCUGCUACACCUGCAUGCACCCCAAGCAACCGUCUCACAGCUAAAGGAGCAGAGGAGACUCUUGGACCUCAGAAAAGAAAAAAACCAUCUGAAGAAGAGACUGGAACCAAAAGGAGUAAGAUGUCCAAAGAGCAGACUCGGCCUUCCUGCUCUGCAGGAGCCAGCACGUCCACAGCCAUGGGCCGUUCCCCACCUCCCCAGACCUCAUCAUCAGCUCCACCCAACACUUCCUCAACUGAGGCAUAUUUGAUGAACUUGACAUUAUCUCUGACUGCAGGAAGUUUUCUGUCCUGUGCUGUUUGGGGAAGAGACAGAGAACUGCGGAAUCUGGAACUUUCAGCAACAGACUCACUGUCUACUGCCCCCAUCUAUUAUACACCCAUUCCCUUUGCUCACUAAUUUGUUCAAGUUUCUCUGACAUACACCAUGCUCCUUUUUCCUUUAGGAUUUUCACACACCAUAUUUCUUUCACCUUUAAACUCUUACCUGGCCAACCCUAUCCACCCUCUGGAUCCCAAUAUUGAGAUCUUAUCCUCAGGGAAUCCUCACUUAGACCCCUGUAACAGGUUAAAUCUUCAUGGUGUUCUGUUUCCUAGGAACUUCUUUCUUUUCUACUGUUUAUGACAACUGAAGUUAAUAAGUGUUUAUCUUUCCCACCUACUCAAAGUAGUUCCAAGAUUAGGGCUAGUUUGUAAUUCUGUGGACCACUGUAAACGAGGGCCUAGUUCAGUGUCUGCCUCAUGGGAAGCUUCCAAUAAAUACCUUUGCUCAACGAAAAAAUGAAAACCCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUUGCCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACUAGUCUGGCCAACAUGGUGAAACACUAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCUGGGUAUGGUGGCUUACGCCUAUAAUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGCAGGGGAAUUGCUUGAACCAGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUCCAUCUCAAAAUAAAAAAGUAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAACCAUAUUCUAAGAUAUGAACCACUACAGCUAAGCAAAUGACAAAUAAAGGUCAUCUGACUCAGUCAAAGAUACCUAUUGUGAGGCCAAAAGGUUGUAAAAACAAAGGGAAGUGAUGGAAUAGGGAAGAGAGCUCAGGAGUUUGGGAAAAUGUAGGCAGGCAGAAGACGAUACACCAAGACUUACAAAUGAAAGAAAGUAAAUUACAAUUAAUAAUUGCAUGAUUCUGAUAAUCCUUAUAAUGCUGUACUCAUCUCAAAUUUGGACAGGUCAGCCUUACUAUAUGCAUGUAUCAGCAAUAGUCUAAAAACUAAUUGAAACUCUAAUGAGCUUUAUUAUUAAAAAAAUGUUCUAUAUUUCUGAUACACAAUAAAGGGGAUCAAUUAUGAAGGGCAACAAGUGAUGAAACCACACCACCAACCUUAAUUUGCUCUAUUCCCUUUUUUCUUACAUUUGAUUUUGUAUUAAUGUAAGACUAUUUCAGAAAAAAAGGAAUAAAUGCAGACAAACCAGAUCAAACUUAAUUAACUUUACGUGAAAUUCCAGCAUCCAUAACAUGCCACAUUUCUCUAUAUACCCUCUCAUAUUUACUCCUAUGUAUACACAUAUUUUUUCUGAAAAUAUCAUCAUACAAUGUAAUGUCCUAUUAUGUCUCUCUGAGCAGUUAUAUGAUCCCCUUCAUGCAGGUCUUGUAUUCAUGUGGCUCCUUGUGAUGUUGCAUAUCAGUUACUAUUAAUAUUCUCAUGGAUGGAUCUACGGUUACUGAUUAACUUGUGUUGGGAAAGGACUUUUCUGUUUUAGGCUGAAUGGGUCACAUGGAUGAAAAGUCAGAUCAAAUAAAGUCCAGUCACUCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-609.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -661.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 543.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((..(((((((.(((...(((((....(.(((((((((.......((((((((((.......((.(((((((((((.....(((((..........)))))..((((((...))))))((((..((((((..(((((((((.........((((((((((((.(((((((((((((...(((...(((.((((((..(((....))).)))).))..))))))..)))))))))))))..........((((.....)))).....((((((((.((..(((....(((((...)))))...(((((((((..((......)).))))))))).......(((((.(((..((((((.(((((((.......(((((.....(((((((.((((......))))..(((((.((.((..((((.....(((((((.((((....))))...(((....)))(((((.(((((....((((....))))..........((((........))))......(((((.......))))).....(.(((....))).)............(((((...(((.......))))))))....)))))..)))))(((((...((((.(((((((...(((((.(..(((((...............((((.((.(((.((((........(((........)))...(((....)))(((..((((((...))))))))).....(((((......)))))..............))))..))).)).))))...............((((....)))).......(((((........)))))))))).).)))))..)))))))))))..))))).(((((.((((((((.((.(((..(...(((((...))))))..)))..)).)))))).))..))))))))))))....))))..))....))))))).......)))))))..))))).......))))))).)))))).))).))))).......))).)).))))))))(((((...........(((((.................(((((((.....((((........))))))).))))...(((((....(((((...((((..(((((.(((((((((((((.((((((.........................((((.(((((.(.......(((((((.....((((.....((((.((((((........)))))).)))).......))))......))))))).......).))))))))).(((((.(((.((((........(((.(((((((........................(((....))).....((((((....))))))((((.((((((.....))))))..))))...(((..((((.((((.(.((((...)))).)...)))))))).)))................(((((((((((((((.....)))).)))..))))))))(((((....)))))))))))).)))))))...)))..)))))((((..(((((((.((.......))..)))))))))))..)))))).))))))))((((.....))))...................................))))).....)))))...))))..))))))))))..........((((((((.(((((((...)))..)))))))).))))..))))))))))((((....)))).))))))))).))))))))))))..)).))))))))))))))))))).)).......))))))))))...(((((((...............(((...)))..........(((((((...............(((.((((.(((..((.((....))))..))))))).))).........((((((((..((((.........((((((((.(((....))).))))..))))..........))))....))))))))......(((((((((..((((((((((((((.(((((((.......................................(((((((((.(((.....))))))))))))...((((((((((((((((.((((((.(((.............((.(((......))).))(((((....((((.......))))...)))))...........)))..)))))).))))((((....)))).))))))))))))...)))))))....)))..))))))....((.(((...))))).)))))))))))))))))))))))))))).......))))).)))).)...)))))..((((((.(((.....(((((....))))).......))).))))))..))).)))))))((...((((((((.((((..((((.....))))....))))))))))))...))........))).)).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.,,.(({..(((((((.(((...((((({,..{.(((((((((.......((((((((((.......((.(((((((((((.....(((((..........)))))..{{((((...)))))}{({{..((((((..((((((((({,.......,{{(((((((((.(((((((((((((...(((...{({.{(((((..(((....))).))))},}.,}},)))..)))))))))))))..........,{{(,....}}}),,,..{(((((((.((..(((....,((({...}))}|,,.{(((((((({,((...,,.}}.))))))))),},....(((((.,((,.((((((.(((((((.......(((((.....(((((((,((,({{....))))},(((((.((.((..((((.....(((((((.{(((....))))...(((....)))(((((.(((((,...((((....})))....,,.....{{{.{........}},.....(((((.......))))).....,.(((....})).,............(((((...{((.......))))))))..,.)))))..)))))(((((...((((.(((({{{{(((((((.{..(((((...............((((.((.(((.((((........(((,......,|}}...(((....)))(((..((((((...))))))))).,.,{(((({......})))}.}}.......,,,,))))..))).)).))))...............((((....)))).......(((({........)))))))))).}.))))},))))))))))))..))))).{((((.((((((((.((.(((..(...(((({...))))))..)))..)).)))))).))..))))})))))))....))))..))....))))))).......)))))))..))))).......))))))).)))))).))).))))).......})).)).)))))))}{{{{{.....,,,...(((((.......,,,,.....,|||((((.....((((........))))))),.}}}...(((((....(((((...((((,.(((({.{{(({((((((((.(((((({(((({.....,,,,...,,,,...}}}}...))))}}...,|,,........,,{({.{{,..{({((((((((((..(((((((.((.{((((,......{{{...}}},))))))..)).))))))).....{(((((((,.....,((((((..........{{{{.,...,,,......,......,,..(((...,|||{,,..((((({....}))))){||,.||||||}}}..}})))),.}}|||||(((,.((((.((((.{.(((,...}))).)...)))))))).,},................((((((((,,{({{(,,...}))).,},..))))))))....))))))))))))))}))))))))))}}...,))},)){((((..(((((((.((.,.....))..)))))))))))}.)))))).))))))))((((.....))))...................................})}}}.,,..})))).},})))..))))))))))....{,{{,.....{(((.(((((((...))),.,))))))).}})).,))))),})))|{{{....}}}..))))))))).))))))))))))..)).))))})))})))))))))).)).......))))))))))...((((((({.,............||,..,||,.........,{((((({...............{{{.((((.{((..((.{{....}))).,)}})))).}}}...,,,,..((((((((,(((((,......,,||{|||{{.(((....))).}}}}..,,}}.....,,|,.,.})}}}.)))))))).....,(((((((((..((((((((({{,,,.(((,((,.....,,.............,{{{{..{{{{{{.{{{{{((((((((({(((.....))))))))))))...,,,,{|||||||,|||}||,{,|}|||.......,.....,{.{{{......}}}.|}(((((....((((.......))))...)))))...........}.},,)),}}}.,,,|,(((,,..,,||||||||}}}))))}}}),,},)),,..}}},,|}}}}}.,,,|{.{{{...))))}.,}}}}))))))))))))))))))))))).......))))).)))).}||.)))))..{(((((.(((.....(((((....))))).......))).)))))),.})}.))))))){{..,((((((((.{{({..((((.....}}}}....,}}}))}})))).,.}}.....,,,)))..},))))...
Back