Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001414021.1
Sequence Length
1934 nt
GC Content
0.5202
GCCCUGGCCUUCGCGCAUCUCCCAGGUUAGCUGCGUGUCCGGGUGCUAGGCUGCAGACCCGCCGCCAUGACGCUGCGCGCGGCCGUCUUCGACCUUGACGGGGUGCUGGCGCUGCCAGCGGUGUUCGGCGUCCUCGGCCGCACGGAGGAGGCCCUGGCGCUGCCCAGAGGACUUCUGAAUGAUGCUUUCCAGAAAGGGGGACCAGAGGGUGCCACUACCCGGCUUAUGAAAGGAGAGAUCACACUUUCCCAGUGGAUACCACUCAUGGAAGAAAACUGCAGGAAGUGCUCCGAGACCGCUAAAGUCUGCCUCCCCAAGAAUUUCUCCAUAAAAGAAAUCUUUGACAAGGCGAUUUCAGCCAGAAAGAUCAACCGCCCCAUGCUCCAGGCAGCUCUCAUGCUCAGGAAGAAAGGAUUCACUACUGCCAUCCUCACCAACACCUGGCUGGACGACCGUGCUGAGAGAGAUGGCCUGGCCCAGCUGAUGUGUGAGCUGAAGAUGCACUUUGACUUCCUGAUAGAGUCGUGUCAGGUGGGAAUGGUCAAACCUGAACCUCAGAUCUACAAGUUUCUGCUGGACACCCUGAAGGCCAGCCCCAGUGAGGUCGUUUUUUUGGAUGACAUCGGGGCUAAUCUGAAGCCAGCCCGUGACUUGGGAAUGGUCACCAUCCUGGUCCAGGACACUGACACGGCCCUGAAAGAACUGGAGAAAGUGACCGGAAUCCAGCUUCUCAAUACCCCGGCCCCUCUGCCGACCUCUUGCAAUCCAAGUGACAUGAGCCAUGGGUACGUGACAGUAAAGCCCAGGGUCCGUCUGCAUUUUGUGGAGCUGGGCUCCGGCCCUGCUGUGUGCCUCUGCCAUGGAUUUCCCGAGAGUUGGUAUUCUUGGAGGUACCAGAUCCCUGCUCUGGCCCAGGCAGGUUACCGGGUCCUAGCUAUGGACAUGAAAGGCUAUGGAGAGUCAUCUGCUCCUCCCGAAAUAGAAGAAUAUUGCAUGGAAGUGUUAUGUAAGGAGAUGGUAACCUUCCUGGAUAAACUGGGCCUCUCUCAAGCAGUGUUCAUUGGCCAUGACUGGGGUGGCAUGCUGGUGUGGUACAUGGCUCUCUUCUACCCCGAGAGAGUGAGGGCGGUGGCCAGUUUGAAUACUCCCUUCAUACCAGCAAAUCCCAACAUGUCCCCUUUGGAGAGUAUCAAAGCCAACCCAGUAUUUGAUUACCAGCUCUACUUCCAAGAACCAGAAUUAUCCAGAGAGAAUAAAAGAUGUUUCCUGCACACUCCAGAGAGAGAGGAAUGGAAGGAAUUAAUUAAUCAGGAAUGUGAGAGCGUCUCCCACGUUCCUCUCCCAGCCUCCACCUCUGCUCCUCUUAGGAGGGACCGUUUCCAGCAAGACCACAACCAUCCCAGUUUCGAUUCAACGAGUAACUGUUCUCCAACAAUUAUUUUCAUUGAUGAGACAGCAUCUGUGUGAAAGGAGCUUUGCGAUUCAGGCAAUAACUGGACUCAUUCACCAAAAGCUCCCAGCGGCAUUUUGAAGAGACCUCGACAUGUCGCAUCCCACAUACUACAGGGAGGCCUGGGCCCUGCUGUGCCACAGCCUGGUGUGUGGGAAUCCACGAGCUUCCUUUGGCCUGAAUGAAAGCACAAUGUCCUUCAUUAGUGUGAGAUAGUCUCGAUGGUGAGACUAUGGGUGUGGUGUGUGGUGUAGAGGGCGUAUUACUUUGCUGGGGCUGCCAUAACAAAGGCUAGGUAGCUCAACAGACUGGGCAGCUUCAACAACAGAAAUUCACAGUCUUAUAGUUUUAGAAGCUGGAAGUUCAAGAUCAGGGUAUUUGUAGAGUUGGUUUCUCUUGAGGCCUCUCUCCUUGGCUUGUGGGUAGUCCUCUUCUCCUUGUUUCCUCAUAUGGUAUUUAGCCCAUUAAAAAAAAUUUUUUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-672.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -709.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 537.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((....((((((.((........)).)))))).))))).))..(((((...(((.((((....(((((((.((((..(((((.........)))))..(((((((...))))))))))).)))))))..)))).(((.((((((((....((.((((((((..(((((((....(((((((((((((...(((((((....(((((((((..(((((.........((((((......)))))).(((((...)))))(((((..(((.(((((.(..((((.(((..(((((((.(((((.((((...((((.((((((.......)))))).))))...))))))))).)))......(((((.(((((.(((((((..((((.......))))((((((((((((..((.(((..(((((((((..((.(((..((........))))).)).))).)))))).)))..(((((........)))))..))..).))))..)))))))...))).))))...)))))...)))))....((((...)))).....((((((...(((((.....((..(((..((((((...((.(((((((....))))))).))))))))..)))..)))))))....))))))(((.(((...)))))).))))..)))))))..)..(((((....(((((((((....(....)....))))).))))...((((.((((......))))..(.((((.....)))).).((((.((...((((((...((((((..(((..(((((((.((.(((...))).)).))))))).)))..))))))))))))..))))))......((((((((....)))))))).))))(((((.......))))).(((((.(((((((((..((((.((....(((((..........((((((....)).))))(((...((((......))))....))).)))))..)).))))..))))))))).))))).......)))))........))))).))).....))))).)))))))))))((((((((((.......((((((((.......))))))))(((((.((((..((...))..)))))))))))))))))))...))).....)))))))))))))))))))).......((((((..(((((((((((((.........((..((((.......(((((..(((.....((((((.((((...(((((((((((((((..((((.((............(((((((((.(((...))).))))))))).......))))))))))).)).))))..))))(((.....)))......((((((((((((((((((((..((((...((...((((.(((...((((.......))))..)))))))...))...)))).))))))......(((((.......))))).(((((((((((((((((...(((((((.((((.......)))).))))))).(((((((((((......((((.(((((.(....).))).)))))))))))))))))......)))))...)))))..)))))))..((((((((.....)))).))))...((((((((......))))))))))).))))).)))))))))).))))))))).)))))))))..))...........)))).))))).))))...))))))(((((((...(((...................)))...))))))))))))))(((.((((((.......((((..((((((....)))))).))))))))))))).)))))))))))))))))).)))..........)))...)))))..((((((((....))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((....((((((.((........)).)))))).))))).))..(((((..,({,,((((,...((((((({{,(({{(((((....,{{{.,,,))}}}|,,|||}}}))},)))))))})))))}}.,}))),||{.((((((((|,..((.(((((((({{((,{{{{,...(((((((((((({..,(((((((....(((((((((..(((((.........((((((......)))))).{((((...))))|(((((..(({.(((((.{,,((((.(((..(((((((.(((((.((((...((((.((((((.......)))))).))))...))))))))).)))......((((,.(((((.(((((((..{(((,,.....}))|(((((((.((((...,.....{({{(((,(({,,.{(((.{((((((.,{.({{{|((..,,,}}))))}.}}}.}|||||...}}}}.,),))}.))}})}))))..)))))))}..))).}})),,.))))),..}}}))....{{{{...}))).,,,.((((((.,.(((((.....((..(((..((((((...({.(((((((....))))))).))))))))..)))..)))))))..}.))))))((,,(((...)))))).))))..)))))))..}..(((((,{..{((((((((....{....}....))))).)))),...,,,.((((......)))),.({((((.,,,,||}}.}.{{((.((,{.((((((...((((((..(((..(((((((,((,((,...))),)}.))))))).)))..)))))))))))).}))))))}|||,.,|||||||,,,.)}}})))),))).(((((.......))))).(((((.(((((((((..((((,((,.,.,{{{{....,||||,(((((({...,,}))}}}}}....,||,.....},||{|||||..})}))}})).))))..))))))))).))))).......)))))....,,..))))).))).,,..))))),)))))))))))((((((((((,..,,,.(((((((({......}))))))}|||||,{|||..|{...,}..})))}}}})))))))))))...))).....))))))))))))))))))))|{{{{,,((({({,,{(((,({(({{((((({,...,,{{....{{{,{.,,(((.({{{,{,.....}}}))}}}}....(((((((((((((((..(((,{((............(((((((((.(((...))).))))))))).......))))))))))).))}})))..))))(({.....}))......(((((((((((((({(((((,.,((({,(((,,,{((({{{,.|,||,|,,,,,..})))}})))))}|{.,||,,,||}},}}|}}},{{{..{{{{{,,,....}}|||,(((((((((((((((((...(((((((.((((.{....,)))).))))))).(((((((((((......{(({{(((((.{....}.))).)))))))))))))))))......)))))}..,))))..)))))))..|||,{{,|}}},|)))}.)}))},,{((((((({....}))))))))))).))))).))))))||||||,,.},,...,,})))}|||((((((........||||.}}})))},.....,}}}))))))|||,......||},|||.,,,}}}|..,},..}})}}))))),)}}))|||.{|,|||,......((((..((((((....)))))).))))}}})))))).})))}))))))))})}}}.}}}..........))}...}}))),,{(((((({....))))))),
Back