Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001413688.1

Sequence Length

1399 nt

GC Content

0.4911

AGUCUCCUCCUCUGCGUCCUCGGCCGCGGCCCGGGUCCCUCGCAAAGCCGCUGCCAUCCCGGAGGGCCCAGCCAGCGGGCUCCCGGAGGCUGGCCGGGCAGGCGUGGUGCGCGGUAGGAGCUGGGCGCGCACGGCUACCGCGCGUGGAGGAGACACUGCCCUGCCGCGAUGGGGGCCCGGGGCGCUCCUUCACGCCGUAGGCAAGCGGGGCGGCGGCUGCGGUACCUGCCCACCGGGAGCUUUCCCUUCCUUCUCCUGCUGCUGCUGCUCUGCAUCCAGCUCGGGGGAGGACAGAAGAAAAAGGAGAAUCUUUUAGCUGAAAAAGUAGAGCAGCUGAUGGAAUGGAGUUCCAGACGCUCAAUCUUCCGAAUGAAUGGUGAUAAAUUCCGAAAAUUUAUAAAGGCACCACCUCGAAACUAUUCCAUGAUUGUUAUGUUCACUGCUCUUCAGCCUCAGCGGCAGUGUUCUGUGUGCAGGCAAGCUAAUGAAGAAUAUCAAAUACUGGCGAACUCCUGGCGCUAUUCAUCUGCUUUUUGUAACAAGCUCUUCUUCAGUAUGGUGGACUAUGAUGAGGGGACAGACGUUUUUCAGCAGCUCAACAUGAACUCUGCUCCUACAUUCAUGCAUUUUCCUCCAAAAGGCAGACCUAAGAGAGCUGAUACUUUUGACCUCCAAAGAAUUGGAUUUGCAGCUGAGCAACUAGCAAAGUGGAUUGCUGACAGAACGGAUGUUCAUAUUCGGGUUUUCAGACCACCCAACUACUCUGGUACCAUUGCUUUGGCCCUGUUAGUGUCGCUUGUUGGAGGUUUGCUUUAUUUGAGAAGGAACAACUUGGAGUUCAUCUAUAACAAGACUGGUUGGGCCAUGGUGUCUCUGUGUAUAGUCUUUGCUAUGACUUCUGGCCAGAUGUGGAACCAUAUCCGUGGACCUCCAUAUGCUCAUAAGAACCCACACAAUGGACAAGUGACAGGGUCUUCUCCUGUGGCCCAGGCUGGAGUUCAGUGGCGUGAUCACAGCCUACUUUUAACUUCAAAAUCCUAGGCUCAAGCCAUCCUCCCACCUCAGCCUCCUUAGUAGCUGGGACUACAGGUGCAUGCCACUGCACCCAACUAAUUUUUAAAAUUUUUUGUAGAGACAGGGUCUUGCUAUGUCAUCUAGGCUGGUCUUGGACUCCUAGCCUCAAGUGAUACUCCAGCACUGGCCUGCCAAAGUACCAGGAUUACAGAGGUGAGCCAACCAUGUGCAGCCAUCUUCAGCCUAUUUUAAAUGAACAAUUUUUUAAAAAUACACUGUAAAUAUAACUAGCAAUCAUUUAACUGUAACAACUAUUCAGUGAAUUGUAAUGUAUAUUUUAUUACUGGUAAUUAAUUAAUUCAUUAAUAAAGGCAUUCUCAUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-462.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -487.80

Frequency: 0.0000

Diversity: 452.52

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((..(((((....(((((((((((((.(((.((((...(((((.(((..(((((.....((((((..(((....)))..)))))))))))..))))))))..))))..))).)))))).)))..))))...))))).))))))))).(((((((((.(.((.(((((((...))).)))).)).)(((...)))..))))))))).(((((((((....)))((((((((....)))).(((((((((.((((.(((......)))..))))..)))))))))..(((((.....(((..(((.(((((((...........))))))).(((((...))))))))..)))..))))).........))))(((((((.....)))))))...(((..((((((........(((((..((((((((((((((((......((((..(((((((....)))).)))))))((((..(((((.............(((((..(....).))))))))))..))))...(((.((.(((((.(((.....(((.(((..((((((((((((((((.((((................)))))))).))))...))))).)))..))).)))..(((....))))))))))))).)))........(((((....)))))...)))).))))))..)))))).)))))...((((.((..((((((....))))))..)).)))).............((((((((....((...((((.(((((((((((((((..(((((...(((.....((((.((((....((((..((......))..))))...(.(((((((((((.....(((.((..((((........))))....)))))(((((((.((((....))))...)))))))......((((.(((.(((.........)))...)))))))...))))))))))).)(((((((.((((((.........))).)))...)))))))...))))...)))))))...)))))...((((((..(....)..))))))......((((((......))))))(((..(((((...)))))..)))((((((((.(((...))).)))).))))((((((..........)))))).)))))))))))..))))..)))).))....))))))))......)))))).)))........)))))).......((((...((((.(((...(((..((((...(((.(.(((((((((....(((((((((.((..((....))..)).)))).)))))....)))))....)))).)))).))))..))))))))))...))))............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((((.,(((((....(((((((((((((.(((.((((...(((((.(((..(((((.....((((((..(((....)))..)))))))))))..))))))))..))))..))).)))))).)))..))))...))))).))))))))).((((((((({,,{{.{|{|(((.,.))),)))).)).)|||...)))..}))))))||.(((((((({....}}},{||((((....)))).{((((((((.({{(,{({,,,...))}..)))).,)))))))))..{{{{{,{{,,(({..{||}||{((((,....,.,{{{|||||||{(((((,,.}||}}}|,.,}||,.||,,,.},.,},.{||{|(((((((.....)))))))...{{|,,||{{|{,....,|,||{{{..{{{{{{{{{{{{{{({,,,...((({.,{{{{(((....)))},|||||}}{(((..(((((.............(((((..{....}.)))))}))))..)))}...||{.|,{||{{|{{{|,,,,.{((.(((.,(((((((((((.((((.((((................))))))))})))).,,}}))),}}}..})).})|,,((({{{{|||.,||||||}|,|||,.......{((((,,..,|||}..,||}}.}}}))),.||}}}}.||||,.,|((((.{(..((((({....}))))),,|}.}}}).,...,,......,{||||{|,,..{|,,,||{{.{{{|||||||||||{,|{,||||||||||,..,||,||}}|||...{,,{{,||||,||,....,{{|{,((((((((((((((,(,({((({,,,,{(({..,|,,,|}}}|{{{|||,|{(((((((.((((....))))...))))))).}}....}}}},{||,||,..}),}..}}}||||||,,...,}}}))|||||{(((((((((((((((((.((,....{(((((.{{({......}})}...)))))))).))}}}........((((((..(....)..))))))......((((((......)))))){{{..{(((,...,})}}..})){(((((((.(((...))).)))).)))|{||||||,..,}}},,),))))},,}}))),)))}}))),}})))).))}}..)}))))))......)))))).))).,))},,,)))))).......((((.,.{(,(((((,..{((..((((...(((.,.(((((((((....(((((((((.{(..((....))..}}.))))}}))))....)))))),..,,}}.}))).))))..))))))))}}.,.))))............