Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413930.1
Sequence Length
3552 nt
GC Content
0.5574
AACGCUCCGCCGGCGCCAAUUUCAAACAGCGGAACAAACUGAAAGCUCCGGUGCCAGACCCCACCCCCGGCCCCGGCCCGGGACCCCCUCCCCUCCCGGGAUCCCCCGGGGUUCCCACCCCGCCCGCACCGCCGGGGACCCGGCCGGUCCGGCGCGAGCCCCCGUCCGGGGCCCUGGCUCGGCCCCCAGGUUGGAGGAGCCCGGAGCCCGCCUUCGGAGCUACGGCCUAACGGCGGCGGCGACUGCAGUCUGGAGGGUCCACACUUGUGAUUCUCAAUGGAGAGUGAAAACGCAGAUUCAUAAUGAAAACUAGCCCCCGUCGGCCACUGAUUCUCAAAAGACGGAGGCUGCCCCUUCCUGUUCAAAAUGCCCCAAGUGAAACAUCAGAGGAGGAACCUAAGAGAUCCCCUGCCCAACAGGAGUCUAAUCAAGCAGAGGCCUCCAAGGAAGUGGCAGAGUCCAACUCUUGCAAGUUUCCAGCUGGGAUCAAGAUUAUUAACCACCCCACCAUGCCCAACACGCAAGUAGUGGCCAUCCCCAACAAUGCUAAUAUUCACAGCAUCAUCACAGCACUGACUGCCAAGGGAAAAGAGAGUGGCAGUAGUGGGCCCAACAAAUUCAUCCUCAUCAGCUGUGGGGGAGCCCCAACUCAGCCUCCAGGACUCCGGCCUCAAACCCAAACCAGCUAUGAUGCCAAAAGGACAGAAGUGACCCUGGAGACCUUGGGACCAAAACCUGCAGCUAGGGAUGUGAAUCUUCCUAGACCACCUGGAGCCCUUUGCGAGCAGAAACGGGAGACCUGUGAUGGUGAGGCAGCAGGCUGCACUAUCAACAAUAGCCUAUCCAACAUCCAGUGGCUUCGAAAGAUGAGUUCUGAUGGACUGGGCUCCCGCAGCAUCAAGCAAGAGAUGGAGGAAAAGGAGAAUUGUCACCUGGAGCAGCGACAGGUUAAGGUUGAGGAGCCUUCGAGACCAUCAGCGUCCUGGCAGAACUCUGUGUCUGAGCGGCCACCCUACUCUUACAUGGCCAUGAUACAAUUCGCCAUCAACAGCACUGAGAGGAAGCGCAUGACUUUGAAAGACAUCUAUACGUGGAUUGAGGACCACUUUCCCUACUUUAAGCACAUUGCCAAGCCAGGCUGGAAGAACUCCAUCCGCCACAACCUUUCCCUGCACGACAUGUUUGUCCGGGAGACGUCUGCCAAUGGCAAGGUCUCCUUCUGGACCAUUCACCCCAGUGCCAACCGCUACUUGACAUUGGACCAGGUGUUUAAGCCACUGGACCCAGGGUCUCCACAAUUGCCCGAGCACUUGGAAUCACAGCAGCAGAAACGACCGAAUCCAGAGCUCCGCCGGAACAUGACCAUCAAAACCGAACUCCCCCUGGGCGCACGGCGGAAGAUGAAGCCACUGCUACCACGGGUCAGCUCAUACCUGGUACCUAUCCAGUUCCCGGUGAACCAGUCACUGGUGUUGCAGCCCUCGGUGAAGGUGCCAUUGCCCCUGGCGGCUUCCCUCAUGAGCUCAGAGCUUGCCCGCCAUAGCAAGCGAGUCCGCAUUGCCCCCAAGGUGCUGCUAGCUGAGGAGGGGAUAGCUCCUCUUUCUUCUGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACUCCUGUUUGGAGAAGGGUUUUCUCCUUUGCUUCCAGUUCAGACUAUCAAGGAGGAAGAAAUCCAGCCUGGGGAGGAAAUGCCACACUUAGCGAGACCCAUCAAAGUGGAGAGCCCUCCCUUGGAAGAGUGGCCCUCCCCGGCCCCAUCUUUCAAAGAGGAAUCAUCUCACUCCUGGGAGGAUUCGUCCCAAUCUCCCACCCCAAGACCCAAGAAGUCCUACAGUGGGCUUAGGUCCCCAACCCGGUGUGUCUCGGAAAUGCUUGUGAUUCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGUCUCGGAGAAAACAGCAUCUACUGCCUCCCUGUGUGGAUGAGCCGGAGCUGCUCUUCUCAGAGGGGCCCAGUACUUCCCGCUGGGCCGCAGAGCUCCCGUUCCCAGCAGACUCCUCUGACCCUGCCUCCCAGCUCAGCUACUCCCAGGAAGUGGGAGGACCUUUUAAGACACCCAUUAAGGAAACGCUGCCCAUCUCCUCCACCCCGAGCAAAUCUGUCCUCCCCAGAACCCCUGAAUCCUGGAGGCUCACGCCCCCAGCCAAAGUAGGGGGACUGGAUUUCAGCCCAGUACAAACCUCCCAGGGUGCCUCUGACCCCUUGCCUGACCCCCUGGGGCUGAUGGAUCUCAGCACCACUCCCUUGCAAAGUGCUCCCCCCCUUGAAUCACCGCAAAGGCUCCUCAGUUCAGAACCCUUAGACCUCAUCUCCGUCCCCUUUGGCAACUCUUCUCCCUCAGAUAUAGACGUCCCCAAGCCAGGCUCCCCGGAGCCACAGGUUUCUGGCCUUGCAGCCAAUCGUUCUCUGACAGAAGGCCUGGUCCUGGACACAAUGAAUGACAGCCUCAGCAAGAUCCUGCUGGACAUCAGCUUUCCUGGCCUGGACGAGGACCCACUGGGCCCUGACAACAUCAACUGGUCCCAGUUUAUUCCUGAGCUACAGUAGAGCCCUGCCCUUGCCCCUGUGCUCAAGCUGUCCACCAUCCCGGGCACUCCAAGGCUCAGUGCACCCCAAGCCUCUGAGUGAGGACAGCAGGCAGGGACUGUUCUGCUCCUCAUAGCUCCCUGCUGCCUGAUUAUGCAAAAGUAGCAGUCACACCCUAGCCACUGCUGGGACCUUGUGUUCCCCAAGAGUAUCUGAUUCCUCUGCUGUCCCUGCCAGGAGCUGAAGGGUGGGAACAACAAAGGCAAUGGUGAAAAGAGAUUAGGAACCCCCCAGCCUGUUUCCAUUCUCUGCCCAGCAGUCUCUUACCUUCCCUGAUCUUUGCAGGGUGGUCCGUGUAAAUAGUAUAAAUUCUCCAAAUUAUCCUCUAAUUAUAAAUGUAAGCUUAUUUCCUUAGAUCAUUAUCCAGAGACUGCCAGAAGGUGGGUAGGAUGACCUGGGGUUUCAAUUGACUUCUGUUCCUUGCUUUUAGUUUUGAUAGAAGGGAAGACCUGCAGUGCACGGUUUCUUCCAGGCUGAGGUACCUGGAUCUUGGGUUCUUCACUGCAGGGACCCAGACAAGUGGAUCUGCUUGCCAGAGUCCUUUUUGCCCCUCCCUGCCACCUCCCCGUGUUUCCAAGUCAGCUUUCCUGCAAGAAGAAAUCCUGGUUAAAAAAGUCUUUUGUAUUGGGUCAGGAGUUGAAUUUGGGGUGGGAGGAUGGAUGCAACUGAAGCAGAGUGUGGGUGCCCAGAUGUGCGCUAUUAGAUGUUUCUCUGAUAAUGUCCCCAAUCAUACCAGGGAGACUGGCAUUGACGAGAACUCAGGUGGAGGCUUGAGAAGGCCGAAAGGGCCCCUGACCUGCCUGGCUUCCUUAGCUUGCCCCUCAGCUUUGCAAAGAGCCACCCUAGGCCCCAGCUGACCGCAUGGGUGUGAGCCAGCUUGAGAACACUAACUACUCAAUAAAAGCGAAGGUGGACAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1248.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1311.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 918.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((..(((.............((((.(.........).))))(((((.((((((..((((((((((((...((((.....))))...)))))......((((((....))))))........)))))))....))..)))).)))))..(((((.....))))).((((((((((((((((((((.((..(((....(((.(((...((.((....))))...)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))..((((....))))(((((........))))).........(((((.(((((..................))))).)))))..((((((((((((............))))....))).)))))........((((..((((.....)))).))))....((((.((((.....(((((((((((((.(((....(((..((((((((((.(((((.((..(.(((....(((.........(((((.(((((.(((.((..((((((((.((.(((((.........))))).......(((.....)))((.(((....(((.(((((((.((.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((......))...((((((((((((.(.....(((((((((((..((...(((((..(((((((........))))))).(((((((((((((((((....)))).(((((...)))))(((((((.(((.....))).)))))))......((((...............))))((....))..(((((....)))))))))))).((((((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((....((((.(((...((((((.....(((((.............)))))..)))))).)))))))(((...((.((.......)).)).)))((((((.((...(((..((.((((..(((((.......((((.((((((((.....(((......)))((((.....))))...........((((((((....((((....)))).(((((((.(.((((...))))).)))))))((((((...(((...((((((.(((.......))).))))))....(((((((..((..(((((.(((((..(((...........)))..)))))..)).)))..))..)))).)))))))))))).......(((....(((...)))...))).........((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.(..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))).)))..)))))).)))))))))))(((((...))))))))))))).)))).....)))))....))))))..))))).)))))).((..(((((((((.((((((((((..............((((((.((((..((((((((..((((..((((((((..((((......))))...)))))))).))))..)).)).))))..((((((.(((......)))))))))......((((....((((((......)))))).))))........)))).))))))........((((......))))(((((.(.(((((((((((........((((....(((......))).))))((((.(((..((((.((((((.((((....)))).((((((((.......))))))))....)))))).))))))))))).)))))))..)))).)))))).((((..........((((.((((((((.((((..............))))...).)).))))).)))).......)))).......))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......))))))..)))))))))..))............(((((((.(..((.............)).)))))))))))))))).))))(((((..............)))))....................))))))))))))........)))).)))))..)).).)).))...)))))).)))))).))))..........((((....((((((((....((((((...))))))((((......))))....((((.....))))))))))))...))))................((((((......))))))...(((((..(((((((..(((((((((...((((((((.(((.....)))...)).))))))........((((((.((((((((...(.(((((((.((((.((((...(((((........)))))(((..(((((..(......)..)))))..))))))).))))..))))))).).)))))))).....)))))).(((((((.((......))...)))))))......((((((....))))))((((((.......)))).)).......)))))....))))..))))))))))))((((((((((((.....(((...(((...............))).....)))))))))))))))))))...(((((((((.(((..(((((.......))))).)))...(((((.(((......................))).))))).((.((((........)))).))........)))))))))....))))))))))).)).)))))))))))...).))))))).))))).((((((.......))))))(((((((((((...))).))..)))))))))))).))).))))))..((((((((((......))))))))))......(((((((.....)))).))).....))))))..))))))))))))).))..(((((((((((..(((((...........((((((..((((....))))..)))))).))))))))).))))))))).)).))))))..)).)))...))...))))))))((.((....)).))(((((((......)))))))..((((((..........))).))))))...))))..)).))))).))))))))))))).((((.....))))...))))))))..))))))))........)))).))))........(((......)))((((((.....)).))))...))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.((((((..(((.............((({.,.........}.)))){|{{{.{{,,....,,,.(((((((((,(((({..........}|||)||....,,|||||{....,,,,||{|||.,{{|||||}}..)}))..))),,))}))}.||{||...,,)))))}((((((((((((((((((((.((..(((....({(((((.,.((.((....)))).,.)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))((((((....)))))),.....||,,.{(({...,}},...(((((.(((((......,,.....,,...))))).)))))..(((((((({{{{...,.......,}}},....}}},)}}))........((({,.((((.....)))).)))}...,{{((,({(({..,,(((((((((((((.(((....{{{..((((((((((.(((((.((..,.........{{{{{(((..(((......,,,.,{{.{{|,((((((((.,{.(((((.........))))).....,,({{....||}|({.(((....(((.(((((((.{{.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((,,.,,.||...{(((((((((((.,.....(((((((((((..{{...(((((..(((((((.......,}}))))).(((((({{{((({{,{{|.,,|||{,,((((,,.||||((((((((.(((.....))).))))))),.,...{(((...........,,,.||||({....,,..|||||}}.,))),})))))}}.,,..((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((,{,{((((.({{..,((((((,,,{,(((((.............)))))..||}}}}.})))}},......,,.{{{{,.(((((({,{{{.{{,.,.,}}.,,},.....(((({{.(((,....{{{{((({.{{{...(({...})).,}}..})),,}))))..})),}))})),.....((((((((|...((((....}))).(((((((.(.((((...))))).))))))}{(((({...{{{...((((((.(((.......))).))))))....(((((((..((..(((((.(((((,.(((,......,...))),.)))))..}).)))..))..)))).,))},,)))))}|,...,,(((....{({...}}}...}}).........((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.,..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))))))}..)))))).)))))))))))(((((({{,{(({.,,,||||.}}}}.}}}))))},,)))))).})))))}}.....,)}}|{..(((((((((,((((((((((...{,..,..,,..((((((.((((..((((((((..((((..((((((((|.((((......)))).}.)))))))).))))..)).)),))))..((((({{{({......})))))))}......((((....((((((......)))))).))))........)))).)))))),,..|||,{({(......)))}(((((.(.((((((((((({,{....|||,{....,,({,.,,.|)),,,,,((((.{((..((((.((((((,({({,,..,))||((((((((.......)))))))),}.,}))))).))))))})))).)))))))..)))).)))))).(({{.|,,......((((.((((({({.{{((,,,,........,,)))).....)).))))).)))).......))))...,,,.))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......)))))),.)))))))))..)),,,.........(((((((.{..{{.,...........)},.))))))))))))))).))))(((((.........}....)))))........,{........,,))))))))))))........))))}}})))..}).}.}),)}...)))))).)))))).)))).,,.......|||,....(({{(((({...{|||||.,.)))))}((((......)))).,}}|||}}}}.,})},)))}}|||{{{|||,..,,{{,......,,.,{{{{(,{{..{||||||.,.(((((,.{((((((..(((((((((...(((((({(,(((.....)))...)).))))))....}}}}((((((.((((((((...{{(({{(((.((((.(((,.,.(((((........))))|(((..(((((..(......}..)))))..))))))).))))..))))))).,.)))))))).....)))))).(((((((.({......}}...)))))))..,,,.((((((....)))))).,{{{|,|.....}}||{|,.......},))),..,))))..))))))))))))((((((((((({....{(((..,((,,..............,,,,,}},))))))))))))))),}}.}}}||||{{|||,(((..(((((.......))))).)))...{((({.{((.,,,,.,,.....,,}},,...})).})}}}.{(.{{{{........}))).})}}}}.}},))}))))))},}.))))))))))).)).)))))))))))...}.)))))))}}))))}|{|{||}},,,,.}})}}}(((((((((((...))).))},}))))))))))).))).)))))),,{(((((((((......)))))))))),.,,{,{{{{{{|,..,.}})}|)}}.,,..))))}}..))))))))))))).}}..{(((((((((({.{((((......,....{({{{{..{{{.....)))),.}}}))),)))))))))},)))))))},)).))))))..}}.}}},..)))..))).))))},.,..,,,}|||,(({{{{{.,,,,,||||}}}.{(,,,,,...}},..}})))})}),))}},,},,..)).))))).))))))))))|},.((((.....))))...))))))))..)))))))).}...}}},})}.|||||,...,,,||{......))){{{{{{.....}).}))),,.))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Back