Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413363.1
Sequence Length
4315 nt
GC Content
0.3968
GUCGCUACAGAGGAGCAGAGGAUGACGUGAGGACAGAGUCGCGAACAUCUCCUCGGAGCGCAGCUGGGCCAGCGGUUCCCACAGCCCUGGAGCCCAACGUGCGCAGAAGCGCCUCUUGGAGCUCCUCUCCCACAGAUCUCUCGUCCUCUUCCUGGGCUAGGCCGCCCCAGGCGCGGCCCCUGCGACUCCUGGCACGGCCCCGUGCUCGGCUGCCGCCCUGGCGCGCGCCACACUGUCGUCCCCGGACGGGCGCGGACCGGCUCGGCCGGGGCGCCGGCGGCUGGGGAGGGGUCGCUGGCCCCGGGGCCGCGCAUGCGCCGCCACCAACUUGGGGCUGUCAGUGGAGGGCGAGUGCUGGUUCUCAGGGGAGGCGACGCCCUUCGGGGCCAACGGGCCUCGAGCCGAGGCAGCAGUGGGAACGACUCAUCCUUUUUCCAGCCCUGGGGCGUGGCUGGGGUCGGGGUCGGGGUCGGGGCCGGUGGGGGCCCCGCCCCCGUCUCCUGGCCUGCCCCCUUCAUGGGCCGCGAUGAUGGCGGCCCUGUACCCGAGCACGGACCUCUCGGGCGCCUCCUCCUCCUCCCUGCCUUCCUCUCCAUCCUCUUCCUCGCCGAACGAGGUGAUGGCGCUGAAGGAUGUGCGGGAGGUGAAGGAGGAGAAUACGCUGAAUGAGAAGCUUUUCUUGCUGGCGUGCGACAAGGGUGACUAUUAUAUGGUUAAAAAGAUUUUGGAGGAAAACAGUUCAGGUGACUUGAACAUAAAUUGCGUAGAUGUGCUUGGGAGAAAUGCUGUUACCAUAACUAUUGAAAACGAAAACUUGGAUAUACUGCAGCUUCUUUUGGACUACGGUUGUCAGAAACUAAUGGAACGAAUUCAGAAUCCUGAGUAUUCAACAACUAUGGAUGUUGCACCUGUCAUUUUAGCUGCUCAUCGUAACAACUAUGAAAUUCUUACAAUGCUCUUAAAACAGGAUGUAUCUCUACCCAAGCCCCAUGCAGUUGGCUGUGAAUGCACAUUGUGUUCUGCAAAAAACAAAAAGGAUAGCCUCCGGCAUUCCAGGUUUCGUCUUGAUAUAUAUCGAUGUUUGGCCAGUCCAGCUCUAAUAAUGUUAACAGAGGAGGAUCCAAUUCUGAGAGCAUUUGAACUUAGUGCUGAUUUAAAAGAACUAAGUCUUGUGGAGGUGGAAUUCAGGAAUGAUUAUGAGGAACUAGCCCGGCAAUGUAAAAUGUUUGCUAAGGAUUUACUUGCACAAGCCCGGAAUUCUCGUGAAUUGGAAGUUAUUCUAAACCAUACGUCUAGUGACGAGCCUCUUGACAAACGGGGAUUAUUAGAAGAAAGAAUGAAUUUAAGUCGUCUAAAACUUGCUAUCAAAUAUAACCAGAAAGAGUUUGUCUCCCAGUCUAACUGCCAGCAGUUCCUGAACACUGUUUGGUUUGGACAGAUGUCGGGUUACCGACGCAAGCCCACCUGUAAGAAGAUAAUGACUGUUUUGACAGUAGGCAUCUUUUGGCCAGUUUUGUCACUUUGUUAUUUGAUAGCUCCCAAAUCUCAGUUUGGCAGAAUCAUUCACACACCUUUUAUGAAAUUUAUCAUUCAUGGAGCAUCAUAUUUCACAUUUCUGCUGUUGCUUAAUCUAUACUCUCUUGUCUACAAUGAGGAUAAGAAAAACACAAUGGGGCCAGCCCUUGAAAGAAUAGACUAUCUUCUUAUUCUGUGGAUUAUUGGGAUGAUUUGGUCAGACAUUAAAAGACUCUGGUAUGAAGGGUUGGAAGACUUUUUAGAAGAAUCUCGUAAUCAACUCAGUUUUGUCAUGAAUUCUCUUUAUUUGGCAACCUUUGCCCUCAAAGUGGUUGCUCACAACAAGAUUUCAAUGGGACAGAUGUUACAAGAUUUUGGAAAAUUUCUUGGGAUGUUUCUUCUUGUUUUGUUUUCUUUCACAAUUGGACUGACACAACUGUAUGAUAAAGGAUAUACUUCAAAGGAGCAGAAGGACUGUGUAGGCAUCUUCUGUGAACAGCAAAGCAAUGAUACCUUCCAUUCGUUCAUUGGCACCUGCUUUGCUUUGUUCUGGUAUAUUUUCUCCUUAGCGCAUGUGGCAAUCUUUGUCACAAGAUUUAGCUAUGGAGAAGAACUGCAGUCCUUUGUGGGAGCUGUCAUUGUUGGUACAUACAAUGUCGUGGUUGUGAUUGUGCUUACCAAACUGCUGGUGGCAAUGCUUCAUAAAAGCUUUCAGUUGAUAGCAAAUCAUGAAGACAAAGAAUGGAAGUUUGCUCGAGCAAAAUUAUGGCUUAGCUACUUUGAUGACAAAUGUACGUUACCUCCACCUUUCAACAUCAUUCCCUCACCAAAGACUAUCUGCUAUAUGAUUAGUAGCCUCAGUAAGUGGAUUUGCUCUCAUACAUCAAAAGGCAAGGUCAAACGGCAAAACAGUUUAAAGGAAUGGAGGAAUUUGAAACAGAAGAGAGAUGAAAACUAUCAAAAAGUGAUGUGCUGCCUAGUGCAUCGUUACUUGACUUCCAUGAGACAGAAGAUGCAAAGUACAGAUCAGGCAACUGUGGAAAAUCUAAACGAACUGCGCCAAGAUCUGUCAAAAUUCCGAAAUGAAAUAAGGGAUUUACUUGGCUUUCGGACUUCUAAAUAUGCUAUGUUUUAUCCAAGAAAUUAACCAUUUUCUAAAUCAUGGAGCGAAUAAUUUUCAAUAACAGAUCCAAAAGACUAUAUUGCAUAACUUGCAAUGAAAUUAAUGAGAUAUAUAUUGAAAUAAAGAAUUAUGUAAAAGCCAUUCUUUAAAAUAUUUAUAGCAUAAAUAUAUGUUAUGUAAAGUGUGUAUAUAGAAUUAGUUUUUUAAACCUUCUGUUAGUGGCUUUUUGCAGAAGCAAAACAGAUUAAGUAGAUAGAUUUUGUUAGCAUGCUGCUUGGUUUUCUUACUUAGUGCUUUAAAAUGUUUUUUUUUAUGUUUAAGAGGGGCAGUUAUAAAUGGACACAUUGCCCAGAAUGUUUUGUAAAAUGAAGACCAGCAAAUGUAGGCUGAUCUCCUUCACAGGAUACACUUGAAAUAUAGAAGUUAUGUUUUAAAUAUCUCUGUUUUAGGAGUUCACAUAUAGUUCAGCAUUUAUUGUUUAGGAGUAUAAUUUUAUUUUAUCUAAAAUAAUAGUCUAUUUUUUCUUUUGUAUUUUGUUAUAAUCUUAAGCAACAAAGAAAAAACCCUAAUAUUUGAAUCUAUUUAUGUCUUUCAAUUUAAAUUCACUUCAGUUUUUGUUAUUGUAAUAUAUUUACUUUUACAUGGUUAUAAUCACUUUAUAUUUUUAAUGUUUUUUUCACUUAAUAUUUUAUAUAUACAUUUCCAUGUAUUGAUGUAGUUAGUCCACAUUUAAAUUUUUAUAGAAUUAUAUAGUUUUUGAAAAAUACAGUCAGUAGAUGUUUUAUUUUUUAGCUAUUCAGUUAUGUUUAUAAGUUUGCAUAGCUACUUCUCGACAUUUGGUUUGUUUUAAUUUUUUUGUAUCAUAAUAGUCCUAUUUUUUUUUCAAGUUGGAGUGAAUGUUUUUAGUUUUAAGAUAGAUAGGAGACACUUUUUUAUCACAUGUAGUCACAACCUGUUUUGUUUUUGUAAAACAUAGGAAGUCUCUUUAAUGCAAUGAUUUGUUUUAUAUUUGGACUAAGGUUCUUGAGCUUAUCUCCCAAGGUACUUUCCAUAAUUUAACACAGCUUCUAUAAAAGUGACUUCAUGCUUACUUGUGGAUCAUUCUUGCUGCUUAAGAUGAAAAGCAUUGGUUUUUUAAAAUUAGAGAAUAAAAUAUGUAUUUAAAUUUUUGGUGUGUUCACAUAAAGGGAUGUAGCUAAAAUGUUUUCAUAGGCUAUUAUAUAUUCUCGCAGCAUUUCCAGUUAAGAGGAUAUUAGGUAUAUAAUUCUCUUCUUAACCGAAUGUCAGAUGGUCUUACGCCACAGGGUGCAGGUAACCCUUGGUCUGUAAGCACCACCGAUCCAGGGAUCAUUGUCUAAAUAGGUUACUAUUGUUUGUUUCAUCUUGCUUUUGCAUUUUUAUUUUUUAAUUUCCAAAUUUUAAGUGUUCCCUCUUUGGGGCAAAUUCUUAUAAAAAUGUUUAUUGUAAAGUUAUAUAUUUUGUCUACGAUGGGAUUAUGCACUUCCCAAUUGGGAUUUUACAUCUGGAUUUUUAGUCAUUCUAAAAAACACCUAAUUAUUAAAACAUUUAUAGAGUGCCUACUGUAUGCAUGAGUUGAGUUGCUUCUGAGGUACAUUUUGAAUGACAGCAUAUUGUAAGAAAAAAAAAGGUGAAUAAAAUUUGACAUUAGAUUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1231.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1315.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 1341.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(((.(((..((((((((((((.(((.(((((.((((..((((((..(((((((.(((.((.((.((((.....))))))(((((((((...((((....))))...)))).)))))(((((...((((((...((((.......))))..(((((..((((((((((...)))))...)))))..)))))((((((((((.((((((((((((.((.(((...(((.(((((......))))))))...))).)))))))))))((((.((((((((((((((((((..(((((((((((.((((.((((.((((..((........))..))))..)))).)))))))))))..)))).))))))((((....))))......((((((...))))))....(((((.....))))).))))))))))))))))((.(.(((..(((((((((.(((((.(((((((......))))))).))))).).)))))))))))))).....(((((((.......))))))).))).))))))))))((((.(((.(((((..((((((((...((((((((.(..(((((((..(((((((......))))).))....).)))))).).)))))))).)))))))).....(((........)))..........))))).)))...))))((((((...))))))....)))))).)))))......(((((((...))))))).......)).))).)))))))))))))...(((((....(((.(((...............))).)))...)))))....)))))))).).))).)))..........(((...((((((....)))))).)))..((((.......))))....))))))))).))).))).(((((.....)))))..(((((((((((((.(((...(((((((((((((...........((((((((((..(((.(.(.((.((((((........(((((((.(((((.........((((((((((((((((((((.((.((((((((((((((((.((((..((((............))))..))))(((((((((((((..((((.(((((((.((........)).)))))))((((((.(((((.(((((..............((......)).(((((..........)))))..)))))))))).))))))..)))).)))))).)))))))((((((((((((......((((....))))..((((((....)).))))....(((((.((...((.....))...)).)))))..(((((...................(((.....)))...((((((..(((((((((........)))).)))))))))))....(((((....)))))))))).((((..(((((((((((....(((((((..(((..(((......(((((.(((((((((..(((..(((((........)))))..)))..)))))))))...............((((((........))))))(((((.((................)).)))))...........((((((((.......))))))))............)))))))).)))..)))))))..)))))))))))...))))....)))))))))))))))))))))))...(((.(((....(((((((((....)))))))))..))).))).............(((((((..((((.(((........(((((((((((....))))..))))))).......))).))))))))))).)))))))))))))....))))....))))))))))))))).))))))).........)))))))).).).)))))))))))))...(((......)))...((((((((...((((..((((((((..((((((((.(((.((((.(((((..(((((((((...(((((.((((.((........(((.(((((..((((((((.((((...((((((((...)))))))).......)))).))))))))...((((((((....)))).)))).......((((((((((((......))))))..)))))))))))))).)).)))).)))))((((((....(((.((....)).))).....)))))).....)))))))))(((((....)))))))))).)))).)))....(((((((....)).)))))(((((((((((.(((............(((...(((..((((((......))))))....)))...))).((((((..............))))))(((....)))......))).)))))..)))))).........((((((.(((((((((.........(((((((((((........))).))))))))((((((((((.((((((((.......(.(((((((.(((....((((..............)))))))..)))))))).....(((((((.....((((.......))))..))))))).(((((.((((((..(((((..(((((((((........)))))......))))..)))))..((((((((....(((((........(((((((.....))))))).......)).)))...))))))))((((((((...((....)).)))))))).......(((((((((....)))))))))......)))))).)))))..............)))))))).......(((((((((((((((((((.....((((((((((((((((((...((.(((.(((......))).)))))........((((((((((.(((((((((.(((((((.............))))))).....(((((........))))).((.(((.(((((((((.(((((..((((((((...((((((((((.....)))))))))).)))).))))...))))).))...((((.(((((((.....))))..))).))))...(((((((....))))))).))))))).))).)).(((((......))))))))))))))...)))))))))).))))))...))))))))))))(((((..((((...((((((((((((((..((((..((((.(((((((((..(((((((..((........(((((....((((((..........))))))....))))).))..)))))))..(((((.(.....).)))))...((((((..((((((....))))))..))))))......))))))))).))))....)))).....((((((((..........)))))))).......((((((((((..................)))).))).))).............))))))))))))))......))))..))))).(((((((((...)))))))))...(((....)))..)))))))))))))))))))))).)))))))........((((((((((((.(((.(((((((..(((..(((((...........)))))..))))))).))).))).)))...((((((..((((((.....).))))))))))).(((((.((((((......((((((((....))))))))......(((((((.(((((.(((..(((((((((((.(((((........)))))..))))))).))))..))).).))))...)))))))))))))......((((((((((.((((......))))..)))))))))).))))).....(((((((((((((.(((((.......)))))))))..))))).))))((......)))))))))))...(((((....))))).....))))))))).)))))).................((((((.....((((((((((((....(((((((....(((((.................)))))...)))))))..)).))))....)))))).....))))))..........((.(((((((.....)))))))...))..............))))))))))))))))..........))))...)))))))))))))))))))))..))).)))))..)))))))).......)))))....((((((....)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((...(({{(((,,{(((((((({((.{,,.,,{|}}||..,.|||||}},{|||{(({(((,(({{{,((({{|,,{||||},(((((((((.{.((((....))))...)))).)))))(((((({{(,((((..{(({{{{{,,,.||||.,(((((,,(((({(((((,,,|}||}...}}}}),.}||||((({{((((((((((((((((((.((.(((...(((.(((((......))))))))...))).))))))))))}.||}}|||||||(((((((((((..(((((((((((.((((.((((.((((..((........))..))))..)))).))))))))))},.)))).)))))),|||}||||||||....}||||||,,.})}))).,..{((((,,...}},,}}}}}}))))))))},)}||||,|{|||||||{((((.(((((.(((((((......))))))).))))).))))})))))))))}|.....(((((((.......))))))).}|,,||}||}}}}},(((,(((,((({(,.((((((((,,.,(((((((.(..(((((((..(((((((......))))).))....),}))))).).)))))))}.))))))))....,{{{....|||,|||..,}},,}},))))),))}..,))}|((((((...)))))),...,},,},,)))))}.....(((((((...))))))).......))},))}),))}})))))))...(((((,.{{(,,.,,,,{,....,,,.....))).}}...,))}}},{{,,{{|}}||.,|||||}|,,.,.||..|||,,,|,({{(((....}}}}||.,,|,.{,,|,..,},}))))|,.,|))))))}).}))}))).{|(({.....}}))}..{((((((((((((.(((...(((((((((((((....,{{{{,.((((((((.(((((((((((({...})))))).))}...........(((..(((...)))..))),(({{,{({(,,({{....}))||||{,{||||.,{{(,.(((({..((((({..(((({{,||||||..,||||{{|||}}}.{.(((((((.((........)).)))))))|.,|||}||{||||.,{{{,,..}},(((((((((.....((.(((,,{({,,..,,{{{|,.,||,,},,,)))))),,.))}.))..))))))))).{{((((....))))}}.,,,..||((....)))),,|||({{,,..,,.||||{,,{{{(((,{{,,{({{{...,,..{{{.{{,,....((((((((((.........(({{(,,(((({,,,...((((((..(((((((((........))))}}}))))))))).,.,(((((....)))))|{{.{,({(((.(({,{,{{{{{,{{((,{,..{{||||,.(((......,.)))....}})))}....}}))}}{(((((((((({.......(((((((.{((((((((.{,.....,{((((((........)))))))|{{{.,,..............|,}}.})),{{{(((({....((((((((.......))))))))......(({.(((.....))))))..{(((((({......))}}))))))))))))).})))))))))).))))))),,{,..{((.(((....{((((((({....)))))))))..})}.)))..}}|{({...(((((.(((({{(((.{{(..,....,(((((((,((,....,,}),.))))))},,.,,.,))).}))},,{(((.((({{{,,(((((..{{....)}..))))).})))))),))}),}}}}}}|.,,,.,||,,,,,,))},))))).)))))..})}},{{{|,,...}}}{,{{|||((((((((..(((....)))})))))))((((((((((((({((,..,...........,,,,,},....)))))))),.,))))..(({..((((((((.((((...((((((({...}))))))).......)))).))))))))..))),}))))))))))))))))))}..{({(((({{((((((..,...}}))}},,))))},,))}}}.,})),)))))}..,}|{,,}}}}}.,}}}||..}}))})))}}...,,}},),}.....||.{((((.,(({.{{({,......,,))))))).}}}}|{||{{{........}|||(((|||{{(({.,{{............{{{...(({..((((((......))))))..,.}}}..,}}}.{{{({|||,,.........{||||||(({....))}...,,,}||.|||||,.||||||{{,.,{{{,((((((.(((((((((,{...{,..(((((((((((........))).))))))))((((((((((.{(((((((.,,....{.(((((((.(((....(({{..............},,,)))..))))))),.....(((((((.....{{((,......)))}.,))))))).{((((.{(((((..{((((..({{{(((((........))))).....,))))..}}}}}..{(((((((....(((((........(((((((.....))))))).......)).)))...)))))))}((((((((...({....}}.)))))))).....,.(((((((((....)))))))))...}}}))))}}.))))}.,.{{{,.,.,},,)))))))).......(((((((((((((((((((.....{((((((((((({((((({{{..((({{(((((((,,,{......{,,{{((((((,,,,{{{,|,,,,)}))))(((((({.............))))))).,,,,}}}},)}},...))))))))))).}}}|{{{|(((.(((((..((((((((...((((((((((,...,)))))))))).)))).))))...))))).))}..{{{{.{{{{(({.....)))|..|||.|||},,.{(({{,,...,}))))}),}}}}},{((((((((((((....((({,......}})))))))))))))))}..}))})}...)))))))))))|(((((..((((.{{(((((((((({,,{,{{,.{..((((..,..||||...(((((((..{,........(((((....((((((..........))))))..}.)))}}.}}..)))))))..(({(({(,,,..,.}}}}|,,,{{,{,{{,{{{{{{..{{|||},,,{||||{{{.,{,{,.,,}})||..}}}}},}|||||||..{||{{{||..,,,,,,,}),})))))},.,,..{{{||||{{,,||,...........,,.},,,.}}}}},},.,.........,})}})))))))))}..,,,.))))..))))),(((((((({...}))))))))...{{,....}},..)))))))))))))))))))))}.)))))))........((((((({{(((.{{{.{{{((((..{((,,(((((.{.........)))))..))))))).}}}.})).)}},..{{{{{..{{(({{|.....}.))}}}}}}|||,{.,,,.{(((((.,,,..((((((((....))))))))...,,,(((((((.{((({.(({..(((((((((((.,{{((.,.....,))))|..))))))}.}))}..))},),))))...))))))))))))}..,...((((((((((.((((......))))..)))))))))).))},},..,.(((((((((((((.(((((.......)))))))))..))))).)))){|}}},,,}})))))))))...{((((....)))))}...}))))))))).))))))}}}})}},}}))))}},}))).....,}}}|{({{(((.....)))}}}.{{{{|{{{{|,,{{{{{{..{{{{{{{|,.,,.,,}}}||||.{||{((((.........)))),,}}))))}}}},,,,,,|{.(((((((.....)))))))...,}.........}))))))}}))))))))).))))))))...},}},}.,,,)}}},,)))))))))))))..))).)))),.,)))))))).......)))))....,|||||.,..}}}},,.....
Back