Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413933.1
Sequence Length
3378 nt
GC Content
0.5577
AACGCUCCGCCGGCGCCAAUUUCAAACAGCGGAACAAACUGAAAGCUCCGGUGCCAGACCCCACCCCCGGCCCCGGCCCGGGACCCCCUCCCCUCCCGGGAUCCCCCGGGGUUCCCACCCCGCCCGCACCGCCGGGGACCCGGCCGGUCCGGCGCGAGCCCCCGUCCGGGGCCCUGGCUCGGCCCCCAGGUUGGAGGAGCCCGGAGCCCGCCUUCGGAGCUACGGCCUAACGGCGGCGGCGACUGCAGUCUGGAGGGUCCACACUUGUGAUUCUCAAUGGAGAGUGAAAACGCAGAUUCAUAAUGAAAACUAGCCCCCGUCGGCCACUGAUUCUCAAAAGACGGAGGCUGCCCCUUCCUGUUCAAAAUGCCCCAAGUGAAACAUCAGAGGAGGAACCUAAGAGAUCCCCUGCCCAACAGGAGUCUAAUCAAGCAGAGGCCUCCAAGGAAGUGGCAGAGUCCAACUCUUGCAAGUUUCCAGCUGGGAUCAAGAUUAUUAACCACCCCACCAUGCCCAACACGCAAGUAGUGGCCAUCCCCAACAAUGCUAAUAUUCACAGCAUCAUCACAGCACUGACUGCCAAGGGAAAAGAGAGUGGCAGUAGUGGGCCCAACAAAUUCAUCCUCAUCAGCUGUGGGGGAGCCCCAACUCAGCCUCCAGGACUCCGGCCUCAAACCCAAACCAGCUAUGAUGCCAAAAGGACAGAAGUGACCCUGGAGACCUUGGGACCAAAACCUGCAGCUAGGGAUGUGAAUCUUCCUAGACCACCUGGAGCCCUUUGCGAGCAGAAACGGGAGACCUGUGCAGAUGGUGAGGCAGCAGGCUGCACUAUCAACAAUAGCCUAUCCAACAUCCAGUGGCUUCGAAAGAUGAGUUCUGAUGGACUGGGCUCCCGCAGCAUCAAGCAAGAGAUGGAGGAAAAGGAGAAUUGUCACCUGGAGCAGCGACAGGUUAAGGUUGAGGAGCCUUCGAGACCAUCAGCGUCCUGGCAGAACUCUGUGUCUGAGCGGCCACCCUACUCUUACAUGGCCAUGAUACAAUUCGCCAUCAACAGCACUGAGAGGAAGCGCAUGACUUUGAAAGACAUCUAUACGUGGAUUGAGGACCACUUUCCCUACUUUAAGCACAUUGCCAAGCCAGGCUGGAAGCAGCAGAAACGACCGAAUCCAGAGCUCCGCCGGAACAUGACCAUCAAAACCGAACUCCCCCUGGGCGCACGGCGGAAGAUGAAGCCACUGCUACCACGGGUCAGCUCAUACCUGGUACCUAUCCAGUUCCCGGUGAACCAGUCACUGGUGUUGCAGCCCUCGGUGAAGGUGCCAUUGCCCCUGGCGGCUUCCCUCAUGAGCUCAGAGCUUGCCCGCCAUAGCAAGCGAGUCCGCAUUGCCCCCAAGGUGCUGCUAGCUGAGGAGGGGAUAGCUCCUCUUUCUUCUGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACUCCUGUUUGGAGAAGGGUUUUCUCCUUUGCUUCCAGUUCAGACUAUCAAGGAGGAAGAAAUCCAGCCUGGGGAGGAAAUGCCACACUUAGCGAGACCCAUCAAAGUGGAGAGCCCUCCCUUGGAAGAGUGGCCCUCCCCGGCCCCAUCUUUCAAAGAGGAAUCAUCUCACUCCUGGGAGGAUUCGUCCCAAUCUCCCACCCCAAGACCCAAGAAGUCCUACAGUGGGCUUAGGUCCCCAACCCGGUGUGUCUCGGAAAUGCUUGUGAUUCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGUCUCGGAGAAAACAGCAUCUACUGCCUCCCUGUGUGGAUGAGCCGGAGCUGCUCUUCUCAGAGGGGCCCAGUACUUCCCGCUGGGCCGCAGAGCUCCCGUUCCCAGCAGACUCCUCUGACCCUGCCUCCCAGCUCAGCUACUCCCAGGAAGUGGGAGGACCUUUUAAGACACCCAUUAAGGAAACGCUGCCCAUCUCCUCCACCCCGAGCAAAUCUGUCCUCCCCAGAACCCCUGAAUCCUGGAGGCUCACGCCCCCAGCCAAAGUAGGGGGACUGGAUUUCAGCCCAGUACAAACCUCCCAGGGUGCCUCUGACCCCUUGCCUGACCCCCUGGGGCUGAUGGAUCUCAGCACCACUCCCUUGCAAAGUGCUCCCCCCCUUGAAUCACCGCAAAGGCUCCUCAGUUCAGAACCCUUAGACCUCAUCUCCGUCCCCUUUGGCAACUCUUCUCCCUCAGAUAUAGACGUCCCCAAGCCAGGCUCCCCGGAGCCACAGGUUUCUGGCCUUGCAGCCAAUCGUUCUCUGACAGAAGGCCUGGUCCUGGACACAAUGAAUGACAGCCUCAGCAAGAUCCUGCUGGACAUCAGCUUUCCUGGCCUGGACGAGGACCCACUGGGCCCUGACAACAUCAACUGGUCCCAGUUUAUUCCUGAGCUACAGUAGAGCCCUGCCCUUGCCCCUGUGCUCAAGCUGUCCACCAUCCCGGGCACUCCAAGGCUCAGUGCACCCCAAGCCUCUGAGUGAGGACAGCAGGCAGGGACUGUUCUGCUCCUCAUAGCUCCCUGCUGCCUGAUUAUGCAAAAGUAGCAGUCACACCCUAGCCACUGCUGGGACCUUGUGUUCCCCAAGAGUAUCUGAUUCCUCUGCUGUCCCUGCCAGGAGCUGAAGGGUGGGAACAACAAAGGCAAUGGUGAAAAGAGAUUAGGAACCCCCCAGCCUGUUUCCAUUCUCUGCCCAGCAGUCUCUUACCUUCCCUGAUCUUUGCAGGGUGGUCCGUGUAAAUAGUAUAAAUUCUCCAAAUUAUCCUCUAAUUAUAAAUGUAAGCUUAUUUCCUUAGAUCAUUAUCCAGAGACUGCCAGAAGGUGGGUAGGAUGACCUGGGGUUUCAAUUGACUUCUGUUCCUUGCUUUUAGUUUUGAUAGAAGGGAAGACCUGCAGUGCACGGUUUCUUCCAGGCUGAGGUACCUGGAUCUUGGGUUCUUCACUGCAGGGACCCAGACAAGUGGAUCUGCUUGCCAGAGUCCUUUUUGCCCCUCCCUGCCACCUCCCCGUGUUUCCAAGUCAGCUUUCCUGCAAGAAGAAAUCCUGGUUAAAAAAGUCUUUUGUAUUGGGUCAGGAGUUGAAUUUGGGGUGGGAGGAUGGAUGCAACUGAAGCAGAGUGUGGGUGCCCAGAUGUGCGCUAUUAGAUGUUUCUCUGAUAAUGUCCCCAAUCAUACCAGGGAGACUGGCAUUGACGAGAACUCAGGUGGAGGCUUGAGAAGGCCGAAAGGGCCCCUGACCUGCCUGGCUUCCUUAGCUUGCCCCUCAGCUUUGCAAAGAGCCACCCUAGGCCCCAGCUGACCGCAUGGGUGUGAGCCAGCUUGAGAACACUAACUACUCAAUAAAAGCGAAGGUGGACAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1185.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1248.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 732.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((..(((.............((((.(.........).))))(((((.((((((..((((((((((((...((((.....))))...)))))......((((((....))))))........)))))))....))..)))).)))))..(((((.....))))).((((((((((((((((((((.((..(((....(((.(((...((.((....))))...)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))..((((....))))(((((........))))).........(((((.(((((..................))))).)))))..((((((((((((............))))....))).)))))........((((..((((.....)))).))))....((((.((((.....(((((((((((((.(((....(((..((((((((((.(((((.((..(.(((....(((.........(((((.(((((.(((.((..((((((((.((.(((((.........))))).......(((.....)))((.(((....(((.(((((((.((.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((......))...((((((((((((.(.....(((((((((((..((...(((((..(((((((........))))))).(((((((((((((((((....)))).(((((...)))))...(((((((.(((.....))).)))))))......((((...............))))((....))..(((((....)))))))))))).((((((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((.((((.((((....))))(((((((((((((.............)))))......((((((((........((.((.......)).))(((.(((...))).)))......)))))))).(((......)))................(((......)))(((((((((.((((..((((...((((((.......(((....(((...)))...)))...((((..((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.(..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))).(((.((((.((..(((((((((....)))))).)))..)))))).))).))))...(((((...))))).))))))....))))))))...))))))))))))))))).....))))((..(((((((((.((((((((((..............((((((.((((..((((((((..((((..((((((((..((((......))))...)))))))).))))..)).)).))))..((((((.(((......)))))))))......((((....((((((......)))))).))))........)))).))))))........((((......))))(((((.(.(((((((((((........((((....(((......))).))))((((.(((..((((.((((((.((((....)))).((((((((.......))))))))....)))))).))))))))))).)))))))..)))).)))))).((((..........((((.((((((((.((((..............))))...).)).))))).)))).......)))).......))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......))))))..)))))))))..))............(((((((.(..((.............)).)))))))))))))))).))))(((((..............)))))....................))))))))))))........)))).)))))..)).).)).))...)))))).)))))).))))..........((((....((((((((....((((((...))))))((((......))))....((((.....))))))))))))...))))................((((((......))))))...(((((..(((((((..(((((((((...((((((((.(((.....)))...)).))))))........((((((.((((((((...(.(((((((.((((.((((...(((((........)))))(((..(((((..(......)..)))))..))))))).))))..))))))).).)))))))).....)))))).(((((((.((......))...)))))))......((((((....))))))((((((.......)))).)).......)))))....))))..))))))))))))((((((((((((.....(((...(((...............))).....)))))))))))))))))))...(((((((((.(((..(((((.......))))).)))...(((((.(((......................))).))))).((.((((........)))).))........)))))))))....))))))))))).)).)))))))))))...).))))))).))))).((((((.......))))))(((((((((((...))).))..)))))))))))).))).))))))..((((((((((......))))))))))......(((((((.....)))).))).....))))))..))))))))))))).))..(((((((((((..(((((...........((((((..((((....))))..)))))).))))))))).))))))))).)).))))))..)).)))...))...))))))))((.((....)).))(((((((......)))))))..((((((..........))).))))))...))))..)).))))).))))))))))))).((((.....))))...))))))))..))))))))........)))).))))........(((......)))((((((.....)).))))...))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.((((((..(((.............((({.,.........}.)))){|{{{.{{,,....,,,.(((((((((,(((({..........}|||)||....,,|||||{....,,,,||{|||.,{{|||||},..)}))..))),,))}))}.||{||...,,)))))}((((((((((((((((((((.((..(((....({(((((.,.((.((....)))).,.)))))))))..)).)))))))).)))))(((....))){(((((....)))))},.....||,..{{{{...,}},...(((((.(((((......,,.....,,...))))).)))))..(((((((({{{,...,,.......}},,....}}).)))))........((({,.((((.....)))).))))....,{({.({(({..,,(((((((((((((.(((....{{{..((((((((((.(((((.((..,..,,.....((((((((..(((......,.,.{((.((,.((((((((.,{.(((((.........))))).....,,({,....,})}{{.(((....(((.(((((((.((.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((,,....||...((((((((((((.{.....(((((((((((..((...(((((..(((((((.......,))))))).(((((((({((({{{({,.{{{(({,{(((({{.|||||{,.(((((((.(((.....))).)))))))......((((,,{,,,......{{.||||({....,,.,||||})}.}))).))))))}}.,,..((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((,{,{((((.(,,..|{|{((({{{{{(((((.............)))))..||,,}}.}}}||},,,,...{{.{{,,,.,,,||,}}.||.{{|,,,.||.,,,,.....{{((.,,|,{,.}}}},,|||||.|,,...{{.....||{......}||(((((((((.((({..,,{{...((({{,{{,,,,,(((....{({...})}...}})...,,,(,.((((.(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.,..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..))).)))}.(((.((((.{(..(((((((((....))))))))}}..}})))).))),)))},|,(((((...))))).))))))...,))}))))),,.))))))))})))}})}}.....,}|}((..(((((((((.((((((((((...,,......,..((((((.((((..((((((((..((((..((((((((,.((((......)))).,.)))))))).))))..)).)).))))..(((((({{({......}))))))))......((((....((((((......)))))).))))........)))).))))))....,|,,((((......)))}(((((.(.((((((((((({,{....|||,{....,,({,.,,.|)),,,,,((((.{((..((((.((((((,({({,,..,))||((((((((.......)))))))),}.,}))))).))))))})))).)))))))..)))).)))))),((,{.|,,......((((.((((({({.{{((,,,,........,,)))).....)).))))).)))).......)))).......))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......)))))),.)))))))))..)),,}.........(((((((.(..{{.,...........)},,))))))))))))))).))))(((((.........}....))))).........{........,,))))))))))))........))))})))))..)).).)),))...)))))).)))))).)))).,,,......|||,....||||((((|...{|||||.,.))))))((((......))))..}}}|}}}},.}})}.)))}}|||{{{|||,..{{{{,......,,.,{{||({{{..{||||||.,.(((((,.{((((((..(((((((((...(((((({(,(((.....)))...)).))))))....}}}}((((((.((((((((...{{(({{(((.((((.(((,.,.(((((........))))|(((..(((((..(......}..)))))..))))))).))))..))))))).,.)))))))).....)))))).(((((((.({......}}...)))))))..,,,.((((((....)))))).,{{{|,|.....}}||{|,.......},))),..,))))..))))))))))))(((((((((((,....,(((..,((,...............,,,,,}},))))))))))))))),}}.}}}||||,,|||,{((..(((((.......))))).)))...{({({.{((.,,,,.,,.....,,}},,...})}.})}}}.{{.{{{{........}))).})}}}}.}}})),))))))},,.))))))))))).)).)))))))))))...}.)))))))}})))),|{{{||,,,....}}}}}}(((((((((((...))).))}.}))))))))))).))).)))))),,{(((((((((......)))))))))),.{{{.(({((((.....)))),)))..,..))))))..))))))))))))).}}..{(((((((((({.{((((...........(({{{{..{{{,....)))),.}}}))),)))))))))},)))))))),)).))))))..)).}}),..)))..))).)))))..,..,,,||||,(({{{{{.,,,,,||||}}}.{({,,,,...},,..}}))),)))}))},,}},,..)).))))).))))))))))}}}.((((.....))))...))))))))..)))))))).}...}}},})}.}}|}|,....,,||(......))){{{{{{.....)).)))).,.))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Back