Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413931.1
Sequence Length
3549 nt
GC Content
0.5573
AACGCUCCGCCGGCGCCAAUUUCAAACAGCGGAACAAACUGAAAGCUCCGGUGCCAGACCCCACCCCCGGCCCCGGCCCGGGACCCCCUCCCCUCCCGGGAUCCCCCGGGGUUCCCACCCCGCCCGCACCGCCGGGGACCCGGCCGGUCCGGCGCGAGCCCCCGUCCGGGGCCCUGGCUCGGCCCCCAGGUUGGAGGAGCCCGGAGCCCGCCUUCGGAGCUACGGCCUAACGGCGGCGGCGACUGCAGUCUGGAGGGUCCACACUUGUGAUUCUCAAUGGAGAGUGAAAACGCAGAUUCAUAAUGAAAACUAGCCCCCGUCGGCCACUGAUUCUCAAAAGACGGAGGCUGCCCCUUCCUGUUCAAAAUGCCCCAAGUGAAACAUCAGAGGAGGAACCUAAGAGAUCCCCUGCCCAACAGGAGUCUAAUCAAGCAGAGGCCUCCAAGGAAGUGGCAGAGUCCAACUCUUGCAAGUUUCCAGCUGGGAUCAAGAUUAUUAACCACCCCACCAUGCCCAACACGCAAGUAGUGGCCAUCCCCAACAAUGCUAAUAUUCACAGCAUCAUCACAGCACUGACUGCCAAGGGAAAAGAGAGUGGCAGUAGUGGGCCCAACAAAUUCAUCCUCAUCAGCUGUGGGGGAGCCCCAACUCAGCCUCCAGGACUCCGGCCUCAAACCCAAACCAGCUAUGAUGCCAAAAGGACAGAAGUGACCCUGGAGACCUUGGGACCAAAACCUGCAGCUAGGGAUGUGAAUCUUCCUAGACCACCUGGAGCCCUUUGCGAGCAGAAACGGGAGACCUGUGAUGGUGAGGCAGCAGGCUGCACUAUCAACAAUAGCCUAUCCAACAUCCAGUGGCUUCGAAAGAUGAGUUCUGAUGGACUGGGCUCCCGCAGCAUCAAGCAAGAGAUGGAGGAAAAGGAGAAUUGUCACCUGGAGCAGCGACAGGUUAAGGUUGAGGAGCCUUCGAGACCAUCAGCGUCCUGGCAGAACUCUGUGUCUGAGCGGCCACCCUACUCUUACAUGGCCAUGAUACAAUUCGCCAUCAACAGCACUGAGAGGAAGCGCAUGACUUUGAAAGACAUCUAUACGUGGAUUGAGGACCACUUUCCCUACUUUAAGCACAUUGCCAAGCCAGGCUGGAAGAACUCCAUCCGCCACAACCUUUCCCUGCACGACAUGUUUGUCCGGGAGACGUCUGCCAAUGGCAAGGUCUCCUUCUGGACCAUUCACCCCAGUGCCAACCGCUACUUGACAUUGGACCAGGUGUUUAAGCCACUGGACCCAGGGUCUCCACAAUUGCCCGAGCACUUGGAAUCACAGCAGAAACGACCGAAUCCAGAGCUCCGCCGGAACAUGACCAUCAAAACCGAACUCCCCCUGGGCGCACGGCGGAAGAUGAAGCCACUGCUACCACGGGUCAGCUCAUACCUGGUACCUAUCCAGUUCCCGGUGAACCAGUCACUGGUGUUGCAGCCCUCGGUGAAGGUGCCAUUGCCCCUGGCGGCUUCCCUCAUGAGCUCAGAGCUUGCCCGCCAUAGCAAGCGAGUCCGCAUUGCCCCCAAGGUGCUGCUAGCUGAGGAGGGGAUAGCUCCUCUUUCUUCUGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACUCCUGUUUGGAGAAGGGUUUUCUCCUUUGCUUCCAGUUCAGACUAUCAAGGAGGAAGAAAUCCAGCCUGGGGAGGAAAUGCCACACUUAGCGAGACCCAUCAAAGUGGAGAGCCCUCCCUUGGAAGAGUGGCCCUCCCCGGCCCCAUCUUUCAAAGAGGAAUCAUCUCACUCCUGGGAGGAUUCGUCCCAAUCUCCCACCCCAAGACCCAAGAAGUCCUACAGUGGGCUUAGGUCCCCAACCCGGUGUGUCUCGGAAAUGCUUGUGAUUCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGUCUCGGAGAAAACAGCAUCUACUGCCUCCCUGUGUGGAUGAGCCGGAGCUGCUCUUCUCAGAGGGGCCCAGUACUUCCCGCUGGGCCGCAGAGCUCCCGUUCCCAGCAGACUCCUCUGACCCUGCCUCCCAGCUCAGCUACUCCCAGGAAGUGGGAGGACCUUUUAAGACACCCAUUAAGGAAACGCUGCCCAUCUCCUCCACCCCGAGCAAAUCUGUCCUCCCCAGAACCCCUGAAUCCUGGAGGCUCACGCCCCCAGCCAAAGUAGGGGGACUGGAUUUCAGCCCAGUACAAACCUCCCAGGGUGCCUCUGACCCCUUGCCUGACCCCCUGGGGCUGAUGGAUCUCAGCACCACUCCCUUGCAAAGUGCUCCCCCCCUUGAAUCACCGCAAAGGCUCCUCAGUUCAGAACCCUUAGACCUCAUCUCCGUCCCCUUUGGCAACUCUUCUCCCUCAGAUAUAGACGUCCCCAAGCCAGGCUCCCCGGAGCCACAGGUUUCUGGCCUUGCAGCCAAUCGUUCUCUGACAGAAGGCCUGGUCCUGGACACAAUGAAUGACAGCCUCAGCAAGAUCCUGCUGGACAUCAGCUUUCCUGGCCUGGACGAGGACCCACUGGGCCCUGACAACAUCAACUGGUCCCAGUUUAUUCCUGAGCUACAGUAGAGCCCUGCCCUUGCCCCUGUGCUCAAGCUGUCCACCAUCCCGGGCACUCCAAGGCUCAGUGCACCCCAAGCCUCUGAGUGAGGACAGCAGGCAGGGACUGUUCUGCUCCUCAUAGCUCCCUGCUGCCUGAUUAUGCAAAAGUAGCAGUCACACCCUAGCCACUGCUGGGACCUUGUGUUCCCCAAGAGUAUCUGAUUCCUCUGCUGUCCCUGCCAGGAGCUGAAGGGUGGGAACAACAAAGGCAAUGGUGAAAAGAGAUUAGGAACCCCCCAGCCUGUUUCCAUUCUCUGCCCAGCAGUCUCUUACCUUCCCUGAUCUUUGCAGGGUGGUCCGUGUAAAUAGUAUAAAUUCUCCAAAUUAUCCUCUAAUUAUAAAUGUAAGCUUAUUUCCUUAGAUCAUUAUCCAGAGACUGCCAGAAGGUGGGUAGGAUGACCUGGGGUUUCAAUUGACUUCUGUUCCUUGCUUUUAGUUUUGAUAGAAGGGAAGACCUGCAGUGCACGGUUUCUUCCAGGCUGAGGUACCUGGAUCUUGGGUUCUUCACUGCAGGGACCCAGACAAGUGGAUCUGCUUGCCAGAGUCCUUUUUGCCCCUCCCUGCCACCUCCCCGUGUUUCCAAGUCAGCUUUCCUGCAAGAAGAAAUCCUGGUUAAAAAAGUCUUUUGUAUUGGGUCAGGAGUUGAAUUUGGGGUGGGAGGAUGGAUGCAACUGAAGCAGAGUGUGGGUGCCCAGAUGUGCGCUAUUAGAUGUUUCUCUGAUAAUGUCCCCAAUCAUACCAGGGAGACUGGCAUUGACGAGAACUCAGGUGGAGGCUUGAGAAGGCCGAAAGGGCCCCUGACCUGCCUGGCUUCCUUAGCUUGCCCCUCAGCUUUGCAAAGAGCCACCCUAGGCCCCAGCUGACCGCAUGGGUGUGAGCCAGCUUGAGAACACUAACUACUCAAUAAAAGCGAAGGUGGACAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1245.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1309.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 1058.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((..(((.............((((.(.........).))))(((((.((((((..((((((((((((...((((.....))))...)))))......((((((....))))))........)))))))....))..)))).)))))..(((((.....))))).((((((((((((((((((((.((..(((....(((.(((...((.((....))))...)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))..((((....))))(((((........))))).........(((((.(((((..................))))).)))))..((((((((((((............))))....))).)))))........((((..((((.....)))).))))....((((.((((.....(((((((((((((.(((....(((..((((((((((.(((((.((..(.(((....(((.........(((((.(((((.(((.((..((((((((.((.(((((.........))))).......(((.....)))((.(((....(((.(((((((.((.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((......))...((((((((((((.(.....(((((((((((..((...(((((..(((((((........))))))).(((((((((((((((((....)))).(((((...)))))(((((((.(((.....))).)))))))......((((...............))))((....))..(((((....)))))))))))).((((((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((....((((.(((...((((((.....(((((.............)))))..)))))).)))))))(((...((.((.......)).)).)))((((((.((...(((..((.((((..(((((.......((((.((((((((.....(((......)))((((.....))))...........((((((((....((((....)))).(((((((.(.((((...))))).)))))))((((((...(((...((((((.(((.......))).)))))).((((((((((..((....(((((...)))))........))..))))))))))...................))))))))).......(((....(((...)))...))).........((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.(..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))).)))..)))))).)))))))))))(((((...))))))))))))).)))).....)))))....))))))..))))).)))))).((..(((((((((.((((((((((..............((((((.((((..((((((((..((((..((((((((..((((......))))...)))))))).))))..)).)).))))..((((((.(((......)))))))))......((((....((((((......)))))).))))........)))).))))))........((((......))))(((((.(.(((((((((((........((((....(((......))).))))((((.(((..((((.((((((.((((....)))).((((((((.......))))))))....)))))).))))))))))).)))))))..)))).)))))).((((..........((((.((((((((.((((..............))))...).)).))))).)))).......)))).......))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......))))))..)))))))))..))............(((((((.(..((.............)).)))))))))))))))).))))(((((..............)))))....................))))))))))))........)))).)))))..)).).)).))...)))))).)))))).))))..........((((....((((((((....((((((...))))))((((......))))....((((.....))))))))))))...))))................((((((......))))))...(((((..(((((((..(((((((((...((((((((.(((.....)))...)).))))))........((((((.((((((((...(.(((((((.((((.((((...(((((........)))))(((..(((((..(......)..)))))..))))))).))))..))))))).).)))))))).....)))))).(((((((.((......))...)))))))......((((((....))))))((((((.......)))).)).......)))))....))))..))))))))))))((((((((((((.....(((...(((...............))).....)))))))))))))))))))...(((((((((.(((..(((((.......))))).)))...(((((.(((......................))).))))).((.((((........)))).))........)))))))))....))))))))))).)).)))))))))))...).))))))).))))).((((((.......))))))(((((((((((...))).))..)))))))))))).))).))))))..((((((((((......))))))))))......(((((((.....)))).))).....))))))..))))))))))))).))..(((((((((((..(((((...........((((((..((((....))))..)))))).))))))))).))))))))).)).))))))..)).)))...))...))))))))((.((....)).))(((((((......)))))))..((((((..........))).))))))...))))..)).))))).))))))))))))).((((.....))))...))))))))..))))))))........)))).))))........(((......)))((((((.....)).))))...))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.((((((..(((.............((({.,.........}.}))){|{{{.{{,,....,,,.(((((((((,(((({..........}|||)||....,,|||||{....,,,,||{|||.,{{|||||}}..)}))..))),,))}))}.||{||.,.,,)))))}((((((((((((((((((((.((..(((.,..({(((((.,.((.((....))))...)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))((((((....))))))......{{{{{(((({...,.....(((((.(((((......,,.....,,...))))).))))).{((((({(({{(({{{{....,{{{,|{|....|||{|||||,.,,,..{((((({,{,({{{..||||.|||,...{(((({(((((.,{{,,(((((({(((({((,..,}|||,}|,{{{{||{{.(((((.{,..,.........,,,{{{{{..(((.......}},,||.||||{{,{(({{..,.(((((.........)))))...,.,,{({{{.,{{{{((.,,,....,.,.,||||||}||}((({.............,,......||||||||||,,})}},.,,}|||{(((((((,,..(((,({{...........|,..}}}.))}...((((((((,{{.....{((((((((((((.......,((((.{(,((((,.,.....,||||,}|..||||||||||}}}..}}..})))..,{(((...}}||((((((((.(((.....))).))))))),.,...,,{|.........{(((({(((((,....,.,.(((((....))))),},||{{..{..((((........)))),,||...,||||,.,,,,(({{(((.((((.((.(((((.,(((,((((((,((((,((,((,{((({{{{{((((.({{...((((((.,.,.(((((.............)))))..}}}}}}.})))))}......|,.|||,,,||{{|||},||.,,,,,..,|.,,|,.....((((,,.{{(,.,..|,||||||.|{{...(({...})).,,}..,)))},))))..)))).)).)))..}}}}|,||,|}}}..{{,{,,..}|||{(((((((.(.((((...))))).))))))}..,||}},,..|...((((((.(((.......))).)))))).}}})))),,,,}))))))))}}}))))))))))}{{{.{((..,,))).)))(({(({({(({............|||,{{{,.,((((((.....(({,.,|......}...,,,{..((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.,..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))))))}..)))))).))),)))},,{((((((...((((.{{{{{{{{.{{{,{{{|||||{,|,,,,,,||..,}}},...}}))))}}}|,,,,,,.(((,(((((((....(((((.(((..{{{{,,.,,{{..{{,((((....)))}))|||||}.))))))))))))))))}).))))))))},)))}.,,.)))).))}.((((({{{{{......}}))))))}......{{{{....((((((......)))))).))))......)))))).),)))))}..))),|)))))}}..,,,.(((((.(.((((((((((({,{....|||{{....,,({,.,,.}}),,,,,((((.{((..((((.((((((,({({,,..,))||((((((((.......)))))))),}.,}))))).))))))})))).)))))))..)))).)))))).(({{.|,.......((((.((((({({.{{((,,,,........,,)))).....)).))))).)))).......))))...}))))))),.,|||..,,,|||..}}||||}|||}...,||{||}|{....,),))))){||||}}},,..,)))}}.......,||{{|||.|}}}}}}....}}}}...))).})))))))),},.))})))){((((,.......,}....))))}.......,,{........},}}))})))|||{{{..{{{{||||{{.,,|{{{|,,.,|{|{{{{|||||,.|{{{||.,,||{{{....{{,{,....,{(((,(((({...,|||}}...))))),{(((......)))}..}}}},))))}.)))})),,,|({({((((...{{{{{..,...{{.,,,||({{{..{{||{|{.,,(((((,.{((((((..(((((((((...(((((({(,(((.....)))...)).))))))....}}}}((((((.((((((((...{{(({{(((.((((.(((,.,.(((((........))))|(((..(((((..(......}..)))))..))))))).))))..))))))).,.)))))))).....)))))).(((((((.({......}}...)))))))..,,,.((((((....)))))).,{{{|,|.....}}||{|,.......},))),..,))))..))))))))))))((((((((((({....{(((..{((,,...........,,.,,},},},))))))))))))))),|}.}}}||||,,|||,{((..(((((.......))))).)))...{({({.{((.,,,,.,,.....,,}},,...})}.})}}}.{{.{{{{........}))).}))))}.}}})),)))))))))}})),)))},))}))}.)))))))))},,,),}))))))}}))))}||,.,,))}}})}))))))||,((((((((...))).)))}},,|||{||,,,.,,,.)))))),,{{((((((({......)))))))))),.,.}}||}}}}}}..{{|,||{|,|{{,.{|||,||{{|||||||||||||....,((((((((((({.{((((,,,...,....{({{{{..{{{....,)))),.}}}))),))))))))),,))))))),)))})),))).,||..,,,..))}..|||{|||||,.,..,,,})}}}{((((({......})))))},{{,...,...}},..))))))),,.))))..,,.},),,)))})|)|||||||||{|.,((((,..,{|}}}...},)))}}},})))),)))})}},})}}}}}.|||||,,..,},||{.,,...})}{{{|||,,...}}.})))},,))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Back