Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413560.1
Sequence Length
1400 nt
GC Content
0.4343
GACCUUCAGCGUUGCCCUGGCGGAGCAGAGACAGGCCCUCGGGGUGGAGGUCUUUGGUUUCAUAAGAGCCUGAGAGAGAUUUUUCUAAGAUAUGUGUAACACACCAACGUACUGUGACCUAGGAAAGGCUGCUAAGGAUGUCUUCAACAAAGGAUAUGGUAAGUAUGCUAUUGUAACUUUCCAGUUUGGGGAAUUUUCUACUUCUGGUCAUGCUUACACUGAUACAGGGAAAGCAUCAGGCAACCUAGAAACCAAAUAUAAGGUCUGUAACUAUGGACUUACCUUCACCCAGAAAUGGAACACAGACAAUACUCUAGGGACAGAAAUCUCUUGGGAGAAUAAGUUGGCUGAAGGGUUGAAACUGACUCUUGAUACCAUAUUUGUACCGAACACAGGAAAGAAGAGUGGGAAAUUGAAGGCCUCCUAUAAACGGGAUUGUUUUAGUGUUGGCAGUAAUGUUGAUAUAGAUUUUUCUGGACCAACCAUCUAUGGCUGGGCUGUGUUGGCCUUCGAAGGGUGGCUUGCUGGCUAUCAGAUGAGUUUUGACACAGCCAAAUCCAAACUGUCACAGAAUAAUUUCGCCCUGGGUUACAAGGCUGCGGACUUCCAGCUGCACACACAUGUGAACGAUGGCACUGAAUUUGGAGGUUCUAUCUACCAGAAGGUGAAUGAGAAGAUUGAAACAUCCAUAAACCUUGCUUGGACAGCUGGGAGUAACAACACCCGUUUUGGCAUUGCUGCUAAGUACAUGCUGGAUUGUAGAACUUCUCUCUCUGCUAAAGUAAAUAAUGCCAGCCUGAUUGGACUGGGUUAUACUCAGACCCUUCGACCAGGAGUCAAAUUGACUUUAUCAGCUUUAAUCGAUGGGAAGAACUUCAGUGCAGGAGGUCACAAGGUUGGCUUGGGAUUUGAACUGGAAGCUUAAUGUGGUUUGAGGAAAGCAUCAGAUUUGUCCCUGGAAGUGAAGAGAAAUGAACCCACUAUGUUUUGGCCUUAAAAUUCUUCUGUGAAAUUUCAAAAGUGUGAACUUUUUAUUCUUCCAAAGAAUUGUAAUCCUCCCCACACUGAAGUCUAGGGGUUGCGAAUCCCUCCUGAGGGAGAUGCUUGAAGGCAUGCCUGGAAGUUGUCAUGUUUGUGCCACGUUUCAGUUCAGUUCUGAAGUGUUAUUAAAUGUGUUCCUCAGCGACAGUGUAGCGUCAUGUUAGAGGAGACGAUCUGACCCACCAGUUUGUACAUCACGUCCUGCAUGUCCCACACCAUUUUUUCAUGACCUUGUAAUAUACUGGUCUCUGUGCUAUAGUGGAAUCUUUGGUUUUGCAUCAUAGUAAAAUAAAAUAAACCCAUCACAUUUGGAACAUAACUGCUCAUGUGACUUGCUGGUGAUGGUUUUCUUACCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-396.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -422.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 434.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.((..(((((((.((.((........)))))))))))((((((((((((((((.....((((........((((((((((((...((((...)))).......((((..((((((...(((((((....(((((((......)))))))....)))).)))(((((....(((((.(((((((((.((((((......(((((((((.(.(((...))).).))))))..)))....)))))).........((((((((....))))))))...))).))))))..))))).....)))))..)))))).)))).....)))))))))))).....)))).(((((((......)))))))....((((.(((...((.......))...)))..)))))))))))))))))))).......(((.(((((((((((((((((((((((((((...(((((.((((((((((.(((....))).))(((((((((((..((((...(((((((....)))))))...))))..)))))))))))...........))).))))).))))).(((.((.....)).))).(((((((((((((((((((....))))...(((((.(((.........))).)))))..(((((((((..(((.((.(.......).)))))..))))).).))).)))))))))))........)))).)))))))))))))))).))).(((((...(((((((((......(((((((.((((......(((((((((((((((((((((...)))))).(((.((((...(((((((...)))))))...........)))).)))......)))))).))))((((((.((((.(((..((((((.(((((..((.(((...(((.(((.((((((.((((..(((........((((.((((..(((((((((((.(((..((((((......(((((((.((.(((.....((((((....)))))).....))))))))))))...............))))))..))))))))(((..(((((....)))))..))).....(((((((.(((......))).))..))))).))))))..)))).))))........)))..)))).))))))))).)))....))).))..)))..(((((((((.(((......))).)))).)......)))).)).))))))..))).))))...)))))).........))))).....)))).)))))))......)))))))))...)))))...)))))))).))).((((((..(.(.......).)..)))))).....)).))).))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{((,((((({,,(((((((.((.((,,,,....}||}}}})))}((((((((((((((((.....((((.,,,,...((((((((((((,,{(((,...}}},...,,,.((((..((((((...{((((((....(((((((......)))))))....)))).))}(((((....(((((.(((((((({.{(((((..,{{{{{,{(((((.{.(((...))).,.))))))}}))}....)))))}.........((((((((....))))))))...))).))))))..))))).....)))))..}))))).)))).....))))))))))))...}})))).(((((((,....,)))))))....((((.(((.,.((.......))...})),.))))))))))))))))))))......,(((.(((((({,((((((((((({(((((({..,{((({.(((((((({{.{{{....|}}.}}(((((((((({..((((...(((((((....)))))))...))))..}))))))))))...........))).))))).))))}|(((,({.....)}.))}.|||{(((((((((((((((....})))...(((((.(((.........))).)))))..(((((((((..(((.((.{.......}.)))))..))))).}}})).)))))))))))........)))),}}}}}}}})))))))),))},|{||{|,,{{{{{{{{{,,,,,,|||||{{.((({.,,,,.{(((((({{.{{||,||((({|..,}}}}).{{{.|{{{..||((((({...}))))},.....,,....)))).)))..,..,||}}}}|},}}|||||{{(((({{((..{(((((,((((({,(,.(((,..(((,(,,,(((((,.((({..{{{....,.,{((((,{(((,,({,,(({..(({,.......}||..|||.,{|||||,{{.(({...,,((((((....)))))).,..,)))))}))))))}},,,}}}}.,,}}}.,,}})},},}}))}}|||,,||||{....})))}.|||}.....(((((({.{({.....,})},}},,}})}){||}|||{,}}}}.,}))}}}},,..}}}..)))),|||||||||,||}.,..}}},})..))).||||||((((.(((......))).)))).,...,,.))},})),)))))}..}}},},},.,.}||||,.{{,...,,),)))}...,))}}.})))))}......}}}})}})},..}))))...)}}}},}|.}||,(((({,..(,.,{{,...,.,..))))},,..,,,})})},))|,.....}}},,,.
Back