Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413561.1
Sequence Length
1368 nt
GC Content
0.4357
GACCUUCAGCGUUGCCCUGGCGGAGCAGAGACAGGCCCUCGGGGUGGAGGUCUUUGGUUUCAUAAGAGCCUGAGAGAGAUUUUUCUAAGAUAUGUGUAACACACCAACGUACUGUGACCUAGGAAAGGCUGCUAAGGAUGUCUUCAACAAAGGAUAUGGAAUUUUCUACUUCUGGUCAUGCUUACACUGAUACAGGGAAAGCAUCAGGCAACCUAGAAACCAAAUAUAAGGUCUGUAACUAUGGACUUACCUUCACCCAGAAAUGGAACACAGACAAUACUCUAGGGACAGAAAUCUCUUGGGAGAAUAAGUUGGCUGAAGGGUUGAAACUGACUCUUGAUACCAUAUUUGUACCGAACACAGGAAAGAAGAGUGGGAAAUUGAAGGCCUCCUAUAAACGGGAUUGUUUUAGUGUUGGCAGUAAUGUUGAUAUAGAUUUUUCUGGACCAACCAUCUAUGGCUGGGCUGUGUUGGCCUUCGAAGGGUGGCUUGCUGGCUAUCAGAUGAGUUUUGACACAGCCAAAUCCAAACUGUCACAGAAUAAUUUCGCCCUGGGUUACAAGGCUGCGGACUUCCAGCUGCACACACAUGUGAACGAUGGCACUGAAUUUGGAGGUUCUAUCUACCAGAAGGUGAAUGAGAAGAUUGAAACAUCCAUAAACCUUGCUUGGACAGCUGGGAGUAACAACACCCGUUUUGGCAUUGCUGCUAAGUACAUGCUGGAUUGUAGAACUUCUCUCUCUGCUAAAGUAAAUAAUGCCAGCCUGAUUGGACUGGGUUAUACUCAGACCCUUCGACCAGGAGUCAAAUUGACUUUAUCAGCUUUAAUCGAUGGGAAGAACUUCAGUGCAGGAGGUCACAAGGUUGGCUUGGGAUUUGAACUGGAAGCUUAAUGUGGUUUGAGGAAAGCAUCAGAUUUGUCCCUGGAAGUGAAGAGAAAUGAACCCACUAUGUUUUGGCCUUAAAAUUCUUCUGUGAAAUUUCAAAAGUGUGAACUUUUUAUUCUUCCAAAGAAUUGUAAUCCUCCCCACACUGAAGUCUAGGGGUUGCGAAUCCCUCCUGAGGGAGAUGCUUGAAGGCAUGCCUGGAAGUUGUCAUGUUUGUGCCACGUUUCAGUUCAGUUCUGAAGUGUUAUUAAAUGUGUUCCUCAGCGACAGUGUAGCGUCAUGUUAGAGGAGACGAUCUGACCCACCAGUUUGUACAUCACGUCCUGCAUGUCCCACACCAUUUUUUCAUGACCUUGUAAUAUACUGGUCUCUGUGCUAUAGUGGAAUCUUUGGUUUUGCAUCAUAGUAAAAUAAAAUAAACCCAUCACAUUUGGAACAUAACUGCUCAUGUGACUUGCUGGUGAUGGUUUUCUUACCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-385.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -411.79
Frequency: 0.0000
Diversity: 455.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.(((((((..((((((((.(((((.(((((.(((((((((((((.(((((((((......((((((...(((....))).((.(((((...........)))))))(((((((((((((..((.......(((((((......)))))))))..))))))).....))))))((((.(.(((...))).).)))).))))))......)))))))))....((((((((....))))))))))))))))))............(((.((((.(((((((((......)))))..)))).....)))).)))(((((((......)))))))....((((.(((...((.......))...)))..)))).....))).))))).((((((.(.((..(((.......((((((((((((((((...(((((.((((((((((.(((....))).))(((((((((((..((((...(((((((....)))))))...))))..)))))))))))...........))).))))).))))).(((.((.....)).))).(((((((((((((((((((....))))...(((((.(((.........))).)))))..(((((((((..(((.((.(.......).)))))..))))).).))).)))))))))))........)))).))))))))))))))))..)))..)).).))))))....)))))))))))))..))))(((((.((((((.....)).))))))))).......(((.((((...(((((((...)))))))...........)))).)))...........))).))))))).((((((.((...((((((((((((...(((((..(((((...(((((..(((.........((..((((((.((((((...(((..(((........)))..)))...))))))...........((((((....))))))....))))))..))..)))..))))).)))))...))).))...)))).)))))))).))...((((.((((..(((((((((.(........).)))))))....(((((((((.((((....)))).)).....)))))))((((((((((((........)))..))).))))))((((.(((......))).))))........))..)))).))))...(((((....(((((((..(((...))).))))...)))....)))))........(((((((......))))))).........(((((((....(..((((........))))..)......))))))).......)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{((((({(({{{((,{({({(({(|{{{{,.{{{{(,((,((((((((((.(((((((((....,.((((((,{((,...,}))).{{.({((({..........}}))}}}{((((({(((({(,.{{.......(((((((......)))))))}}..}}})))}.,,,,)))))}((((.{.(((...))).,.)))).))))))....,.)))))))))....((((((((....)))))))))))))))))).,,...|,..,.{{{.,,,{.(((((((((......}))))..}))).,,,.|||||}|}(((((((,....,))))))).,..|||{.|||||.{{.......||,{{{||,.||||{,...{||{|}}||{(((({{,({((.,((({...{{{(((((((({{{((({|..,{((({.(((((((({{.(({....|)).}}(((((((((({..((((...(((((((....)))))))...))))..}))))))))))...........))).))))).))))}{(((,({.....)},))}.|||{(((((((((((((((....})))...(((((.(((.........))).)))))..(((((((((..(((.((.{.......}.)))))..))))).}}})).)))))))))))....,..,)))),}|||||}}}}))))))|}}}}.|||||.,}||||,...}}}},})))))},.,||,.,{|||.|||{(({{.,,||.||||{||,,,,,,,},|||.||||.,}||(((({...}))))},.....,,....}}}),)))..}..|}}}}||||,|||}|||,(({{{{,{{|{{{((({{(((((({(,.{((,..((({(,.,{{{{{,,((({,.{,{...,{.,{(((({,((((((...(({..(((........)))..}}}..,|||||},,.({,...,,{(((((....)))))}.,,.|})))),}))}}}|},,,}}}}.,}}}},,,,,)},},}}))}}|}}}}||||{.,..})))},|||}|,..,(((((({,{{{.....,,)},}},,}})))|||||||||}}}}..}))})))),..,}}..})))}|||||||||{||,.,..,,,}})..))).))))}}((((.(((......))).)))).,...}}.)))})))},)))))}.||,||,},,|,.((((..(({...})).)))).,,)}}|,|,,}}}}.,,,,,,,|{(((((......)))))}}.,,..,,,.(((((((....(,.{(((........))))..)......)))))))}},,...,}},,,.
Back