Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001411040.1
Sequence Length
1263 nt
GC Content
0.4830
GUCAGUUGUGGAGUGGCGUAGACGAGUUAAGUCCUGGUCUGCGUGGAGGUCGACGACUCCGUCGCAGACUACGGACCUGUCUGGGUCUCAGCCGCCAAAGACCCCGUCCGGUAGGUGAGUGGCUCACUUUGAGGGCAAGCCUUCUCGGAUCGAGGCUUCUUCAUGGCCGCUCAGAUCGUGAGCGGCCGGGGCUGCUCUCUUUGCGGAGGAUGGCGUCUAAUGAGCGCAGUUGAUUCGAGGAAGUACUAGCCGGACAUCAUGAGUGGCUGUCGGGUAUUCAUCGGGAGACUAAAUCCAGCGGCCAGGGAGAAGGACGUGGAAAGAUUCUUCAAGGGAUAUGGACGGAUAAGAGAUAUUGAUCUGAAAAGAGGCUUUGGUUUUGUGGAAUUUGAGGAUCCAAGGGAUGCAGAUGAUGCUGUGUAUGAGCUUGAUGGAAAAGAACUCUGUAGUGAAAGGGUUACUAUUGAACAUGCUAGGGCUCGGUCACGAGGUGGAAGAGGUAGAGGACGAUACUCUGACCGUUUUAGUAGUCGCAGACCUCGAAAUGAUAGACGAAAUGCUCCACCUGUAAGAACAGAAAAUCGUCUUAUAGUUGAGAAUUUAUCCUCAAGAGUCAGCUGGCAGCCUGUCUGUGUCGUUGGCCUUAUGACGAGGAGUGCCUGUGGGUUAUCCUAAUCGUUGUCUUGGUCACUCUUGGUUGGGCCUGGUUGACUUUGCCAGUCAGCUCCUACAGUGAUCAGUUGGCCACCUCUAGAUCUGUGUUUGCCGGUCUAGACGUUAUCGGUGCACUUCCUUGAAGUGCCAGGUUGCAGCGAUCCCAGAGCGUUGAUAACGUGAUCUGAUCCCUAAGUUGAGACCUGUCUUCCUGUAACGCUUCCGAAUAAGAGGUCCGGUCGAAAAGAGUUGAAAGAUACGAAAUUAGGUGGUCGUUGGAAUCCUGAUCGCAGUAAAGUGGUCCUUGGUAACUGCUCGAGUAGAACAUGUCUGCAUCCGCCAAUAGUCCGCUAAUAGGGAGGGCUGUGCGAUUAAAGGCUUCCAUCGAUUGGGUAGUGUCCUUCAAGUGGGUGGCGAAGAGCCAGUCGGGCAUAUGUCAUGAAGGUUUCUCCGACCGAUUAAUGGUUUGCUGCUUGACUAGCCUAGGGAAAUAAUAAUAAAGGUAAAGUAAACUUUUUUAAUGACAUAUGGGGCACAAAAUAACUGGUGUCUUGUAAAUGUUCUGUUUUUUUAAAUAAAACUUCUCUACUUUAGUCUUUACUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-420.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -445.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 337.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((...(((.(((.(((((.(((((..((((((((((((((((((........))))).))))))))).))))(((.((((.(((..((((((..((.(((((.((....)))).).))))(((((.(((((((.((((..(((.((.(((((((......(((((((((.....))))))))).(.((.((((((((((((((...(((((((....))..(((((((..(((((((..((((.(((.(((((((....))).)))).)))....(((((((.......(((((((((((.....((...((((....(((((((..((((((.....(((((...((((((.(((((....(((((...(((((...(((...(((((((....((.((((((((((..(((((...(((.(((((.(((..((((((((........)))))).)).............(((((((((((((((((.((((.(((((((.......)))).))).)))).((....))..))))))...))))...)))...))))((.((((((((.(........))))))))).))........))))))))..)))....))))).)))))))))).))(((((...(((.(((((((((..((((....))))...........)).))))))).))))))))..(((((((.....))))))))))).)))...)))...))))))))))))))).))))))((((((.........))))))(((((((...)))))))((.(((((((((.((...)).))))).)))).))))))))))))).......((((.(.((((.(((..((....)).))).)))).).))))...)))))))......))))...))...))))))))))).)))))))........)))).))))))))))))))..(((((((.....))))).)))))))....)))))....))))))))).)).)......))))))).)))))..))))..))))))).)))))))))))..))).)))).))).((((((((((((((((((((...(((........((((.(((((.....)))...)).)))).........)))..)).))))))))...))))))))))((((((..........))))))...........(((((....))))).))))).))))).))).)))..))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{{{.,.(((.(((.(((((.(((((..{(((((((((((((((((........))))).))))))))).)))|(((.((((.(((..((((((..,{,((((,.((,,..||}|.|,}}}|((({{.(((((((.((((..{{,{{{.(((((({..,,.,(((((((((.....)))))))))}{,((.(((((((({(((((..,(((((|{....||{.(((((((..(((((({..((((.(((((((.((.....{({(({{.{|{|.,{..((,,,,}}....}}}},|||}}||(((((....(((.(({{,({,.((((((((((..((.((.((((,.({{{....||||....,,,((((((((((((((((...,{{,,|,.,|}||,(((((((((,..(((((...(((.(((((.(((..,,{{((((,,.,,...}}}})),}},|,,,.,.,,{,,||||{{{{{{{|{{{{{.{{{{.(((((((.......))))}})).)))),},,,},|,..}))|||...,,,,.,,,,|,,,,|({,(.((((((({,(........))))))))).})))..}}}.))))))))..)))....))))).,))))))))).,}(((({...(((.(((((((((..{{((,...)))}..,,.......)),))))))).)))}}}}}.((({{{{{..,,,))))))))})))))).)))))}..))))||.((((((((.({....}).)))))))).}})))).)).)}.|))))))))).,,((((((.((((({((..{||{(({|...)))))..)}})))).....)))).)))))))))))))))....)))))......)}.))))))|{,,......|},.....,,|,..,{{,,{||||||,,|}}.,))))))}}}.,,..)))).)))))))))))))).}{{(((((.....))))).}}))))}.,..)))))....})))))))).)).)}.....})))))).})))}..))))..))))))).)))))))))))..))).)))).))),(((((((((((((((((({{...(((.,{{{.,.{(((.(((((.....)))..,)},))})..}}}}...)))..}}.))))))))...))))))))))((((((..........))))))...........{((({....))))).))))).))))).))).)))..))}.......
Back