Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413557.1
Sequence Length
1360 nt
GC Content
0.4353
GACCUUCAGCGUUGCCCUGGCGGAGCAGAGACAGGCCCUCGGGGUGGAGGUCUUUGGUUUCAUAAGAGCCUGAGAGAGAUUUUUCUAAGAUAUGUGUAACACACCAACGUACUGUGACCUAGGAAAGGCUGCUAAGGAUGUCUUCAACAAAGGAUAUGGCUUUGGCAUGGUCAAGAUAGACCUGAAAACCAAGUCUUGUAGUGGAGUGGAAUUUUCUACUUCUGGUCAUGCUUACACUGAUACAGGGAAAGCAUCAGGCAACCUAGAAACCAAAUAUAAGGUCUGUAACUAUGGACUUACCUUCACCCAGAAAUGGAACACAGACAAUACUCUAGGGACAGAAAUCUCUUGGGAGAAUAAGUUGGCUGAAGGGUUGAAACUGACUCUUGAUACCAUAUUUGUACCGAACACAGGAAAGAAGAGUGGGAAAUUGAAGGCCUCCUAUAAACGGGAUUGUUUUAGUGUUGGCAGUAAUGUUGAUAUAGAUUUUUCUGGACCAACCAUCUAUGGCUGGGCUGUGUUGGCCUUCGAAGGGUGGCUUGCUGGCUAUCAGAUGAGUUUUGACACAGCCAAAUCCAAACUGUCACAGAAUAAUUUCGCCCUGGGUUACAAGGCUGCGGACUUCCAGCUGCACACACAUGUGAACGAUGGCACUGAAUUUGGAGGUUCUAUCUACCAGAAGGUGAAUGAGAAGAUUGAAACAUCCAUAAACCUUGCUUGGACAGCUGGGAGUAACAACACCCGUUUUGGCAUUGCUGCUAAGUACAUGCUGGAUUGUAGAACUUCUCUCUCUGAGUCAAAUUGACUUUAUCAGCUUUAAUCGAUGGGAAGAACUUCAGUGCAGGAGGUCACAAGGUUGGCUUGGGAUUUGAACUGGAAGCUUAAUGUGGUUUGAGGAAAGCAUCAGAUUUGUCCCUGGAAGUGAAGAGAAAUGAACCCACUAUGUUUUGGCCUUAAAAUUCUUCUGUGAAAUUUCAAAAGUGUGAACUUUUUAUUCUUCCAAAGAAUUGUAAUCCUCCCCACACUGAAGUCUAGGGGUUGCGAAUCCCUCCUGAGGGAGAUGCUUGAAGGCAUGCCUGGAAGUUGUCAUGUUUGUGCCACGUUUCAGUUCAGUUCUGAAGUGUUAUUAAAUGUGUUCCUCAGCGACAGUGUAGCGUCAUGUUAGAGGAGACGAUCUGACCCACCAGUUUGUACAUCACGUCCUGCAUGUCCCACACCAUUUUUUCAUGACCUUGUAAUAUACUGGUCUCUGUGCUAUAGUGGAAUCUUUGGUUUUGCAUCAUAGUAAAAUAAAAUAAACCCAUCACAUUUGGAACAUAACUGCUCAUGUGACUUGCUGGUGAUGGUUUUCUUACCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-384.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -412.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 407.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.((..((..(.(((((((((.......((.((.((((((((((.(((((((((......((((((...(((....))).((.(((((...........)))))))((((((.....((((((((((((((((((((......)))))))..)))))))..((((......)))).........)))))).....((((((((....)))))))).))))))((((.(.(((...))).).)))).))))))......)))))))))....((((((((....)))))))))))))))))).))...))..((.(((...((((.(((..(((((..((((....))))(((((((((.(.(((((((......))))))).)..))).))))))...........(((((((..((((((.(((((((..(((((((....((((((((((...(((.((((((...((((...((((....))))...))))......(((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))...))))..)))))))))))....))).)))))))))))))))))))(((.((.....)).)))(((((........)))))(((....)))..((((....((((....(((((((((((...(((((((((..(((.((.(.......).)))))..)))))((((((.((((((((.((....)).))))..........)))))))))).....))))...)))))))))))......((((((...))))))..)))).....))))))))).))..)))))))((((((.((((((.(((..((((.(((.((((((((((......(((((((.......(((((((.......((..((((((.((((((...(((..(((........)))..)))...))))))...........((((((....))))))....))))))..)).((((((((((....((......))...)))))))))).(((((....))))))))))))..(((((((.(........).)))))))..))))))))))))))))).))).))))...)))...))))((((((((((((........)))..))).))))))((((.(((......))).)))).....)).))))))...))))))....)))))))..((((..(((...))).))))))))).))).))))...))).))(((((((......))))))).........(((.......))).......)))))).))).)...)))).))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,(({((({(.,{(({{{,{,||.||||.....,,|{|{{.((((((((((.(((((((((....,.((((((,{{(,...,}))).,{.({((({,.....,...}}}}}}}{(((((.....{{((((((((((((((((((......)))))))..))))))),.((((......)))),,.....,,}))))).....((((((((....)))))))).)))))}((((.{.(((...))),}.)))).))))))....,.)))))))))....((((((((....)))))))))))))))))).}}...}}..{,{{{,...,.((({(((((......}}})}..}))).{{,,{||||,|,||||(((,.....}))}}}},|,.|||,,}}}||,{.,,.....{(((((((,.((((((.,,(((((..((((((({((((((.{((({...(((((((((,,..|||||}}}}{((({.(((((((({{.{{{....|}}.}}(((((((((({..((((...(((((((....)))))))...))))..}))))))))))...........))).))))).))))|{((({(,.....},})),.}}}|(((((((((((((((....})))...(((((.(((.........))).)))))..(((((((((..(((.((.{.......}.)))))..))))).}}})).))))))))))),}}}}..)))))}}|(((({{{{|,,,,)))).}}})}|({,,{.((,...,,||..,,,((((({...}))))}...,}},,.,,,,,.)))))}})..)))))||((((((.((((((,{,,..(({{,(((.{(((((((({.,{{..,((({({.,{{{,,{{(((({.{,{,,,{{,{((((({,((((((...(({..(((........)))..}}}..,|||||},,.({,...,,{{((((....)))))}.,,.|})))},}))}}|||||,|||,..,|}},,.,.}),}})))}}}}}}},||(((....}))))}|}})|}...((((((|{|,,.....},))}))}}},)))}))))))}}))))}.))).))))...,}}...)))}|||||||||(((..,...,,}})..))).)))))}{({{.{{(......))).)))).....)).))))))},.))))))....)))))))..((((..(({...})).))))})})))},,.,)))}.,}},,|,{((((((......))))))).,,......((({(((....{,.{{{{...,.,..})))..}..,,.,))))}))}},,....,,....
Back