Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413003.1
Sequence Length
3865 nt
GC Content
0.4497
ACGGUGCCGCCGGAGUCCCCACGCGAGGAUGCUGCGGUGAGCGCGGCCGGGACGCCGCGUCGGGCUCUCGGCCGCCCAGCGGCGCCGCAGGGGAAGCCAGGCCGGCAGCCGCGCGCUCCCCAGCCGGCCACCAAUCCCGCCCUCCCCGGCUCCUCCGGACCUCCUCGGCAGGCGGCGGCGGGGCCUGCCUGUGCGCUCUGCGCCCGCCCGCGCCUACCCUCCAUGGCGUUUAUCCGGAAGAAGCAGCAGGAGCAGCAGCUGCAGCUCUACUCCAAGGAGAGAUUUUCCUUGCUGCUGCUUAACUUGGAGGAGUACUACUUUGAACAGCAUAGAGCCAAUCACAUUUUGCACAAGGGCAGUCACCAUGAAAGAACUUAUCCUGGAUAAUGGACAACUUGUGCACUUUGCCCAGCAUCUCCCCAUUUCUUCCACCCCCUUUAAUUUCGUGAAGUUUAACUUACUCUUGCCUGAACAAAGCUCUGAGCUUUCCCACCUAAAAAAUUUUCGCCUAGAAAUAACUCAGUUGCAAUCAGCACCAAGAAUCUGGUCUCUUAAUACCACUUCCCACUGAAAGGAUGGGGGUUCUUUGGAGAAAUUGCUGAUUCUAAGUCAGAGGCAGGAAAUCUGUGAGAUGAACCUGGGACAUCCUGUCAUACUGGCAAGAAAAUCAGAGGCUCCUUAAAAAUAUGUUCAAAAUCGGUGAUUUUUGAACCAGAUUCAAUAUCCCAGCCCAUCAUCAAGAUUCCUUUGAGAGACUGUAUAAAAAUAGGAAAGCAUGGAGAAAAUGGAGCCAAUAGACACUUCACAAAGGCAAAAUCUGGGGGUAUUUCACUCAUUUUCAGUCAGGUAUAUUUCAUUAAAGAACAUAAUGUUGUUGCACCAUAUAAAAUAGAAAGGGGCAAAAUGGAAUAUGUUUUUGAAUUGGAUGUUCCCGGGAAAGUGGAAGAUGUUGUGGAGACGUUGCUUCAGCUUCACAGAGCAUCCUGCCUUGACAAAUUGGGUGACCAAACCGCCAUGAUAACAGCUAUUUUGCAGUCUCGUUUAGCUAGAACAUCAUUUGACAAAAACAGGUUCCAAAACAUUUCUGAAAAGCUGCACAUGGAAUGCAAAGCAGAAAUGGUGACGCCUCUGGUGACUAAUCCUGGACACGUGUGCAUCACGGACACAAACCUGUAUUUUCAGCCCCUCAACGGCUACCCGAAACCUGUGGUCCAGAUAACACUCCAAGAUGUCCGCCGCAUCUACAAAAGGAGGCACGGCCUCAUGCCUCUGGGCUUGGAAGUAUUUUGCACAGAAGAUGAUCUGUGUUCCGACAUCUACCUAAAGUUCUAUGAACCUCAAGAUAGAGAUGAUCUCUAUUUUUACAUUGCCACAUACCUAGAGCACCAUGUGGCGGAGCACACUGCUGAGAGCUACAUGCUGCAGUGGCAGCGUGGACACCUUUCCAACUAUCAGUACCUCCUUCACCUCAACAACCUGGCCGACCGCAGCUGCAACGACCUCUCCCAGUACCCUGUGUUUCCAUGGAUAAUACAUGAUUAUUCCAGCUCAGAACUAGAUUUGUCAAAUCCAGGAACCUUCCGGGAUCUCAGUAAGCCAGUAGGGGCCCUAAAUAAGGAACGGCUGGAGAGACUACUGACACGCUACCAGGAAAUGCCUGAACCAAAGUUCAUGUAUGGGAGUCACUACUCUUCCCCGGGUUAUGUACUUUUUUAUCUUGUUAGGAUUGCACCAGAGUAUAUGCUGUGCCUGCAGAAUGGAAGAUUUGAUAAUGCAGAUAGAAUGUUCAACAGUAUUGCAGAAACUUGGAAAAACUGUCUGGAUGGUGCAACGGAUUUUAAAGAGUUAAUUCCAGAAUUCUAUGGUGAUGAUGUGAGCUUUCUAGUCAAUAGCCUGAAGUUGGAUUUGGGAAAGAGACAAGGAGGACAGAUGGUUGACGACGUGGAGCUUCCCCCUUGGGCUUCCAGUCCCGAGGACUUUCUCCAGAAGAGCAAAGAUGCAUUGGAAAGCAAUUAUGUGUCUGAACACCUUCACGAGUGGAUUGAUCUAAUAUUUGGCUACAAACAAAAAGGGAGUGAUGCAGUUGGGGCCCAUAAUGUAUUUCAUCCCCUGACCUAUGAAGGAGGUGUAGACUUGAACAGCAUCCAGGAUCCUGAUGAGAAGGUAGCCAUGCUUACGCAAAUCUUGGAAUUUGGGCAGACACCAAAACAACUAUUUGUGACACCACAUCCUCGAAGGAUCACCCCAAAGUUUAAAAGUUUGUCCCAGACCUCCAGUUAUAAUGCUUCUAUGGCAGAUUCCCCAGGUGAAGAGUCUUUUGAAGACCUGACCGAAGAAAGCAAAACACUGGCCUGGAAUAACAUCACCAAACUGCAGUUACACGAGCACUAUAAAAUCCACAAAGAAGCAGUUACUGGAAUCACGGUCUCUCGCAAUGGAUCUUCAGUAUUCACAACAUCCCAAGAUUCCACCUUGAAGAUGUUUUCUAAAGAAUCAAAAAUGCUACAAAGAAGUAUAUCAUUUUCAAAUAUGGCUUUAUCGUCUUGUUUACUUUUACCAGGAGAUGCCACUGUCAUAACUUCUUCAUGGGAUAAUAAUGUCUAUUUUUAUUCCAUAGCAUUUGGAAGACGCCAGGACACGUUAAUGGGACAUGAUGAUGCUGUUAGUAAGAUCUGUUGGCAUGACAACAGGCUAUAUUCUGCAUCGUGGGACUCUACAGUGAAGGUGUGGUCUGGUGUUCCUGCAGAGAUGCCAGGCACCAAAAGACACCACUUUGACUUGCUGGCCGAGCUGGAACAUGAUGUCAGUGUAGAUACAAUCAGUUUAAAUGCUGCAAGCACACUGUUAGUUUCCGGCACCAAAGAAGGCACAGUGAAUAUUUGGGACCUCACAACGGCCACCUUAAUGCACCAGAUUCCAUGCCAUUCAGGGAUUGUAUGUGACACUGCUUUUAGCCCAGAUAGUCGCCAUGUCCUCAGCACAGGAACAGAUGGCUGUCUUAAUGUCAUUGAUGUGCAGACAGGAAUGCUCAUCUCCUCCAUGACAUCAGAUGAGCCCCAGAGGUGCUUUGUCUGGGAUGGAAAUUCCGUUUUAUCUGGCAGUCAGUCUGGUGAACUGCUCGUUUGGGACCUCCUUGGAGCAAAAAUCAGUGAGAGAAUACAGGGCCACACAGGUGCUGUGACAUGUAUAUGGAUGAAUGAACAGUGUAGCAGUAUCAUCACAGGAGGGGAAGACAGACAAAUUAUAUUCUGGAAAUUGCAGUAUUAAGUGCCUUUUCCUCUCCUGAAUAUUAAAUUGAACUCUAUUUAAUGCAUUUUUAAACCAAACUUUUAAACGGACUGGUGAAUGUGCAAUGUUAGUAAUUAGAAGUUUUACCACAUGGAAAAUUUGUGGUUUUAAACUUUCUAAAUCAUGGUGACUUCAUUGAAAGCCAUUAGUUGCUAUUCUCUUAGGGCAGAUAAAAUGCGGCUGUGUUAGGAAAAACAUGUUACACUGUAAGGCAGAUGAUCGUCCCCGUAUGAUGAUUGUCAGAAGACAGGACUAAGUAGCAGAGAAUAGCUAAGAGAUAAAUUGGGCUGGGGAAACUUGUCAGAAAGCACUGAACAAUUAAGAAAUUUUCCAAGAAAAUGUGCAGUAUUCUCUGCUACUUCUGAAUCUGUUUUGUCUUCCUAAUCUAUCACAAUUGCCACCCAUCGGGUUUUGGGUGUGUGUUUUCAUAGCGUGGUUACUUUCUAUAAUGCUGUACCCAGAUUCUAAGAACCUGGAGAAGGAUUAGCAGUUCUUAGUAAGUUUACUGUGUAUAGGAACGGUUUGUAUUUCAUUACAGCUAUUCAUCUUUUCUACAUUAAAAAUAUUUUUCUCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1136.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1211.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 1094.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((...(((((((....((((((..((((((((.((((((((((((.(((......)))))))))))))...))..))))))))((((.....((((((((((.....))).....))))))).....)))).......((((.....))))...))))))...(((((..(((((((..((....)))))))))..))))).(((((..........)))))...(((((...(((((((((((((.((....)).)))).....((((((((...)))))))))))))))))...)))))(((((.((((..((..(((.(((.((((..........((((((((..((....(((.((.........)).)))....)).....)))))))).(((((.(((((((((((((((((((((((((((.((..(((((((((((...))))..(((((.((((.....((.(((((.((((......................))))...)))))..))..))))...)))))...((((........)))).....))).)))).)).))))))((((((((((.....((((((((..(((((.(((((((..(((..(........)..)))..)))))))...))))).)))..))))).((((............((((((((........))))))))..(((.....)))..)))).......(((((((.(((((((((((((............((((((((......(((((((....((.(((.((.((.(((...((((((.(((...(((((((.(((..((((((((..........(((((((((......((((.((..............)).)))).......))))))))).....((((((((...(..((((.(((((((((.....)))))..)))).))))..).)))))))))))).))))))).)))))))....))).))).)))....))).)).)).))).))((((.....)))).................)))))))...((((((((......((((.......))))...)))))))).....((((((.((.(...((((((((...((((((.((.((((.........(((((((((((((.....(((....))).....((((((...((((.(.......).)))).)))))).........(((((((.(....).))))))))))).)))))))))...(((((((......))))))))))).............((((...))))...((((((((((...)))))))))).....((((((((............))))))))))))))))(((((.((((((((((((((....)))))))(((......)))..........((((((((((..((((((...(((..(.((.((((((((.((....(((((.........(((..(((.....((((...(((((.((((.(((..........(((((((..(((.....(((((..(.((((.....(((......)))(((.....)))...((((((((((....((.(((((.(((((((((((((.(((((....))))).))))(((((........)))))...((..((..(((((((.((((.((......((((((...(((((...)))))(((((..((.((....)).))..))))).......((((((((((.((.(((....))).))..))))).)))))))))))))))))...)))))))..)).))....)))).))))).)).))).)))))))))))).....((((((......))))))...)))))..))))).....))))))))))..(((((......(((((((((...)).))))))).....)))))((((.....((((((((((.....))...))))))))......))))..))))))).)))))...)))))))..)))........))))))).)))))))).))))))...)))...........)))....)))))))))))))).)))...)))))))))))))..).)).)).))))..))))))))...........((..(((((((((((....((((........(((....)))(((((...))))).........))))....))))).))))))))((((((.....(((((((.((...((((..((((((.(...((.(((((.....((......))....))))).))).))))))................(((.((...))..)))......))))..)).)))))))...))))))...))))))))))).)).)))))))...........(((((.((((.......))))..))))))))))))))).....(((((((...(((((((..............((((((.....((((((...............)))))).....))))))))))))).(((((((((.(((....))).))))))))))))))))))))))..............))))))....)).)))))))...)))))...(((((......))))))))).))).)))))..)))).)))))..(((.((((((..((((((((..((((((....)).))))))))...))))..)))))).))).(((((((..(((((((..(((...((((((.(.......((((......))))....))))))))))..))))))).........))).))))........)))).)))....))).))))......(((((((((...((((((((..(..((((((((((((..(((...)))..(((((((((.(.((((((......))).)))).)))))))))...))))))....)))))).)..))))((((((((.............))))))))((((((.(.....).))))))(((((...))))).......))))...)))))))))...(((((....(((....)))..))))).........((((((((((((.(((.....))).)))))..(((((...(((((((((.(((((((((((((.......(((((((((((((((((..........))))......(((........))).)))))))))))))...(((((((........)))))))((((.(((..((((..((.......))..))))))).))))...........((((((((((.((((((.........))))))...)))).))))))...(((((((((....((.....))..)))))))))..((((((.((((...........)))).))))))...)).)))))))))))......((((((((((.......)))))))))).(((((((((((.((((((((((((((.............((((.(((((((((.((((((((......)))).....))))...))))))).......)).))))))))))))))))))........)))))))))))(((((((.((......((((((((........)))))).))......(((((((.((........)).)))))))..((((.(((...))).)))).)).)))))))..(((((((...((....)).....)))))))...(((((......))))).)))))))))....))))).........)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((,,((((({(({,.{{((({(.{((({(({(,((((((((((((.(((......)))))))))))))...||,,||||||}}(({{..,,.{|{{|||{||,,...))),.,,,))|||||.....}}}}(((,...{{|||,{{|||||...,}}}))|,|||{|,,||{|||||.,((,,,.|||||||||,||}}}|,{|||||.,,.{((.((((((({.(((((,.,(((((((((((((.((....)).)))).....((((((({...}))))))))))))))))...,||||((((({({.{{{((,.,({{{{,{((((..........((((((((..,,{{,.{{(.{{.,,......||,)}}....}}},}..)))))))}...{{(,((((((({({,,{{((({{((((((((.,,..(((((((((({...,,,,..(((((.((((.....((.(((((.((((......,,,....|}|......))))...)))))..))..))))...)))))...{(((........))))..,,.}}}.)))).},.)))))},{,,{||||||},.,((((((,,.,|||||.{((((({..{||,|||||||...)}}))|..||,||||,..,)))),.)}..,,,,}.|||}}..........,((((((((.....||,))))))))..,{|||...,,,,,,}.......,.{((({{(,{{(((((((((((.........,,.((((((((......(((((((....((.{{{.{{.{{.(((...((((((.(((...(((((((.(({..((((((((......{,,.{((((((((.{.,,.((((.((..............}),)))).,.,...))))))))),}}..((((((((...{,,({((.(((((((((.....))))),.}))).))))}.}.))))))))))))}})))})).)))))))....))).))).)))....))).}),)).))).))((({.....}}}}.....,,,....,....))))))}...((((((((....,,{{({.......}))}...)))))))).....((((((.((.,...{(((((((,,.(({({(.{{.{{({{{{,....,{{(((((((((((.....,((||,,,,}.....,|||||,..{{,,.,......{|{|||,.,,,)))}}}......{((((((.,....}.)))))))))))}}))))))}}...(((((((......))))))){{{{|{,{{,.....{{(((({{{{......{(((((((((...)))))))))}....,((((((((............)))))))},{((|...|))}(,(((||,({{(((((....)))))))),....}}}))((((((((.((.(((((((...{((.......,((,,{.{,,({{{{||..,|.,,,{(((({{....,{({({,,,{,,{||.|||,}}.|,,|,.(((({((({{..,,,,..,,||,..{{((.(({....})).))}},,,.....(((......)))(((.....)))...((((((((((....((.(((((.(((((((({((((.(((((....))))).))))(((((......,,}}}}},.{((,.{|,.{{{{{{{.({({,,,..,|.{(((((({..{{{{,..|}|}}}(((((..((.((....)).))..))))).,,,...{(((((((((.((.(({....})).}}..))))).)))})))))))}}}})}...}}}}))),,}})))....)))).))))).)).))).))))))))))))..,,,,))),,))))),.})))),..)))..})))))))).))))))))....})))}}})}}...(((((((({...}).)))))))..,{{|||,,|||}}}...|||||{,|||},...},....))))))),.,,,{||||,.}}||||}.,,,,}.....{(((....},..,,,,.,|||||||{||||,,||{,,.)))...)))},.,},},}},},,.,,.}}}})))))))))}}},)}..}},,,))))))))..}.)).))}})))..)))))))).,.,...,.,,({..(((((((((((....{{{{.......|(((....}}}|((((...})))}.........))}}....))))).)))))}}}((((((.....(((((((.((,..((((..((((((.,,,.(({(({{{.,,,,||......})....}},,}.,}).))))))................{{{.{{...,,..))}......,}})..)).)))))))...))))))...))))))))))).},.))))))}.,|,......{(((((.((((.......))))..)))))),||,,,.)),,,..,{{{|||.,.|||{|||..............((((((...{{(,(((({{........},.)})))))).....))))))))))))).{((((((((.{({....})}.)))))))))}})}))))))))))))))))),,,,,....||},,.,,{{(((((.{..,{{{{(.(((((((......))))))))).)}},}.)))))))}),,}})}..,{(.{{((((,|{(((((((..{{{(({....)))})))))}},..|}}}..}})))).)}}||{||||||.(((((((..({{...((((((.{.......((((......))))....)))))))}}},,))))))).,.......|||.}}|||,....,,|},...}},}..}})}}}}),.....(((((((({...(((({.,..{({.{{{|,,({{,,,.,}}...,}})}}(((((((((.,.((((((......)))},)),.)))))))))..{{((({{.((((,{{(........)||.||||,.....,}))}}}{||||||||(({{{{,|.,,,.),))))}|(((((...)))))},....)))))...)))))))))...{{|||,,.,|{|...,))}.,)}))}.........{((((({{((((.(((.....))).))))}..(((((...(((((((({.((((((((((({{.......(((((((((((((,{(,{,..,.,...,|||......,||},....}.))}.)))))))))))))...{((((((........))))))|((((.{{{..((((..{{.......)}..))))})}.)))),....,,,,,.((((((((((.((((((.........))))))...))))))))))}...((((({{((....,|...,,))..))))))))}..((((((.((((...........)))).))))))...}).)))))))))))......((((((((((.......)))))))))).(((((((((((.(((((((((((((((,((..........||{|{,{{{{{{,.,(((((((......)))}.}},...,,...}}})))},.....,.,.,,,))))))))))))))}........))))))))))){((((((.{{.....,{{((((((........)))))).))}.....(((((((.{{........},.)))))))..((((.(((...))).)))).}}.))))))},.(((((((,..,,...,}},....})))))),{,{((((......)))))})))))))))....))))).........,}))))),...
Back