Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413364.1
Sequence Length
3419 nt
GC Content
0.3796
AGUACCCAAGCGAGCCAUUUAACAUGGCGGAGGAUGUUUCCUCAGCGGCCCCGAGCCCGCGGGGCUGUGCGGAUGGUAGGGAUGCCGACCCUACUGAGGAGCAGAUGGCAGAAACAGAGAGAAACGACGAGGAGCAGUUCGAAUGCCAGGAACUGCUCGAGUGCCAGGUGCAGGUGGGGGCCCCCGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGACGCGGGCCUGGUGGCCGAGGCCGAGGCCGUGGCUGCCGGCUGGAUGCUCGAUUUCCUCUGCCUCUCUCUUUGCCGAGCUUUCCGCGACGGCCGCUCCGAGGACUUCCGCAGGACCCGCAACAGCGCAGAGGCUAUUAUUCAUGGACUAUCCAGUCUAACAGCUUGCCAGUUGAGAACGAUAUACAUAUGUCAGUUUUUGACAAGAAUUGCAGCAGGAAAAACCCUUGAUGCACAGUUUGAAAAUGAUGAACGAAUUACACCCUUGGAAUCAGCCCUGAUGAUUUGGGGUUCAAUUGAAAAGGAACAUGACAAACUUCAUGAAGAAAUACAGAAUUUAAUUAAAAUUCAGGCUAUAGCUGUUUGUAUGGAAAAUGGCAACUUUAAAGAAGCAGAAGAAGUCUUUGAAAGAAUAUUUGGUGAUCCAAAUUCUCAUAUGCCUUUCAAAAGCAAAUUGCUUAUGAUAAUCUCUCAGAAAGAUACAUUUCAUUCCUUUUUUCAACACUUCAGCUACAACCACAUGAUGGAGAAAAUUAAGAGUUAUGUGAAUUAUGUGCUAAGUGAAAAAUCAUCAACCUUUCUAAUGAAGGCAGCGGCAAAAGUAGUAGAAAGCAAAAGGACAAGAACAAUAACUUCUCAAGAUAAACCUAGUGGUAAUGAUGUUGAAAUGGAAACUGAAGCUAAUUUGGAUACAAGAAAAAGUGUUAGUGACAAACAGUCUGCGGUAACUGAAUCCUCAGAGGGUACAGUAUCCUUAUUGAGGUCUCACAAGAAUCUUUUCUUAUCUAAGUUGCAACAUGGAACCCAGCAACAAGACCUUAAUAAGAAAGAAAGAAGAGUAGGAACUCCUCAAAUUACAUAUAUUUGUCUUACCAAACUGACUAUGAAUAAGAAAGAAGGAGUGAGGAAAGGAUUAUGCUUCUUAGUACUCCUAAAACAUUAUCGUACAAAAAAGAAAAAAGAAAGCAGAAGAGCCACUGAAAGCAGAAUACCUGUUUCAAAGAGUCAGCCGGUAACUCCUGAAAAACAUCGAGCUAGAAAAAGACAGGCAUGGCUUUGGGAAGAAGACAAGAAUUUGAGAUCUGGCGUGAGGAAAUAUGGAGAGGGAAACUGGUCUAAAAUACUGUUGCAUUAUAAAUUCAACAACCGGACAAGUGUCAUGUUAAAAGACAGAUGGAGGACCAUGAAGAAACUAAAACUGAUUUCCUCAGACAGCGAAGACUGAUUGUGUUUGUAAAAGCUUGAUGAAAGGACAGUUAAGUAUUUUGAUCACUGCAUUUUGUUUGAAACUUGUGUCAUUGAUGUAAUUUAAAACUUUUGUUUAAAGCAUUACAGUAUUUUUCUGUGACCAUCAAUUAAUGAGGGUUUGUGCUACCAGAGUUAAAGCAUAUGCUAUCAUUGUAUUCUUUAAGAACCUUAUUUUGAUAAAAUGUAAAUUUGUUGAACCCUGCCACAUUUAGUAUCCCCACCCCCAAAUCCUGUUCCAAUGAAAAAAUUAAAACCUGAUACGAAAAAAAAAAAAUUCCAGUUAACCUAUUUUGUGUCUGUAGGCUGACCUCAACCCUGUAACGUAACCCAUUAAAAUGAAUUUCUUUUUUUUUAAGACAGAGUUUCUCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUUUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACACACCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGGCGGGGUUUCACCAUGCUGGUCAGGAUGUUCUCCAACUCCUGACUUCAUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGACGUGAGCCACUGCGUCCUGCCUAAAAUGAAUUUUCUAGAUGAUUGAAUAACAGUAGUCCUUUGAUAGAAGAUAAUGACUUGGUUUAUGGCCUUAAUAUACUACUUAAUUACUUAAGAUGUUUAUUAAUAGAAUGAUAAAUGUACAGAGUAACCUAUAAGCAUGACAUACUUUUGCUUUCAGUAGUUUCAUGUAAAGAAAAAAACUUGAAAAUAGUAAUACCUGAGUACCCAUGGGAAUAAUAGACACUGGGGAGGUAGGGUGGGGAGCGGGAGCAAGAGCUGAAAAACUUACCUACUGGGGACUGUGCUCACUACCUGGGUGACAGGAUCAUACGUACCCCAAACCUCAACAUCACACAGUAUACUCAGCUAACAAACCUGCCCAUGUGUUUCCUGAAUCUAAAAUAAAAAUCGAAAUAAUUUUUUUAAAAAAGAAAAAGACAAUAGUAUUACCCAUGGGACAAAAUUUGUACUAUUAGCAAGAAUCAUUUUGUGUCUCAUUUAGAAACAAUUUGACUUUUGUUCCAGUGUUUAAACUUUGACAAAAAUGGUUUUGAAUAGAUCUUUAUAACCUGAUGCCAUAAAUACAAGAUUCUCUGAUACCUUCAUUUAAUAUAUCAAUAUUGGGCCUAAAACAGUAUUCUGUAAAGCUUAAAUUGGUAUUAACUAUGAUCAUCUUGAUGUCUAUGAUAGAUAAUAAACAAGGUCAUACAUACCUUACUAAACAAUUUUGGUUUUUCACCAACAUUUUAUUCUUUAAAAGAUUUAGACUAACAGAAUUAUUUAGCAUUUCGAGUCAUGUGCUUUAUUUAGCAAGUGAGUAAAAAUAUUGGAAUAUUGAAGUAUUUGCAUAAAAAAUCAAAUGGUGGUGUUUUGUAAUCUCUAUUGUAUUUCCUAUUAAGGUUUCAUAUAUUACUUUCCCAUUGUUCCUGAAUUUGUUAUCCUAUAUAUAAACAGAAACAUGGAUGAGUACCAUAUACUUCCUGACUCCUUUAUCUUGUUACACCACAAGAUACUGCACUAUUUAUUGGAGAUAUUUUGAUGAUUAGUGCCAAGGCUGGCAUCAUGAGCCAAAAUAGACUUGUUAAGUCAACCUCAUUCCAAACACCUGCUAUAGAUCAUCAAAUCUAAGUUGCCAUUAAUUGUAAGAUGUCCUGUUAUUUCACACACACAACUAGAAAAGAAAAAUCGGUAUCAAUUAUAGUAUGGUGCUUUCUUAUUUUGAAUUUUACUUAUUAGAAGAGCUAUUUUAGAUGUAUUUAAACAUAAGAUUUUUAUCACAUAACUUGUGGAUACAAAAAAAGAGAAAUUGUAAGCAAAAUAAGUUGGGUAAUAUAUUCCUAAAACCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-881.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 788.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((....(((((.....))))).(((((....))))).(((((((((......))))))))).(((.((((((((((((.((((((.(((((((.(((((.(((((....((((((....((...(((((((((.........)))))))))..))....(((.(..(((((((((.(.(((((((((((((.((((((((..(((((.((((.((((((((.(((....))).)))))))))))).).)).))..)))))))).)))).))))))((((.((.....))..))))..))).).)).))))))).).)))(((....)))..(((((.....((((.(((((.((((..(.(((((((.(((.((((((((((((((....))))).)))))))))......((((.((((.......)))).)))).((((((...........))))))....((((..(((.((((((((....))))))))..)))...))))..(((((......)))))..........((((((.....)))))).)))...))))))).)..)))).....((..((....))..))......))))).)))).((..((((((....))))))..))....)))))(((.(((((...))))).)))...)))))).((((......))))..(((((((.....(((((.(((.(((..((((((((..............)))))))).....))))))))))).............(((((((......((....))........))))))).)))))))................((((.((..(((....)))....)).))))..((...(((((.(((..((((....))))....))).)))))..)).....))))).))..)))..)))))))))))).).)))))(((((((((((((...(((((....)))))......(((((....(((...)))))))).))))))))))))).......((.((((....)))).)).....(((......))))))))))..))).....(((((((((((..(((((((((..((((..((((....(((......((((((((((((((......(((((((((((((((......))...(((((.(((.....))))))))..(((((((((((.....)).........((......)).....((((((((((...((((.....(((..((((((..(((.(((.(((.((((((.(((..((((....(((((.(((((((((((((....((((((((.(((..(.((((((.(((........((((((((.((....((.((((.(((..(((((.((((.((((...(((((.((.....)).)))))......)))).))))...))))).))).)))).))..)).)).))))))))).)))))).)..))).)).))))))((((....))))...)))..)))))))))).....))))).....((((((.(((.((((((...........)))))).))).))))))..((((...))))......(((((((((.......))))))))))))).))).))).....))).)))..))).)))..(((..(((......)))..))).................))))))..)))..))))..)))))))))).)))))).))).................(((....)))..)))))))))))))..(((((((.....)))))))....((((.(((.(((((((((((.......))(((((..(((((.........)))))..))))).........(((((....)))))((((((((......((......))......))))))))...((((((.((((((((((((((((((.....((((..((((((((.(((....))))))))))).))))........))))).)))))......)))))))).)))))).....)))))))))))).)))).......(((((((((((.((((.....)))).)))......)))))))).(((((((((((((((((.(((.............((((((...((((((((((......))))))))))...)))))).......((((((...(((.(((....))).))).))))))...........((((..(((((((........((.((((((((((((..((((((((((.((((.(((((((.......(((....)))......))))))).(((((.((((((..........((((....((..(....)..))....))))........))))))...))))).......)))).)))).)))))).((...(((....((((((...........))))))....)))...)).......)))).))))))))))........)))))))..))))..(((..((((.(((.....))).))))..))).(((((((..(((......)))..)))))))..((((.((((......)))).))))))).))))))))).(((((.....(((.....((((.....((((((((.((((((.....((((....))))...)))))))))))))).....)))))))))))).((((((...))))))......(((((.......))))).(((((.(((((((.((..((.......(((((.....)))))......))..))))))))).))))).....)))))))).((((......)))).(((((((..(((((....)))))....)))))))............))))))))))))))......)))..)))).))))...((((..(((((((((((((..((((.(((.(((....(((........)))....))).)))))))..)))))..))))).....)))..))))((((((((......))))))))..((((((.((((((((.....)))))))).))))))...((((.........))))......(((((...)))))..)))))))))........(((.(((((......)))))))).(((((..(((((((((((.((.(((.((((..................))))))).))))))..)))))))))))).)))))))))))...(((((.(((((........((.((((...((((((....((((((...............)))))))))))))))).)).......))))).)))))...)))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((({.,..(((((.....))))).(((((....))))).(((((((((......))))))))).(({.((((((((((((.((((((.(((((((.(((((.(((((....((((((.........(((((((((.........)))))))))..||{{,.(((.(..(((((((,(,,{((((((((((,((((((((,,(((,,..(.((((.((((((((.(((....))).)))))))))))).).,,)))..)))))))).)))).)))))){(((.((.....))..))))..)))|}.)).))))))).).))){{{....))),.{{((({,,..{(((.{((((.((((..(.(((((((.(((.((((((((((((((....))))).)))))))))......((((.((((......}))}).)))).,{{{{{.......,...},,}}}....((((..(({.((((((((....))))))))..}})...))))..(((((......)))))..........((((((.....)))))).)))...))))))).)..))))....,||..{{{,..,|,.}}......})))),)))}.((..((((((....)))))).,)}....)))}}(((.(((({...})))).)))...)))))).((((......)))).,((({{{((((,{(((((.{((,{(,..((((((((..............)))))))).....}}|}||,,|||{....,}}}....((((({,..},,,|{....))....}).,)})))))..,}))}}.,,{,.......,}},|{{{.{{..{((....)))..,,)),)))),,.|},,(((((.(((..((((....))))....))).)))))..,......))))).))..)))..)))))))))))).).)))))(((((((((((((...(((((....)))))......(((((....(((...)))))))).))))))))))))).......((.((((....)))).)).....{((......))})))))))..)}).....(((((((((((,,((((({(((,,((((..,((({....}))}.)))},,,,{,,,,,,{{......{{{{{{{{{{{{,(({{.,,,|,,,,(((((((((.....))))))},..((((((((({{....,||{{,....,.{|,.{{{........,|,|||||||.}|||||,....,,{,.({{{{{{.{,{.{((.(((.((({((,(((..((((....(((((.(((((((((((((....((((((((.(((..(.((((((.(((........((((((((.((,,..{{.((((.(((..(((((.((((.((((...(((((.((.....)).)))))....,}}})).))))...))))).))).)))).))}.)).)))))))))))).)))))).)..))).)).))))))((((....))))...)))..)))))))))}.....))))).....((((((.(((.((((((...........)))))).))).))))))..,{,,.,,|||,..,,,.{(({{{{{{,,.....})))))))})))).))},)),.....))).))).}))),)))},}}},.,,,......,,,...,|..({{{{((({.......,,,....,,,......}}))))))).}}.))))))}}))....,,|..........,,{,,,.|,|,,}}}}}))))))))..(((((((.....)))))))....((((.(((,(((((((((,(.......}}{||||},|{{||,,},,,..,))))),.})))},,,,.}}}}(((((....))))){(((((((.,,...((......||.,....))))))}},..{{{{{{.{(({{(({(({({{((((.....((((..((((((((.(((....))))))))))).))))....,,,,,}||||||||}....,,}))))))}.}}}}||.||,.))}})))))))),)}}}.....,.{,{{(((((({(((((.......,|||||.{|{..}||||}}},{{(,(((((((((((((.(({.....,,,,,...{(((((...((((((((((......))))))))))...)))))}.....,,((({((...{{{..||,,,..))}))).}}))))...,.......((((..(((((((........((.((((((((((((..((((((((((.((((,(({(((({.{{{..(((....})}......}}},||}..{||||,{{{{||||....{{{(,,,..)))}......})).)))))..}}}...........|||.......},,.....)))).)))).)))))}..,...,,,....,,,,,,.........,{|||||.....)))},,},.......)))).))))))))))........)))))))..))))..(((..((((.(((.....))).))))..))).(((((((..(((......)))..)))))))..((((.((((......)))).))))}}}.))))))))}.||||,,....,((,....|{{{.....((((((((.((((((.....((((....))))...))))))))))))))....,||||{{,},|||.((((((...)))))).,,,..{{|||,,,,...)))},.{{{{{.,{{{((({(,..,,,,,},,,||{{{,,,,.}})))}.....)),,},}}})))),))))).,,||,,|.((((.((((......)))).)))).}..,|||{{,,,,||||,..,}))))},,............}))))))))))))},}}}}}},,.,}}}}.,|||...,|||..{{{((({{(((((..(((,{(((.(((..,{(((........},)}}},))).)))))))..)))))..))))}.,,}}),),,))))((((((((......))))))))..((((((.((((((((,...,)))))))).))))))...{{{(|{,....,.})))......(((({...)))))..}}}}}}}}}...{{{{{((({(((((......,|||||||((,,,,..,,((({{((((.{{.{{|,|||{,,,....,,,,,,,,...}}},,}),))))))..,))))))),)))))))))))))))...{((({.(((((,,,,,...{{.{{{{...((({{{....|||{{{.,....,,,.,,...}}))))))))}},,,},,,.,...,,)))}).}})))..})))))))...................
Back