Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001411087.1
Sequence Length
2249 nt
GC Content
0.6505
GCAGCCCCGGGCGCCGCGCGUCCUGCCCGGCCUGCGGCCCCAGCCCUUGCGCCGCUCGUCCGACCCGCGAUCGUCCACCAGACCGUGCCUCCCGGCCGCCCGGCCGGCCCGCGUGCAUGCUUCGGUCUGGGCCAGCCUCUGGGCCGUCCGUCCCCACUGGCCGGGCCAUGCCGAGUCGCCGCGUCGCCAGACCGCCGGCUGCGCCGGAGCUGGGGGCCUUAGGGUCCCCCGACCUCUCCUCACUCUCGCUCGCCGUUUCCAGGAGCACAGAGAUCAUCGACGAGUACAUCAAGGAGAACGGCUUCGGCCUGGACGGGGGACAGCCGGGCCCGGGCGAGGGGCUGCCACGCCUGGUGUCUCGCGGGGCUGCGUCCCUGAGCACGGUCACCCUGGGCCCUGUGGCGCCCCCAGCCACGCCGCCGCCUUGGGGCUGCCCCCUGGGCCGACUAGUGUCCCCAGCGCCGGGCCCGGGCCCGCAGCCGCACCUGGUCAUCACGGAGCAGCCCAAGCAGCGCGGCAUGCGCUUCCGCUACGAGUGCGAGGGCCGCUCGGCCGGCAGCAUCCUUGGGGAGAGCAGCACCGAGGCCAGCAAGACGCUGCCCGCCAUCGAGCUCCGGGAUUGUGGAGGGCUGCGGGAGGUGGAGGUGACUGCCUGCCUGGUGUGGAAGGACUGGCCUCACCGAGUCCACCCCCACAGCCUCGUGGGGAAAGACUGCACCGACGGCAUCUGCAGGGUGCGGCUCCGGCCUCACGUCAGCCCCCGGCACAGUUUUAACAACCUGGGCAUCCAGUGUGUGAGGAAGAAGGAGAUUGAGGCUGCCAUUGAGCGGAAGAUUCAACUGGGCAUUGACCCCUACAACGCUGGGUCCCUGAAGAACCAUCAGGAAGUAGACAUGAAUGUGGUGAGGAUCUGCUUCCAGGCCUCAUAUCGGGACCAGCAGGGACAGAUGCGCCGGAUGGAUCCUGUGCUUUCCGAGCCCGUCUAUGACAAGAAAUCCACAAACACAUCAGAGCUGCGGAUUUGCCGAAUUAACAAGGAAAGCGGGCCGUGCACCGGUGGCGAGGAGCUCUACUUGCUCUGCGACAAGGUGCAGAAAGAGGACAUAUCAGUGGUGUUCAGCAGGGCCUCCUGGGAAGGUCGGGCUGACUUCUCCCAGGCCGACGUGCACCGCCAGAUUGCCAUUGUGUUCAAGACGCCGCCCUACGAGGACCUGGAGAUUGUCGAGCCCGUGACAGUCAACGUCUUCCUGCAGCGGCUCACCGAUGGGGUCUGCAGCGAGCCAUUGCCUUUCACGUACCUGCCUCGCGACCAUGACAGCUACGGCGUGGACAAGAAGCGGAAACGGGGGAUGCCCGACGUCCUUGGGGAGCUGAACAGCUCUGACCCCCAUGGCAUCGAGAGCAAACGGCGGAAGAAAAAGCCGGCCAUCCUGGACCACUUCCUGCCCAACCACGGCUCAGGCCCGUUCCUCCCGCCGUCAGCCCUGCUGCCAGACCCUGACUUCUUCUCUGGCACCGUGUCCCUGCCCGGCCUGGAGCCCCCUGGCGGGCCUGACCUCCUGGACGAUGGCUUUGCCUACGACCCUACGGCCCCCACACUCUUCACCAUGCUGGACCUGCUGCCCCCGGCACCGCCACACGCUAGCGCUGUUGUGUGCAGCGGAGGUGCCGGGGCCGUGGUUGGGGAGACCCCCGGCCCUGAACCACUGACACUGGACUCGUACCAGGCCCCGGGCCCCGGGGAUGGAGGCACCGCCAGCCUUGUGGGCAGCAACAUGUUCCCCAAUCAUUACCGCGAGGCGGCCUUUGGGGGCGGCCUCCUAUCCCCGGGGCCUGAAGCCACGUAGCCCCGCGAUGCCAGAGGAGGGGCACUGGGUGGGGAGGGAGGUGGAGGAGCCGUGCAAUCCCAACCAGGAUGUCUAGCACCCCCAUCCCCUUGGCCCUUCCUCAUGCUUCUGAAGUGGACAUAUUCAGCCUUGGCGAGAAGCUCCGUUGCACGGGUUUCCCCUUGAGCCCAUUUUACAGAUGAGGAAACUGAGUCCGGAGAGGAAAAGGGACAUGGCUCCCGUGCACUAGCUUGUUACAGCUGCCUCUGUCCCCACAUGUGGGGGCACCUUCUCCAGUAGGAUUCGGAAAAGAUUGUACAUAUGGGAGGAGGGGGCAGAUUCCUGGCCCUCCCUCCCCAGACUUGAAGGUGGGGGGUAGGUUGGUUGUUCAGAGUCUUCCCAAUAAAGAUGAGUUUUUGAGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1017.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1055.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((.((((.(((...((((...)))).))).....(((((.((((((((.(((((..((.(((.((((.(((.(((..((((((....)))))).(((.(((((.(((.(((((((((((.((..((.(((.(((((.((.....)).)))))...))).))..)).).))..))))))))..)))))))))))....(((((((....))))))).....((((((....((((.(((..(((((..........)))))...))))))).......))))))..)))..))).))))..))).))..).))))..)))))))).))).)).)))).)))))))...)))))))))((((..((....((((((((..(((..((((((.......))))))..)))(((..((((((((((...)))).(((....))).((((.(((((((..((((.((..(((((((((.(((....((((((((.....(((((...)).)))(((((((((((..(((((.((.(((((.(((.((((((..(((((((........).))))))..........)))))).)))....(((((.((..(((((((((((((.(((.(((((((((((..(((.((((........))).).))).)))))...))))))))).))))))(((((((...(((((((((....((....))..))))))).))...)))))))...(((...))).(((((((.....((((.((((...)))).).)))......))))))).((((......(((((.(.((((((.(((((((((...((((.....(((((.((((.((.......((.((((((((((((.......)))....))))))))).)).......)))))))))))))))...))))).)))).)))))).).)))))....)))).(((...)))......))))))).....)).))))).(((.....))).............))))).)).)))))..)))))).))))).....)))))))).))).))))))....((((((.(..((((.(((.(.(((((((((..((((((((((((.....))))).)))))))((..(((...((((((((((.((((((.((....((.(((((..((.((((((..(..((((((((......))))))))..))))))).))..)))))))))))))))))))))..(((((.((.(((.......)))..)).)))))..(((((.(......).))))).......))))..)))..)).(((((((.(.((.(((((((((....)))).....))))).))).))).).))).(((((((.((....(((.((((.....(((.....))).(((.......)))...)))).))).)).)))))))..)))))))))..).)))))))..).)))))))))..)).))))..)))))))))))))))))..))))))..)))))))..))))((.(((((((...((((((..((.((((((.(((.(((((.....((((((((((((.((((((((((.((....(((.((((......))))))))).))))))))))..((((((.(((.(.((...)))))).)))))).....((((((((((((..(((..((((((((((((((((((((.((.((((((((((((.........................)))))))))......))).))..)))))).))))))))))))))..)))..)))(((((.(..........).)))))...((((((((((((.((((..(((((...)).((((......)))).)))..))))))).)))))...))))((((((((.((..((((((((.........(((..((.(.(((((.((((...))))))))))))..).)))))))))).))))))))))..)))))))))(((((....((..(((((...)))))..))((((......)))).)))))(((((((....)))))))........))))))).)))))................((((((.((((.(((....))).)))).))))))......))))))))))))))..)).)))))).))))))).))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({{{((((((,,.|}|||}.||{,||{{|||||||{{,||{{,{{{(({{((((((({.({(((,.((.(({.{{{(,(((,(((.,((((((,,,,|||}||((((,(((((.(((.(((({((({((.((,.{(,(({.{{{{{.{|,,,..)),}))}),,.))),))..)),),|||.}}})))))..))))))))))).|||(((((((....))})))),,...((((((...,(((({(((.,(((((..,,,...,.)))},...))})))),......))))))..)))..))),}))}.,)}),)},.))))))},})))))})|}||.||,.,}|||||||,.,{{|||||||||(({{..(({{.,(({{...,.|((((({(((((.......)))))|{{{{{(((,,(((((((({(,.,|||}.(((....))).{{{(.(((((((..(({{.||..||{|{{|||}|||..,.,||,||||}}},}|,.||}|})).,||(((({{{{{{{,,||||{,||,|||||}(((.((((((.,(((((({........}.))))))..........)))))).)))..(((({((,((,.((((((,((((((.(((.(((((((((((..(((.((((........))).).))).)))))...))))))))).))))))(((((((...(((((((((....((....))..))))))).))...)))))))...(((...))).{{{,{,...,,,,|||({{,,||||{||||{|||{....,|{({{,{.((((......(((((.(.((((((.(((((((((...((((.....((({({((((.((.,..,,.,{.(((((((((({(.....,.))}....))))))))).))..}}...}))))))))))))))...))))).)))).)))))).).)))))....))))}}}}}....,...,,,|||}||,.....,,.}}}})}|)}}}},.||..........}}..,}}||,||,|||||,.||}||}.|||||......,)))))),})).,)))))....{(((((.,..{(((.(((.{.{(((((((({{((((((({((((({{{{},,,|.|||||||{{{.,(,((,{{(((((({,.((((((.((....((.(((((..{{.((((((..(..((((((({......})))))))..))))))).}}..)))))))))))))))||||||,,|||,|||,|||||,,,,.{((..((({.{(,,,.(((({.,......}}))))).,..)}.))))..)})|||},{||||{{,{|||,{{||({{({....})))}.,..})))).))).))},}.||..(((((((,,(({...(((((((....{((..........|,|,,.....))),..)))...))},),)))))))..)))))))))..),)))))}}..,.})}))))))..}),))}}..))}))))))))}}||}}..)))})))))))))}),}))}}||.|||||||,..{{{{{{..||,||||||.{{{,|||||..,}}|||||,,||||(,((((((((((.{,...{(((.((((......))))))))}.))))))))))},(,((((((((....)))))))),},..)))).,...|||||||||,....(((..((((((((((((((((((((.((.(((((((((((({.{{{,...}))}.},,........}})))))))......))).))..)))))).))))))))))))))..))),,)))|||||,|,,.,,,.,.,}.))))).,.({{({(((((((.((((,.(({||.,,||,{{{(......))}}|}}}.,)}}}||}.}}}}}...}}}}((((((((.((..((((((((.........(((..((.(.(((((.((((...))))))))))))..).)))))))))).)))))))))).{|||||||(((((((....(({,{,,,,.,}))}}|,.,|((((......))))},,..{(((((({....)))))))}.))))))),}},)),)))))................((((((.(((({(((....))),))))})))))),,....}))))))))))))),})),))}}||,|||||}|,||.,......},.}},.,}}))}}}.
Back