Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413691.1
Sequence Length
1284 nt
GC Content
0.4883
AGUCUCCUCCUCUGCGUCCUCGGCCGCGGCCCGGGUCCCUCGCAAAGCCGCUGCCAUCCCGGAGGGCCCAGCCAGCGGGCUCCCGGAGGCUGGCCGGGCAGGCGUGGUGCGCGGUAGGAGCUGGGCGCGCACGGCUACCGCGCGUGGAGGAGACACUGCCCUGCCGCGAUGGGGGCCCGGGGCGCUCCUUCACGCCGUAGGCAAGCGGGGCGGCGGCUGCGGUACCUGCCCACCGGGAGCUUUCCCUUCCUUCUCCUGCUGCUGCUGCUCUGCAUCCAGCUCGGGGGAGGACAGAAGAAAAAGGAGAAUCUUUUAGCUGAAAAAGUAGAGCAGCUGAUGGAAUGGAGUUCCAGACGCUCAAUCUUCCGAAUGAAUGGUGAUAAAUUCCGAAAAUUUAUAAAGGCACCACCUCGAAACUAUUCCAUGAUUGUUAUGUUCACUGCUCUUCAGCCUCAGCGGCAGUGUUCUGUGUGCAGGCAAGCUAAUGAAGAAUAUCAAAUACUGGCGAACUCCUGGCGCUAUUCAUCUGCUUUUUGUAACAAGCUCUUCUUCAGUAUGGUGGACUAUGAUGAGGGGACAGACGUUUUUCAGCAGCUCAACAUGAACUCUGCUCCUACAUUCAUGCAUUUUCCUCCAAAAGGCAGACCUAAGAGAGCUGAUACUUUUGACCUCCAAAGAAUUGGAUUUGCAGCUGAGCAACUAGCAAAGUGGAUUGCUGACAGAACGGAUGUUCAUAUUCGGGUUUUCAGACCACCCAACUACUCUGGUACCAUUGCUUUGGCCCUGUUAGUGUCGCUUGUUGGAGGUUUGCUUUAUUUGAGAAGGAACAACUUGGAGUUCAUCUAUAACAAGACUGGUUGGGCCAUGGUGUCUCUGUGUAUAGUCUUUGCUAUGACUUCUGGCCAGAUGUGGAACCAUAUCCGUGGACCUCCAUAUGCUCAUAAGAACCCACACAAUGGACAAGUGAGCUACAUUCAUGGGAGCAGCCAGGCUCAGUUUGUGGCAGAAUCACACAUUAUUCUGGUACUGACAUCUUAGCAGUAUACUUUAUCUGGAUAAAGUGAUGACUAUCGAAACACAUCAGGAAUACCGAGCUGAAGGAUGAAAAGCUGUGUUGAGAUCAUCCUUUUAUUGUAUGGCAGGAAUUCUCCAAGGUUUAAUUUCAUGGAUCAUUGACAUCAAGCUGAGAUUUAGGAUUCAAAUAAAUUUCACAAGCAGUGUGAAUGUUUUCAUAUAGAUCUUAGCAGUGAUACAUAAAAGAAUUAAAAGUCUGUAUUCUCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-433.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -454.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 258.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.((...((..((((.(((((.(((.((((...(((((.(((..(((((.....((((((..(((....)))..)))))))))))..))))))))..))))..))).)))))))))..))(((..((.(((((((((((....(((((((((.(....).)))..)))))))))))))))))))..)))..(((((((((((((.((((............((((....)))).........)))).))))))))))))).....)).)))))))))).........((((((((((((((((((((......(((((((.(((((((((((..(((.((....(((.((....)).))).((((((((((((.....))))))).....))))).)).))).))))))))............)))))))))))))))(((((((.((((.((((((.((((((.((((..(((((.............(((((..(....).))))))))))..))))))))))))).....(((((((((.(((((.....((((((((((.((((.((((................))))))))))))).............((((((((((((((((((((..((((((.((((((........((((((...(((...(((......)))(((((...(((((....((((.((..((((((....))))))..)).)))).....)).)))...))))).)))...)))))).......)))))))))).))..))))))))))..)))).).)))))...((((..((......))..)))).(((((((..(((((((((..(((.((..((((........))))....)))))(((((((.((((....))))...)))))))((((((..(...(((.....))).)..)))))).))).))))))...))))))).....(((.(((.((((((........)))))).))).))).((.(((..((.((((((((....))))))))))..)))..))....)))))....))))).))))))))).)))..)))))))))))......(((((((.((((.((.(((....)))..((((((......)))))).(((....)))(((((((((((......(((((...((((((.....))))))))))).....))))))))))).)).)))))))))))...)))))).....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,((((((((((.((...,({{((((((((((.(((.((((...(((((.(((..(((((.....((((((..(((....)))..)))))))))))..))))))))..))))..))).)))))),))}.})|||..{(.(((((((((((.,..(((((((((.(....).)))..))))))))))))))))))),.)}}..(((((((((((((.((((,....,......((((....}))).........}})).)))))))))))))..,,.)).)))))))))}..,......((((((((((((((((((((,..,,,{((((((,{,(((((((((..(({.{{....{((.((....)).))).((((((((((((.....))))))).....))))).}).)}}.))))))))}.,..,}..}}}}}})))))}))))))(((((({{((((.{{|{{(.((((((.((((..(((((.............(((((..{....}.))))))))))..)))))))))}})),}},,(((((((((.(((((..{{.((((((((((.((((.((((................))))))))))))).,,..,,,.....((((((((((((((((((((..({((((.((((((...,,,..((((((...(((..,(((......}}}{((({,..{{(((.,,|((((.{{..((((({....}))))),,|}.}}}).},..}}|,}}...})))}.)))...))))))....,,,)))))))))).})..)))))))))),.,))).),}))))...{(((..({......}}..}})).(((((((..(((((((((.,(((.((..((((........))))....)))))|((((((.((((....))))...))))))}((((((..{...(((.....))).}..)))))).))),,)))))...))))))),||..(({.(((.((((((........)))))).))).}))..,.,||},{{.{(((((((....)))))))}}},.)),..,.....)))))},..))))).))))))))).)),..)))))))))))......((((((,,((((.((.(((....)))..((((((......}))))).{{{....,,.(((((((((((......{{{{{...((((((.....))))))))))),,...))))))))))).)).)))))))))))...)))))).....))))))))).
Back