Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413139.1
Sequence Length
3574 nt
GC Content
0.5397
AGUUCGCUCCGACUGCCCGAGCGAGGGCGCUUCGCUCCCAGCCAGGACAUGGCCGCACCUCUCCGCAUCAGGAGCGCCGGCUCACGGACUUCUCGCCCAACUCCCUGAGCGCUCCCUCGUUUCGAUCUUUAGAAAACCCCGCUUUCUUUCUGGGGCCGUGACGAGGGGCAGGGAGCGGCGAGCAAGGAUGCGUUGAGGACCGCGAGGGCGCGCGUCUCGGGUGCCGCCGUGGGUCCCGACGCGGAAGCCGAGCCGCCUCCGCCUGCCUCGACUUCCCCACAGCGCUUCCGCCGCCGCCUGCCGUGCUUGAUGUGCAGAAAGAAGCCGGACACCAUGAUCCUAACACAAAUUGAAGCCAAGGAAGCUUGUGAUUGGCUACGGGCAACUGGUUUCCCCCAGUAUGCACAGCUUUAUGAAGAUUUCCUGUUCCCCAUCGAUAUUUCCUUGGUCAAGAGAGAGCAUGAUUUUUUGGACAGAGAUGCCAUUGAGGCUCUAUGCAGGCGUCUAAAUACUUUAAACAAAUGUGCGGUGAUGAAGCUAGAAAUUAGUCCUCAUCGGAAACGAAGUGACGAUUCAGACGAGGAUGAGCCUUGUGCCAUCAGUGGCAAAUGGACUUUCCAAAGGGACAGCAAGAGGUGGUCCCGGCUUGAAGAGUUUGAUGUCUUUUCUCCAAAACAAGACCUGGUCCCUGGGUCCCCAGACGACUCCCACCCGAAGGACGGCCCCAGCCCCGGAGGCACGCUGAUGGACCUCAGCGAGCGCCAGGAGGUGUCUUCCGUCCGCAGCCUCAGCAGCACUGGCAGCCUCCCCAGCCACGCGCCCCCCAGCGAGGAUGCUGCCACCCCCCGGACUAACUCCGUCAUCAGCGUUUGCUCCUCCAGCAACUUGGCAGGCAAUGACGACUCUUUCGGCAGCCUGCCCUCUCCCAAGGAACUGUCCAGCUUCAGCUUCAGCAUGAAAGGCCACGAAAAAACUGCCAAGUCCAAGACGCGCAGUCUGCUGAAACGGAUGGAGAGCCUGAAGCUCAAGAGCUCCCAUCACAGCAAGCACAAAGCGCCCUCAAAGCUGGGGUUGAUCAUCAGCGGGCCCAUCUUGCAAGAGGGGAUGGAUGAGGAGAAGCUGAAGCAGCUCAACUGCGUGGAGAUCUCCGCCCUCAAUGGCAACCGCAUCAACGUCCCCAUGGUACGAAAGAGGAGCGUUUCCAACUCCACGCAGACCAGCAGCAGCAGCAGCCAGUCGGAGACCAGCAGCGCGGUCAGCACGCCCAGCCCUGUUACGAGGACCCGGAGCCUCAGUGCGUGCAACAAGCGGGUGGGCAUGUACUUAGAGGGCUUCGAUCCUUUCAAUCAGUCAACAUUUAACAACGUGGUGGAGCAGAACUUUAAGAACCGCGAGAGCUACCCAGAGGACACGGUGUUCUACAUCCCUGAAGAUCACAAGCCUGGCACUUUCCCCAAAGCUCUCACCAAUGGCAGUUUCUCCCCCUCGGGGAAUAACGGCUCUGUGAACUGGAGGACGGGAAGCUUCCACGGCCCUGGCCACAUCAGCCUCAGGAGGGAAAACAGUAGCGACAGCCCCAAGGAACUGAAGAGACGCAAUUCUUCCAGCUCCAUGAGCAGCCGCCUGAGCAUCUACGACAACGUGCCGGGCUCCAUCCUCUACUCCAGUUCAGGGGACCUGGCGGAUCUGGAGAACGAGGACAUCUUCCCCGAGCUGGACGACAUCCUCUACCACGUGAAGGGGAUGCAGCGGAUAGUCAAUCAGUGGUCGGAGAAGUUUUCUGAUGAGGGAGAUUCGGACUCAGCCCUGGACUCGGUCUCUCCCUGCCCGUCCUCUCCAAAACAGAUACACCUGGAUGUGGACAACGACCGAACCACACCCAGCGACCUGGACAGCACAGGCAACUCCCUGAAUGAACCGGAAGAGCCCUCCGAGAUCCCGGAAAGAAGGGAUUCUGGGGUUGGGGCUUCCCUAACCAGGUCCAACAGGCACCGACUGAGAUGGCACAGUUUCCAGAGCUCACAUCGGCCAAGCCUCAACUCUGUAUCACUACAGAUUAACUGCCAGUCUGUGGCCCAGAUGAACCUGCUGCAGAAAUACUCACUCCUAAAGCUAACGGCCCUGCUGGAGAAAUACACACCUUCUAACAAGCAUGGUUUUAGCUGGGCCGUGCCCAAGUUCAUGAAGAGGAUCAAGGUUCCAGACUACAAGGACCGGAGUGUGUUUGGGGUCCCACUGACGGUCAACGUGCAGCGCACAGGACAACCGUUGCCUCAGAGCAUCCAGCAGGCCAUGCGAUACCUCCGGAACCAUUGUUUGGAUCAGGUUGGGCUCUUCAGAAAAUCGGGGGUCAAGUCCCGGAUUCAGGCUCUGCGCCAGAUGAAUGAAGGUGCCAUAGACUGUGUCAACUACGAAGGACAGUCUGCUUAUGACGUGGCAGACAUGCUGAAGCAGUAUUUUCGAGAUCUUCCUGAGCCACUAAUGACGAACAAACUCUCGGAAACCUUUCUACAGAUCUACCAAUAUGUGCCCAAGGACCAGCGCCUGCAGGCCAUCAAGGCUGCCAUCAUGCUGCUGCCUGACGAGAACCGGGAGGUUCUGCAGACCCUGCUUUAUUUCCUGAGCGAUGUCACAGCAGCCGUAAAAGAAAACCAGAUGACCCCAACCAACCUGGCCGUGUGCUUAGCGCCUUCCCUCUUCCAUCUCAACACCCUGAAGAGAGAGAAUUCCUCUCCCAGGGUAAUGCAAAGAAAACAAAGUUUGGGCAAACCAGAUCAGAAAGAUUUGAAUGAAAACCUAGCUGCCACUCAAGGGCUGGCCCAUAUGAUCGCCGAGUGCAAGAAGCUUUUCCAGGUUCCCGAGGAAAUGAGCCGAUGUCGUAAUUCCUAUACCGAACAAGAGCUGAAGCCCCUCACUCUGGAAGCACUCGGGCACCUGGGUAAUGAUGACUCAGCUGACUACCAACACUUCCUCCAGGACUGUGUGGAUGGCCUGUUUAAAGAAGUCAAAGAGAAGUUUAAAGGCUGGGUCAGCUACUCCACUUCGGAGCAGGCUGAGCUGUCCUAUAAGAAGAUUGCAAAGCAUAGCAUUUUAGCAUCAACUACAAUCAAAAGAGCGAUUUGCUGAAGGAAAAAUCGGACUGCAAAUCAUUCCAAGGCCAAACUGCAACUGAGCCACCCACUCCCAAACAGGAAACCCUGGUGAAGGUUCAGGAAGCACGGAGAUUCUCUCCAACAAAGGUCCAGUUAGGAAACGACGCUGAGAGGAUGACGACAACGUGCAACAGCAGAAAGAUGCUUGCAAGCAGAGUCAGGGUCACCAGUGAAUGCCACAAAAGUUCUCUUUCCCACUGUUUAAUUUGACAAGAGAAGAAUUUGAAGGAUAUGAACAUUUUCAAGAACUCUGCUGAGGUCACUUAGAGCGCCAUCACAACUUAUUUGUGUGACUAAUUGCCUAGAUUGUAAGCUCUUUGAGGGCAGGGCUUGUCUCUUACACAUCUUUAUAAUCCCCUGCAGCGGCUUUCAGUAUUUUGUACUUGUAGGCACCUAAUAAAUUUAUUAUUUGCUAUACUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1215.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1280.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 1024.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((..(((.((((.(((((((((((((.(((....((((.....))))(((.((((..((((((..((((....)))).....(((((((((...(((((((.....(((((((((.((..(((((((((...........))))))))).)).)))))))))))))))).)))))).)))))))))..))))...))).(((((.(((...((((.((.((.(((((...(((.((((..((.(((....))).)))))).))).....))))).)))).)))).))))))))..(((((((...((((.(((.(((((.(((((.................(((((.....(((((((((((((..((((....((((((((......))))).)))..)))))))).))).))))))........)))))..((((((((....(((((.((((...(((..((....(((((((......((.....)).))))))).....))..)))...))))(((.((((((............((((((.((.(((.((......)).))).)).))))))(((((...(((((....)))))..((((...))))..(((((.((.....)).))))))))))((((((........))))))...............((((.((((....))))..))))..........((((((.....(((((((..((.((((((......)))))).)).)).)).))).....))))))((.((....)).))..(((((((.(((.......(((........))).))).))))))).....((((.....)))))))))).)))(((((.....)))))...(((((((..((.(((.....))).)))))))))))))))))))))).))))).)))))...))).))))...))).)))).....(((((...(((...)))..))))).(((((.....(((((.((((((........)).))))))))).))))))))...))))))))))...))).)))).).))...))))))).....((((...(((((((((((((((((..((((..((.(((...((((((((((.....(((((((....((....)).....(((((....)).)))...)))).))).......))))))))))...))).))..))))..((....)).((((.((...)))))).(((.((((.(((((.....((((........))))(((((((((.((......))..)))))))))(((((((((((((((....((((.((((((((..(((....(((((((.((.....((((((.(((.((((((((......(((.....(((.(((.((....)).))).)))...)))((........))..)))))))......(((.(((..(((((...)))))..))).)))...(((..(((((((.(((((((((..(((((.(((...(((((.((.((((((((.(((.(((..((....))((...))....(((((........)))))((((..((((((((((((((((.((((..........)))))))))....((((((..........))))))..(((.(((((((.((((.((((....)))).((((((((.....((((((((.........)))))))))))).....((((...(((((((((.((((.((((.....(((((((..(.((.((.......)).)).)..)))))))....(((((.((.......(((((..((((.(((((............))))).)))).(((((((......((((......))))........(((((..((((((.(((((((........)))).))).)))..))).)))))....)))))))....((((.((((.((((.(((........)))...))))..))))....))))....((((((....)))))).........((((((((((((..((..(.(((.((((((...............((((((.((((.((((..((((.........))))....)))).))))))))))((((...))))...(((.(((((((..((((...(((((((.....((.((((((.(((((((((((......((((((...(((((...)))).)....))))))))))))..((((((....))..)))))))))))))))..))...))))))).....)))).))))))))))((((.((((.....)))).)))).....)))))).))).)..))...)).)))))))))))))))......))))))).(((((((........)))))))((((((...))))))....)))).)))))))).)))))..))))..........))))......)))).))))))).)))..(((.(((..(((.......)))...))))))...))))))..)))))..)))).(((.(.((((((....))))))))))...))).))).)))))))))))))))..)))..)))))..)))....((((.((........))..))))....((((...)))))))))))))))))..)))..((((((..(((((.......))))).))))))................(((((((.(....((((((.....)))))).......((((((.((((..(((.(((....)))...)))....(((((((.........((((((((....((((...(.((((....(((..((....))..)))....).))).)....)))))).))))))))))))))))).)))))).....((((((((((((((.((...(((((...((((.((((....))))))))......)))))....).).))))....)))))))))).((.((((.....)))).))(((..((.(((.........))).))..)))...((......)).................(((.(((((((.....((....)).....))))))).)))...).)))))))((..(((((((...(((.......((((....)))))))..)))))))...))..(((((...))))).......((((..((((.........))))..)))).(((....)))(((..((((......))))))).((((((((..((....)).((..(((((....(((((((((((.....((((......)))))))).)))))))...)).)))..))..........))))))))).)))..)))))))).)))))))...)))..))).))))).))))....))))).))))))))))))))).)))).))))))))...))))).....)))))))...))))..((((((((............((((..(((((....)))))..))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{((((..({{,((((,((((((((((((,.((,,.,.(({((({(((((((((..{(((.(((((({.{(((({{(((...(((.(((((((((...(((((({...,,{((((((((.((..(((((((((...........))))))))).)).)))))))))))))))).)))))).)))...((((((.((((((((..(((((.((...)).)))))..)))}}})))))))))(((((.((((,.((....))..),)))).))))).....(((....))).,)))...))))))))))))))).}))..}..)},))...))))).}}},........,(({,(({{((((((,{{,((({.((,,{{({((((((((......))))).)))..},}|,..,,}}}.,,,}))}}..}}.}}}|{,,,||||||||},..{{{{{,(((({{,.,,,{((.,,.{{,,(((.{{{{{(({...{{{{|||||||.....,|,,,.,...,||||{({(((((,.{,{{{,..,,,{(((({.((,(({.{(......)).))}.}},}}}}}}{{{{{,,,(((({,,..})))}..{(({...}))}..(((((.((.....)).)))))|||||({{((|,,,,,,||)}))}}.,,.......(({{((((,.{{((,,..}}}}..,.,,......,,..(({{((,,,{,(((((((.,((.((((((......)))))).}},)).||,||}.,,,,|||}}}((.((....)).))..(((((((.(((.......{((........))).))).))))))).....{|||,....)}}}}|}|||,|||(((((.....}}}}}...(((((((..((.(((.....))).)})))))))|||||}||||}},.}|||{.||||||{{((({{{.|||..|||.........(((((...(((...)))..))))).(((({.....(((((.((((((........)).))))))))).}}}}}}}}...,})))))}))...))),)))),),,,...))))))),..,||||{..,|||||{||||{|||{||,.((((..((.(((...((((((((((.....(((((((..,,({....)).....((({(....)).)))...)))).))).......))))))))))...))).))..))))..({.,,,}}.((((.((...}})))).,{,.{{{{.||{((,,...(((({..{{{{{||||(((((((((.{(......}),.))))))))),,||||||||||,||}},.{{{{,{{{,,,{{..,,,....(((((((,({....,{{{,,{.|||||(((((((..,,,{{({....,(((,(({.{{....}).))).)}}..,})}||..,,,...,...))))))).,....{((.(((..(((((...)))))..))).))|{{((,,..,(((((({((((((((({.,(((({(((,..(((((.({,{{(((((({{...,,{{.((....||..,,.(((.(((((((,......}))))}})).))).||,||,{{,(((((.((((..........)))))))))..,.||||{,.,{{{{{{{{,|||||..{((.{{,((({,.{,.,,|||....,,))}}}}}||||},.,.((((((((.,.....,.)))))))),.)),}}}.||,,.|}||,|||||,.||||}||{{.....(((((((..(.((,({,......),.)},)..))))))).}}}|||||}|.....,}}}}.....((((.(((((............))))).)))).{{(((({.,,...((((......))))..,}...,|||}||,{|||||.,((((((........))))))))})))}}))))))}})},.,)))))))....{({{.{{{{,||{{.{({,,,,....}}}..,)))}..))||,...)))}....((((((....)))))).....,||(((((((((((((..{{..,.(((.((((((...........,...{((({(.((((.{((({,(({{.........}})}....)))).)))))))))}||||,,.))}}...{((.(((((((..((((.{.(((((((.....({.((((((.(((((((((((....,,((((((...{((((...)))).},...}))))))))))),.(({{{{.,,.))..,)))}))))))))))..)}...))))))).}...)))).)))))))))},{((,(((,.....)))),))}}.,},.)))))).))).}..}}...)).)))))))))))||||......},})))),(((((((........))))))){(((((...)))))),,||||||.}}}},}}},}}}},..}}}},,......}}))))},.,||}))},||,}}},.}},..|||}|,,.,|||....}}})))}}})))),),,,))))))}})}}})))||||{.{{{{,,{,,{({{{{|||,,,((((...))))...,))))))),}}},)))}}}}),,))}}}..,,}....{{{{.{{........,,.,))))}.|.|{}}..,))))))))})))}}},,..,||..((((((..(((((.{....,))))).))))))..,,,,,{||......,{||||||||...((((((.....))))))........((((({((({..{,,.(((,,,,||}...||,...((((((((.........((((((((....((((...{.((({..{{(((,..,.....},.))},}}.}.))).}....)))))}.))))))))))))))}||.||||||.....,,||||||{||,{,.((,,(((.(((....)))..)))))).{(((((..,{,,{....{{.....,,..}}}|,|||,|{|,|||{({.((((.....))))..))))}}.}}},}}|...,,..(({(({..,,....||..,.,.}),,....,.}}}||....(((.(((((((.....({....))...,.))))))).)))..})}))}...{((..(((((((...(((.......((((....)))))))..)))))))...))}.(((((...)))))......}|{{|}}||||}......{{||,,{{|}}|{{(,....,,|(((..((((......)))))))}(((((((({.((....)).(({....,|}}..{{(((((((((.....((((......))))))))}}))))}|{,,||.,.,..,..,,}))}.}.})))))))}.}))},))),})))}}}}||||,.,.,,..}))})))}}.})))}}},))))).}}}}))))))))))),)}}}.|}}}}}},...}}}}}.....)}))))))}))}))},{(((((((............((((..(((((....)))))..))))))))))),
Back