Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413754.1
Sequence Length
4703 nt
GC Content
0.5141
AGCCCGGCCCGCAGCCCCUGGCCUGCGGCCCCCACCUUCUCGGCCGGGCAGGAAGUGACAGGCCCGGAGCGAGCCCCGGAGGCCUGGCUGAGCCGCGGCCGGGCCCGCACCCGGAGCGGCGGGAGGGGCGGGGAGCCGCGGUCGCGCCGGGCGCCUCCCACCCCGCCCUCGGCGCCCCCGCCCCUCCAGGAAGGGGAGGAGGCGAGGGGAGCCCGCCGCGGAGGCCGAGCGAGCCCCCAGCCCAGCCUGGCGACUGGGGACCCCGGCACAUGAGGUGGACGCCCCCGGGGAAGACUUGGGUGCACAGCCAGGCGAGAAGGUCUUGAGUCAGACAGAGCACCAGCCUUGGGGACCCUGGACCACUAUCAUGGAGACUGAGAGCGAGCAGAACUCCAAUUCCACCAAUGGGAGUUCUAGCUCAGGGGGCAGCUCUCGGCCCCAGAUAGCUCAAAUGUCACUUUAUGAACGACAAGCAGUGCAGGCUCUGCAAGCACUGCAGCGGCAGCCCAAUGCAGCUCAGUAUUUCCACCAGUUCAUGCUCCAGCAGCAGCUCAGUAAUGCCCAGCUGCAUAGCCUGGCUGCCGUCCAGCAGGCCACAAUUGCUGCCAGUCGGCAGGCCAGCUCCCCAAACACCAGCACUACACAGCAGCAGACUACCACCACCCAGGCCUCGCCACAGCUGGGAAACCUAUUGCAGGUAAACCGAACCCUGGGUCGGAAUGUGCCUCUAGCCUCCCAACUCAUCCUGAUGCCUAAUGGGGCGGUGGCUGCAGUCCAGCAGGAGGUGCCAUCUGCUCAGUCUCCUGGAGUUCAUGCAGAUGCAGAUCAGGUUCAGAACUUGGCAGUAAGGAAUCAACAGGCCUCAGCUCAAGGACCUCAGAUGCAAGGCUCCACUCAGAAGGCCAUUCCUCCAGGAGCCUCCCCUGUCUCUAGCCUCUCCCAGGCCUCUAGCCAGGCCCUAGCGGUGGCACAGGCUUCCUCUGGGGCCACAAACCAGUCCCUCAACCUUAGUCAAGCUGGUGGAGGCAGUGGGAAUAGCAUCCCAGGGUCCAUGGGUCCAGGUGGAGGUGGGCAGGCACAUGGUGGUUUGGGUCAGUUGCCUUCCUCAGGAAUGGGUGGUGGGAGCUGUCCCAGAAAGGGUACAGGAGUGGUGCAGCCCUUGCCUGCAGCCCAAACAGUGACUGUGAGCCAGGGCAGCCAGACAGAGGCAGAAAGUGCAGCAGCCAAGAAGGCAGAAGCAGAUGGGAGUGGCCAGCAGAAUGUGGGCAUGAACCUGACACGGACAGCCACACCUGCGCCCAGCCAGACACUUAUUAGCUCAGCCACCUACACACAGAUCCAGCCCCAUUCACUGAUUCAGCAACAGCAACAGAUCCACCUCCAGCAGAAACAGGUGGUGAUCCAGCAGCAGAUUGCCAUCCACCACCAGCAGCAGUUCCAGCACCGGCAGUCCCAGCUCCUUCACACAGCUACACACCUCCAGUUGGCGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAACAGCAACAGCAGCAACAGCAGCAGCCGCAAGCCACCACCCUCACUGCCCCUCAGCCACCACAGGGUAAACCCCAGACAUUGGCUGUCAAACGCAAGGCUGACUCUGAGGAGGAGAGAGAUGAUGUCUCCACAUUGGGUUCAAUGCUUCCUGCCAAGGCAUCUCCAGUAGCAGAAAGCCCAAAAGUCAUGGACGAGAAGAGCAGUCUUGGAGAAAAAGCUGAAUCAGUGGCUAAUGUGAAUGCUAAUACUCCAAGCAGUGAACUAGUAGCCUUGACCCCCGCCCCUUCAGUACCGCCUCCUACACUAGCCAUGGUGUCUAGACAAAUGGGUGACUCAAAACCCCCACAGGCCAUCGUGAAGCCCCAGAUUCUCACCCACAUCAUUGAAGGCUUUGUUAUCCAGGAAGGAGCAGAACCUUUCCCGGUGGGUUGUUCUCAGUUACUGAAGGAGUCUGAGAAGCCACUACAGACUGGCCUUCCGACAGGGCUGACUGAGAAUCAGUCAGGUGGCCCUUUGGGAGUGGACAGCCCAUCUGCUGAGUUAGAUAAGAAGGCGAAUCUCCUGAAGUGCGAGUACUGUGGGAAGUACGCCCCCGCAGAGCAGUUUCGUGGCUCUAAGAGGUUCUGCUCCAUGACUUGCGCUAAGAGGUACAAUGUGAGCUGUAGCCAUCAGUUCCGGCUGAAGAGGAAAAAAAUGAAAGAGUUUCAAGAAGCCAACUAUGCUCGCGUUCGCAGGCGUGGACCCCGCCGCAGCUCCUCUGACAUUGCCCGUGCCAAGAUUCAGGGCAAGUGCCACCGGGGUCAAGAAGACUCUAGCCGGGGUUCAGAUAAUUCCAGUUAUGAUGAAGCACUCUCUCCAACAUCUCCUGGGCCUUUAUCAGUAAGAGCUGGGCAUGGAGAACGUGACCUGGGGAAUCCCAAUACAGCUCCACCUACACCGGAAUUACAUGGCAUCAACCCUGUGUUCCUGUCCAGUAAUCCCAGCCGUUGGAGUGUAGAGGAGGUGUACGAGUUUAUUGCUUCUCUCCAAGGCUGCCAAGAGAUUGCAGAGGAAUUUCGCUCACAGGAGAUUGAUGGACAGGCCCUUUUAUUACUUAAAGAAGAACAUCUUAUGAGUGCCAUGAACAUCAAGCUGGGCCCUGCCCUCAAGAUCUGCGCCAAGAUAAAUGUCCUCAAGGAGACCUAAGGUGGCCCUCUUGCACAAACCAGCCUAAGGCAGACACUCUCCACUGUCCAGGUUAUAACCUGGUACCAGCAGACUUUGCAGGGAAGAAAGAGUUGUUCCAAUCAUGUAACCUUCUGUAGGGGAUUACUGAGACAGGGAAGAGAAGUGCAAGAAUUGGUUGCUGGUGCUACAUGGCGGCAGCUUUGACAUUUUCUCUGGGUUCUACUUUAUUUUUUAAAAUCUUUACAGUUCUCACCAUUUCACGUACCUUAAUCCAAUCUUUAUAAAAGAGGCAGUCUAGAGAACUAGGACUGCUCAGCCUUAUCCUGGAGUGGAGCAUUUAGCCCAGGUCUUAAUUCUCCAAGAGGAGGAAUACAUAGUAUGGUAAGGCAAGGAACUGGGUGGAAUGUCAGGUUGCCUGCCCAAUGGGAGAGGUAGGGUUUUUCUAGCUUGUGUGACAGAAGUAGCAAAAUCUGGUCCUCCCCCCUCCCAGUGUAGCUGUGGCUCAGAGUUUUUUCUUUUUGUUGUCACUUACUCCCUUGUGAUUGAAUUUUUUCUCCUGCAUCCAUGGCAGGAUCCCCAGCCAGUAUAGAGACUUGGUUGGCAUCUUCUGCUGCAGGGACUAAAAGUAUUUGACUGGGGCACAUGUGGCUGUUGUCAUUCUUUCUGCAUCCCACUGUUCCCCUCCAAUUUAUGUUAUUUUCUACCCUGUUUUUCAGUUCCAUCUCUGCUCUGUCCUAUAGCUUUAUAAAACCAGAGUGUGUGGGGCUGAGGUCAGGAGUAUAAGUACCUGCCUUAGGCACUAUUCCUUAUAUAACAAAAAUAUUAAAUAUUUUUUUCCUCAGUAAAAGGAUGAAAAUUGGUUUCAGUUGUCUUACUCUAUUCCAGUCUUUGCCCACUUUCACACAAAUGACAAGGCCAAUAUGUUUUGUUUGUUUUUUAAUCAUUAAGAGUUUUUGUACAAAAGGUGAUGGUUUUUUUUCUUCAUUUUAAAACACCAGGGUGUGGGGGAGGGAUGCAAACAAAUAACAAAAAAGAUGCUUUUGUAACAUUAUUUUCCCUGUUUAGAAAGAAAAAAAUCACUCCAAUAGUAUUGAAAAGUCCAAAGAUGAAAUAGUUUCAUUUUCUUUUCCUAAGGCUUAUAAAAGGCCCCCUGCCUGUUGAUUCCAUCCCUCUUUUGUGUCCAGUGGAGCCAUGUUACUCUUCAGUGGCCCAGGGGUUCACUAUUAAAGAAAGAUCAGUCCAGGUUUCUGGGCACAUGGCCUAAACAGGAAGAUGGAAGCAUCAGAGGAUUAAAAACCUUUCCCCACAGAAAUGUGGGCAAGAAGACACUUCCCUGAGCCAGCAGAAGGGACAGGUGCAGCAGCAUUCCACACCCAGCGCAGAGGACAGCAGAGCCCUCGAUGUCCCACUUCUGCUUCCGUUCCCUUUCUAGAAGAUUGAAAAAAAGGUCAAAACCACAUGCCUGUGGAGAAAGUGCGACAUGUUUAGAAAUACUGGUAGGGAACCAGGAGUAAGAAAAGCUUUACCAGCUUUUACUACAAAUGGAUGAAAGACAUCAGGAUCCCACCACCGCAAGGUAAAGUGACUUCCCUUUUCUGGAACCCCUGUGGCACAGGAGUACCAAUUUUCCUUUCCAACGAACUGGAUUUCUGGAUAGGCAUUUUGGCUGUAUGUGGACAGAUAAGACCACAGUCCUUAGCCCAAUCCCAGCUAUACAGUCACCCCAAUUUCCACAAAUGAUGUGAUGGUACCGUAUAAUCCUGUAAUUGGGAAAUUUCACAUUUUUCCUGUCCUAAUCUCAGAGGUGGGAGAAGCAAGUCUAGAACAUCUCCAGGCUCAGACUAAACGAGAGUACUUGGACUGCAACCAAGUAAUCACUGCAAAGUAGUUCCAAGCAGCAAGAAAUACCAGAUUCUCAUGGAGGCUACUAUAGGGUACAGAAUAACAACAUGAAAGCAAUCAACCCUGUAUAAAUAAUGUUUCUUGGCAUUUUUUUUUUAAUUAAAGAAAUCCAGUGUCUCAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1633.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1715.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 1100.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.((((((...)).))))))))((((((((((((.((((((..(......)..))))))..)))).(((((((((((((((((.(((((((((((......))))(((.((((((..(((..(((.(((.((((...))))))).))))))..)))))))))(((.(((((((((((((.......))))).)))).)))).))).))))))).((((....).)))(((((((((...))).).)))))((((((((((((.((((.(((.((.((((((.....)))))).))((.((((((.((((.....(((((.((((..(.(((((....(((((((..((((.((.(((((.(((.(.((((((((((((((((((((.(((.....))).)))))))).))))........))))))))).))))))))......((((...........)))).(((((((..((...))..))))))).((((((((((.((((((((..(((((......((((..(((....)))..))))....)))))..)))))))).)...)))))))))..(((((.......)))))(((....))).)))))).)))))))......((........)).((((.(((((.((.((.((((.(((....((.(((((...(((..(((.((...((((.((...)))))).)).)))...)))..))))).)).....))).))))...)))).)))))))))..(((....))))))))).)))))))))))))(((((.((..(((....)))....)).)))))..)))))).))..(((((((((((((((..(((((.((((((..(((((..((((((.....(((.....))).....))))))((((((((((((.((((.....)))).........((((((((.((.(((....))).)).))))))))....((((((.................)))))))))))))).))))...)))))...)))))).)))))..))(((((((((((((((.((.(((...((((((.(((((.((.((((((....)))).)).)).))))).)))))).((((((.(((((((((((.(((((.((.((((((.(.....).).))))).)).))))).........(((((((....(((..(.(((.....))).)..)))((.((((((((...((((((...((.......))(((((...(((((((((..(((.(((((.((((.((((.((((.((...............((..(((.........)))..)).((....))..........(((.((((((((...((((((((((........))))))))))....((((((((((((((..((((.((.(((....))))).....((((((.((((((((...(((((((.((.((.((.((.((.......((....)).......)).)).)).))..))......(((((..(....((((((......(((.....))).((((.....))))........)))))))..))))).(((((.(.....).)))))...(((((((...((((..(((...((....)).))).))))...)))))))((((((((((.....(((((..((((((((...((((((..((((.(((((..((...((((.........))))....))...)))))))))....(((..((((((...(((((.((((((((....)))))).(((.((.((((((...((...((.((((..(((((((....(((((.(((.....((((((......(((((.(((((..(((.....)))))))).)))))....))))))...)))..(((...(((((((((((((......)).))))))..))))).))).)))))((((((...)))))).)))))))...)))).)).))..)))))).))))).........)).)))))......)))))).)))....(((((((.........)))))))..)))))).....)))))))).)))))..)))))))))))))))))))))).....))))))))).(((((.((((((((.((...(((.......(((((...))))).........(((((((.((....)).))))))).....(((.((((((..((((..((((((.............))))))(.(((.((((((((.....))))....))))))).).......(((((....((((...............))))..)))))......))))...))))))))).(((((...(((...((((....)))).)))..)))))))).))))))))))..))))).......((.(.((((((((((((((((((((((.((((((...(((((.((((........)))).)))))))))))))))..((.(((.((((((((((((...((((.((((((.((((((..(((((.........(((((((((......)))).)))))))).))..)))))).))....))))((((((((.(((((.....(((....))).....((((((((.((((((..............))).))).))).......)))))...((((((((....)))))).))..))))).)))).))))......)))).)))))..)).))))).))).))...)))))))))).))))))))).))..))))..))))).)))))))))((((((((((((((((((.((((((((..((.((((((..((((.....)))).......................................(((((...)))))((((((((((....))).)))))))..((((((((((((..((((...))))..)))))......((((((....))))))((((...)))).)))))))..)))))).)).)))))))))))))))).)))...((((((.((..(((.....((((.((.(((.((....)).))).)).))))....)))))))))))))))))).(((((.(((((........)))))..)))))((((......))))..(((....)))((((((.......))))))...(((((((((......)).)))))))....)))))))).))))))))))))).)))).))))))))..))))))))))))))....))))))...))))...)))).))..........(((((..(((((((..((((((((((((...(((((((...((((....))))....))))))).)))))))))))).)))).))).))))).)))))))..)))))))))))........((((((((...)))))))).((((.......)))).((.(((((....))))).)).))))))...))))).)))))))))))))))(((...((((((((......)))))))))))(((((((...))))))).....((((....((((((..((((((((((..........((((....))))(((((((.((((...(((((................)))))..)))).))))))).....))))))))))..))))))......)))).((((((....(((((((((...)))))))))))))))....(((((.....)))))....))))))))))))).))).)))).))))))...(((.(((((...........))))))))))))))................)))).)))))))))))))....((((.....((((..((((....))))(((((........))))).((((((....))))))...((((...)))))))).))))..(((.(((((((((((....))).((((((..((((((((((((((...((....))..)))))....)))))........(((.(((((((((((........))))....(((((....))))).....((((.(((.(((((((((..(((((.....)))))..(((..(((((((.....)))))))..))).....((((.....)))).(((...(((.(((....)))...)))...)))..))))).))))...))).))))(((((........))))).((((......)))).))))))).))).......))))..)))))).......(((....))).....((((((..(((.(((((.((.(((........((((.....))))..))))).)))))...)))..))))))...............))))))))..)))..))))))))((((((((((((.((.(........).)))))))......((.(((((((.......))))))).)).......((((((((((.(.....((((........))))).)))).))))))(((((((..............(((......))))))))))........)))))))(((.((((((((.......)))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.(({((((((((...)),}))))))){,,((((((({{,{{((((,,(,,,,,.}..}}||||..,,..,,|}||.,(((((((((.(((((..(((((......))))).)))))(((.((((.((((.(((.((((...))))}),}},)))).)))).)))..{((.(((((((((((((.......))))).)))).)))).))|((((.((...((((.(.{.{.((((((((({...})).).)))))).}}}))))...}).)))),..((.((((((.....)))))).)).)))))))))}}}}}|||,{{(((.({{{,,(.(((((..,.{((((((..((((.((.(((((.(((.(.((((((((((((((((((((.{({.....})}.)))))))).))))........))))))))},))))))))......((((.......,...)))}.(((((((..((...))..))))))).((((((((({.((((((((..(((((......((((..(((....)))..))))..}.)))))..)))))))).}...)))))))))..{((((.......))))|(((....))),)))))).))))))}......((........)).((((.(((((.((.((.((((.(((....((.(((((...(({..({(,((,..((({,((...)))))).,}.))),,.}))..))))).)).....))).))))...)))).)))))))))..(((....))})))))|.})))|}}|({{{(((((({.{{.(((....)))}},|,|((({{{||||||},.....((((((((((((({{..(((((.((((((..(((((.,((((((.....(((.....})).....))))))|(((((((((((.((((.....)))).........((((((((.((.(((....))).)).))))))))....((((((....,.......}....)))))))))))))).)))}...)))))...)))))).)))))..}}(((((((((((((((.((.(((...((((((.(((((.((.((((((....)))).)).)).))))).)))))).((((((.(((((((((((.(((((.((.{((((,{,.....}.).))))}.)).))))).......,.(((((((...{(((..{.(((.....))).|..|||({,,((((,((..,((((,,,{{(((,,.{{,..(((({..,(((((((((..(((.(((((.((((.((((.{((({((((((((((((((...((..(((.........)))..)){((,.{{(({{{.{{{{(((({.,.,........(((((((||,..((({....,))).|}.,}}||||,((,((((,((..{,,,.(({((.{{{{|||,......((((((.((((((((...(((((((,((.((.{{.||.{|.......((....)).|,....)).)).}}.))..}}......(((((..(,...{(((((,.....(((.....))}.{,,,.,,},))}}........)))))})..))))).(((((.(.....).)))))...(((((((...((((..(((...{{....}}.))).))))...))))))){(((((((((...,.(((((..((((((((..,((((((..((((.(((((..((...((((.........))))....))...)))))))))....(((..((((((...(((((.(({{{(((,,..}|||||.{{(.{{.{(((((...{{...{{.((((.,(((((({.,|,,{{{{,,{,,,,,,((((((......(((((.(((((..(((.....)))))))).)))))....)))))},|,{{((((..,{{||,||||||||||,.{{{{,,.,,,,,)}})||||,||.,|||||((((((...})))))})}}))))}),)))),)},)},,)))))).})))).,,,,,...)).)))))......)))))).))).,..(((((((.........)))))))..))))))..}..)))))))).))))).}))))))))))))))))))))),....}))))))))).(((((.((((((((.((.,,{((.......{(({,...|)))}.....,...(((((((.((....)).))))))).....(((.((((((.,((((..{{((((..{...,....,,)))}}|||{({.{{((((((.....)))),,.,})))}}|{|.,{,{|,|||,|,,||{,{{,{|,.,,..,,,,..,})}..})))),..}},)))}...))))))))).(((((..,|{|...((((....)))).}}),,))))}})).))))))))))..)))))......{(({({(((((,({{,((((((((((((.((((((...(((((.{(((........)))}.))))))))))))))))....}.})})))},}}))},......)))}|},|,{(((((,.(((((.,.......(((((((((......)))).))))))}}.))..}))))}))})))..))))).,},.}},))})||.........,.{{{....})},},.,.}}})))...{{{{{{{{....,.{|{...))).....{{{{{{.((((((((((....)))))}...,.((({,..||||,,((((.({....}).))))..,|,,||||,{{|},,,.}))),)))))),)))))))}}}))..))))}}))}}}.))))))),))}}...,((((((((({{{(((((((({.((.((((((..,,,{.....,}},.........,...............,.............(((({...}))))((((((((((....)))))))))))..((((((((((((.,({(,....}},}}))))}......((((((....)))))){{{(...}}))})))))))..)))))).)).)))))))))))))))).)))...{(((((,((..((({{{,.(((({((.((,.,|}.}}))}),)}))})),}.}}})}))}}))))}))))))..)))))).,|||,..............{((({,,,,......)))),.||,....,}},(((((,.....,((((((...(((((((((......))}}))))))....))))))))))))),}))))))).)))).))))))))..))))))))))))))..,.}))))).,,)))))}}}}))}))}..,,..,},|||||,.{((((((..{(((((((((((...{((((((,..((((....))))..,.))))))).)))))))))))}.)))).))}.,,})}})))))))..)))))))))))........{(((((({...})))))}}.((((.......)))).{|,{{{{{....))))).),.))))))...))))).))))))))))))))),{{,..((((((((......))))))))}}},{{{{{,....}}}}},,,,,.{{{{....((((((..((((((((((..........((((....))))(((((((,((((...(((((...,............)))))..)))).})))))))....))))))))))..)))))}......}}},.((((((....(((((((({...}))))))))))))))....(((((.....)))))....))))))))))))).....((((.(.(((((((((.((((({(.((((((,..(({{(((((((((((.{....,,{{,..,.,..{(((({.,,,)))))|...,,|||,...{||||,{{{(,,.,|}||(({((,.......}||||.((((((....))))))...|{{{...}}))))))}}},((((((((((((((((((....}}},|,,.........,,.((((,{..,...}.))))..))))))..})))))){{{(({{(((.,((({..,,((,,......}|}}....(((((....))))).,,..|,||.,|,.,|}},,.,...}}||,}}}}})),.)}}(((..(((((((.....)))))))..))).....((((.....)))).{{{...(((.(((....)))...)))...)))})))}}})))))))))).)))))})))))).},....,(({.((((..{{,..,,,.})))))).))).....})))).))).)))))).}.}))},....,,...,..((((((..(((.(((((.((.(((...,,.,.{{{,...,,}))),.))))).)))))...)))..)))))).......,,..{{||||||,||{...,...,)))))))||||||||||||.||,}..})}}})).,.))))}......{{.{{(((((,,,,,..}}}||}}.}},}|.....|||||{|||,|..,..{{{{....,...}}}}}.)))}}})),,{(((((((..............,,,......}},)))))))}.......}}}}}}}{((,((((((((,,.....))))))),,})}}),}.,.....
Back