Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413937.1
Sequence Length
3586 nt
GC Content
0.5563
AACGCUCCGCCGGCGCCAAUUUCAAACAGCGGAACAAACUGAAAGCUCCGGUGCCAGACCCCACCCCCGGCCCCGGCCCGGGACCCCCUCCCCUCCCGGGAUCCCCCGGGGUUCCCACCCCGCCCGCACCGCCGGGGACCCGGCCGGUCCGGCGCGAGCCCCCGUCCGGGGCCCUGGCUCGGCCCCCAGGUUGGAGGAGCCCGGAGCCCGCCUUCGGAGCUACGGCCUAACGGCGGCGGCGACUGCAGUCUGGAGGGUCCACACUUGUGAUUCUCAAUGGAGAGUGAAAACGCAGAUUCAUAAUGAAAACUAGCCCCCGUCGGCCACUGAUUCUCAAAAGACGGAGGCUGCCCCUUCCUGUUCAAAAUGCCCCAAGUGAAACAUCAGAGGAGGAACCUAAGAGAUCCCCUGCCCAACAGGAGUCUAAUCAAGCAGAGGCCUCCAAGGAAGUGGCAGAGUCCAACUCUUGCAAGUUUCCAGCUGGGAUCAAGAUUAUUAACCACCCCACCAUGCCCAACACGCAAGUAGUGGCCAUCCCCAACAAUGCUAAUAUUCACAGCAUCAUCACAGCACUGACUGCCAAGGGAAAAGAGAGUGGCAGUAGUGGGCCCAACAAAUUCAUCCUCAUCAGCUGUGGGGGAGCCCCAACUCAGCCUCCAGGACUCCGGCCUCAAACCCAAACCAGCUAUGAUGCCAAAAGGACAGAAGUGACCCUGGAGACCUUGGGACCAAAACCUGCAGCUAGGGAUGUGAAUCUUCCUAGACCACCUGGAGCCCUUUGCGAGCAGAAACGGGAGACCUGUGCAGAUGGUGAGGCAGCAGGCUGCACUAUCAACAAUAGCCUAUCCAACAUCCAGUGGCUUCGAAAGAUGAGUUCUGAUGGACUGGGCUCCCGCAGCAUCAAGCAAGAGAUGGAGGAAAAGGAGAAUUGUCACCUGGAGCAGCGACAGGUUAAGGUUGAGGAGCCUUCGAGACCAUCAGCGUCCUGGCAGAACUCUGUGUCUGAGCGGCCACCCUACUCUUACAUGGCCAUGAUACAAUUCGCCAUCAACAGCACUGAGAGGAAGCGCAUGACUUUGAAAGACAUCUAUACGUGGAUUGAGGACCACUUUCCCUACUUUAAGCACAUUGCCAAGCCAGGCUGGAAGAACUCCAUCCGCCACAACCUUUCCCUGCACGACAUGUUUGUCCGGGAGACGUCUGCCAAUGGCAAGGUCUCCUUCUGGACCAUUCACCCCAGUGCCAACCGCUACUUGACAUUGGACCAGGUGUUUAAGCCACUGGACCCAGGGUCUCCACAAUUGCCCGAGCACUUGGAAUCACAGCAGAAACGACCGAAUCCAGAGCUCCGCCGGAACAUGACCAUCAAAACCGAACUCCCCCUGGGCGCACGGCGGAAGAUGAAGCCACUGCUACCACGGGUCAGCUCAUACCUGGUACCUAUCCAGUUCCCGGUGAACCAGUCACUGGUGUUGCAGCCCUCGGUGAAGGUGCCAUUGCCCCUGGCGGCUUCCCUCAUGAGCUCAGAGCUUGCCCGCCAUAGCAAGCGAGUCCGCAUUGCCCCCAAGGUUUUUGGGGAACAGGUGGUGUUUGGUUACAUGAGUGCUGCUAGCUGAGGAGGGGAUAGCUCCUCUUUCUUCUGCAGGACCAGGGAAAGAGGAGAAACUCCUGUUUGGAGAAGGGUUUUCUCCUUUGCUUCCAGUUCAGACUAUCAAGGAGGAAGAAAUCCAGCCUGGGGAGGAAAUGCCACACUUAGCGAGACCCAUCAAAGUGGAGAGCCCUCCCUUGGAAGAGUGGCCCUCCCCGGCCCCAUCUUUCAAAGAGGAAUCAUCUCACUCCUGGGAGGAUUCGUCCCAAUCUCCCACCCCAAGACCCAAGAAGUCCUACAGUGGGCUUAGGUCCCCAACCCGGUGUGUCUCGGAAAUGCUUGUGAUUCAACACAGGGAGAGGAGGGAGAGGAGCCGGUCUCGGAGAAAACAGCAUCUACUGCCUCCCUGUGUGGAUGAGCCGGAGCUGCUCUUCUCAGAGGGGCCCAGUACUUCCCGCUGGGCCGCAGAGCUCCCGUUCCCAGCAGACUCCUCUGACCCUGCCUCCCAGCUCAGCUACUCCCAGGAAGUGGGAGGACCUUUUAAGACACCCAUUAAGGAAACGCUGCCCAUCUCCUCCACCCCGAGCAAAUCUGUCCUCCCCAGAACCCCUGAAUCCUGGAGGCUCACGCCCCCAGCCAAAGUAGGGGGACUGGAUUUCAGCCCAGUACAAACCUCCCAGGGUGCCUCUGACCCCUUGCCUGACCCCCUGGGGCUGAUGGAUCUCAGCACCACUCCCUUGCAAAGUGCUCCCCCCCUUGAAUCACCGCAAAGGCUCCUCAGUUCAGAACCCUUAGACCUCAUCUCCGUCCCCUUUGGCAACUCUUCUCCCUCAGAUAUAGACGUCCCCAAGCCAGGCUCCCCGGAGCCACAGGUUUCUGGCCUUGCAGCCAAUCGUUCUCUGACAGAAGGCCUGGUCCUGGACACAAUGAAUGACAGCCUCAGCAAGAUCCUGCUGGACAUCAGCUUUCCUGGCCUGGACGAGGACCCACUGGGCCCUGACAACAUCAACUGGUCCCAGUUUAUUCCUGAGCUACAGUAGAGCCCUGCCCUUGCCCCUGUGCUCAAGCUGUCCACCAUCCCGGGCACUCCAAGGCUCAGUGCACCCCAAGCCUCUGAGUGAGGACAGCAGGCAGGGACUGUUCUGCUCCUCAUAGCUCCCUGCUGCCUGAUUAUGCAAAAGUAGCAGUCACACCCUAGCCACUGCUGGGACCUUGUGUUCCCCAAGAGUAUCUGAUUCCUCUGCUGUCCCUGCCAGGAGCUGAAGGGUGGGAACAACAAAGGCAAUGGUGAAAAGAGAUUAGGAACCCCCCAGCCUGUUUCCAUUCUCUGCCCAGCAGUCUCUUACCUUCCCUGAUCUUUGCAGGGUGGUCCGUGUAAAUAGUAUAAAUUCUCCAAAUUAUCCUCUAAUUAUAAAUGUAAGCUUAUUUCCUUAGAUCAUUAUCCAGAGACUGCCAGAAGGUGGGUAGGAUGACCUGGGGUUUCAAUUGACUUCUGUUCCUUGCUUUUAGUUUUGAUAGAAGGGAAGACCUGCAGUGCACGGUUUCUUCCAGGCUGAGGUACCUGGAUCUUGGGUUCUUCACUGCAGGGACCCAGACAAGUGGAUCUGCUUGCCAGAGUCCUUUUUGCCCCUCCCUGCCACCUCCCCGUGUUUCCAAGUCAGCUUUCCUGCAAGAAGAAAUCCUGGUUAAAAAAGUCUUUUGUAUUGGGUCAGGAGUUGAAUUUGGGGUGGGAGGAUGGAUGCAACUGAAGCAGAGUGUGGGUGCCCAGAUGUGCGCUAUUAGAUGUUUCUCUGAUAAUGUCCCCAAUCAUACCAGGGAGACUGGCAUUGACGAGAACUCAGGUGGAGGCUUGAGAAGGCCGAAAGGGCCCCUGACCUGCCUGGCUUCCUUAGCUUGCCCCUCAGCUUUGCAAAGAGCCACCCUAGGCCCCAGCUGACCGCAUGGGUGUGAGCCAGCUUGAGAACACUAACUACUCAAUAAAAGCGAAGGUGGACAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1263.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1327.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 1016.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((..(((.............((((.(.........).))))(((((.((((((..((((((((((((...((((.....))))...)))))......((((((....))))))........)))))))....))..)))).)))))..(((((.....))))).((((((((((((((((((((.((..(((....(((.(((...((.((....))))...)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))..((((....))))(((((........))))).........(((((.(((((..................))))).)))))..((((((((((((............))))....))).)))))........((((..((((.....)))).))))....((((.((((.....(((((((((((((.(((....(((..((((((((((.(((((.((..(.(((....(((.........(((((.(((((.(((.((..((((((((.((.(((((.........))))).......(((.....)))((.(((....(((.(((((((.((.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((......))...((((((((((((.(.....(((((((((((..((...(((((..(((((((........))))))).(((((((((((((((((....)))).(((((...)))))...(((((((.(((.....))).)))))))......((((...............))))((....))..(((((....)))))))))))).((((((((........))))((((...((((((.((((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((....((((.(((...((((((.....(((((.............)))))..)))))).)))))))(((...((.((.......)).)).)))((((((.((...(((..((.((((..(((((.......((((.((((((((.....(((......)))((((.....))))...........(((((((((.....(((((...((((((((((.(((((((.((((..(((((......)))))...((((((((((.(((.......))).))))))....)))).....)))).)))...))))))))))......((..((((..(((((.((...............)).))))).)))).)))))))))))....(((.((((((((.((.((((...(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.(..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..)))((((((.....))))))..)))).)).))))))))...)))((.((((.((..(((((((((....)))))).)))..)))))).)))))))))))(((((...))))))))))))).)))).....)))))....))))))..))))).)))))).((..(((((((((.((((((((((..............((((((.((((..((((((((..((((..((((((((..((((......))))...)))))))).))))..)).)).))))..((((((.(((......)))))))))......((((....((((((......)))))).))))........)))).))))))........((((......))))(((((.(.(((((((((((........((((....(((......))).))))((((.(((..((((.((((((.((((....)))).((((((((.......))))))))....)))))).))))))))))).)))))))..)))).)))))).((((..........((((.((((((((.((((..............))))...).)).))))).)))).......)))).......))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......))))))..)))))))))..))............(((((((.(..((.............)).)))))))))))))))).))))(((((..............)))))....................))))))))))))........)))).)))))..)).).)).))...)))))).)))))).))))..........((((....((((((((....((((((...))))))((((......))))....((((.....))))))))))))...))))................((((((......))))))...(((((..(((((((..(((((((((...((((((((.(((.....)))...)).))))))........((((((.((((((((...(.(((((((.((((.((((...(((((........)))))(((..(((((..(......)..)))))..))))))).))))..))))))).).)))))))).....)))))).(((((((.((......))...)))))))......((((((....))))))((((((.......)))).)).......)))))....))))..))))))))))))((((((((((((.....(((...(((...............))).....)))))))))))))))))))...(((((((((.(((..(((((.......))))).)))...(((((.(((......................))).))))).((.((((........)))).))........)))))))))....))))))))))).)).)))))))))))...).))))))).))))).((((((.......))))))(((((((((((...))).))..)))))))))))).))).))))))..((((((((((......))))))))))......(((((((.....)))).))).....))))))..))))))))))))).))..(((((((((((..(((((...........((((((..((((....))))..)))))).))))))))).))))))))).)).))))))..)).)))...))...))))))))((.((....)).))(((((((......)))))))..((((((..........))).))))))...))))..)).))))).))))))))))))).((((.....))))...))))))))..))))))))........)))).))))........(((......)))((((((.....)).))))...))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{.((((((..(((.............((({.,.........}.)))){|{{{.{{,,....,,,.(((((((((,(((({..........}|||)||....,,|||||{....,,,,||{|||.,{{|||||}}..)}))..))),,))}))}.||{||...,,)))))}((((((((((((((((((((.((..(((....({(((((.,.((.((....)))).,.)))))))))..)).)))))))).)))))(((....)))((((((....))))))......||,,.{(({...,}},...(((((.(((((......,,.....,,...))))).)))))..(((((((({{({...,.......,}}|,....}}},)|}))........((({,.((((.....)))).)})}...,{{((,({(({..{,{((((((((((((.(((....|{{..((((((((((.(((((.((..,.........{{{{{(((..(((......,,,.,{{.{{|,((((((((.,{.(((((.........)))))...,.,,({{,,..||||({.(((....(((.(((((((.{{.((((.....................(((((((((...)))))...)))).(((((((((.((((((.............((,..,,.||...{(((((((((((.,.....(((((((((((..{{...(((((..(((((((.......,}}))))).((((({{{{(((|{{{{|.,||||,,,{((({,.|||||{,.(((((((.(((.....))).)))))))......{(((,,|||....,,,{{.||||({....,,.,|||||}}.,)))})))))}||..,..((((........))))((((...((((((.{(((((...((.((.(.((.(((((((((((((((((((((.((((((((((((,{,{((((.({{..,((((((,,,,,(((((.............)))))..|}}}}}.})))}},......,,.{{|{,.((((((|,{{{.{,,.,..}}.,,|,.....(((({{.{{(,....{{{{{({{.{{{...(({...})).,}}..})),,|))))..}))}}))})),.....(((((((((...{{((,,,.}|||{(((((((.(.((((...))))).))))))},,{|||,,...{,..((((((.(((.......))).)))))).|||||||{,,..||}},}|||||}}})))}}}}......||..||||}|||||{.((...,,..........}}.))))),}}}},|||||},,,||,,,.{{,.((((((((.((.((((...(((..(((((.......((...(((((...(((((.(((((....((((.......))))...(((((((.....)))))))...((.(((.,..((.((((.(((((.......))))).))))))....).)))))))))).)))))...))))).))...)))))..)))((((((,...,))))))..)))).)).))))))))...}},((.((((.((..(((((((((....))))))}}}}..}})))).)))))))))))((((({,,,{(({.,,,||||.}}}}.}}}})))},,)))))).})})))}}.....}}}}|{..(((((((((,((((((((({...{{,.,..,,..{(((((.((((..((((((((..((((..{(((((((|.((((......)))).}.)))))))).))))..)).)),)}))..((((({{{({......})))))))}......((((....((((((......)))))).))))........)))).)))))),,..|||,{({{......}})}(((((.(.((((((((((({,{....|||{{....,,({,.,,.|}),,,,,((((.{((..((((.((((((,({({,,..,))||((((((((.......)))))))),}.,}))))).))))))})))).)))))))..)))).)))))),(({{.|,,......((((.((((({({.{{((,,,,........,,)))).....)).))))).)))).......))))...,,,.))))))))))..((((((....((((.(((....))).))))......)))))),.)))))))))..))},},........(((((((.{.,{|.,.......,...)}}.))))))))))))))).)))){((((.........}....)))))........,|........,,)))))))))))}........))))}}})))..}}.}.}),}}...)))))}.)))))).)))).{{.......|||.....{{{|(((({...{|||||...)))))}((((......))))..}}}}}}))}.,})),))}}}|||{{{|||...{{{{,..,...{,.,,{||({{{..{|||||{.,,(((((,.{((((((..(((((((((...(((((({(,(((.....)))...)).))))))....}}}}((((((.((((((((...{{(({{(((.((((.(((,.,.(((((........))))|(((..(((((..(......}..)))))..))))))).))))..))))))).,.)))))))).....)))))).(((((((.({......}}...)))))))..,,,.((((((....)))))).,{{{|,|.....}}||{|,.......},))),..,))))..))))))))))))((((((((((({....{(((..,((,,..............,,,,,}},))))))))))))))),}}.}}}||||,,|||,{((..(((((.......))))).)))...{({({.{((.,,,,.,,.....,,}},,...})}.})}}}.{{.{{{{........}))).})}}}}.}}})),)))))))}}.))))))))))).)).)))))))))))...}.)))))))}}))))}|{|{||}},,,,.}}))))(((((((((((...))).))},}}))))}))))).))).)))))),,{(((((((((......)))))))))),.,,{,{{{{{||,..,.}})}|)}}.,,.,))))}}..))))))))))))}.,}..{(((((((((({.{((((,.....,....{({{{{..{{{.....)))),.}}}))),))))))))),,)))))))},)).))))))..}}.}}},..)))..))).))))},.,..,,,}|||,{({{{{{.,,,,,||||}}}.{(,,,,,...}},..}})))})}),))}},,},,..)).))))).))))))))))||,.((((.....))))...))))))))..)))))))).}...}}},})}.|||||,...,},||{......))){{{{{{.....}).}))),,.))))))).(((((...........))))).....)))..)))))).....
Back