Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413559.1
Sequence Length
1307 nt
GC Content
0.4369
GACCUUCAGCGUUGCCCUGGCGGAGCAGAGACAGGCCCUCGGGGUGGAGGUCUUUGGUUUCAUAAGAGCCUGAGAGAGAUUUUUCUAAGAUAUGUGUAACACACCAACGUACUGUGACCUAGGAAAGGCUGCUAAGGAUGUCUUCAACAAAGGAUAUGGCUUUGGCAUGGUCAAGAUAGACCUGAAAACCAAGUCUUGUAGUGGAGUGGAAUUUUCUACUUCUGGUCAUGCUUACACUGAUACAGGGAAAGCAUCAGGCAACCUAGAAACCAAAUAUAAGGUCUGUAACUAUGGACUUACCUUCACCCAGAAAUGGAACACAGACAAUACUCUAGGGACAGAAAUCUCUUGGGAGAAUAAGUUGGCUGAAGGGUUGAAACUGACUCUUGAUACCAUAUUUGUACCGAACACAGGAAAGAAGAGUGGGAAAUUGAAGGCCUCCUAUAAACGGGAUUGUUUUAGUGUUGGCAGUAAUGUUGAUAUAGAUUUUUCUGGACCAACCAUCUAUGGCUGGGCUGUGUUGGCCUUCGAAGGGUGGCUUGCUGGCUAUCAGAUGAGUUUUGACACAGCCAAAUCCAAACUGUCACAGAAUAAUUUCGCCCUGGGUUACAAGGCUGCGGACUUCCAGCUGCACACACAUGUGAACGAUGGCACUGAAUUUGGAGGUUCUAUCUACCAGAAGGCUAAAGUAAAUAAUGCCAGCCUGAUUGGACUGGGUUAUACUCAGACCCUUCGACCAGGAGUCAAAUUGACUUUAUCAGCUUUAAUCGAUGGGAAGAACUUCAGUGCAGGAGGUCACAAGGUUGGCUUGGGAUUUGAACUGGAAGCUUAAUGUGGUUUGAGGAAAGCAUCAGAUUUGUCCCUGGAAGUGAAGAGAAAUGAACCCACUAUGUUUUGGCCUUAAAAUUCUUCUGUGAAAUUUCAAAAGUGUGAACUUUUUAUUCUUCCAAAGAAUUGUAAUCCUCCCCACACUGAAGUCUAGGGGUUGCGAAUCCCUCCUGAGGGAGAUGCUUGAAGGCAUGCCUGGAAGUUGUCAUGUUUGUGCCACGUUUCAGUUCAGUUCUGAAGUGUUAUUAAAUGUGUUCCUCAGCGACAGUGUAGCGUCAUGUUAGAGGAGACGAUCUGACCCACCAGUUUGUACAUCACGUCCUGCAUGUCCCACACCAUUUUUUCAUGACCUUGUAAUAUACUGGUCUCUGUGCUAUAGUGGAAUCUUUGGUUUUGCAUCAUAGUAAAAUAAAAUAAACCCAUCACAUUUGGAACAUAACUGCUCAUGUGACUUGCUGGUGAUGGUUUUCUUACCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-370.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -397.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 430.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.((..((..(.(((((((((.......((.((.((((((((((.(((((((((......((((((...(((....))).((.(((((...........)))))))((((((.....((((((((((((((((((((......)))))))..)))))))..((((......)))).........)))))).....((((((((....)))))))).))))))((((.(.(((...))).).)))).))))))......)))))))))....((((((((....)))))))))))))))))).))...))..((.(((...((((.(((..(((((..((((....))))(((((((((.(.(((((((......))))))).)..))).))))))...........(((((((..((((((.(((((((..(((((((....((((((((((...(((.((((((...((((...((((....))))...))))......(((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))...))))..)))))))))))....))).)))))))))))))))))))(((.((.....)).)))(((((........)))))(((....)))..((((....((((.(((((((((...)))).)))))(((((...(((.....))).)))))((..((.((((((...)))))).))..)).....(((((((...))))))).)))).....))))))))).))..)))))))((((((.((((((.(((..((((.(((.((((((((((......(((((((.......(((((((.......((..((((((.((((((...(((..(((........)))..)))...))))))...........((((((....))))))....))))))..)).((((((((((....((......))...)))))))))).(((((....))))))))))))..(((((((.(........).)))))))..))))))))))))))))).))).))))...)))...))))((((((((((((........)))..))).))))))((((.(((......))).)))).....)).))))))...))))))....)))))))..((((..(((...))).))))))))).))).))))...))).))(((((((......))))))).........(((.......))).......)))))).))).)...)))).))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{((({(({{{((((,{(({,{{.({{,,,.,,,,,{|{{.((((((((((.(((((((((....,.((((((,{{(,...,}))).,{.({((({,.....,...}}}}}}}{(((((.....{{((((((((((((((((((......)))))))..))))))),.((((......)))),,.....,,}))))).....((((((((....)))))))).)))))}((((.{.(((...))),}.)))).))))))....,.)))))))))....((((((((....)))))))))))))))))).}}...||..{{{{({{{{{.{((((((,{......|||||{{||||{{{({{{{{(,|.(((((((,....,))))))).,..|||..|||||.,,.......||,,{{{{{,({{{{{..,{,((({{({{{({{...{((((((((((,..((,,((((((...((((...((((....))))...))))......(((...(((((((((({..((((...(((((((....)))))))...))))..}))))))))))....))).)))))))))))))))))))|,,.(({{{{.||.|}|({,{{{(({{{{|}}|||((,.,.{|||..{.,,.{{{((({..,{{{{(({{{,.,},.||||,(((((...(({.....})).))))),.}}||.((((((...}))))).|||.||||..,|((((({...})))))}..,,,,,,,..))}),))).}),,)))))))||{|{{,||||||.|,,,}||||{((({,{(({((({,.{(({.,{{{,{,.,{|{,,||||{||,|,|,,}||}}|||||||{,{{||...|||,,|||........})),,)),.,,))))))|,,{{....}}{{((((....)))))},}}}})))))}})),||{|{{{{||,..,||,.....)).,.))))))}))).|{(((....))))),{|||{....|||||,}}}}}}.},,}}),}))}}}}))}|}}}||)|}}}}},.,))})))}},..,,...}})}|||||||||{||..|,.,}.)))..||}.||}}}|{{{{,||{,,.,,{|||{,}|}...,{||,|,,,||||{|}|||,.{{,||,},,|,.((((..(({...})).)))).,,)}},.,.,}))}....,,{.(((((((......))))))).,,......{{{{{{{...,|}.|||,...,}}..))))}})..}}}))))},})}},,...,,,....
Back