Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413671.1
Sequence Length
4423 nt
GC Content
0.3559
ACUAUCUUCCUCCUGCUCUGGCUGUGUGAAGAUCUGCCUCCUUCCUCUUCGGCUUCAUGCAUGAUCGUAAGUUUCCUGAGGCCUCCUCAGCCAUGCUUCCUGCAUAGCCUGCAGAAAUAAUCUUUUAGCUGAAAAAGUAGAGCAGCUGAUGGAAUGGAGUUCCAGACGCUCAAUCUUCCGAAUGAAUGGUGAUAAAUUCCGAAAAUUUAUAAAGGCACCACCUCGAAACUAUUCCAUGAUUGUUAUGUUCACUGCUCUUCAGCCUCAGCGGCAGUGUUCUGUGUGCAGGCAAGCUAAUGAAGAAUAUCAAAUACUGGCGAACUCCUGGCGCUAUUCAUCUGCUUUUUGUAACAAGCUCUUCUUCAGUAUGGUGGACUAUGAUGAGGGGACAGACGUUUUUCAGCAGCUCAACAUGAACUCUGCUCCUACAUUCAUGCAUUUUCCUCCAAAAGGCAGACCUAAGAGAGCUGAUACUUUUGACCUCCAAAGAAUUGGAUUUGCAGCUGAGCAACUAGCAAAGUGGAUUGCUGACAGAACGGAUGUUCAUAUUCGGGUUUUCAGACCACCCAACUACUCUGGUACCAUUGCUUUGGCCCUGUUAGUGUCGCUUGUUGGAGGUUUGCUUUAUUUGAGAAGGAACAACUUGGAGUUCAUCUAUAACAAGACUGGUUGGGCCAUGGUGUCUCUGUGUAUAGUCUUUGCUAUGACUUCUGGCCAGAUGUGGAACCAUAUCCGUGGACCUCCAUAUGCUCAUAAGAACCCACACAAUGGACAAGUGAGCUACAUUCAUGGGAGCAGCCAGGCUCAGUUUGUGGCAGAAUCACACAUUAUUCUGGUACUGAAUGCCGCUAUCACCAUGGGGAUGGUUCUUCUAAAUGAAGCAGCAACUUCGAAAGGCGAUGUUGGAAAAAGACGGAUAAUUUGCCUAGUGGGAUUGGGCCUGGUGGUCUUCUUCUUCAGUUUUCUACUUUCAAUAUUUCGUUCCAAGUACCACGGCUAUCCUUAUAGUGAUCUGGACUUUGAGUGAGAAGAUGUGAUUUGGACCAUGGCACUUAAAAACUCUAUAACCUCAGCUUUUUAAUUAAAUGAAGCCAAGUGGGAUUUGCAUAAAGUGAAUGUUUACCAUGAAGAUAAACUGUUCCUGACUUUAUACUAUUUUGAAUUCAUUCAUUUCAUUGUGAUCAGCUAGCUUAUUCUUGUGUACUUUUUUUAAACUGUGGGUUUUCCUAGUAAAUUUAAUUUACAGAAAUCAAUGGUAGCAUUUAGUAAUCUACAAAGGAAAUAUCAAAGUGUUUUUCAAGCCUGUUAUAUUCAGUGUGUGCCACAGGAUUGAAAUAAAUGACAAUGUAAUUAUGAAUUCAUGUUUUAGAGCUGUUUACUCAUUAGUAAAGGACCGCAAUGUUAGUAAAGAAAACCUAUGAAAUGUAUGUUAAAGAUUCUUAGUAUUGUACAGGGAUAAAGCAAAUGCAUGAAAAUAUGUCAUGUACUGAAAAUUAAACUUACUUCAGUUUCAGUUAUAAAGGACGUGCACUGUUACGAAUAGUGUUUUGUUAUUAAUUAUAACUAGAUAAAGGUAUAUAGGACAGGGAACUGGAUGAAUGGUACCUACAAUUUGGAUGCCUAACCAAGGACUAGAGCUCCUUCUUGAGAUCUAAAUCUAAAGUAAAUGUGCAUUAAAGCAGUGUGCUUCAAAGGCAUCAGACGAUGAAAGCAACAUACCACAACUAGGAGUUAUUUCUCAAACUUAAAUGUCCUCUGGGAAUCCAGACUUAAAAAUAAGAGCAAACUUAACACACUAUCCAUUUUCGAGCAAACCUAACCCACUAUAUCCAUUUUGCUCAUGUGUUUUAUGCAACCAGCUUUCCAUCAAAUCCUCAAUCUUUGAAUCCAGGUAAAAGGUUAAUUAUCCUAGGAUUAGUGAAUGAUUCAAUGAAGCUUUCUUGAAAACAAACAUAGGAGUGUAAUGUACUAUUAUGUUUGUAUCCUGUUUUAGUUUAUAAAGCACUUUCACAUACAUUAUGGUAUUUCUUCCUCACAAUAACCUUGUAAAUUAGUCAGGAAAUGUAAAUUUUAUCUGACUCAUAGAACUAAUGGAAGCUGAAAGCCAAAAAUAAAGUUUAUAACCAGGCCUUCAAACUCUCAAACAUGGAUUUUUAUAUUCUGUGGAGUUAUCCAAAUUAAUUAGGGUUUAGGAAAGCAGUUCUUCUUGAGUCAGUUCAAUAAGUGUUUGCUUUUUGUUUUUAAGGUUUGUUAUCUAAUUUUCAUUAAGAUUUGAGUAACAGACCAUGGAGAAUUGUUUUCAUUGGGAGUUCCAGCUAUAUAGCCUCAAACAAGAAACGGGUGUACAACCAUUGAGUUUACUUACUUAAAUCUGUGAAUUUCAAUGAAGAAUGGGAAUAUAAAGGCCUACUGGGGCAUGUUUAUCAAGUUAUAUCCCAGGGCAAUGUGUAUGCUAGCAGGAUGAAUGCUAUCUUUUCAAAACAUAAUAUUCAGUGAAAAUUACGUAAUAAUUGUAAGUUUAUAAUCAUACUCCCAAAUCUGUUACUAAAAAUAACAUAAAUUCUCCUAGUUCAUGUACUUAGAUGAAUAAAUUUAGUUUUGGAAUGACGUUUAUGGAAAAGCAAUAGAUGAACUUAAUCAUUUGAUCACUGCCUAUCACUAGGCAGAACUUGACCUGUAAUUCUUAAUCCAUUGUAGAUUUUUUACAUUUUACUCAAAACUUCAUACAUAGAGACUCUCAGGUCAAAUUUUACAAGUAUUAAACAUUUGUUAAUUAUAAUCACUUUUGUUUGUAUCCUUAAAUCUCAGAAUUAUCUUGCAGUUAAUAUGCAGCUGAUUAAAUGAUAUUACAAAUUAUCUCUAAUCUCACUGUAAAUCUUUUAAUCAUAUCAAAGUCAGGUCAUCCUCAGACACUAUAACUAAGAUAGAUAAGGAGUACUUUACUAUACCAUAUUAGUAAAGGUUUUCUAGCUCUUAUUUUCUAAUUUCCUCUGAGCAUUUAAAAUUACAUCCAGUGAUAAAAACAAUAUUUUUUUUUCAGAAUUUCAUGCUUUAAAAAGCUGUGGCUUCUCUAUAGACAACUGUUACAUUAGGGAAGUGAUUCUAGAGCAAAAUAUACUGCCUCAACAUAAGUCGUUACUGACUGGAAAAUGCUAUAGGCAGAAUUGCAAAGAGUGGCUCAAACAUAUAGUUUGCUUGCAGAAUGUAACGUGCAAAAUCACAUACAUGCGAUGUAUUUACCUUUGCUAGACAAUGAGAAUUGAAUAAUUGAUUUGUACCUGGUAUGUUAUAUCCUCCAGUGUCACUUUUUAACCAGAUUCACUGUGCGUUCCAAACUGUCAUAAAAAUUGAUUAUAUGUUUAACAAUUGUUUUUCUACUACAGUGGAGAGAAAAAUCCCAAUUAUAAAAUUCCACCUAAAGGAGUUUCAUUUUGUAAUAACAUCUGAUUAAUAACUUGUUGCAUUUUGCUUAACAUACUGUUCCUGGCAUUAGAUAUUCACAUGAGUAAGCCCAGUAGCAUUUUGUGCUUACUGCAGUUUUCUUUUACACACGAAGUAACAUCCCUUGUCAAUUACAAUUCAGCAGGCAUGGUGAUUUGGGGAGACGACUAGAUGUUGCUGUAACCGUAGAGCGUGGCAAGUAUUCCCUUUCUUGCUAUCACCUAAGCAAACCUCCCUAAGGGUACGUGAAGGGAGUGGUUAUUCUAAAUAAGGCAUGACAAAUUACUUUUCAACCAGUGACAUUAAACAUUGUGUUUUAAAAAGGACUGGUCACUGGGGCGAACACAUUAGCUGGAGCAUGUAGGGACAAAAUACUUGAAUUGACGCUUGAAGACUCAAUGUUCUCAAAGUCCACAGAGCUCAUUAAGUUUAAAAUAGUAAAACAAGGUCUUCUUCAUACUCCAGCAAUAUGCUAUAUUGGAUCAGACCAAUAUAUGUAAUAAUGUUUUCUCUAAUAGUAGGAAAAGGAUGAGCAUUGUAGCUAGUCACACUCAAAGGGUACAAGUAUGCAUUCAUUAGCUCCUAAAUUCCCUGAUGAUAUAAUUCACGAGCAUCUGCCAUUUAUGAAUUUUCGAUAUUCCUCUAUGUCUGAAAUACAUGCAUAUAUUUAUAUCAUAUACCAAGGGUCCAACUACUAUACAAAGAUUUAACAAAGCAUCUCACCUUCCGGCCAUAAUAGGAAAAUCAUGUCACAUUUACCCAAAUGUGGAUACAUCUAUCUAUUUCCAUUAAAAAUUAUGCAUAGAUGUCAGGAAAAAUGACAGCAAGGAAUUCCAGGGACAUACCUGUCCUUAGAAAAACAGGAAAAAAAAAAAACACUGUCACAUUCCAUUUUAUUGGAAAUUUGUUUUAAAAAAAAAAGUUUACCAAACCACUGUUUAAAACAAGAAAAUGCUUAAAUUAAAAAAGCAACUGAAACUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1050.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1141.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 1390.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((...((((...((((((((...(((((((......((.....))......))).))))(.((((...((((((...))))))....)))).).)))))))).))))......(((.(((((((...........))))))).))).((((((((((((.(((.((((((.....((.((((((......((((((((((((((((((((....((((.........(((((...)))))..(((((((((........)).)))))))...((((((..(((..(((.(((..(((((((.(((.((((.((((.......(((((((...(((.((((((....(((..(((((((((((((.(((..((((((((((((((((.((((................)))))))).))))...))))).)))..))).)))..((((((.....(((((((.(((((((((((....((((((...(((((((..((((......))))...(((((..((((...((((....))))......((((.........)))).........(((((((((..((((((((((((((((((((((.((((((..(((((((((((.((((((.....((((..((......))..))))..((((((..(((((((((..(((.((..((((........))))....)))))(((((((.((((....))))...)))))))((((((..(...(((.....))).)..)))))).))).))))))...))))))((((((((....(.((((((........)))))).))))))..)))((((((.((...)))))))))))))))))))))))))...)))))).))))((((((((((.((((.((((.(((.(((((((...)))))))..))).)))))))).)))(((.....)))..)))))))..(.(((((((..((((.((.((((((.(((.......))).)))).))..)).))))))))))).)..))))))........(((((((((..(((((..........)))))...((((.....((((.......))))...))))..........((((((((((...((((((....((((((((.((((((((.((..((.((((((......(((((..(((((.(((((((.(((..((((((.((((((...))))))...........((((.(((....)))))))..))))))..))).)))...((((((.((((((((((.....)))))..))))).)))))).....((((.(.(((.((((....))))..))).)..))))......)))).)))))..))))).))))))...))..))..)))))))).))).....))))).)))))).)).))))))))........((((((.......))))))((((((............)))))).((((((((((..((((.((((((((...))))))))..)))).....)))))))).))...)))).))))))))))))..)))))..))))))))).....(((((((.((((....(((((...(((((((..(((((((....))))..........(((......)))((((((((((..(........)..)).)))).))))....)))..))))))).................))))).)))).)))))))((((....)))).(((.....((((((............(((((((...................))))))).))))))...)))...))))..))))))))))))....))))))(((((((((((........))).))).)))))......((((((((.(((((((((((((..((((((((((.((((.....)))).))))))))))....(((((((.....))))))).......((((......))))..(((((..((((.....)))).....(((((((((((....)))))..))))))............))))).((((.(((....................))).))))((((((...(((.((((......)))))))))))))((((..........)))))))))))))).....)))))))))))..)))).))))))).)))))))........(((((((((((.((((((....)))))).)).)))))))))..((((((((.......(((((((((((.((((((((.((((......))...)).))))....((((((((((((............))))).)))))))..........(((((...(((..((((((.(((..........))).)))))))))....)))))..)))).)))((((((.(((.(((...))).))).))))))(((((..(((((.......))))).)))))......))))))))...(((((.......)))))..))))))))..((((((........))))))..((((.((((((((((.(((((((((((.((((..(((((((......)))))))....(((((((....)))))))...((((((((....((((.......((((((..((((...........))))..)).))))..))))....)))))))).....((((((.......))))))........((((((...(..((((...((((((((((((......(((((.......))))).((((((((.(((.(((((..................)))))))).)))))))).......((((((....)))..))).........((((((((..(((((..((((((((........))))))))..)))))...)).)))))).........)))))).))))))...))))..)))))))...........................(((((((....)))).))))))).)))))))))..(((......)))....)).)))))))))).))))...)))))).............))))))..))))...)))....))))))..)))..))))))).(((((.....)))))...(((((((((((((.(((((.....((((((...)))))).....)))))..((((.((.(((((((((..((((...((((((((.............)))).)).))...))))....)))))......))))))...))))......((((((((.(((((..((((...(((((((((....)))))))))...............(((((((.......)))))))....))))...))))).))))))))....)))))))))))))..........)))))))).))).))))))).))).)))..)))(((((((((...)))).))))).............)))))).(((((((((..(((((.....(((.(((.((....)).))).)))....)))))...)))))))))(((.((...(((.(((((......(((.(((((((((((..(((..((..((((......))))..))..)))((((((((..((............))..)))))))).....((((((((...(((((...)))))............))))))))((.(((.(((((((((((((.(((.((((((.....((((((..(((.((((...((((...((....)).))))....)))))))))))))..................))).))).))).)))))))....(((((((((((......)))))))).))).)))))).))).)).))))))))))).)))..(((......))).))))).)))...)).)))..........(((((((............))))))).........))))....)))).)))))))))))))(((((.....(((((.((.....)).))))).....))))).........)))......)))))).))))))))......))).)))....((((..........)))).......((((((((....))))))))........((((((...(((........))).))))))((((.......)))).....)))))))))((((((....)))))).......((((...............))))....(((((......)))))..((((((((((.......((((...)))).....)))))))))).....(((((.........)))))...))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{{{,{{((({..,((((({(((,,((({(((.....,((.,,,.||{,,,,,|||.|}}},.{{{{...((((((...))))))..,,))}}.|||||}}}}},))))......,,,,||{({(({.,{(((((((.((((((.{((,.(((,(.((((..(((((((((({({,..{,.{((((({{{{{{..,..|}|||}|..,,,||}},.,||,.......(((((..((((((((((((((((...,,.((((..(({{(((....)))),}},)))),{((..{((({.............(((((..(....}.))))}}}}}|,,||||...{{{.,,{((({,{(({,....(((.(((.,(((((((((((.((((.((((................))))))))})))).,,})))),}}}..))).))}.,{((,,,,}||,,}))})))|.}}}........{((((....,))))...)))).))))))..)))))}.))))}..((((((((..((((((....})))))((({....)}))..{{,.......))),.{{{...,..)))..)))))))){((((({.{(,(((||{((((((((((,{(((({{,{..((((..{(,,.,..}}..}}}}.{(((((({{((((((({,..(((.{{..{{{{...,,,,,)))}.,,,)))))(((((((.((((....))))...)))))))((((((..{...(((.....))).}..)))))).,||,||||||{{.}|||||((({{{{({.(((.((((((........)))))).))),}}.,))}|||,||.||,,|}}}}))})))))))))))))))))}.,,))))}).})))))),||,,.......}||,....,}}}),...}))))))))))))).}.})),,))),))))))))))))))},....,{((((((.((((.(((..(((((....}))))....))))))}.)))}))}}||||||}},|||||||,|||,...................,,}||||,.,......}})))))}}}},|||{,{{{{,,.,{((((((({|({||,,|||},,,,,,.||||,{{|||||||,,,....{(({,{|{|,,|{|,||,((({((.{((((((((({((((((,((((..{{(({{(((((((({{{({{{.((((({...)))))),.........,{{{{,{{{....}}}))))..}})}||,,,....}||||{(((({.((((((((((.....)))))..))))).}))))}...,,,}}}|||,{|..,,{|{|||{(((((.({{(.,((((,({{{{{|||,|,,,...{{{{{(({{{..{((((({{({{({,.{((({(((.{(({,{{{{{.{{{,,,}|}}}|||},||||...{((((((.......)))))){(((((............)))))}.{{((((((((..((((.((((((((...))))))))..)))).....)))))))).)}...{||||||,,|..{{{|,,,}|}||}|,,}||}|}},....,,{|((({(((.....{(((,,,{{,(((|,..,,}||{|,,,.,))).,{{{,....(((......))),,,|||||...}}}}}}}...|{{||{{{||{{,,,.,,.......,{{{||....,,,..,,,.....}},,{((((....))))),(({,,,,||||,({{,,|..{{{{{{............(((((((...................))))))).}))))),,,})}.....))}}}.,,}}......{{(.{{.,||{((((((({({........))}.))).))))),,.||.}}|(((((.(({,,.|}}}}}}}.((((((((((.((((.....)))).})))))))))....{((((((.....))))))}}})}.)))}))))}}}))}.)}}))}.|,.|||,...,.)))}.....(((((((((({....))))}.})))))).,,...}}}}}})))))}((((.(((....,,,.....,,,.....))).)))).,|||}.}}}||}||||}},}},)}|||||||||||.((({{{,,.....}))))).))),}}},,.{(({{,,{,{{{{{{|||...{{{||||},,,||||||||||.(((((((((((.((((({....}))))).)},))))))))),|||{{{.,,,)))))))}},|,{{{{{{((({,,,,{(({{......|,...||{||},...,((((((((((((............)))))}}}))))),{{{{.((((((((,...(((({({{{{{|.,,{{,.{{{.((.((((((((((({(.{,,((,,{.,(((((((((.,{{{,.,,,((((({{{(.,,,{,{{{,{{{{,..||||{{{{({,((({{{{{.|||,,,,,.,,,..|||...|||||,......}}}},...{{{{..,,{((,.,,..}},.,}}}))))....,,,)})))))}|{||{{{{{.{{{{,.,|||.{(({(((......}}}})}}....(((((((....)))))))...((((((((..,.((((.......((((((..{{{|...........}))}..}}.}}})..)))).,..)))))))).....(((((({{{{{.{|,,|||{|,{{{{,((((({..,(..((((...((((((((((((......{((((.......))))}.((((((((.(((.(((((..................)))))))).)))))))).......((((((....)))..)))..........{((,{(({,(((((..((((((((........))))))))..,}}}}.,,)))))))}},,.......)))))).))))))...))))..))))))).......,{{{{{{,{,{{,((((({.(((((((....}))).}}}(((((((((..(((....)))....)))))))))}))))),))|,|}}},}}.,||{{|,{,{{{,(((({....|||||{{,..,||{.,{||}}}|{{{{,.((((((((((.(((((.....))))).{{(,((.{((((((((((....,{{,,{{{{,,{{||||||{{|..|||}|....{{{,,,,,},)),,}}}})).,})))}.,||}}}}}}})))}.}},))).))))))))))...,,}}))).))))))}))))),,..)))),......}))))|))}})},.,,||||}|((((((((....))))))))}.........,,,,,.(((((((.......)))))))....,))))))})))..)).))))).,}}))),,))))))))).,,))))}))}}))))).....))))).,)).)))}})}})}||||||{{{...}}}|,,}}}},.{{,...,{{(((......(((((((((..(((((..,..(((.(((.((....)).))).)))....)))))...))))))))).,....)))))}.||}}}..))))}))).})))|(((........}}},.,{(({{{,..|},,...}..)))|||{}(((((,((.....,)).)))))..,,,.}}}||,..((((((((...,,,{,...,}|||.....,,.}},,))))))))}}},,,.,,,,|}|||||||},|,}||||||}}}}}}||}}}}}|||}.|,,}}}||||...{|...,,.,}.)))))})))))))),.))))))))}.))))..}}},|||||.,|,||,.,,}}|||,...{{{{(((((((......)))))))}.}},.}}}))){|||.||,...,})))))}}))))))))....))))).)))))|,||..,|||,,...},,.||}}}}}}}.}}......,,,))))}{{|||||||,,...|,|{,..,})}.,,||||,||{{{,(((((......))))).}))}}.))}),,,,...,})))))}}...}},..))}}},,.,.,.......,|,,........},})})},}.||||}}}},...,,))),.....,,{(((((((....)))))))}.,||||{{(({(((...{{,........))).))))))||{{,......)))}}},..|}},{{|,(((((((....))))))).}},..((((...............))))....{((((......))))).,((((((((((.......((({...}))).....)))))))))),....(((((.........)))))..,)}......
Back